환급된 토지초과이득세액은 필요경비에서 제외하는 것임

심판청구를 기각합니다.

1.처분개요 청구인은 1988.10.3. 서울시 ○○구 ○○동 880-4 소재 대지 354.8㎡를 취득하고 1997.08.12 동 지상에 건물을 신축하여 2001.2.16. 양도한 후 2001.2.22. 양도소득세를 실지거래가액에 의해 신고하면서, 토지초과이득세 납부세액 129,433,700원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 필요경비에 산입하였다. 처분청은 2005년 12월 청구인의 양도소득세 신고내용을 조사하면서 청구인이 필요경비에 산입한 쟁점금액이 1996년에 환급된 사실을 발견하여 이를 필요경비에서 제외하고 20061.9. 청구인에게 2001년 귀속 양도소득세 64,660,550원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.3.31. 이의신청을 거쳐 2006.7.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 납부한 토지초과이득세는 환급받은 사실이 없으므로 쟁점금액을 필요경비에서 제외하고 양도소득세를 경정한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 납부한 토지초과이득세는 헌법불합치 결정으로 1996.5.31. 결정취소되어 1996.6.11. 환급된 사실이 관할세무서의 일인별징수부 및 국세환급금관리대장에 의해 확인되므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 납부한 토지초과이득세액이 이미 환급되었음을 이유로 양도소득금액 계산시 이를 필요경비에서 제외한 처분이 정당한지 여부
• 나. 관련법령

(1) 구 토지초과이득세법(1998.12.28. 법률 제5586호로 폐지되기 전의 것) 제26조 【양도소득세 등의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세】

① 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세는 그 세액에 대하여 다음 각호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제한다. 다만, 그 공제세액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 토지초과이득세의 결정일부터 3년 이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우: 100분의 100

2. 토지초과이득세의 결정일부터 3년 후 6년 이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우: 100분의 60

④ 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 유휴토지 등의 소유자가 제16조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세를 소득세법 제105조 또는 제110조의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 양도소득세의 필요경비에 산입하거나, 법인세법 제59조 의 5 내지 제59조의 7의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 특별부가세의 양도차익에서 공제한 때에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 특별부가세의 양도차익에서 공제한다. (2) 토지초과이득세법 폐지법률(1998.12.28. 법률 제5586호) 제2조 【일반적 경과조치】 이 법 시행당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2001.2.22. 양도소득세를 실지거래가액에 의하여 신고하면서 쟁점금액 129,433,700원을 기납부 토지초과이득세액으로서 필요경비에 산입하였던 바, ○○세무서장의 보관하는 일인별징수부에는 1993.11.4. 같은 금액이 청구인에게 고지된 사실, 1993.11.30. 그 중 일부가 분납된 사실 및 1996.5.31 동 부과처분이 취소된 사실 등이 기재되어 있다.

○○세무서장의 일인별 징수부 기재내용 결정내용 납부현황 결정취소일 성명 고지세액(원) 납부기한 신○○ 129,433,700 93.11.30 93.11.30분납 (21,433,700원) 96.5.31 신○○ 2,082,400 94.4.30 94.4.28.완납 96.5.31 (2)또한 ○○세무서장이 보관하는 국세환급금관리대장에는 위 일인별징수부에 기재된 처분에 의하여 청구인이 1993.11.30., 1994.4.28., 1994.10.28., 1995.4.29., 1995.10.25., 및 1996.4.30.에 해당 납부세액을 각각 분납 또는 완납하였으나 동 처분이 1996.5.31. 취소됨에 따라 1996.6.11. 기납부한 세액이 전액 환급결정된 것으로 기재되어 있다.

○○세무서장의 환급관리대장 기재내용 성명 환급일 납부기한 금액(원) 국고수표 지급계좌 신○○ 96.6.11 93.11.30 27,387,550 가○095××

○○은행 4××-2× -011××× 94.4.28 27,216,550 94.10.28 27,047,110 95.4.29 24,597,900 95.10.25 22,428,470 96.4.30 20,223,150 합 계 148,900,730

(3) 한편, 청구인은 위 국세환급금관리대장에 기록된 청구인 명의의 예금계좌 및 환급금액이 사실과 다른 것이라고 주장하지 아니할 뿐아니라 위 일인별징수부 및 국세환급금관리대장에 기재된 사실이 허위의 것으로서 당해 환급결정이 무효라거나 부존재할 것이라는 합리적인 의심을 불러일으킬만한 어떠한 증빙도 제시하지 못하고 있다.

(4) 이상과 같은 사실관계를 종합하여 보면, 청구인이 납부한 토지초과이득세액은 이미 환급되었다고 봄이 타당하고 처분청이 기 환급된 토지초과이득세액을 양도소득금액 계산시 필요경비에서 제외한 이 건 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.