재건축아파트의 장기보유공제 기간은 사업계획승인일을 기준함

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1993.3.4. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 22 ○○-○○호(이하 “기존주택”이라 한다)가 재건축조합에 편입되어 2003.2.8. 재건축사업계획승인을 받게 됨에 따라 조합원의 자격으로 ○○시 ○○구 ○○동 22 ○○-○○호의 분양받을 권리(이하 “쟁점입주권”이라 한다)를 취득한 자로, 쟁점입주권을 2006.1.26. 양도하고 2006.2.27. 양도소득세 과세표준을 예정신고하면서 주택취득일로부터 사업계획승인일까지의 기간에 대하여만 장기보유특별공제율(15%)를 적용하여 양도소득세 162,817,580원을 신고납부하였다가, 2006.3.31. 주택취득일로부터 쟁점입주권양도일까지의 기간에 대하여 장기보유특별공제율(30%)을 적용하여 양도소득세 24,367,310원의 환급을 구하는 경정을 청구하였다.
• 나. 처분청은 쟁점입주권 양도에 따른 자산양도차익 산정시 장기보유특별공제는 소득세법 제95조 제2항 및 소득세법시행령 제166조 의 규정에 의하여 양도차익 전체를 기존주택과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익으로 구분한 후 기존주택에 대하여만 장기보유특별공제를 하고, 보유기간도 기존주택의 취득일(1993.3.4.)부터 쟁점입주권의 양도일(2006.1.26)이 아닌 사업계획승인일(2003.2.8.)까지로 보아 5년 이상 10년 미만에 해당하는 공제율(15/100)를 적용하는 것이라 하여 2006.5.11. 청구인에게 경정청구를 거부처분하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.7.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2006년부터는 입주권도 주택수 계산에 포함하여 양도소득세를 과세하고 있으므로 쟁점입주권 양도의 경우에도 기존주택 취득일로부터 쟁점입주권 양도일까지의 보유기간을 계산하여 장기보유특별공제율(30%)을 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 2005.12.31.자로 개정된 소득세법 개정내용을 살펴보면, 소득세법 제104조 제1항 각 호에서 주택양도시 조합원의 입주권도 주택수 계산에 포함하여 중과세율을 적용하도록 개정되었으나, 부동산을 취득할 수 있는 권리에 대한 과세 및 장기보유특별공제 관련 규정은 종전과 동일한 바, 소득세법시행령 제166조 에 의하면 재건축조합원이 그 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우, 그 조합원의 양도차익은 기존주택부분 양도차익과 부동산을 취득할 수 있는 권리부분의 양도차익으로 구분하여 계산하도록 규정하고 있고, 소득세법 제95조 제2항 에 의하면 장기보유특별공제대상은 토지와 건물(미등기 양도자산 제외)로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것으로 규정하고 있으므로 부동산을 취득할 수 있는 권리는 그 대상이 아니며, 보유기간의 계산도 부동산을 취득할 수 있는 권리부분의 보유기간은 제외하여야 하므로, 기존주택의 취득일로부터 쟁점입주권의 양도일까지 장기보유특별공제대상으로하여 장기보유특별공제율을 적용하여 달라는 경정청구를 받아들이지 아니한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 재건축아파트 입주권을 사업계획승인일 이후에 양도한 것에 대하여 장기보유특별공제 대상을 기존주택의 양도차익만으로 하고 그 공제율도 기존주택의 보유기간에 해당하는 비율만 적용하여 장기보유특별공제를 한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리 (2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】 ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액” 이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익” 이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액” 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30(단서 생략) (3) 소득세법시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】⑰ 법 제89조 제2항 본문의 규정에 따른 조합원입주권(이하 “조합원입주권”이라 한다)을 1개 소유한 1세대 [ 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다] 가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대1주택으로 본다. 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 1년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다.

1. 양도일 현대 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우 (4) 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] + [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비]

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. 취득일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 기존건물과 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가 그 부수토지 × ———————————————————————— 의 평가액 관리처분계획인가일 또는 사업시행인가일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점입주권의 양도차익 전체를 장기보유특별공제 대상으로 하고 장기보유특별공제율도 기준주택의 취득일부터 쟁점입주권의 양도일까지의 보유기간에 해당하는 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다고 주장하고 있는 반면, 처분청은 기존주택의 양도차익만을 대상으로 하고 장기보유특별공제율도 기존주택의 보유기간(취득일~사업계획승인일)에 해당하는 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(2) 청구인이 1993.3.4. 기존주택을 취득하였고, 2003.2.28. 기존주택에 대한 재건축사업계획이 승인되었으며, 청구인은 2006.1.26. 배정받은 쟁점입주권을 양도한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 서로 다툼이 없다.

(3) 청구인은 2005.12.31. 세법개정으로 소득세법 제104조 제1항 각호에서 주택 양도시 조합원 분양권도 주택수 계산에 포함하여 중과세율을 적용하도록 개정되었다는 점을 들어 입주권 양도의 경우에도 주택 양도의 경우와 동일하게 취급되어야 한다고 주장하고 있으나, 부동산을 취득할 수 있는 권리에 대한 과세 및 장기보유특별공제 관련 규정은 종전과 동일하며, 소득세법 시행령 제155조 제17항 의 규정에 따라 재건축승인일 현재 1세대1주택 요건을 충족한 조합원이 입주권 양도시 다른 주택이 없는 경우에 입주권을 주택으로 의제하는 것이나 청구인은 재건축승인일 현재 1세대1주택 요건을 갖추지 못하였으므로 청구주장은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

(4) 이 건 과세요건 성립당시 소득세법 관련규정을 살펴보면, 소득세법시행령 제166조 에 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 기존주택의 양도차익과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익으로 구분하여 계산하도록 규정하고 있고, 소득세법 제95조 제2항 에 장기보유특별공제 대상은 토지 및 건물로 규정하고 있어 부동산을 취득할 수 있는 권리는 해당하지 아니하는 것으로 보이므로 장기보유특별공제율도 기존주택의 보유기간에 대한 장기보유특별공제율이 적용되어야 하는 것으로 판단된다.

(5) 그러므로 처분청이 쟁점입주권의 양도에 대하여 기존주택의 양도차익과 부동산을 취득할 수 있는 권리로 양도차익을 구분하여 계산한 후 기존주택의 양도차익만 장기보유특별공제 대상으로 하고, 장기보유특별공제율도 기존주택의 보유기간(취득일부터 사업계획승인일까지)에 해당하는 장기보유특별공제율을 적용한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(국심2004서2375, 2004.9.24. 같은 뜻임).

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.