장기보유특별공제 해당 여부

○○○세무서장이 2006. 2.24. 청구인의 경정청구(2005년 귀속 양도소득세 9,705,820원의 환급을 구하는 것)를 거부한 처분은 이를 취소한다.

청구인은 ○○○(이하 “기존주택”이라 한다)를 1988.9.30. 취득하여 거주하다가 기존주택이 2003.2.8. 재건축사업단지로 승인됨에 따라 위 기존주택에 대한 아파트 입주권(이하 “쟁점아파트 입주권”이라 한다)을 취득하여 2005.1.31. 청구외 김○○○․한○○○에게 780,000천원에 양도하고, 양도가액 6억원을 초과하는 고가주택의 양도차익 계산시 기존주택의 취득일로부터 재건축사업승인일(2003.2.8.)까지의 기간에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하여 2005.3.31. 2005년 귀속 양도소득세 25,320,680원을 예정신고․납부하였다. 청구인은 2005.9.1. 쟁점아파트 입주권의 양도차익계산시 기존주택의 양도차익 뿐만 아니라 재건축사업계획승인일 이후인 입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여 기 납부한 양도소득세 9,705,820원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2006.2.24. 이에 대하여 거부처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.3.16. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청이 기존주택의 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 하고 쟁점아파트 입주권의 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제를 배제하였으나, 1세대 1주택의 양도로 의제되는 소득세법시행령 제155조 제16항 의 규정에 의한 입주권의 양도는 그 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다. ○○○
• 나. 처분청 의견 소득세법 제95조 제2항 및 제3항, 동법시행령 제160조 제1항 제2호에서 고가주택의 장기보유특별공제는 소득세법 제94조 제1항 제1호 의 토지 및 건물에 대하여 적용한다고 규정하고 있고, 국세청예규에서도 1세대 1주택이나 고가주택에 해당하여 양도소득세가 과세되는 재건축아파트 입주권을 양도하는 경우 장기보유특별공제는 기존주택의 양도차익에만 공제할 수 있다고 유권해석하고 있어 쟁점아파트 입주권 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 배제한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 재건축으로 인한 쟁점아파트 입주권을 양도하는 경우〔양도당시 1세대 1주택(고가주택)〕, 기존주택의 양도차익뿐만 아니라 입주권의 양도차익에도 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 1.~ 2.(생 략)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 소득세법 제95조 【양도소득금액】 ①양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. ~ 2. (생 략)

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30(기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50)

③ 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】 ① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】 ① 법 제89조 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. (단서생략) 소득세법시행령 제155조 【 1세대1주택의 특례 】⑯도시및주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다. 소득세법시행령 제156조 【고가주택의 범위】 ① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다. 소득세법시행령 제159조의2 【기준면적 미만 고가주택】법 제95조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. (생 략)

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 미만인 주택 소득세법시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】①법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 ×〔(양도가액 － 6억원) / 양도가액〕

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액 ×〔(양도가액 － 6억원) / 양도가액〕

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조제2항의 규정을 준용한다 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】①법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시및주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비]

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비]×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) / 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 기존주택의 등기부등본과 처분청의 과세자료 등에 의하면, 청구인이 1988.9.30. 기존주택(건물 전용면적 65.72㎡)을 취득하여 2004.1.19. ○○○아파트재건축조합에 신탁을 원인으로 소유권을 이전하였다가 신탁재산이 2004.7.30. 청구인에게 귀속되었으며, 2005.1.31. 청구외 김○○○․한○○○에게 780,000천원에 쟁점아파트 입주권(지분 총238278.6㎡의 72.06)을 양도한 사실과 청구인이 공동주택에 해당하는 기존주택을 10년 이상 보유하다가 양도하였고, 쟁점아파트 입주권 양도일 현재 다른 주택을 소유하고 있지 않은 경우로서 쟁점아파트 입주권은 소득세법 시행령 제155조 제16호 에 의한 1세대 1주택에 해당되며, 양도가액이 6억원을 초과하여 고가주택에 해당한다는 사실에 대하여도 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 한편, 청구인은 1세대 1주택으로서 고가주택에 해당하는 쟁점아파트 입주권을 양도하고 양도가액 6억원을 초과하는 부분의 양도차익을 계산하면서 기존주택의 취득일부터 재건축사업계획승인일까지의 부동산 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제 53,150,246원을 적용하여 2005.3.31. 예정신고를 하고 양도소득세 25,320,680원을 자진․납부하였으나, 청구인은 2005.9.1. 쟁점아파트의 양도차익 계산시 기존주택 부분만 아니라 입주권 부분에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여 동 공제액을 당초 53,150,246원에서 83,193,985원으로 증액하여 기 납부한 양도소득세 9,705,820원의 환급을 구하는 경정청구를 한 사실이 확인된다.

(2) 위의 사실관계와 관계법령을 종합하여 보면, 소득세법 제94조 제1항 에서 제1호에 토지 또는 건물, 제2호 가목에 부동산을 취득할 수 있는 권리를 구분하여 규정해 놓고 있으며, 같은법시행령 제155조 제16항에서 1세대 1주택자인 재건축조합원이 기존주택을 제공하고 당해 조합을 통하여 취득한 입주권은 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 이를 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있고, 입주권을 1세대 1주택으로 의제하는 경우에 동 입주권 양도가액을 기준으로 6억원을 초과하면 이를 고가주택으로 판단하여 6억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세하고 있는 바, 이 건과 같이 쟁점아파트 입주권이 1세대 1주택으로 의제되고 고가주택에 해당되어 양도소득세를 과세하는 경우에는 장기보유특별공제를 함에 있어서도 쟁점아파트입주권을 주택으로 의제하여 주택과 동일한 보유기간에 해당하는 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.○○○

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.