부외재고자산에 대응되는 부외부채의 익금산입 및 손금산입

○○세무서장이 2006.6.1. 청구법인에게 한 법인세 4건 1,101,714,960원(2000사업연도 135,248,940원, 2001사업연도 873,831,010원, 2002사업연도 91,635,010원, 2003사업연도 과세표준 미달 2004사업연도 1,000,000원)의 부과처분 및 소득금액변동통지 1,428,143,755원(2001년 1,038,357,643원, 2002년 342,993,750원, 2004년 46,792,362원)의 처분은,

1. 2000사업연도에 부외재고자산과 부외부채를 566,690,044원으로 하여 익금산입 및 손금산입하고, 478,931,707원(2001사업연도 417,227,388원, 2002사업연도 50,925,246원, 2004사업연도 10,779,073원)을 당해 사업연도의 매출원가로 하여 손금산입하며, 부외부채 상환액 566,690,044원(2001사업연도 532,111,190원, 2002사업연도 34,578,854원)을 당해 사업연도 신고누락금액의 상여처분에서 제외하고, 2001사업연도에 차입금상환액으로 익금산입한 270,000,000원을 익금에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하고 소득금액변동통지처분액을 경정하며,

2. 부외 사채이자 170,991,600원(2001사업연도 51,326,400원, 2002사업연도 71,665,200원, 2003사업연도 20,000,000원, 2004사업연도 28,000,000원)을 당해 사업연도에 추가로 손금산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 동 금액을 신고누락금액의 상여처분에서 제외하여 소득금액변동통지처분액을 경정하며,

3. 나머지 청구는 이를 기각한다.

1.처분개요 청구법인(구 ○○부동산컨설팅주식회사)은 2000.7.1. 개업하여 건설업, 서비스업(부동산중개, 분양, 컨설팅 등)을 영위하고 있다.

○○지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사 결과 2000~2004(1.1.~12.31.)사업연도 중 신고누락 1,883,964,725원, 부외자산 557,875,136원, 부외부채 270,000,000원 부외경비 185,820,970원을 적출하여 이를 과세에 활용하도록 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 근거하여 2006.6.1. 청구법인에게 법인세 4건 1,127,404,450원(2000사업연도 135,248,940원, 2001사업연도 886,347,980원, 2002사업연도 102,898,010원, 2004사업연도 2,909,520원)을 경정고지하고, 1,428,143,755원(2001년도 1,038,357,643원, 2002년도 342,993,750원, 2004년도 46,792,362원)을 대표자에게 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지를 하였다. 처분청은 2006.9.1. 청구법인이 심판청구시 주장한 내용에 대하여 2001사업연도 법인세(가산세) 12,516,970원, 2002사업연도 법인세(가산세) 11,263,000원, 2004사업연도 법인세(가산세) 1,909,520원을 직권으로 감액경정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.6.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 2000사업년도의 부외자산 557,875,136원을 적출하여 재고자산으로 익금산입하고 이에 대응되는 부외부채는 270,000,000원만 손금인정(유보)하였으나, 부외자산을 566,690,044원으로 하고 이와 대응되는 부외부채 중 기 인정한 270,000,000원을 차감한 296,690,044원을 부외부채로 추가 손금산입(유보)하여야 하며, 동 부채상환액을 상환일이 속한 사업연도의 신고누락금액의 상여처분대상에서 제외하여야 하고, 2000사업연도에 부외부채로 기 인정하였던 270,000,000원은 2001사업연도 신고누락금액에 대한 세무조정으로 270,000,000원을 익금산입(기타)하고, 부외부채의 소멸에 따른 반대의 세무조정으로 270,000,000원을 또다시 익금산입(유보)한 것은 중복 익금산입되었으므로 동 금액은 익금에서 제외하여야 한다.

(2) 청구법인이 당해 사업과 관련되어 사채이자 2001사업년도 101,852,250원, 2002사업년도 149,000,000원, 2003사업년도 20,000,000원, 2004사업년도 78,000,000원 합계 348,852,220원을 부외로 지급하였음에도 처분청은 이 중 2001사업년도 46,414,720원, 2002사업연도 69,406,250원, 2004사업년도 50,000,000원 합계 165,820,975원만을 손금으로 인정하고 신고누락금액의 상여처분에서 제외하였는바, 부외 지급이자로 인정하지 아니한 183,031,250원을 추가로 손금산입하고 신고누락금액의 상여처분에서 제외하여야 한다.

(3) 청구법인이 토지를 매입하고 개발하여 판매하면서 부외로 150,000,000원(2000사업연도 100,000,000원, 2001사업연도 50,000,000원) 상당의 중개수수료를 지급하였으므로 동 금액을 신고누락금액과 대응되는 비용으로 보아 손금에 산입하고 신고누락금액의 상여처분에서 제외하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 부외자산에 대응하는 부외부채 296,690,044원의 손금산입 여부는 00지방국세청장의 과세전적부심사결정(2006.1.25.)에서 보는 바와 같이 재조사 대상이 아니며, 2001사업연도 세무조정시 270,000,000원의 이중 익금산입 여부는 신고누락금액에 대한 익금산입과 전년도의 반대의 세무조정인 부외부채의 소멸에 따른 익금산입은 별개의 처분으로 이중 익금산입이 아니므로 부채의 소멸에 따른 270,000,000원을 익금산입(유보)한 것은 정당하다.)

(2) 000 관련 사채이자 130,500,000원을 추가로 손금산입하여야 한다는 청구주장은 과세전적부심사결정(2006.1.25._에서 보는 바와 같이 당초 재조사 대상으로 손금산입 결정한 사채이자 100,000,000원 외의 것으로 재조사 항목의 범위를 벗어난 것이며, 000 관련 사채이자 52,531,250원에 대해 업무관련성을 인정하여 추가로 손금산입하여야 한다는 청구주장은 당초 재조사시 000의 사채 원금 160,000,000원 중 102,500,000원은 사용처가 확인되지 아니하여 업무관련성이 입증되지 아니하였던 것이므로 이에 대응하는 사채이자 52,531,250원을 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.

(3) 이 건 부동산 거래와 관련되어 지출되었다고 주장하면서 손금 인정을 요구한 중개수수료 150,000,000원(2000사업연도 100,000,000원, 2001사업연도 50,000,000원)은 과세전적부심사결정에서와 같이 재조사시 증빙서류를 제출하지 아니하였던 것이고, 그 지급여부에 대한 신빙성 있는 증빙서류도 없으므로 동 금액을 손금으로 인정하지 아니한 당초 처분은 정당하다. 3.심리 및 판단

• 가. 쟁점

(1) 부외재고자산이 적정하게 계산되었는지 여부, 부외재고자산에 대응되는 부외부채가 있는지 여부 및 그 소득처분이 적정하게 이루어졌는지 여부

(2) 사채의 업무관련성 여부 및 지급된 사채이자를 신고누락금액에 대응되는 경비로 보아 손금인정할 수 있는지 여부

(3) 부외로 지급하였다는 중개수수료를 신고누락금액에 대응되는 경비로 보아 손금인정할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2006.3.24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것) 제9조 【거래시기】 ①재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제22조【가산세】

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조제2항제1호의2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때 (2)부가가치세법시행령(2005.12.30. 대통령령 제19215호로 개정되기 전의것) 제21조【재화의 공급시기】

① 법 제9조제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 현금판매·외상판매 또는 할부판매의 경우에는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 때

2. 장기할부판매의 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 반환조건부판매·동의조건부판매 기타 조건부 및 기한부 판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 경과되어 판매가 확정되는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 20.8.25. 000외 1인과 00도 00시 00면 00리 671번지 12,558㎡외 22필지 53,997㎡(이하 ‘쟁점토지1’이라 한다)의 매매가액을 3,323,000,000원으로 하고 매도자가 납부하여야 할 양도소득세 및 주민세 190,967,802원은 매수인이 부담하기로 하는 부동산매매계약을 체결하고, 2000.11.28. 이중 농지 8,964㎡(가액 408,565,533원)는 청구법인의 대표자 000 명의로, 나머지 45,013㎡(가액 2,914,434,467원)는 청구법인 명의로 소유권을 이전하고 동 토지에 대한 취득세 등 187,538,008원과 양도소득세 등 부담액 142,208,862원을 가산한 3,244,181,337원을 재고자산금액으로 장부에 계상하였으며, 2002.11.29. 동 토지에 대한 취득세 8,649,300원을 추가로 납부하고 재고자산금액으로 하여 장부에 계상하였다. 또한, 청구법인은 2000.11.16. 000과 00도 00시 00면 00리 669-3번지 964㎡외 4필지 1,318㎡(이하 ‘쟁점토지2’라 한고 쟁점토지1과 합하여 ‘쟁점토지’라 한다)를 현금지급한 82,000,000원과 근저당 및 가등기 설정채무 인수액 320,000,000원 합계 402,000,000원으로 하는 부동산매매계약을 체결하였으나, 매매금액을 62,000,000원으로 한 관인계약서를 재작성하여 취득세 등으로 4,141,180원을 납부한 후 66,141,180원을 재고자산금액으로 하여 장부에 계상하였는 바, 쟁점토지의 필지별 면적에 개별공시지가를 곱하여 산출된 금액을 기준흐로 안분계산하여 청구법인 및 000 소유 토지의 취득원가를 계산하였다. 한편, 쟁점토지는 구분되지 아니한 같은 획지 내에 소재하고 있는 일단의 토지로, 청구법인 및 000은 포락지(개인의 사유지로 전․답 등의 지반이 무너져 내려 하천으로 변해버린 토지) 연구용역, 설계, 토목공사 등의 과정을 거쳐 쟁점토지를 분할․판매하였으며, 청구일 현재 일부는 청구법인이 재고자산으로 보유하고 있다.

(2) 00지방국세청장은 청구법인 및 000에 대한 세무조사에서 신고누락금액, 부외자산, 부외부채 등을 적출하여 세무조사결과통지서를 하였고, 청구법인 및 000은 00지방국세청장에게 과세전적부심사 청구를 하여 재조사결정을 받았는 바, 청구법인에 대한 재조사결정 내역은 아래 표와 같고, 처분청은 이에 근거하여 청구법인에게 법인세를 과세하고 소득금액변동통지한 사실이 재조사복명서, 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다. 2000사업연도 익금 손금 ° 재고자산누락(쟁점토지 취득 관련비용, 자본적 지출액 등 부외비용)(유보) 557,875,136원 ° 차입금(재고자산누락분 대응 부외부채)(유보) 270,000,000원 2001사업연도 익금 손금 ° 신고누락 1,374,772,363원

• 귀속불분명(상여) 1,038,357,643원

• 차입금 상환액(기타) 270,000,000원

• 부외지출토목설계비(기타) 20,000,000원

• 부외지급이자(기타) 46,414,720원 ° 차입금(부외부채 상환액)(유보) 270,000,000원 ° 매출원가(재고자산누락분 대응원가)(유보) 441,706,507원 ° 부외지출토목설계비(기타) 20,000,000원 ° 부외지급이자(기타) 46,414,720원 2002사업연도 익금 손금 ° 신고누락 412,400,000원 -귀속불분명(상여) 342,993,750원 -부외지급이자(기타) 69,406,250원 ° 매출원가(재고자산누락분 대응원가)(유보) 35,304,172원 ° 부외지급이자(기타) 69,406,260원 2004사업연도 익금 손금 ° 신고누락 96,792,362원 -귀속불분명(상여) 46,792,362원 -부외지급이자(기타) 50,000,000원 ° 매출원가(재고자산누락분 대응원가)(유보) 12,311,812원 ° 부외지급이자(기타) 50,000,000원

(3) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 위 (2)의 세무조사결과와 청구법인이 주장하는 내용을 요약하여 보변 아래 표와 같은 바, 그 내역을 구체적으로 살펴보면 다음과 같다. 년월일 과목 1차조사결과 재조사결과 비고 (청구법인주장) 00.10.18. 포락지 연구용역비 34,000,000 34,000,000 34,000,000 00.10.28. 양도세 추가부담 48,756,940 48,756,940 48,756,940 00.10.~ 설계용역비 20,000,000 20,000,000 00.10~02.3. 토목공사 210,000,000 210,000,000 210,000,000 00.11.6. 묘지이장 7,000,000 7,000,000 7,000,000 00.11.16. 000 매매가액 과소계상 340,000,000 270,000,000 290,000,000 02.2.8. 토목공사 5,000,000 5,000,000 5,000,000 02.5.4. 토목공사 8,000,000 8,000,000 8,000,000 02.11.29 취득세 추가납부 8,649,300 8,649,300 합계[()안은 청구법인분이며 차액은 000분임] 661,406,240 (607,875,136) 611,406,240 (557,875,136) 622,756,940 (566,690,044)

1. ○○지방국세청장은 위 표와 같이 청구법인이 개발된 쟁점토지를 수년에 걸쳐 판매하였음에도 그 중 일부를 신고누락한 사실과 위 (1)의 쟁점토지를 매입 및 개발하는 과정에서 취득가액을 과소계상 하거나 신고누락한 금액으로 자본적 지출액 등을 부외로 지출한 사실을 적출하여 위 (2)와 같이 익금산입 및 손금산입하여 소득처분을 한 것으로 나타난다.

2. ○○○명의의 쟁점토지2 취득과 관련하여 매매계약서상 인수채무는 채권자 2명과 관련된 320,000,000원이나 실제 인수한 채무는 270,000,000원으로 나타나는 바, 그 중 근저당설정권자 000에 대한 실제 채무는 150,000,000원으로 2000.11.28. 청구법인이 000에게 쟁점토지 중 일부인 6필지를 1,200,000,000원에 매각한 후 1,050,000,000원은 현금으로 영수하고 150,000,000원은 근저당권설정 채무의 인수로 상계처리하였으며, 또 다른 가등기 채무 120,000,000원은 000에게 쟁점토지 중 일부를 150,000,000원에 대물변제하고 그 차액 30,000,000원을 2000.11.29. 청구법인 예금계좌로 송금받은 사실이 매매계약서, 등기부등본, 예금거래내역 등에 나타난다. 이에 근거하여 처분청은 2000사업년도의 부외부채로 270,000,000원을 손금산입(유보)하고 2001사업년도 신고누락금액 중 270,000,000원을 부외부채 변제액으로 익금산입9기타)함과 동시에 익금산입(유보)하였으며, 2000.11.16. 매매계약시 000에게 지급한 계약금 20,000,000원은 부외자산과 부외채무로 인정하지 아니한 것으로 조사보고서 등에 나타난다.

3. 00지방국세청장은 당초 조사시에는 부외재고자산으로 계산한 661,406,240원을 쟁점토지의 필지별 면적에 개별공시지가를 곱하여 산출된 금액을 기준으로 안분계산하여 청구법인에게 607,875,136원, ○○○에게 53,531,104원을 배분하였으나, 재조사시에는 쟁점토지2와 관련된 부외재고자산으로 인정하지 아니한 70,000,000원을 차감하고 추가로 확인된 설계비 20,000,000원을 가감한 50,000,000원을 별도로 안분계산하여 청구법인과 ○○○에게 배분하지 아니하고 50,000,000원 전액을 청구법인의 당초 부외재고자산 607,875,136원에서 차감하여 557,875,136원으로 하였고, 이를 당초 조사시와 같은 방법으로 안분계산하여 2001사업연도에 441,706,507원, 2002사업년도에 35,304,172원, 2004사업년도에 12,312,812원을 신고누락분 매출과 대응된 원가로 손금산입한 것으로 나타난다.

4. 위의 내용 중 ○○지방국세청장과 청구법인이 주장하는 부외재고자산(청구법인과 ○○○의 안분계산 전 금액임) 611,406,240원과 622,756,940원의 차액 11,350,700원에 대하여 살펴보면, 2002.11.29. 취득세 추가납부액 8,649,300원이 장부에 정상적으로 기장되어 있음에도 ○○지방국세청장은 부외자산으로 계산하였고, 쟁점토지2 취득시 200.11.16. 현금으로 지급한 계약금 20,000,000원이 지출되어 부외자산으로 확인되었음에도 이를 인정하지 아니한 사실이 나타나므로 이를 각각 차가감 하면 부외재고자산은 622,756,940원이 되며, 이를 ○○지방국세청장이 당초 조사시 안분계산한 방법과 동일한 방법으로 필지별로 청구법인과 ○○○에게 안분계산하면 청구법인에게 귀속되는 금액은 566,690,044원으로 계산되고, 이 건 심판청구와 함께 000은 처분청의 종합소득세 처분에 대하여 심판청구를 하였으나, 000이 부외자산을 622,756,940원을 기준으로 하여 000에 대한 종합소득세를 직권으로 결정하자 심판청구를 취하한 사실이 심판청구서, 결정결의서 등에 의하여 나타난다. 00지방국세청장은 위 부외자산이 쟁점토지 취득 및 개발과정에서 당시 대표이사인 000이 청구법인 장부에 기장하지 아니하고 취득부대비용과 개발비용으로 2000사업연도 66,000,000원, 2001사업연도 248,756,940원, 2002사업연도 38,000,000원 합계 352,756,940원을 지급한 사실과 쟁점토지2를 취득하면서 근저당권이 설정된 채무(000분 150,000,000원, 000분 120,000,000원)를 인수하여 이들에게 쟁점토지 중 일부 매각대금과 상계하는 방법으로 변제한 사실이 세무조사종결보고서, 계약서, 금용자료, 영수증, 거래상대방 확인서 등에 의하여 나타난다. 사실이 이러하다면 쟁점토지와 관련된 부외자산 취득과 관련하여 청구법인이 지급하여야 할 채무를 매표이사 000이 대신 지급한 것으로서 당해 거래발생 당시 청구법인이 대표이사에게 변제하여야 할 청구법인의 체무로 존재하고 있고 이를 청구법인의 장부에 기장하지 아니하였으므로 동 금액은 부외부채로 인정되어야 하며, 이후 매출에 대응하는 원가로 손금산입되어야 할 것인 바, 그 금액을 처분청이 안분계산한 같은 방법으로 계산하면 2001사업년도 417,227,388원, 2002사업년도 50,925,246원, 2004사업년도 10,779,073원, 2004사업연도말 재고자산에 해당하는 87,758,337원으로 나타난다. 또한, 00지방국세청장이 부외부채로 인정한 270,000,000원은 2000.11.16. 발생 당시의 사업연도에 손금산입(유보)한 처분은 정당하다 할 것이나, 2001.2.23. 000에 대한 신고누락분 미수금 150,000,000원으로 상계처리하고, 2001.3.29. 000에 대한 신고누락분 미수금 120,000,000원을 대물변제로 처리하였으므로 270,000,000원을 2001사업연도에 신고누락분으로 익금산입(유보)하여 2000사업연도에 손금산입(유보0한 것과 상계처리 되게 하는 것이 정당하다 할 것임에도 00지방국세청장이 2001사업연도에 신고누락분(부채상환)으로 270,000,000원을 익금산입(기타)하고 이와는 별도로 부채상환으로 270,000,000원을 익금산입(유보)한 것은 사안에 대하여 이중으로 처분을 한 것으로 판단된다. 아울러, 부외부채 상환액을 신고누락금액의 상여처분에서 제외하여야 한다는 주장에 대하여 살펴보면, 처분청이 과세전적부심사청구에 대한 결정에서 재조사 대상을 삼지 않았다는 이유로 청구주장을 인정하니 아니한 것은 타당하지 아니하고, 청구법인이 쟁점토지를 취득하면서 자기자본이 아닌 사채 등으로 취득자금 대부분을 조달하고, 토지판매가 이루어질 때마다 사채원금과 사채이자, 공사대금 등을 지급한 사실이 나타나 처분청도 이를 인정하여 상여처분에서 제외(법인세법 기본통칙 67-106...11. 참조)한 사실 있는 점 등에서 부외부채 상환액 566,690,044원(2001사업연도 기 인정금액 270,000,000원과 262,111,190원, 2002사업연도 34,578,854원)을 상여처분에서 제외하여야 한다는 청구주장은 이유 있다고 판단된다.

(4) 쟁점(2)에 대하여 본다. (가) 00지방국세청장의 재조사 내역을 보면, 청구법인이 부외로 지출한 사채이자는 아래 표와 같이 348,852,220원인 사실을 금융자료, 사채권자의 확인서 등에 의하여 확인하고, 2000.11.28. 000으로부터 차용한 사채 300,000,000원과 000로부터 차용한 사채 150,000,000원은 쟁점토지 취득대금 및 잔금 지급시 조달되어 사용된 것으로 나타난다 하여 000에게 지급한 사채이자 100,000,000원과 000에게 지급한 사채이자 36,352,200원을 각 사업년도에 손금산입하고 신고누락금액에서 동액 상당액을 상여처분에서 제외한 것으로 되어 있고, 특히 000에게 지급한 사채이자는 총 230,500,000원이나 과세전적부심사결정에서 100,000,000원만이 재조사 대상이라고 결정하여 이를 인정하고 나머지 130,500,000원은 재조사 범위를 벗어난 항목이라 하여 인정하지 아니한 것으로 되어 있다. 또한, 2001.1.10. 000로부터 차용한 사채 160,000,000원 중 57,500,000원만이 업무와 관련성이 확인된다 하여 지급이자 총 82,000,000원을 안분하여 업무와 관련이 있다고 계산된 29,468,750원만을 당해 사업연도에 손금산입하고 신고누락금액에서 동 금액을 상여처분에서 제외한 것으로 되어 있다. (나) 000으로부터 차용한 사채에 대하여 살펴보면, 2000.11.28. 사채 300,000,000원을 조달하여 쟁점토지의 취득자금으로 사용하고 가수금으로 회계처리한 사실과 이에 대한 사채이자 230,500,000원을 부외로 지급한 사실이 금용자료, 확인서, 내용증명우편물 등에 의하여 확인되고 이러한 사실이 조사보고서에도 나타나는 바, 총 사채이자 230,500,000원 중 100,000,000원만을 지출한 당해 사업연도의 손금에 산입하고 나머지 130,500,000원은 별다른 사유도 없이 재조사 대상 범위를 벗어났다 하여 동 금액에 대해 손금을 인정하지 아니한 것은 잘못이라 판단되므로 130,500,000원은 추가로 손금산입되어야 할 것이다. (다) 000로부터 2001.1.10. 차용한 사채 160,000,000원에 대하여 살펴보면, 청구법인이 사채를 차용하고 사채이자를 지급한 사실은 금융자료, 차용증서, 확인서 등에 의하여 확인되고 이러한 사실이 조사보고서에도 나타나는 바, 처분청은 사채 160,000,000원 중 57,500,000원만이 업무와 관련이 있다 하여 사채이자 총 82,000,000원을 안분계산(82,백만원*57,500천원/160,000천원)하여 29,468,750원(2001사업연도 10,062,500원, 2002사업연도 19,406,250원)만을 당해 사업연도에 손금인정하였다. 금융자료, 조사보고서 등에 의하여 사채 160,000,000원에 대한 사용(입출금)내역을 살펴보면, 아래 표와 같이 나타나므로 160,000,000원 중 136,508천원은 청구법인의 업무와 관련되어 사용된 것으로 판단된다. 따라서, 사채 160,000,000원 중 136,508,000원이 업무와 관련성이 있다고 보아 당초 처분청이 안분계산한 방법과 동일한 방법으로 계산하면 69,960,350원[2001사업연도 23,888,900원(기 인정 금액 10,062,500원 포함), 2002사업연도 46,071,450원(기 인정 금액 19,406,250원 포함)]은 손금인정되어야 할 것이다.

(5) 쟁점(3)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 쟁점토지를 매입․개발하여 판매하면서 부외로 150,000,000원(2000사업연도 100,000,000원, 2001사업연도 50,000,000원) 상당의 중개수수료를 지급하였으므로 동 금액을 신고누락금액과 대응되는 비용으로 보아 손금산입하고 신고누락금액의 상여처분에서 제외하여야 한다고 아래와 같이 주장하면서 매매계약서를 제시하므로 이에 대하여 살펴본다.

1. ‘000’(다른 이름 ‘000’)는 쟁점토지 매입과 관련하여 청구법인에게 ①당초 계약자 ‘000과 000’의 거래, ②‘000외 1인’ 및 ‘000’과 청구법인의 거래, ③사채업자 ‘000’의 소개 등을 한 자로, 2000.11.29. 000이 지급한 매매대금 잔액 90,000천원 중 70,000천원을 수수료 명목으로 000가 직접 수령하였고 20,000천원은 입금하였으며 나머지 10,000천원도 2000년 12월경 타인의 부동산매매대금 선수금 수령과 동시 받아간 사실이 있는 바, 사인의 신분으로 000의 금용자료의 열람 확인이 불가능하고 000의 연락처(전화번호 011-318-0000)만으로 소재와 인적사항 파악이 불가능하여 추적 및 거증자료를 제출할 수 없으나 전후 사정으로 미루어 청구주장은 그 정황증빙이 충분하고 합리적이므로 100,000,000원은 부외경비로 손금인정하여야 한다.

2. 2001.10.31. 체결한 000와의 토지매매거래와 관련하여 이를 중개9소개)한 자는 00도 00시 00읍 0리 760-1 00공인중개사 000으로 이의 주선으로 00시 소재 000 사무실에서 매매계약을 체결하였으며, 그 대가로 잔금지급일 2001.11.26. 잔금수령액 400,000천원 중 50,000천원을 지급하였으나 중개수수료에 대한 영수증을 교부하지 아니하여 직접적인 거증자료를 제출할 수 없으나 위 1)과 같은 이유로 50,000,000원도 손금인정하여야 한다.

3. 또한, 손금인정 여부는 이를 주장하는 청부법인이 관련증빙 등을 비치 보관하여 입증하여야 하는 것이나, 무자격자에게 지급된 중개수수료와 영수증 발부를 회피함에 따라 영수증을 징취하지 못하였으며, 잔금 수령과 동시에 그 수령한 잔금으로 중개수수료를 그 자리에서 지급하여 금융자료 등 객관적인 증빙을 구비하는 것이 현실적으로 어렵고, 중개수수료가 청구법인의 입장에서는 경비이나 거래상대방 입장에서는 수입(소득)으로, 청구법인이 증거자료를 제시하지 못한다 하더라도 정황이 객관적이고 합리적이라면 처분청은 거래상대방을 조사하여 수익이 있는 자에게는 과세를 하고 청구법인에게는 비용으로 인정하여야 한다. (나) 살피건대, 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책인은 원칙적으로 처분청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비로 원칙적으로 처분청이 그 입증책임을 부담하나 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리할 것일 분 아니라, 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역안에 있는 것이어서 처분청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것(대법원 96누8192, 1997.9.26. 참조)인 바, 이 건과 같이 중개수수료가 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부와 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 청구법인이 이를 입증할 필요가 있다고 할 것이다. 쟁점토지 매매과정에서 약정된 000과 000의 부동산매매계약서에는 중개인으로 추정되는 000의 이름이 기재 날인되어 있고, 청구법인과 000와의 부동산매매계약서에는 공인중개사로 000이 기재 날인되어 있으나 대금지급사실 등을 파악할 수 없고, 중개수수료가 실제로 지급되었는지 여부에 대한 구체적이고 객관적인 증빙서류를 청구법인이 제시하지 못하고 있으므로 중개수수료를 손금으로 인정하여야 한다거나 거래 상대방을 조사하여 이를 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

이건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.