손금산입 여부

○○세무서장이 2006.2.6. 청구법인에게 한 2003사업연도 법인세 10,825,700원, 2004사업연도 법인세 8,297,810원 및 2004년 제2기분 부가가치세 3,202,290원의 부과처분은 청구법인이 2003사업연도 중 ○○공업에게 지급한 6,631,400원을 수선비로 손금산입하고, 2004년 제2기 중 ○○공업사에 대한 매출액에서 19,415,200원을 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 1997.7.1.부터 ○○도 ○○시 ○○동 ○○에서 산업기계부품 제조업을 영위하는 법인으로, 처분청의 청구법인에 대한 법인세 정기조사결과에 따라 청구법인이 2004년 제2기 ○○공업사(사업자등록번호 000-00-00000)에 대한 세금계산서 불부합자료 19,415천원(공급가액, 이하 “쟁점1금액”이라 한다) 상당의 매출을 누락한 것으로 보아 익금산입하고, 청구법인이 2003년 제조원가명세서상 ○○공업(사업자등록번호 000-00-00000, 대표자 김ㅇㅇ)에게 지급한 수선비 중 세금계산서를 수취하지 아니한 6,631천원(이하 “쟁점2금액”이라 한다)을 가공원가로 보아 손금불산입하는 등 2006.2.6. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 10,825,700원, 2004사업연도 법인세 8,297,810원, 2004년 제2기분 부가가치세 3,202,290원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.4.24. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 ○○테크(000-00-00000, 대표자 오○○)에게 쟁점1금액 상당의 매출거래가 있은 것으로 하여 처분청에 신고하였으나, ○○테크와 상호 특수관계회사인 ○○공업사도 경리직원의 실수로 쟁점1금액 상당의 매입거래가 있은 것으로 중복신고하였는 바, 처분청은 ○○공업사가 폐기한 쟁점1금액에 대한 세금계산서를 근거로 하여 청구법인이 ○○공업사에게도 쟁점1금액 상당의 매출거래가 있은 것으로 추정하여 과세한 당초 처분은 취소되어야 한다. 청구법인이 ○○공업으로부터 쟁점2금액 상당의 세금계산서는 수취하지 못하였지만 전체 수선비 및 외주가공비 16,231천원이 금융기관을 통하여 ○○공업에게 지급되었으므로, 수선비로 계상한 12,331천원 중 처분청이 매입세금계산서 수취분 5,700천원을 차감한 쟁점2금액을 가공원가로 보아 과세한 당초 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 당초 청구법인에 대한 법인세 조사시 ○○공업사는 2004.8.31.자로 쟁점1금액 상당의 거래가 청구법인과 이루어졌다는 사실은 확인한 점, 같은날 청구법인이 발행한 쟁점1금액 상당의 각 세금계산서상에 ‘공급받는 자’가 ○○공업사로 기재되어 있는 점, ○○공업사가 과세 전적부심사기간 중 2005.11.29. 서둘러 매입액을 수정신고한 점, 수정 신고한 매입처별세금계산서를 보면 청구법인에 대한 매입액을 감액시키는 대신 ○○금속외 2개업체의 매입액을 증액시켰으나 이들 업체는 ○○공업사에 대해 매출액을 증액시키는 수정신고를 이행하지 아니한 점 등으로 보아 당초 처분은 정당하다. 처분청은 ○○공업이 2003사업연도 중 청구법인과 5,700천원 상당의 거래에 대하여 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고하였음을 확인하였고, 청구법인이 ○○공업에게 수선비로 지급하였다고 주장하는 12,331천원 중 현금지급액 1,800천원(2003.3.31)과 어음지급액 7,000천원(2003.8.28)에 대한 실제 지급사실이 불분명한 점, 청구법인의 ○○공업에 대한 수선비 12,331천원은 2003.3.24.부터 2003.8.28까지 지급된 반면, 수선비 중 세금계산서는 2003.2.20부터 2003.11.29.까지 발행된 점으로 볼 때. 청구법인의 대금지급시기와 ○○공업의 세금계산서 발행시기가 통상적인 상거래관행상 일치하지 않아 실지거래사실을 인정하기 어려우며, 청구법인이 쟁점2금액 상당의 거래사실을 입증할 만한 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점1금액을 매출누락으로 본 처분의 당부

(2) 제조원가명세서상의 수선비 계상액 중 세금계산서 미수취금액인 쟁점2금액을 가공원가로 본 처분의 당부

• 나. 관련법령

○ 부가가치세 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하“세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법시행령 제54조 【세금계산서의 교부특례】 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 단서의 규정에 의하여 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해 월의 말일자를 발행일자로 하 여 세금계산서를 교부하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합계하 여 그 기간의 종료일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

3. 관계증빙서류 등에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자 를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

○ 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

○ 법인세 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 ○○테크의 대표자 오○○에게 쟁점1금액(19,415천원) 상당의 매출이 있은 것으로 처분청에 신고하였으나, 쟁점1금액 상당의 거래가 없었던 ○○공업사 대표자 오○○도 경리직원의 실수로 쟁점1금액 상당의 매입이 있었다고 중복신고함에 따라, 청구법인이 쟁점1금액 상당을 각각 ○○공업사 및 ○○테크에 이중으로 매출한 것으로 처분청이 추정하여 과세하였다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 제출한 ‘○○테크의 거래사실 확인서’에 의하면, ○○테크의 대표자 오○○이 2004.4.30.부터 2004.12.31.까지 청구법인으로부터 외상매입한 총 7건의 물품대금(공급가액) 109,797,270원 중 쟁점1금액 상당의 거래가 2004.8.31. 이루어졌음을 2006.4.5.자로 확인한 것으로 나타난다. (나) ○○공업사 대표자 오○○은 2004.8.31. 청구법인으로부터 쟁점1금액 상당의 매입거래가 있었음을 처분청에 2005.11.22.자로 확인하여 주었음이 처분청이 제시한 오○○의 ‘거래처 조회전표 자료’ 사본에 의하여 확인된다. 또한, 그가 확인한 날로부터 3일 후인 2005.11.25. 청구법인에게 청구법인과는 쟁점1금액 상당의 매입거래가 없었음을 확인하고, 청구법인에 대하여 쟁점1금액을 차감시키는 대신 동액만큼 ○○금속외 2개업체에 대한 매입액을 증액시켜 2005.11.29.처분청에 수정신고한 사실이 ‘거래사실확인서’ 사본 및 심리자료에 의하여 확인된다. (다) 오○○은 오○○의 아버지이며, 오○○은 2003.2.4. ○○테크의 사업장(○○도 ○○시 ○○면 ○○리 224-1)을 오○○의 사업장소재지인 ’○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지‘로 이전하였으며, 오○○과 오○○의 세무업무를 담당하고 있는 세무대리인은 ’세무사 이○○‘으로 동일인임이 호적등본 사본 및 국세청통합전산망자료 사본에 의하여 확인된다. (라) 오○○이 쟁점1금액에 대한 거래사실을 처분청에 확인한 후 곧바로 청구법인에게 위 거래사실을 부인하고 수정신고한 점, 오○○과 오○○은 부자관계이며 사업장소재지와 세무대리인이 동일인인 점등을 감안할 때, 오○○(○○공업사)의 회계직원이 착오로 청구법인으로부터 쟁점1금액에 상당하는 매입거래가 있은 것으로 하여 신고한 것으로 보이는 바, 쟁점1금액을 청구법인이 ○○공업사에 실제로 매출한 것으로 보기 어려우므로 처분청의 이 건 과세처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2) 청구법인이 ○○공업으로부터 쟁점2금액(6,631천원) 상당의 매입거래에 대하여 세금계산서를 수취하지는 못하였지만 전체 수선비 16,231천원이 금융기관을 통하여 ○○공업에게 지급되었음을 근거로 실지거래가 있었다고 주장하나, 처분청은 청구법인이 지급하였다고 주장하는 전체 수선비 중 일부의 지급사실이 불분명하고, 청구법인이 수선비를 지급한 시기와 ○○공업이 세금계산서를 발행한 시기가 일치하지 않아 쟁점2금액 상당의 실지거래가 있었다고 보기 어렵다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 처분청이 청구법인이 전체 수선비를 지급한 시기와 ○○공업이 쟁점2금액 상당의 세금계산서를 발행한 시기가 일치하지 아니한다는 증빙으로 제출한 자료는 다음 〈표1〉 과 같다. 〈표1〉 (단위: 원) 수 선 비 수선비 중 세금계산서 발행분 지급시기 금 액 발행시기 금 액 2003.3.24 1,000,000 2003.2.20 400,000 2003.4.1 1,800,000 2003.3.31 1,800,000 2003.7.8 2,531,400 2003.10.9 2,000,000 2003.8.28 7,000,000 2003.11.19 1,500,000 합 계 12,331,400 합 계 5,700,000 (나) 청구법인이 제출한 증빙자료에 의하면, 2003사업연도 중 ○○공업에 지급한 수선비 및 외주가공비 거래는 총 7건으로 거래대금은 16,231천원(공급가액)이며, 그 내역은 아래 〈표 2〉에서 보는 바와 같이 수선비 5건에 12,731천원, 외주가공비 2건에 3,500천원이며, 이 중 세금계산서를 발행한 거래는 총 4건에 5,700천원인 것으로 나타난다. 청구법인은 처분청이 2003.3.24~2003.8.28. 기간 중 지급한 수선비 총액을 12,331천원(4건)으로 본 것은 사실과 다르다고 주장하고 있다. 〈표 2〉 (단위: 천원) 거래시기 계정 거래내용 공급가액 결제시기 결제금액 결정방식 ‘03.2.22 수선비 심관용접수리 400 2.27 440 송금 ‘03.3.24 수선비 기계수리비 1,000 3.24 1,000 송금 ‘03.3.31 수선비 로심관수리 1,800 4.1 1,834 송금 4.1 146 현금 ‘03.7.8 수선비 기계수리비 2,531 7.8 2,531 송금 ‘03.8.28 수선비 기계수리비 7,000 8.28 7,000 어음 ‘03.10.9 외주가공비 로심관가공 2,000 10.9 2,200 어음 ‘03.11.19 외주가공비 브레이싱심관 1,500 11.19 1,650 송금 합 계 16,231 16,801 * 세금계산서(4매) 발행분(5,700천원) (다) 위 〈표 2〉에서 청구법인이 수선비 및 외주가공비로 지급하였다고 주장하는 16,231천원(공급가액) 중 송금분 7,231천원은 청구법인의 ○○은행 거래계좌(000-00-000000) 및 ○○은행 거래계좌 (000-000000-00-000)를 통하여 김○○(○○공업 대표)의 ○○은행 거래계좌(00000000000)에 입금되었음이 청구법인이 제출한 ○○은행 및 ○○은행 거래계좌 사본에 의하여 확인된다. (라) 청구법인이 2003.8.28. 기계수리비 명목으로 지급한 7,000천원 상당의 약속어음(자가 00000000)과 2003.10.9. 외주가공비 명목으로 발행하여 지급한 2,200천원 상당의 약속어음(자가 00000000)이 김○○에게 지급되었음이 청구법인이 제출한 위 약속어음의 각 사본에 의하여 확인된다. (마) 위 사실관계를 종합해 보면, 2003.2.22.부터 2003.11.19.까지 총7건의 ‘수선비 및 외주가공비’의 거래금액 16,231천원(공급가액)이 청구법인이 거래하는 금융기관의 거래계좌를 통하여 송금되고, 청구법인이 발행한 약속어음이 지급된 사실이 확인된 점으로 보아 쟁점2금액을 ○○공업으로부터 실제 매입하였으나 세금계산서를 교부받지 않았다는 청구법인의 주장은 신빙성이 있는 것으로 보이므로 쟁점2금액을 당해연도 청구법인의 소득금액계산시 손금에 산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.