감면대상 신축주택 해당 여부

○○○세무서장이 2006.6.2 청구인의 경정청구(2006년 귀속 양도소득세 20,353,320원의 환급을 구한 것)를 거부한 처분은 이를 취소한다.

청구인은 남편 고○○○이 1990.10.20 취득한 ○○○ 다가구주택 건물 409.92㎡, 토지 226.2㎡(이하 “양도주택”이라 한다)을 2002.6.28 남편으로부터 증여받아 2006.4.27. 965,000천원에 양도하고, 양도주택 양도당시 보유하고 있던 ○○○(전용면적 111.32㎡이며, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 포함하여 1세대2주택이라고 하여 2006.4.5 실지거래가액에 의한 양도차익의 30%를 장기보유특별공제액으로 공제하여 2006년 귀속 양도소득세 83,642,170원을 예정신고납부한 후, 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조 의 3에 의한 신축주택으로 1세대1주택 판정시 소유주택에서 제외하는 주택에 해당한다고 하여 2006.4.26 양도주택을 1세대1주택(고가주택)으로 보고 양도차익의 45%를 장기보유특별공제액으로 공제하여 양도소득세 20,353,320원을 환급해 달라는 경정청구를 하였다. 처분청은 2006.6.2 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조 의 3의 규정에 의해 소유주택에서 제외하는 신축주택에 해당하지 아니한다고 하여 청구인의 경정청구에 대하여 거부통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.6.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 구(2002.12.11 법률 제6762호로 개정되기 전) 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서 2001.5.23.～2003.6.30.기간 중 사용승인을 받은 신축주택은 고급주택을 제외하고는 양도소득세를 감면하고, 소득세법상 1세대1주택 판정시 소유주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있으며, 2002.12.11 동 법령을 개정하면서 제1항 단서에서 고급주택을 고가주택으로 개정하였으나, 동법 부칙 제29조 제2항에서ࡐ이법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에는 법 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다ࡑ고 경과규정을 두고 있다. 따라서 쟁점주택은 2000.3.15. 착공하여 2003.5.10. 사용승인을 받았고, 전용면적이 111.32㎡이므로 종전(2002.12.18.법률 제6051호로 개정되기 전의 것) 소득세법 제89조 제3호 및 같은법시행령(2002.12.30 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제156조 제1항의 규정에 의한 고급주택 기준(149㎡)에 미달하므로 종전 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 규정에 따라 1세대1주택 판정시 소유주택수에서 제외되어야 하므로 양도주택은 양도당시 1세대1주택으로서 양도차익의 45%를 장기보유특별공제액으로 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 2002.12.11 조세특례제한법 제99조 의 3(신축주택감면규정)의 규정을 개정하면서 수도권 외의 지역에 대하여는 감면을 배제하였고, 동법 부칙(2002.12.11 법률 제6762호) 제29조 제2항(개정법 시행일 전 공사착수하여 2003.6.30 이전에 사용승인을 받은 경우 종전규정에 따른다)의 규정은 취득기간(2001.5.23～2003.6.30)에 대한 경과규정이며, 2002.12.30 소득세법시행령을 개정하면서 동법시행령 제156조(고가주택의 범위)에 대한 경과규정을 둔 바 없으므로 양도주택 양도당시 거래시가가 12억원(2005.5.2 기준시가 675백만원)으로 6억원을 초과하므로 고가주택에 해당한다. 따라서 고가주택에 해당하는 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조 의 3에서 규정하는 신축주택에 해당하지 아니하여 양도주택 양도당시 쟁점주택을 포함하여 1세대2주택이므로 양도차익의 30%를 장기보유특별공제액으로 공제하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조 의 3에서 규정하고 있는 1세대1주택 판정시 소유주택으로 보지 아니하는 신축주택에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45 (2) 소득세법시행령 제159조 의 2 【15년 이상 장기보유특별공제가 적용되는 1세대 1주택】법 제95조 제2항 제3호 단서에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

(3) 구 소득세법(2002.12.18 법률 제6051호로 개정되기 전의 것) 제89조 【비과세양도소득】① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

(4) 조세특례제한법(2001.8.14 법률 제6501호로 개정된 것) 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】제99조의 3

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

(5) 조세특례제한법(2002.12.11 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 부칙 (2002. 12. 11 법률 제6762호) 제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 남편 고○○○이 1990.10.20 취득한 양도주택을 2002.6.28 증여받아 2006.4.37 양도하였으며, 1998.11.4. ○○○를 취득하여 ○○○에 가입하였고, ○○○은 1999.6.3 ○○○으로부터 재건축사업계획승인을 받아 2000.3.15 착공하여 2003.5.10 사용승인을 받았으며, 전용면적 111.32㎡인 쟁점주택을 분양받은 사실이 ○○○의 사업계획승인서, 조합원 분담금 납부계약서, 건축물대장 및 등기부등본 등에 의하여 확인된다.

(2) 관련법령을 보면, 종전 조세특례제한법(2002.12.11 법률 제672호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3 제1항에서 2001.5.23.∼2003.6.30. 기간 중 취득한 신축주택을 양도소득세의 감면 대상으로 규정하면서, 단서에서 당해 신축주택이 종전 소득세법(2002.12.18 법률 제6051호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호의 규정에 의한 고급주택에 해당할 경우 감면을 배제한다고 규정하고 있고, 개정 조세특례제한법(2002.12.11 법률 제672호로 개정된 것) 제99조의 3 제1항 단서에서 2003.1.1.이후 양도분에 대하여 개정 소득세법(2002.12.18 법률 제6051호) 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택을 감면대상에서 제외한다고 규정하였으나, 조세특례제한법 부칙(2002. 12. 11 법률 제6762호) 제29조 제2항에서 당해 신축주택이 개정 소득세법 시행일인 2003.1.1.이전에 착공하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받은 경우에는 종전 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항을 적용하도록 경과규정을 두었으므로 2000.3.15. 착공하여 2003.5.10. 사용 승인을 받은 쟁점주택은 종전 조세특례제한법 제99조 의 3 및 종전 소득세법 제89조 제1항 제3호 와 같은법시행령 제156조 제1항 제2호의 규정을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다(국심 2006서155, 2006.6.26외 다수 같은 뜻). 그러므로 쟁점주택은 전용면적이 111.32㎡로 종전 소득세법 제89조 제3호 및 같은법시행령 제156조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 고급주택의 기준면적인 149㎡에 미달하여 고급주택에 해당되지 아니하고, 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항에서 규정하는 신축주택취득기간 이내인 2003.5.10 사용승인을 받은 신축주택에 해당하므로 1세대1주택 판정시 소유주택에서 이를 제외함이 타당하다고 하겠다. 따라서 양도주택은 양도당시 1세대1주택에 해당하고 보유기간이 15년 이상이므로 양도차익의 45%를 장기보유특별공제액으로 하여 2006년 귀속 양도소득세 20,353,320원을 환급해달라는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.