사업손실준비금 손금산입 정당여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 1983.10.6. 설립되어 1996.1.3. 한국증권업협회에 등록한 음향영상기기 제조업을 영위하는 법인으로, 2004사업년도(2003.10.1.~2004.9.30.)에 대한 법인세 신고시 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제8조의 2의 규정에 의하여 사업손실준비금 1,500백만원(이하 “쟁점사업손실준비금”이라 한다)을 세무조정으로 손금산입하여 법인세신고를 하였다. 처분청은 청구법인이 한 법인세신고에 대하여 검토한 결과, 2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 조특법 제8조위 2의 규정을 적용함에 있어 개정법 시행일(2001.1.1.) 당시 이미 한국증권업협회에 등록되어 있는 중소기업 법인은 조특법 부칙 제31조의 규정에 의하여 2001.1.1.에 등록된 것으로 보아 2001.1.1.이 속하는 사업연도와 그 후 2년 이내에 종료하는 과세연도(2001.10.1.~2003.9.30.)까지만 사업손실 준비금을 손금산입할 수 있다고 보아 청구법인이 2004사업년도(2003.10.1.~2004.9.30)에 손금산입한 쟁점사업손실준비금을 손금부인하여 2006.5.16. 청구법인에게 2004사업년도 법인세 545,875,420원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.7.3. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 구 조특법 제8조의 2의 규정에 의하여 2001사업연도(2000.10.1.~2001.9.30.)에 사업손실준비금을 손금산입하였는 바, 이는 구 조특법에 의하여 손금산입한 것이고 2001사업연도(2000.10.1.~2001.9.30.)에는 개정법 제8조의 2의 규정에 의하여 사업손실준비금을 손금산입 할 수 없으며, 개정법 부칙 제2조 제1항에서 ‘이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도부터 적용한다’고 규정하고 있으므로 개정법 시행령(2001.1.1.) 이후 최초로 개시하는 과세연도부터 동 개정규정을 적용하여야 하며, 사업연도가 1.1.~12.31.이 아닌 청구법인의 경우 2001사업연도(2000.10.1.~2001.9.30.)에는 공 개정규정을 적용할 수 없으며, 청구법인이 2001.1.1. 상장한 것으로 보아 동 개정규정을 적용하더라도 2001사업연도에는 개정법 부칙에 의하여 사업손실준비금을 설정 할 수 없다. 또한 조특법 제8조의 2 제1항 본문에서 규정한 등록일이 속하는 과세연도와 그 다음연도 2개년은 결국 3년간 손금산입 할 수 있다는 것이고, 동 규정을 2000.12.29. 개정하면서 2001.1.1. 현재 등록된 법인의 경우 같은 날에 등록한 것으로 보도록 하여 12월말 법인의 경우 3년간 손금산입이 가능하나 9월말 법인의 경우 2년 밖에 손금산입 할 수 없도록 하는 불공평이 발생하게 되는 바, 중소기업으로서 협회등록에 대한 조세지원정책이 12월말 법인과 9월말 법인을 차별할 이유가 없음에도 문언적 해석에 의하여 9월말 법인에만 조세지원을 제한하는 것은 평등의 원칙에도 위배되므로 부당하며, 개정법 제8조의 2 제1항의 본문에서 사업손실준비금에 대하여 3년간 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있으므로 청구법인이 개정법 시행일 이후 3년간의 사업연도(2001.10.1.~2004.9.30.)에 사업손실준비금을 손금산입 한 것은 정당함에도 처분청이 쟁점사업손실준비금을 손금부인 한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 협회등록중소기업 등에 대한 사업손실준비금의 손금산입에 대한 규정인 조특법 제8조의 2의 규정은 2000.12.29. 개정되었는 바, 같은 법 부칙 제31조의 경과조치에 따라 개정법 시행일(2001.1.1.) 당시 이미 한국증권업협회에 등록되어 있는 중소기업 법인은 2001.1.1.에 등록한 것으로 보아 2001.1.1.이 속하는 사업연도와 그 후 2년 이내에 종료하는 과세연도(2001.1.1.~2003.9.30.)까지 사업손실준비금을 손급산입 할 수 있고, 청구법인의 경우 사업손실준비금에 대하여 개정규정 시행일이 속하는 사업연도(2000.10.1.~2001.9.30.)와 그 후 2년(2001.10.1.~2003.9.30.)의 과세연도가 경과하여 2004사업연도(2003.10.1.~2004.9.30.)에 는 사업손실준비금을 손금에 산입할 수 없는 것이므로 청구법인이 2004사업연도에 손금산입한 쟁점사업손실준비금을 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 2004사업연도(2003.10.10.~2004.9.30.)에 손금산입한 쟁점사업손실준비금을 2001.12.29. 법률 제6297호로 개정된 조특법 제8조의 2 제1항에 대한 부칙 제31조 경과규정을 적용하여 손금불산입한 처분의 당부
• 나. 관련법령 〇 구 조세특례제한법 제8조 의 2(1999.8.31. 법률 제5996호로 개정된 것) 【협회등록중소기업에 대한 사업손실준비금의 손금산입】

① 증권거래법 제172조 의 2의 규정에 의하여 한국증권업협회에 등록된 중소기업(이하 이 조에서 “협회등록중소기업”이라 한다)이 사업손실을 보전할 목적으로 준비금(이하 이 조에서 “사업손실준비금”이라 한다)을 손금으로 계상한 때에는 당해 사업연도의 소득금액의 100분의 50의 범위안에서 이를 손금에 산입한다.(1999.8.31. 신설)

② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 사업손실준비금은 그 후 사업연도에 법인세법 제14조 제2항 의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 당해 결손금과 상계하여야 하며, 상계후 잔액은 손금에 산입한 사업연도 종료일부터 5년이되는 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 협회등록중소기업이 한국증권거래소에 주권을 상장하는 경우에는 당해 사업연도 종료일 현재 사업손실금 잔액을 전액 익금에 산입하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 사업손실준비금에 관한 명세서를 제출하여야 한다. 〇 구 조세특례제한법 부칙 제1조 【시행일】 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 〇 제3조 【준비금 등에 관한 적용례】

① 제8조의 2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다. 〇 조세특례제한법 제8조 의 2(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 것) 【주권상장중소기업 또는 협회등록중소기업에 대한 사업손실준비금의 손급산입】

① 증권거래법에 의한 한국증권거래소에 당해 기업의 주권을 2002년 12월 31일까지 상장한 중소기업(이하 이 조에서 “주권상장중소기업”이라 한다) 또는 한국증권업협회에 2002년 12월 31일까지 등록한 중소기업(이하 이 조에서 “협회등록중소기업”이라 한다)이 사업손실을 보전할 목적으로 준비금(이하 이 조에서 “사업손실준비금” 이라 한다)을 손금으로 계상한 때에는 당해 상장일 또는 등록일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 2년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 과세연도의 소득금액의 100분의 30의 범위안에서 이를 손금에 산입한다. 이 경우 협회등록중소기업이 주권상장중소기업으로 되거나 주권상장중소기업이 협회등록중소기업으로 되는 때에는 협회등록중소기업 및 주건상장중소기업으로서 사업손실준비금을 손금산입할 수 있는 과세연도는 합산하여 3과세연도 이내로 한다.(200.12.29. 개정)

② 구 법가 같음

③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 주권상장중소기업이 상장이폐지(협회등록중소기업으로 전환하기 위하여 폐지되는 경우를 제외한다)되거나 협회등록중소기업의 등록이 취소(주건상장중소기업으로 전환하기 위하여 취소되는 경우를 제외한다)되는 경우에는 당해 사업연도 종료일 현재 사업손실준비금 잔액을 전액 익금에 산입하여야 한다.

④ 구 법과 같음 〇 조세특례제한법시행령 제7조 의 2 【주권상장중소기업 또는 협회등록중소기업에 대한 사업손실준비금의 손금산입】 법 제8조의 2 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 사업손실준비금명세서를 제출하여야 한다. 〇 조세특례제한법 부칙 제2조 【일반적 적용례】

① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다. 〇 제31조 【사업손실준비금의 손금산입에 관한 경과조치】 이 법 시행당시 한국증권거래소에 주식을 상장하거나 한국증권업협회에 등록한 중소기업은 이 법 시행일에 상장 또는 등록한 것으로 보아 제8조의 2의 개정규정을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 19996.1.3. 한국증권협회에 등록된 중소기업 법인이며, 2004사업연도(2003.10.1.~2004.9.30.) 법인세 신고시 조특법 제8조의 2의 규정에 의하여 쟁점사업손실준비금 1,500백만원을 손금산입하여 법인세신고를 한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 쟁점사업손실준비금에 대하여 2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 조특법 제8조의 2 및 부칙 제2조제31조의 규정을 적용함에 있어 처분청은 개정법 시행일(2001.1.1.) 당시 이미 한국증권업협회에 등록되어 있는 청구법인은 2001.1.1.에 등록된 것으로 보아 2001.1.1.이 속하는 사업연도(2000.10.1~2001.9.30.)와 그 후 2년 이내에 종료하는 과세연도(2001.10.~2003.9.30)까지만 사업손실준비금의 손금산입이 가능하다고 보았으나 청구법인은 개정법 제8조의 2 제1항 본문에서 3년ㄱ산 사업손실준비금을 손금산입할 수 있도록 규정하고 있고, 개정법 부칙 제2조 제1항에서 ‘이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도부터 적용한다’고 규정하고 있으므로 개정법 시행일(2001..1.1.) 이후 최초로 개시하는 과세연도부터 동 개정규정을 적용하여야 하므로 사업연도가 1.1~12.31.이 아닌 청구법인의 경우 2001사업연도(2000.10.1~2001.9.30)에는 동 개정규정을 적용할 수 없으므로 개정법 시행일 이후 3년간의 사업연도(2001.10.1~2004.9.30)에 사업손실준비금을 손금산입할 수 있다고 주장하고 있다.

(3) 1999.8.31. 법률 제5996호로 신설된 구 조특법 제8조의 2는 협회등록중소기업은 사업손실준비금을 손금산입 할 수 있다고 규정하고 조특법 부칙 제3조에서 동 규정의 시행일이 속하는 과세연도부터 적용한다고 규정하였으며 사업손실준비금을 손금산입 할 수 있는 사업연도에 대한 제한이 없었으나, 2000.12.29. 법률 제6297호로 조특법 제8조의 2를 개정하면서 한국증권업협회에 2002.12.31.까지 등록한 협회등록중소기업이 사업손실준비금을 손금으로 계상할 때에는 당해 등록일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 2년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 과세연도의 소득금액의 100분의 30의 범위안에서 이를 손금에 산입한다고 규정하고 개정법 부칙 제31조(사업손실준비금의 손금산입에 관한 경과조치)에서 이 법 시행 당시 한국증권업협회에 등록한 중소기업은 이 법 시행일에 등록한 것으로 보아 제8조의 2의 개정규정을 적용한다고 규정하고 있는 바, 개정된 조특법 제8조의 2의 규정에 대헤 개정법 부칙 제31조에서 그 경과조치에 대하여 별도로 규정하고 있으므로 동 부칙 제31조는 부칙 제2조(일반적인 적용례)보다 먼저 적용되어야 할 것이고, 청구법인은 개정법 시행일(2001.1.1.)이전에 한국증권업협회에 등록한 것으로 보아 동 제8조의 2를 적용하여야 하고, 동 제8조의 2 제1항의 본문에서 ‘등록일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 2년 이내에 종료하는 과세연도까지 사업손실준비금을 손금산입할 수 있다’고 규정하고 있으므로 사업연도가 1.1.~12.31.이 아닌 청구법인의 경우 등록일이 속하는 과세연도(2000.10.1.~2001.9.30.)와 그 다음 2년의 과세연도(2001.10.1.~2003.9.30.)까지만 사업손실준비금을 손금산입 할 수 있다고 보아야 할 것이다. 따라서, 청구법인은 2004사업년도(2003.10.1.~2004.9.30.)에는 사업손실준비금을 손금산입 할 수 없으므로 청구법인이 2004사업연도(2003.10.1.~2004.9.30.)에 손금산입한 쟁점사업손실준비금을 손금불산입한 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.