환산한 취득가액이 적정한지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1987.7.7. ○○○로부터 ○○○번지 대지 1,523㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 300,643,000원에 분양계약을 체결하고 1992.3.9. 소유권이전등기를 하였으며, 1991.6.15. 쟁점토지지상에 건물 1,347㎡를 신축하고 ○○○(시)에서 지방세체납에 대한 채권보전을 위하여 대위로 소유권보존등기를 하였는 바, 위 쟁점토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2001.6.21. 양도하고 실지거래가액(양도가액 690,000,000원, 취득가액은 환산가액인 492,833,300원)으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 위 쟁점부동산의 양도소득세 신고에 대해 취득당시 실지거래가액을 환산가액으로 산정한 것은 자의적인 신고방법으로 취득가액이 불분명하고 양도당시 실지거래가액도 신빙성이 없다고 보아 기준시가로 양도차익을 산정하여 2005.10.1. 청구인에게 2001년 귀속 양도소득세 173,496,040원을 결정고지하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2005.11.30. 이의신청을 거쳐 2006.3.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 300,643천원에 취득하고, 그 지상에 볼링장 및 부대시설을 약 350백만원의 공사비를 들여 신축한 후 볼링장 사업을 영위하였으나 사업부진으로 부채가 급증하여 사실상 폐업하였다가 금융기관으로부터 경매개시신청을 당할 정도로 어려워 2001.6.21. 급매물로 김○○○외 1인에게 690백만원에 양도(등기는 김○○○이 전부 취득한 것으로 한 후 다시 1/2분을 양도한 것으로 되어 있음)하였으나 취득가액을 잘 알지 못하여 양도가액으로 환산한 492,833,390원을 취득가액으로 산정하여 양도소득세를 신고하였다. 청구인이 관련법규를 잘 알지 못하여 이 건 양도소득세 신고시 양도가액은 실지거래가액으로 하고 취득가액을 환산가액으로 하여 신고하였으나 당초 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 신고하였고 토지 및 건물을 동시에 양도하였다 하더라도 자산별로 양도차익을 계산할 수 있으며, 쟁점부동산의 경우 양도가액이 690백만원이고 쟁점토지는 토지매각원부 에 의하여 취득가액이 300,643,000원으로 확인되므로 쟁점토지에 대한 양도소득금액은 실지거래가액으로 하고 취득가액이 불분명한 건물분에 대하여는 기준시가로 과세하여야 한다. 또한, 쟁점토지의 경우 처분청은 등기부등본상 토지보유기간만을 기준으로 하여 보유기간이 10년 미만으로 보아 장기보유특별공제 15%를 적용하였으나, 쟁점토지는 1987.7.7. ○○○로부터 장기연불조건으로 구입계약을 체결하고, 동 지상에 1991.6.15. 건물을 신축하였으므로 그 취득시기는 사용수익일인 1991.6.15. 이전이므로 장기보유특별공제 30%를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점부동산의 양도차익 사전신고시 양도가액은 실지거래가액으로 증빙을 갖추어 신고하였으나 취득가액은 증빙을 갖추지 않고 거래가액도 실지거래가액이 아닌 양도가액을 이용하여 환산한 가액으로 신고하였는 바, 이는 쟁점부동산의 양도소득세 신고기한 이내에 실지거래가액에 의한 신고가 있었던 것으로 볼 수 없으므로 기준시가로 과세한 당초 처분은 정당하다. 설령, 쟁점토지의 실지거래가액을 인정하더라도 청구인이 주장하는 쟁점부동산의 실지거래가액이 기준시가 대비 50% 미만이고, 쟁점부동산에 담보된 채권액의 50% 정도에 불과하며, 매매계약서가 쌍방 합의한 것으로서 담보된 채무에 대한 언급이 전혀 없는 것으로 미루어 보아 양도계약서의 진위여부가 불분명하므로 청구인이 주장하는 양도가액을 인정할 수 없다. 또한, 기준시가로 토지의 양도차익을 계산하여 과세하는 경우 청구인의 주장을 수용하여 장기보유특별공제 30%를 적용하더라도 장기보유특별공제액 보다 양도차익이 더 많이 늘어나 청구인에게 불리한 결과를 초래하여 청구의 실익이 없다.

• 가. 쟁점

① 쟁점부동산 중 쟁점토지에 대해서는 청구인이 주장하는 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 과세할 수 있는지 여부

② 쟁점토지의 양도차익 계산시 장기보유특별공제율 30%(10년 이상 보유)를 적용할 것인지 여부

• 나. 관련법령

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 가액

○ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액감정가액환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액감정가액환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정경정 및 통지】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

○ 소득세법시행령 제176조 의 2【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제5항에서 󰡒대통령령이 정하는 사유󰡓라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부매매계약서영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

② 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액” 이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 제1호 내지 제6호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지 및 건물과 제162조의 2 제1항의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 󰡒양도가액󰡓이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 󰡒양도차익󰡓이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액” 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30

○ 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하 는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세 을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가 액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의 서를 포함한다) 접수일인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련자료에 의하면 다음의 사실을 알 수 있다. (가) 청구인은 1987.7.7. 쟁점부동산 중 쟁점토지에 대하여 한국토지공사로부터 300,643,000천원에 분양계약을 체결하고 1992.3.9. 소유권이전(취득)등기를 하였다. 한편, 청구인은 쟁점토지의 소유권이전등기 이전에 그 지상에 건물을 신축하였고, ○○○(시)에서 1991.6.15. 지방세체납에 대한 채권보전을 위하여 동 건물에 대하여 대위로 소유권보존등기를 하였다. (나) 청구인은 2001.6.21. 쟁점부동산을 양도하고 양도소득세 신고시 양도가액은 실지거래가액(690백만원)으로, 취득가액은 양도가액을 취득가액으로 환산하여 신고한 것에 대하여, 처분청은 청구인이 신고한 양도가액 및 취득가액이 불분명하다고 보아 아래 <표1>과 같이 기준시가로 양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세를 과세하면서, 쟁점토지의 취득일을 1992.3.9. 소유권이전등기일로 보아 장기보유특별공제율을 15%를 적용하였다. <표1: 청구인의 신고 및 처분청 결정 내역> (단위: 천원) 구 분 양도가액 취득가액 양도차익 비고 신고 토지 527,840 346,366 181,474 건물 162,160 146,466 15,694 계 690,000 492,832 197,168 결정 토지 1,262,981 807,455 455,526 건물 410,978 389,164 21,814 계 1,673,959 1,196,619 477,340 신고비율(계) 41.2% 41.2%

• (다) 쟁점부동산은 1997.1.31.자로 채권최고액 14억2천만원, 채무자 김○○○, 근저당권자 주식회사○○○로 하여 근저당설정등기가 되었다가 2001.6.21.자로 위 근저당권설정등기말소 등기가 되었다.

(2) 먼저, 쟁점부동산 중 쟁점토지에 대하여는 청구인이 주장하는 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 과세할 수 있는지를 본다. (가) 청구인은 쟁점부동산의 양도가액이 690백만원이고, 쟁점부동산 중 쟁점토지는 취득가액이 300,643,000원으로 확인되므로 건물은 기준시가로 과세하더라도 쟁점토지에 대하여는 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 과세하여야 한다고 주장한다. (나) 그러나, 위 <표1>에서 보듯이 청구인이 주장하는 쟁점부동산의 양도가액이 기준시가의 41.2%에 불과한 점, 위 금융기관에 설정된 근저당권의 채권최고액의 50%미만인 점 등을 감안할 때, 청구인이 주장하는 양도가액을 실지거래가액으로 인정하기는 어렵다고 판단된다. (다) 또한, 소득세법 제96조 의 규정에 의하면, 부동산 양도시 자산양도차익을 결정함에 있어서 취득 및 양도가액은 기준시가에 의함이 원칙이나, 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있고, 소득세법 제100조 제1항 의 규정에 의하면, 취득가액 또는 양도가액 중 어느 하나를 기준시가에 의하는 경우에는 다른 하나도 기준시가에 의한다고 규정하고 있는 바, 청구인은 쟁점토지의 자산양도차익예정신고시 양도가액은 실지거래가액으로 증빙을 갖추어 신고하였으나 위에서 본 바와 같이 이를 실지거래가액으로 인정하기 어렵고, 취득가액은 증빙을 갖추지 않고 거래가액도 실지거래가액이 아닌 양도가액을 이용하여 환산한 가액으로 신고하였으므로 이는 쟁점토지의 양도소득세 결정일 이내에 실지거래가액에 의한 신고가 있었던 것으로 볼 수 없다 할 것이다(국심2002중153, 2002.4.26. 같은 뜻임). 따라서, 쟁점토지의 양도소득세는 기준시가에 의하여 산정하여야 할 것이므로 기준시가에 의하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 다음, 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제율 30%를 적용할 것인지 이에 대하여 본다. (가) 쟁점토지와 같이 장기할부조건으로 취득하는 토지의 취득시기에 대하여 규정한 소득세법시행령 제162조 제1항 제3호 의 규정에 의하면, 소유권이전등기일 또는 사용수익일 중 빠른 날을 그 취득시기로 규정하고 있다. (나) 이 건은 쟁점토지 지상에 건물을 신축하고 1991.6.15. 건물에 대하여 소유권보존등기를 하였으므로 토지의 사용수익일을 1991.6.15.로 볼 수 있고, 쟁점토지의 사용수익일(취득시기)로부터 양도시까지 기간이 10년 이상에 해당되어 30%의 장기보유특별공제율을 적용함이 타당하다 할 것이나, 쟁점①을 기각하여 기준시가로 과세하는 경우 아래 <표2>와 같이 당초 처분보다 청구인에게 불리한 결과를 초래하므로 청구인의 주장은 실익이 없는 것으로 판단된다. <표2: 처분청 결정 및 장기보유특별공제 30% 적용시> (단위: 천원) 구분

① 양도가액

② 취득가액 등 양도소득 취득가액 필요경비 장기보유 계 처분청 결정 1,262,981 807,455 24,223 64,696 896,374 366,607 사용수익일 적용시 1,262,981 655,105 19,153 176,617 850,875 412,106 증감

• △152,350 △5,070 111,921 △45,499 35,499 주: 토지공시지가 → 사용수익일 적용시 430,000원(㎡당, 1990.8.30.공시), 소유권이전등기일 적용시 530,000원(㎡당, 1991.6.29.공시)

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.