기준시가로 예정신고 후 실지거래가액으로 경정청구한 양도소득세를 기준시가로 결정한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2001.4.13. ○○광역시 ○구 ○○동 ○○번지 공장용지 1,347㎡ 및 위 지상 공장건물 399.57㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 양도한 후 같은 날에 양도차익을 기준시가(양도가액 264,448,300원, 취득가액 87,262,587원)로 계산하여 예정신고를 하였다가, 2001.5.10. 양도차익을 실지거래가액(양도가액 240,000,000원, 취득가액 296,000,000원)으로 결정하여 달라고 경정청구를 하였다. 처분청은 청구인이 경정청구시 제출한 양도 및 취득당시의 실지거래가액 부동산매매계약서를 신빙성이 없는 것으로 보아 과세쟁점자문위원회의 자문을 거쳐 당초 청구인이 신고한 기준시가로 쟁점부동산의 양도차익을 계산하여 2006.5.18. 청구인에게 2001년 귀속 양도소득세 89,794,530원을 결정하여 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.6.29. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산의 취득당시 토지의 공부상 지목은 답(畓)으로 되어 있었으나 사실상의 지목은 공장용지(1995.9.12. 공장용지로 지목변경)로 건물을 신축중인 것을 취득하여 공부상의 지목을 기준으로 한 기준시가와 실지거래가액과는 큰 차이가 있고, 이에 따라 청구인이 영위하던 개인사업(○○정공)의 장부상 취득가액도 333,294,300원(토지179,856,143원, 건물 153,438,157원)으로 계상되어 있을 뿐만 아니라 양도자인 정○○도 쟁점부동산을 296,000,000원에 양도하였다고 확인하고 있어 취득당시의 실지거래가액은 296,000,000원이며, 양도당시의 실지거래가액의 경우에도 검인계약서상에는 240,000,000원으로 기재하였지만 양도당시의 부동산매매계약서와 같이 290,000,000원에 양도한 사실이 확인됨에도 불구하고 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 부인하고 기준시가로 양도소득세를 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 경정청구시 제출한 쟁점부동산의 취득당시의 부동산매매 계약서상의 실지거래가액 296,000,000원은 취득당시 기준시가(1제곱미터당 11,300원)보다 훨씬 높은 가액으로 신빙성이 없을 뿐만 아니라 토지의 경우 등기접수일이 1995.6.29.이나 청구인의 통장에는 1995.7.6. 2억원, 1995.10.5. 51,550,000원이 각각 인출된 것으로 되어 있어 이는 소유권이전등기후 잔금을 지급한 것으로 보여져 사회통념상 받아들이기 어려우며, 양도당시의 부동산매매계약서상 실지거래가액의 경우에도 검인계약서에는 240,000,000원으로, 은행대출시 제출한 부동산매매 계약서에는 290,000,000원에 취득하였다고 확인하고 있는 점 등으로 보아 청구인이 제출한 취득 및 양도당시 부동산매매계약서는 신빙성이 없는 것으로 판단되어 과세쟁점위원회의 자문을 거쳐 기준시가로 양도소득세를 결정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 취득 및 양도당시 부동산매매계약서상의 실지거래가액을 신빙성이 없는 것으로 보아 기준시가로 양도차익을 계산하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2001.12.31. 법률 제6557호로 개정되기 전) 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1 에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

1. ~ 5. (생 략) 6.양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신 고하는 경우 7.(생 략)

② ~ ④ (생 략) 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. 1.취득가액 가.제94조 제1항에 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. 나.(생 략)

2. ~ 4. (생 략)

② ~ ⑦ (생 략) 제100조【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액 ∙ 감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 ∙ 감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액 ∙ 감정가액 ∙ 환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액 ∙ 감정가액 ∙ 환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도 가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ (생 략) 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정 ∙ 경정 및 통지】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

④ (생 략)

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액 ․ 매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

⑥ ~ ⑦ (생 략)

(2) 소득세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17456호로 개정되기 전의 것) 제176조의 2 【추계결정 및 경정】

① ~ ④ (생 략)

⑤ 국세청장은 주소지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 양도소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 필요하다고 인정하는 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 부동산의 감정 ∙ 평가에 관한 학식과 경험이 풍부한 자에게 자문하여 그 결정 또는 경정에 공정성을 기하게 할 수 있다.

(3) 소득세법시행규칙(2001.12.24. 재정경제부령 제232호로 개정되기 전의 것) 제85조의 2 【생산자물가상승률 등】

① (생 략)

② 영 제176조의 2 제5항의 규정에 의하여 국세청장은 관할세무서장 또는 지방국세청장으로 하여금 양도소득세의 과세대상이 되는 자산의 평가 및 이와 관련이있는 사항을 당해 세무서 또는 지방국세청의 과장급 공무원 3인 이상과 공무원이 아닌 자로서 부동산 감정평가에 관한 학식 ∙ 경험이 풍부한 자 3인 이상에게 국세청장이 정하는 절차에 따라 자문하게 할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 실지거래가액으로 결정하여 달라고 주장하면서, 취득 및 양도당시 부동산매매계약서, 예금통장사본, 거래사실확인서, 건축물 및 토지대장 등을 증빙서류로 제출하고 있다. 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액에 대하여 살펴보면, 1995.5.29. 작성한 취득당시 부동산매매계약서에는 청구인이 정○○으로부터 쟁점부동산(대지 약400평 및 건물 약60평 2개동)을 296,000,000원(1995.5.30. 계약금 50,000,000원, 잔금 246,000,000원은 토지등기완료시 지급)에 취득한 것으로 되어 있고, 2006년 3월 정○○이 작성하였다는 거래사실확인서에는 1995.5.29. 쟁점부동산을 청구인에게 296,000,000원(계약금 50,000,000원, 잔금 246,000,000원을 지급하기로 하고, 토지 및 건물가액 구분은 없음)에 양도하였다고 기재되어 있으며, 쟁점부동산의 취득당시 청구인이 영위한 사업장(○○정공)의 장부(계정별원장인 건설가계정)에는 쟁점부동산 취득과 관련하여 1995.5.30. 공장신축계약금 50,000,000원, 1995.7.6. 공장신축부지 중도금 200,000,000원, 1995.10.10. 공장신축부지 잔금 51,550,000원{청구인의 외환은행예금통장(계좌번호 000-00-00000-0)에는 1995.10.5. 인출된 것으로 되어 있음}을 각각 지급한 것으로 되어 있으며, 쟁점부동산을 333,294,300원(토지 179,856,143원, 건물 153,438,157원)에 취득한 것으로 계상하고 있다. 쟁점부동산의 양도당시 실지거래가액에 대하여 살펴보면, 2001.5.10. 청구인이 쟁점부동산의 양도소득세를 실지거래가액에 의하여 결정하여 달라고 경정청구시 제출한 검인계약서(계약일자 2001.3.29)에는 240,000,000원(2001.3.29. 계약금 40,000,000원, 2001.4.14. 잔금 200,000,000원)으로 기재되어 있고, 쟁점부동산을 취득한 권○○이 은행대출시 제출한 부동산매매계약서(계약일자 2001.3.29)에는 부동산중개업자가 없이 당사자 간에 290,000,000원(2001.3.29. 계약금 30,000,000원, 2001.4.13. 중도금 60,000,000원과 잔금 200,000,000원을 지급하기로 하고, 토지 및 건물가액 구분은 없음)에 거래한 것으로 각각 기재되어 있으며, 청구인의 기업은행예금통장(계좌번호 000-000000-00-000)에는 2001.4.13. 60,000,000원, 2001.4.14. ○○실업대출금에서 199,996,966원이 각각 입금된 것으로 되어 있으며, 2001.3.29. 권○○이 작성한 거래사실확인서에는 청구인으로부터 쟁점부동산을 240,000,000원에 양수하였다고 기재되어 있다. 또한, 건축물대장 및 토지대장, 등기부등본을 살펴보면, 쟁점부동산 취득당시 신축중인 건물은 1994.12.27. 건축허가가 난 것으로 되어 있으며, 토지에 대한 개별공시지가는 취득당시인 1995년도에는 지목이 답(畓)으로 1제곱미터당 11,300원이었으나 공장용지로 지목변경(1995.9.12.) 후인 1996년도에는 1제곱미터당 168,000원으로 급상승하였으며, 양도당시인 2001년도에는 1제곱미터당 130,000원으로 오히려 지가가 내린 것으로 되어 있으며, 토지등기부등본에는 쟁점부동산중 토지에 대하여는 1995.6.29. 소유권이전등기를 한 것으로 되어 있다.

(2) 한편, 양도소득세 결정 관련법령인 소득세법 제114조 및 같은 법 시행령 제176조의 2, 같은 법 시행규칙 제85조의 2의 규정을 살펴보면, 부동산 양도차익의 계산은 기준시가로 계산하는 것이 원칙이나, 확정신고일까지 부동산매매계약서 등 실지거래가액 증빙서류를 제출하는 경우 실지거래가액으로 계산하며, 양도당시의 실지거래가액이 확인되는 경우 취득가액도 매매사례가액, 감정가액, 환산가액으로 실지거래가액을 계산하여 양도차익을 계산할 수 있으며, 실지거래가액의 진위여부를 판정함에 있어서 부동산의 감정 ∙ 평가에 관한 학식과 경험이 풍부한 자에게 자문을 구할 수 있도록 규정하고 있다.

(3) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때, 쟁점부동산 취득당시 건물을 신축중인 것을 취득한 점으로 보아 토지의 지목이 공부상에는 답(畓)으로 되어 있었지만 사실상의 지목은 공장용지로 보여지며, 개별공시지가의 경우에도 공장용지로 변경된 1996년도에는 1제곱미터당 168,000원이었으나 양도당시인 2001년도에는 1제곱미터당 130,000원으로 오히려 지가가 내린 사실 등으로 보아 취득가액보다 양도가액이 더 적다는 청구인의 주장이 어느 정도 타당성이 있는 점도 있으나, 취득당시 부동산매매계약서 및 양도자 정○○의 거래사실확인서에서 실지거래가액이 296,000,000원이라고 주장하고 있으나 청구인이 운영하는 태석정공의 장부상에는 333,294,300원(토지 179,856,143원, 건물 153,438,157원)으로 취득한 것으로 계상되어 있고, 토지의 경우 1995.6.29. 소유권이전등기가 되었으나 잔금은 그 이후인 1995.7.6. 200,000,000원 및 1995.10,5. 51,550,000원을 지급한 것으로 되어 있어 쟁점부동산의 취득당시 실지거래가액이 296,000,000원이라고 단정하기 어렵고, 양도당시 실지거래가액의 경우에도 검인계약서에는 240,000,000원, 취득자인 권○○이 보관하고 있다는 부동산매매계약서에는 290,000,000원으로 작성되어 있을 뿐만 아니라 권○○은 쟁점부동산을 240,000,000원에 취득하였다고 확인하고 있는 점 등으로 보아 양도당시 실지거래가액 역시 290,000,000원이라고 단정하기 어렵다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.