장기보유특별공제

○○○세무서장이 2006.3.6. 청구인에게 한 2005년 귀속 양도소득세 18,394,470원의 부과처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구인은 서울특별시 ○○○(이하 “기존주택”이라 한다.)를 1988.3.15. 취득하여 거주하다가 기존주택이 2003.6.30. 재건축사업시행인가 됨에 따라 재건축조합에 분담금 399,613천원을 추가로 납부하기로 하고 ○○○의 분양권(이하 “쟁점분양권”이라 한다)을 배정받아 분담금을 납부하던 중 2005.7.5. 쟁점분양권을 양도하고, 기존주택 취득시부터 쟁점분양권 양도시까지 발생한 총 양도차익 중 고가주택에 해당하는 양도차익 177,686,502원에 대하여 장기보유특별공제율 50%(기준면적미만 고가주택에 해당하는 경우로서 10년 이상 보유시 적용률)를 적용하여 계산한 88,843,251원을 장기보유특별공제하여 양도소득세를 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 전체 양도차익을 기존주택의 양도차익과 재건축사업승인일 이후 분양권의 양도차익으로 구분하고, 분양권의 양도차익 273,399,000원이 전체양도차익(475,375,349원)에서 차지하는 비중을 위 장기보유특별공제액에 곱한 금액 51,095,741원을 불공제하여 2006.3.6. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 18,394,470원을 결정고지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.3.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법시행령 제155조 에서 재건축조합 사업계획의 승인일 현재 1세대1주택을 소유한 자가 기존주택을 제공하고 취득한 분양권을 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우, 동 분양권은 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 이를 1세대1주택으로 보고, 분양권 양도금액을 기준으로 하여 6억원을 초과하는 경우 고가주택으로 판단하여 고가주택 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세(고가주택이 아니면 비과세)하는 바, 장기보유특별공제도 쟁점분양권을 주택으로 보아 과세대상인 고가주택에 해당하는 양도차익에 대해 장기보유특별공제율을 적용하여 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 장기보유특별공제는 토지 및 건물의 양도로 인하여 발생한 양도차익에 대하여만 적용하는 것이며, 쟁점분양권의 양도차익에는 기존주택의 양도차익과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익이 함께 포함되어 있는 바, 먼저 총 양도차익을 고가주택에 대한 양도차익과 비과세되는 양도차익으로 구분하고, 고가주택에 해당하는 양도차익을 다시 소득세법시행령 제166조 제1항 에 의하여 기존주택의 양도차익과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익으로 구분한 다음, 기존주택의 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하고, 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익에 대한 장기보유특별공제를 배제하여야 한다.

• 가. 쟁점 1세대1주택의 양도로 의제되는 아파트입주권의 양도에 대하여 고가주택으로 양도소득세가 과세되는 경우 장기보유특별공제액의 인정범위
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득흐오 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) (2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것: 양도차익의 100분의 30[기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50]

③ 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생략) (3) 소득세법시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】도시재개발법에 의한 재개발조합 또는 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일, 그 전에 기존주택이 철거되는 경우에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. (4) 소득세법시행령 제159조 의 2【기준면적 미만 고가주택】법 제95조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 264제곱미터 미만이고 주택에 부수되는 토지의 연면적이 495제곱미터 미만인 주택

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 미만인 주택 (5) 소득세법시행령 제156조 【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다 (6) 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】 ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우 (2001. 12. 31 개정) ［양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액＋납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비］＋［(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비］

• 다. 사실관계 및 판단 쟁점분양권의 양도차익은 소득세법시행령 제166조 의 규정에 따라 기존주택의 보유기간에 대한 양도차익과 입주권 상태로 보유한 기간에 대한 양도차익으로 구분하여 계산한 후, 이를 합산하도록 하고 있고, 장기보유특별공제는 토지 및 건물 등 부동산의 양도차익에 대하여만 적용되므로 쟁점분양권에 대한 장기보유특별공제는 원칙적으로 기존주택의 보유기간에 대하여만 적용하고 입주권 상태로의 보유기간에 대하여는 적용하지 아니하는 것으로 해석되어야 하나, 쟁점분양권과 같이 예외적으로 1세대1주택으로 의제되는 입주권(사업시행인가일 현재 종전주택이 1세대1주택의 비과세 요건을 갖춘 것으로서 양도당시 다른 주택을 소유하지 아니한 경우의 것)의 양도에 대하여는 1세대1주택 비과세제도 적용시 납세자간 과세형평을 도모하고자 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도임에도 불구하고 조세정책상 이를 주택(부동산)의 양도로 의제하여 비과세하도록 규정하고 있다. 쟁점분양권과 같이 1세대1주택으로 의제되나, 고가주택에 해당되어 양도가액 중 6억원에 대하여는 비과세하고 6억원을 초과하는 분에 대하여는 과세하는 경우, 소득세법상 당해 입주권을 양도 당시 주택(부동산)인 것으로 의제하는 이상, 장기보유특별공제액의 계산시 그 대상이 되는 양도차익은 기존주택의 양도차익과 재건축사업시행인가일 이후 분양권의 양도차익을 합한 전체양도차익에서 6억원을 초과하는 부분의 가액으로 하고, 보유기간은 기존주택의 보유기간뿐만 아니라 입주권상태로의 보유기간까지 즉, 기존주택의 취득일로부터 입주권 양도일까지의 기간을 통산하여 적용하며, 기준면적 미만 고가주택에 해당하는지 여부는 기존주택의 면적이 아닌 입주권으로 분양받을 재건축아파트의 면적을 기준으로 하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 처분청이 재건축사업승인일 이후 쟁점분양권 양도일까지의 기간에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 이건 처분은 부당하다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.