입주권 양도차익에 대하여 장기보유특별공제 적용 여부

심판청구를 기각합니다

청구인은 1988.5.25. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○○동 ○○호(이하 “기존주택”이라 한다)의 재건축에 따라 취득한 △△시 △△구 △△동 △△번지 △△오피스텔 ○○동 ○○○호 입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)을 2005.12.27. 양도하고 기존주택 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고한 후 2006.3.2. 처분청에 쟁점입주권 양도차익에 대하여 추가 장기보유특별공제 적용을 요구하는 양도소득세 경정청구를 하였다. 처분청은 2006.4.5. 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 적용할 수 있다는 이유로 경정청구를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.5.16. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 대체주택을 취득한 이후 1년을 경과한 후 주택재건축조합입주권을 양도함으로써 1세대 1주택 비과세요건은 충족하지 못하였지만, 입주권도 주택으로 인정한다는 법령 및 심판결정례의 취지를 감안할 때 이에 대해서도 장기보유특별공제를 인정하여야 하므로 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 주택재건축조합의 조합원으로서 취득한 입주권을 양도하는 경우, 당해 입주권의 양도차익은 기존 부동산의 양도차익과 입주권프리미엄으로 구분하여 산정한 후 합산한 가액으로 하되, 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있으므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 1세대 1주택 보유자가 아닌 경우에도 입주권 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 나.~다. (생 략) (2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 ˝양도가액˝이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 ˝양도차익˝이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 ˝장기보유특별공제액˝이라 함은 제94조제1항제1호에 규정하는 자산(제104조제1항제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. (생 략)

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15[제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 ˝기준면적 미만 고가주택˝이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25]

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30(기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50)

③ 제89제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (3) 소득세법 제95조 【양도소득금액】(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 (4) 소득세법 시행령 제155조 (2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)【1세대1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 재정경제부령이 정하는 사유로 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항의 규정을 적용한다.(후단 생략) 󰊉󰊘 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조제1항제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. (5) 소득세법 시행령 제159조의2 【기준면적미만 고가주택】(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 법 제95조제2항제2호에서 ˝대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택˝이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. (생 략)

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터미만인 주택 (6) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 +납부한 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] + [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항의 규정에 의한 필요경비]

[양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) - 법 제97조제1항제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비]+[(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 - 법 제97조제1항제2호 및 제4호 또는 제163조제6항의 규정에 의한 필요경비]×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) / 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 기존주택 등기부등본, 양도소득세과세표준 신고 및 자진납부계산서 등의 심리자료에 의하면 청구인은 1988.5.25. 기존주택을 취득하였으나 2003.8.20. ○○(저층)아파트재건축조합에 대한 신탁을 원인으로 그 소유권을 이전하였고 이에 따라 취득한 쟁점입주권을 2005.12.27. 1,520,000,000원에 양도하고 2006.1.6. 기존주택 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 296,775,350원을 신고한 것으로 나타난다.

(2) 한편, 등기부등본에 따르면 청구인은 2003.12.17. ○○도 ××시 ××구 ××동 ××번지 소재 주택을 취득하였고 이 건 심리일 현재에도 보유하고 있는 사실이 확인된다.

(3) 이상의 관련법령 및 사실관계를 종합하면, 장기보유특별공제는 토지 • 건물 등 부동산의 양도차익에 대하여만 적용하고, 아파트 입주권 등 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익에 대하여는 적용하지 아니하는 것으로 규정되어 있고, 재건축아파트 입주권의 양도차익은 철거된 종전주택의 보유기간에 대한 양도차익과 입주권 상태로 보유한 기간에 대한 양도차익을 구분하여 계산한 후 이를 합산하도록 규정하고 있는 점으로 보아, 재건축아파트 입주권에 대한 장기보유특별공제는 원칙적으로 철거된 종전주택의 보유기간에 대하여만 적용하고 입주권 상태로의 보유기간에 대하여는 적용하지 아니함을 알 수 있으며(같은 뜻, 국심 2004서4696., 2006.6.28.), 다만 소득세법시행령제155조 제16항에서 1세대 1주택자인 재건축조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주권에 대하여는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있어 이 경우에는 장기보유특별공제액의 계산시 입주권을 주택으로 의제함이 타당할 것이나(같은 뜻, 국심 2006서848., 2006.5.9.), 청구인은 쟁점입주권 양도일 현재 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 695-3 소재 주택을 소유하고 있었으므로 위 경우에 해당하지 아니하여 입주권 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.