조세특례제한법상 감면규정과 소득세법상 1세대1주택 비과세 규정을 동시에 적용할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2006.5.1. 청구인에게 한 2005년 귀속분 양도소득세 15,199,680원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 2005.7.29. 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○○ ○○○○○아파트 ○○○동 ○○○○호(○○아파트 재건축분으로 전용면적 105.989㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도하고, 실지거래가액으로 양도소득세를 계산하면서 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항의 규정에 의한 양도소득세 감면대상이면서 동시에 1세대1주택 비과세 대상인 고가주택에도 해당한다 하여, 양도가액 6억 원까지는 비과세하고, 6억 원을 초과하는 양도가액에 대한 양도차익 및 산출세액을 산정하여 양도소득세 15,199,680원에 대한 양도소득세를 감면신청 하였고, 양도소득세 감면세액에 대한 농어촌특별세 3,039,930원을 신고납부 하였다. 처분청은 쟁점주택이 소득세법 제89조 제3호 의 1세대1주택 비과세 요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 규정에 의한 감면대상에 해당하지만 동 규정들을 동시에 적용할 근거가 있지 아니하다 하여 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 의한 청구인의 양도소득세 감면신청을 배제하여 2006.5.1. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 15,199,680원을 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.6.8. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법상 1세대 1주택 요건을 갖춘 주택의 양도가액이 6억원을 초과하는 경우에 양도가액 6억 원까지는 납세의무가 없는 비과세이므로 세액계산을 하지 않고 양도가액 6억 원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 대한 양도소득세를 계산하여 신고 납부하는 것이고, 조세특례제한법상 양도소득세 감면은 양도소득세 산출세액이 계산되어야 한다는 전제조건하에서 적용되기 때문에 1세대1주택으로서 고가주택인 쟁점주택에 대한 농어촌특별세는 6억 원을 초과하는 양도차익에 대한 산출세액을 양도소득세 감면세액으로 보아 농어촌특별세를 계산하여야 하는 것이며, 소득세법상 1세대1주택 비과세대상인 고가주택에 대한 비과세와 조세특례제한법상 신축주택에 대한 감면을 중복하여 적용할 수 없다는 명문의 규정이 없다. 나. 처분청 의견 쟁점주택은 소득세법 제89조 제3호 의 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조 의 3의 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례규정이 동시에 적용되는 신축주택에 해당하지만 국세청의 해석(법규 과-598, 2006.2.17)과 같이 양도소득금액 계산 시는 중복적용이 불가한 것으로 판단되므로 쟁점주택의 양도에 대하여 양도가액 6억 초과분에 해당하는 고가주택 양도차익을 계산하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점주택이 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조 의 3 규정에 의한 신축주택에 해당하는 경우, 조세특례제한법상 감면규정과 소득세법상 1세대1주택 비과세 규정을 동시에 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제99조의3 (2002.12.11.법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다.). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득 기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득 기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택이 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 조세특례제한법 제99조의3 (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택이 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 조세특례제한법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제29조 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】

① 이 법 시행 전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 소득세법 제89조 (2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 것)【비과세 양도소득】 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세” 라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 농어촌특별세법 제5조 【과세표준과 세율 】① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호별 과세표준 세율 1 조세특례제한법ㆍ 관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면세액(제2호의 경우를 제외한다) 100분의20

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2005.7.29. 양도한 쟁점주택은 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의한 1세대 1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 규정에 의하여 양도소득세 감면대상이 되는 신축주택에 해당하는 것에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 소득세법상 1세대 1주택 요건을 갖춘 주택이 양도가액이 6억 원을 초과하는 경우에 양도가액 6억 원까지는 양도소득세 납세의무가 없는 비과세이므로 양도가액 6억 원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 대한 양도소득세를 계산하고, 동 양도소득세를 감면세액으로 하여 농어촌특별세를 과세하여야 한다는 주장인 반면, 처분청은 소득세법 제89조 제3호 의 1세대1주택 비과세요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법 제99조의3 의 규정에 의하여 양도소득금액을 계산하는 때에는 소득세법 및 조세특례제한법상의 2개 법조항을 동시에 적용하지 않고 납세자에게 세 부담이 유리한 방법을 선택하여 적용하는 것이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 농어촌특별세법 제3조 제1호 에서는 “제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면을 받은 자”를 농어촌특별세 납세의무자로 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항은 『 “감면”이라 함은 조세특례제한법ㆍ 관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말 한다』라고 규정한데 이어 그 제1호에서 “비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제”를 감면의 하나로 규정하고 있다. (나) 조세특례제한법 제99조의3 제2항 에서는 신축주택을 감면함에 있어 양도소득금액을 같은 법 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산하도록 규정하고 있고, 같은 법 제40조 제1항에서는 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액이라고 규정하고 있고, 소득세법 제95조 제1항 에서는 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비 및 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다. (다) 소득세법 제89조 제3호 및 소득세법 시행령 제156조 제1항 에서는 1세대 1주택인 경우에도 양도가액이 6억 원을 초과하는 주택을 제외하고는 양도소득세를 과세하지 않는다고 규정하고 있고, 소득세법 제95조 제3항 및 소득세법 시행령 제160조 에서는 1세대 1주택인 고가주택에 대하여는 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 불구하고 별도로 양도소득금액 계산방법을 규정하고 있다. (라) 이상의 관련 법령을 종합하여 살펴보면, 농어촌특별세는 조세특례제한법상 감면을 받는 소득세 또는 법인세 등을 과세표준으로 하고 있고, 소득세법상 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 이 건의 경우 조세특례제한법 제99조의3 의 규정에 의한 감면대상 양도소득은 소득세법 시행령 제95조 제3항 및 소득세법 시행령 제160조 의 규정에 의하여 계산된 양도가액 6억 원을 초과하는 부분이라 할 것이므로, 양도가액 6억을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 대한 양도소득세를 이 건 농어촌특별세의 과세표준으로 해야 한다는 청구인의 주장은 타당하므로 처분청이 청구인의 양도소득세 감면신청을 배제하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.