청구법인을 비영리 법인으로 볼 수 있는지 여부 등

000세무서장이 청구법인에게 200.3.8. 부과한 2000사업연도 법인세 74,033,980원과 2006.4.3. 부과한 법인세 2001사업연도 99,070,120원, 2002사업연도 127,340,760원, 2003사업연도 148,924,520원 및 2004사업연도 157,008,440원의 처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 1995.12.12. 지방공기업법 제76조 및 00시설관리공단설치 및 운영에 관한 조례에 의거 00시가 전액출자하여 설립된 법인으로서, 2000~2004사업연도 과세기간 중 조세특례제한법 제106조 제1항 에 따라 부가가치세 면제대상인 00시의 시설물에 대한 관리용역을 제공하고 받은 사업비 2000년 7,131,146,000원, 2001년 9,531,733,000원, 2002년 12,314,930,000원, 2003년 14,313,428,000원 및 2004년 15,173,838,000원(이하 “쟁점사업비”라 한다)과 그 정산반환금 2000년 272,252,020원, 2001년 315,279,288원, 2002년 419,146,988원, 2003년 579,024,091원 및 2004년 527,006,590원(이하 “쟁점사업비”라 한다)과 그 정산반환금 2000년 272,252,020원, 2001년 315,279,288원, 2002년 419,146,988원, 2003년 579,024,091원 및 2004년 527,006,590원(이하 “정산반환금”이라 한다.)에 대해 계산서를 교부한 사실이 없다. 처분청은 청구법인이 00시로부터 지급받은 쟁점사업비와 그 정산반환금이 계산서 및 수정계산서 교부대상에 해당하는 것으로 보아 쟁점사업비와 정산반환금의 1%에 상당한 금액을 가산세로 하여 청구법인에게 2000사업연도 법인세 74,033,980원은 2006.3.8.에, 2001사업연도 99,070,120원, 2002사업연도 127,340,760원, 2003사업연도 148,924,520원 및 2004사업연도 157,008,440원은 2006.4.3.에 각각 결정고지하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2006.5.30. 이 건 심판청구을 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 법인세법 제1조 제2호 나목에서 규정하고 있는 특별법인 지방공기업법 제76조 에 의하여 설립되었고, 민법 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인으로서 이익배당을 할 수 없으며, 잉여금이 00시의 회계에 납입되므로 비영리법인에 해당한다.

(2) 청구법인은 00시가 수행하여야 할 업무를 단순대행하고 있고, 쟁점사업비의 집행잔액은 정산․반납되므로 대행사업외의 목적으로 사용할 수 없으며, 위탁대행사업의 모든 수익이 최종적으로 00시에 귀속되는 바, 청구법인의 위탁대행사업은 사실상 비영리법인의 고유목적사업인 비수익사업을 수행하고 있다고 보는 것이 타당하다. 따라서 쟁점사업비를 용역의 공급대가로 볼 수 없음에도 계산서미교부가산세를 부과한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 법인세법 제1조 제2호 나목에서 규정하고 있는 비영리법인으로서 청구법인이 00시에 제공한 위탁대행사업의 용역은 청구법인의 고유목적사업이지 수익사업이 아니므로 법인세법 제76조 제9항 본문에서 규정하고 있는 “대통령령이 정하는 법인”에 해당된다고 주장하고 있다. 그러나 청구법인과 동일한 방식으로 사업을 영위하는 00시 주차시설관리공단과 관련된 대법원 판례(98두9301, 2000.7.7.)에서 보듯이 아무리 쟁점사업비가 00시 소유의 시설물 관리를 위한 실비변상적인 금액에 불과하더라도 이는 용역을 제공하고 받은 대가에 해당되므로 수익사업의 범위에 포함된다.

(2) 청구법인은 쟁점사업비에 대한 배타적 사용․수익권이 없으므로 법인세법 제21조 제1항 에서 명시하고 있는 계산서 교부대상 용역에 해당하지 않는다고 주장하나, 쟁점사업비는 청구법인이 00시에 용역을 제공하고 지급받는 대가가 확실하고, 통상적인 위․수탁계약 및 도급계약 등에 있어서도 위탁의 범위 및 시행에 관하여는 수탁자가 위탁자의 지휘감독을 받는 것이므로 청구법인이 00시에 용역제공의 대가로 수령하는 쟁점사업비는 법인세법 제121조 에서 규정하고 있는 용역의 제공에 해당하는 바, 계산서미교부가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 청구법인을 비영리법인으로 볼 수 있는지 여부

(2) 청구법인이 비영리법인에 해당하는 경우, 00시시설물관리용역의 제공에 따른 쟁점사업비 및 그 정산반환금을 수익사업과 관련되지 아니한 것으로 보아 가산세의 적용을 배제할 수 있는지 여부.

• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 조세특례제한법 제106조 [106조 부가가치세의 면제 등]

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2006년 12월 31일까지, 제4호의2의 규정은 2005년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다.

6. 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

○ 조세특례제한법시행령 제106조 [106조 부가가치세의 면제 등]

⑥ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다.

22. 지방공기업법 제76조 의 규정에 의하여 설립된 지방공단

○ 법인세법 제1조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. "비영리내국법인"이라 함은 내국법인중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다.

• 가. 민법 제32조 의 규정에 의하여 설립된 법인
• 나. 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주·사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인을 제외한다)
• 다. 국세기본법 제13조제4항 의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)

○ 법인세법 제3조 [과세소득의 범위]

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. 소득세법 제16조제1항 각호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익

3. 소득세법 제17조제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금

4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것

○ 법인세법 제76조 [과세소득의 범위]

⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다.

1. 제121조제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

○ 법인세법시행령 제120조 [가산세의 적용]

② 법 제76조제5항 및 제9항에서 "대통령령이 정하는 법인"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 법인을 말한다. [개정 2000·12·29]

2. 비영리법인(제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련된 부분은 제외한다)

○ 법인세법시행령 제121조 [계산서의 작성․교부 등]

① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인을 비영리법인으로 볼 수 있는지의 여부에 대하여 본다. (가) 청구법인은 1995.12.12. 지방공기업법 제76조 및 00시시설관리공단설치 및 운영에 관한 조례에 의하여 00시가 전액을 출자해 설립된 법인으로서 00시장이 지정하는 시설물의 관리․운영을 대행하는 사업을 영위하면서 00시로부터 주차관리 등 대행사업별로 사업비를 수령․집행하고 매년 12.31. 기준으로 잔액을 00시에 반납하고 있는 점에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (나) 법인세법 제1조 제2호 를 보면 “비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 민법 제32조 의 규정에 의하여 설립된 법인 및 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진법인으로 규정하면서 그 주주․사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다고 규정하고 있다. (다) 00시시설관리공단설치 조례 제24조를 보면 잉여금을 00시 세입에 납입하도록 규정하고 있으나, 청구법인의 경우는 지방공기업법의 지방공사 관련규정을 대부분 준용하면서도 주주권 행사, 손익금 처리, 상법 준용규정 등을 준용대상에서 제외하여 영리성을 배제하고 있음을 알 수 있고, 또한 자본금을 00시가 전액 출자하도록하고 있어 잉여금을 100% 출자자인 00시 세입에 납입(정관 제31조)하는 것과 영리법인이 경영성과를 출자비율에 따라 출자자에게 분배하는 것과를 동일시하기는 어렵다 할 것이다. (라) 그러하다면 청구법인의 경우 설립근거인 지방공기업법에서 주주권 행사나 손익금 처리규정 등의 준용을 배제하고 있고, 잉여금 전부를 출자자인 00시에 반납하고 있는 점 등을 감안할 때, 청구법인을 법인세법 제1조 제2호 의 규정에 의한 비영리법인에 해당하는 것으로 봄이 타당한 것으로 판단된다.(재정경제부 예규 법인세제과-252, 2006.3.30. 같은 뜻).

(2) 다음으로 비영리법인인 청구법인이 00시시설물의 관리․운영 용역 제공과 관련하여 수령한 쟁점사업비 및 그 정산반환금이 수익사업과 관련되지 않은 것으로 보아 계산서 미교부에 따른 가산세의 적용을 배제할 수 있는지 여부에 대해 본다. (가) 청구법인의 정관 및 결산보고 등을 보면 청구법인은 00시장이 지정하는 시설물의 효율적 관리를 통하여 시민의 복지 증진에 기여함을 목적으로 하고, 00시로부터 위탁받은 대행사업(2004사업연도의 경우는 주차관리, 체육시설 관리, 문예회관 관리, ○○아트홀 관리, 중앙 지하도 상가 관리, 농수산물 도매시장내 냉동․제빙동 관리, 지하차․보도 및 가로․보안 관리)을 수행하는 것으로 되어 있는데, 동 대행사업은 시설물의 사용․수익자에게 일정액의 수수료를 00시의 조례에 따라 징수하여 00시의 세입으로 처리하는 사업과 수수료의 징수없이 편성된 예산의 집행을 대행하는 사업(지하차․보도 및 가로․보안 관리 업무)로 구분할 수 있으며, 그 대행사업의 수행에 따른 수입(각종 수수료, 입장료 등)은 청구법인에게 귀속되는 것이 아니라 익일 오전까지 00시의 세입으로 입금되며 소요 경비는 사업비로서 00시의 예산으로 편성되어 지급받는 것임을 알 수 있다. (나) 청구법인의 결산보고서 및 결정결의서 등에 의하면, 청구법인이 00시와 “위․수탁관리계약”을 체결하고 부가가치세 면제대상인 00시의 시설물에 대한 관리․운영용역 등을 제공하고 수령한 쟁점사업비와 그에 대한 정산반환금은 아래 표와 같으며, 처분청이 쟁점사업비와 그에 대한 정산반환금은 아래 표와 같으며, 처분청이 쟁점사업비와 그 반납액 모두를 계산서 작성․교부 및 제출의무 불이행에 따른 가산세 대상액에 포함시킨 것에 대하여는 다툼이 없다. 처분청은 영리법인에 해당하는 청구법인이 아래 표의 쟁점사업비와 그 반납액에 대한 계산서 또는 수정계산서를 작성하여 교부하지 아니하였다하여 동 금액의 1%에 상당하는 가산세를 적용하여 이 건 과세하였다. (다) 00시로부터 위탁받은 대행사업비에 대한 정산내역서 등에 의하면, 대행사업별로 00시의 세출예산으로 편성․확정된 사업비를 월별로 수령하여 대행사업별 종사직원의 인건비 와 경비에 사용하고 그 잔액(예산집행잔액 및 정산반환금으로 표기)을 매년 말일 기준으로 00시의 회계로 반납하는 것으로 확인되고 있어 대행사업비는 청구 법인의 고유목적사업인 00시시설물의 위탁관리에 따른 운영경비를 보전 받는 것에 불과할 뿐 수익성이 있는 사업으로는 보기 어렵다. (라) 살피건대, 비영리법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 하는 바(대법원2003두12455, 2005.9.9.도 같은 뜻임), 청구법인의 00시시설물의 관리․운영에 따른 수수료뿐만 아니라 대행사업을 위하여 수령한 쟁점사업비에 대한 집행잔액 전액이 00시에 반납되어 동 사업의 모든 수익이 최종적으로 00시에 귀속되므로, 대행사업은 청구법인의 수익사업으로 보기 보다는 비영리법인의 고유목적사업인 비수익사업을 수행하고 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이다. (마) 그러하다면 대행사업의 수행에 따른 수입은 모두 사업의 주체인 00시에 귀속되고 청구법인은 00시를 대신하여 업무를 수행하고 단순히 그 대행사업비를 수령하여 소요경비에 충당한 것으로, 이는 거래사실을 확인하는 과세자료로 활용하여 거래의 정상화나 과세표준의 양성화를 기하기 위한 조세행정상의 협력의무에 불과한 계산서 제도의 취지에 비춰 무리라고 할 것이다. 따라서 거래상대방의 과세근거가 되는 과세자료를 얻기위한 조세행정상의 협력의무인 계산서의 작성․교부대상에 해당하지 아니할 뿐만 아니라 법인세법상 비영리법인이 수익사업을 영위한 것으로도 보기 어려운 이 건의 경우, 처분청이 00시로부터 대행사업비를 수령한 금액을 시설물관리․운영용역에 대한 용역대가라 하여 계산서 교부대상으로 보아 쟁점사업비와 그 정산반환금을 가산세 과세대상으로 하여 과세한 이 건 처분은 부당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.