자료상으로부터 수취한 매입세금계산서 인정여부

○○세무서장은 2006.2.13. 청구인에게 한 2001.1기 과세기간 부가가치세 3,293,060원과 2001년 귀속 종합소득세 5,749,260원의 부과처분은 청구인이 ○○○○에 지급한 운송비 16,230,000원에 대한 부가가치세 매입세액 1,623,000원을 매출세액에서 차감하고, 운송비 16,230,000원을 필요경비에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

1.처분개요

• 가. 청구인은 ○○도 ○○시에서 ○○○○화물(이하 “○○화물”이라한다)을 운영하는 사업자로 2001.1기 과세기간에 ○○○○(주)(○○도 ○○시 ○○면 ○○○리 ○○○-○, 트럭운송 및 트럭지입, 대표이사 ○○○, 이하 “○○○사”라 한다)로부터 운송비에 관련한 세금계산서(6매, 공급가액 16,230,000원, 부가가치세 1,623,000원, 이하 “쟁점매입금액”이라 한다)를 수취하고 부가가치세 신고시 이에 대한 매입세액을 매출세액에서 차감하여 신고하였고, 2001년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점매입금액을 필요경비에 산입하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 자료상으로부터 운송거래 없이 세금계산서를 수취하였다 하여 쟁점매입금액에 대한 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 필요경비 불산입하여 2006.2.13. 청구인에게 2001.1기 부가가치세 3,293,060원, 2001년 귀속 종합소득세 5,749,260원 합계 9,042,320원을 고지하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견
• 가. 청구인 주장 청구인과 ○○사는 1998년부터 거래가 있었으며, 산업건축용 단열재 생사업체인 ○○화학과는 1999년부터 거래가 있었습니다. 청구인 사업장인 ○○화물에는 각 처의 차량이 지입되었고, 이 중에는 ○○○사 차량 3대도 지입되었으며, 그 중 2대는 제품특성상 5톤 초장축 광폭차량이 필요하여 ○○화학에 지입되었고, ○○○사에서 배차요청시 우선 배차하여 무리 없이 일처리를 하였습니다. 청구인이 ○○○사로부터 운송비 용역을 제공받고 청구인 ○○통장(--**)에서 2001.1.22. 10,000,000원을 인출하여 ○○○사 ○○은행 계좌(*--****)로 무통장 입금시켰으며, 2001.4.25. ○○○사 ○○은행 계좌로 10,110,500원 보다 2,257,500원을 더 송금한 것은 2000년도 미지급금 등을 결제하기 위하여 지급한 것입니다. 결제 후 ○○○사 지입기사들에게 세금계산서를 요청하였더니 본사가 관리해 준다고 하여 ○○○사로부터 세금계산서를 의심없이 수취한 것입니다. 따라서 청구인이 ○○○사에 지급한 운송비에 대한 세금계산서는 적법한 것이며, 더욱이 금융거래 증빙자료로 확인되는 운송비에 대하여 경비자체를 부인한 것은 잘못이므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 ○○세무서장이 자료상으로 고발한 ○○○사로부터 세금계산서를 수취한 것으로 ○○세무서장이 쟁점매입금액을 자료상거래로 확정한 것이며, 청구인은 ○○세무서장에게 제출한 소명자료에서는 ○○○○○○○주식회사(○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○-○, 자동차용 프레스금형 제조 및 수출, 이하 “○○○○니어링”이라 한다)로, 처분청의 과세자료 소명에서는 ○○화학으로, 과세전적부심사청구서에서는 ○○산업으로, 심판청구에서는 ○○화학과 거래하면서 ○○○사의 차량을 배차하였다고 주장하는 등 일관성이 없으며, 청구인이 ○○○사 통장에 대금을 송금한 것은 통장사본 및 무통장입금증 등에 확인되지만 이는 ○○○○니어링과 ○○○사의 거래에 대한 물류보증을 서주는 조건으로 ○○○○니어링으로부터 대금을 수령하여 송금을 한 것으로 판단되며 또한, ○○○사와 거래한 사실에 관해 차량 배차료, 기사 인적사항, 차량 운행일지 등으로 거래사실을 증명하고 있지 못하므로 당초처분은 정당하다. 3.심리 및 판단
• 가. 쟁점 청구인이 ○○○사로부터 운송비 용역을 제공받고 이에 대한 대금을 지급한 것으로 볼 것인지 여부
• 가. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장관할세무서장ㆍ사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】

② 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

③ 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

○ 소득세법 시행령 제142조 【과세표준과 세액의 결정 및 경정】

① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인에게 세금계산서를 교부한 ○○○사에 대한 ○○세무서장의 자료상조사 종결복명서에 위하면, ○○○사는 2001.1기 ∼ 2001.2기 과세기간에 자료상 등으로부터 실물거래없이 3,679,449천원(총매입액의 67%)의 세금계산서를 수취하였고, 같은 방법으로 4,620,959천원(총매출액의 66%)의 세금계산서를 발행하였음이 확인되므로 자료상 사업자로 확정하여 거래처에 과세자료로 통보한다고 되어 있으며, 2001.4월 ○○○외 4인에 대하여 ○○지청에 고발되어 처벌받은 사실이 있다고 기재되어 있다.

(2) 청구인이 이 건 불복청구 과정에서 처분청 등에 제출한 거래사실 확인서 내용을 보면 다음과 같다. (가) 청구인이 ○○세무서 조사공무원에게 제출한 거래사실 확인서 내용에는 “저희 ○○화물과 ○○○○니어링은 1999.5월부터 운송거래를 하였고, 각 처의 차량을 지입받아 일을 하다 보니 ○○○사 차량도 저희 회사에 지입되어 ○○○○니어링과 ○○화물 일을 하게 되었으며, 최근 2003년도까지 일하던 ○○○씨(○○아, 011-*-**)는 다른 곳에서 일을 하고 있으며, ○○○사 ○○○ 과장은 현재 ○○운수(02--**)에서 근무하고 있으니 참고하기 바라며,2002.12.월부터 ○○○○니어링과 ○○화물에 지입되어 있던 ○○○사 기사가 주로 일을 많이 하게 되었고, ○○○사와 ○○화물은 직접적인 거래는 없었고, ○○○사 기사가 제출한 세금계산서로 매입처리 하였습니다. 다만, 운송사고에 따른 물류보증관계로 ○○○○니어링에서 ○○화물로 운송비를 송금하고 ○○화물은 지입차량 주차비만 공제하여 전액을 ○○○사 기사가 결재받아 사용하였다”고 확인하였다. (나) 청구인 처분청 공무원에게 제출한 거래사실확인서(2005.9.16.)의 경우, ○○화물이 ○○화학의 임가공업체인 ○전산업과의 거래에 대하여 ○전산업이 ○○화학에 운송거래 내역을 올리고 ○○화물은 화주인 ○○화학에게 세금계산서를 교부하고 대금은 ○○화학으로부터 직접 결재받았다는 것으로 이는 청구인이 ○○○사에 지급한 운송비와는 직접적인 관련이 없다고 보인다. (다) 청구인 처분청에 제출한 과세적부심사청구서(2006.1.9.)에는 ○○화물의 거래처인 ○○산업은 전국적으로 교량공사를 하는 업체로 2001.1월경 ○○도 ○○시 ○○에서 ○○도 ○○시 ○○ 현장으로 건설장비 이동을 의뢰받았다가 18톤 이상의 트레일러 차량이 다량 필요하여 ○○도에 소재하는 ○○○사에 운송일체를 일임하고 운송비를 본인이 송금하기로 한 것이며, 이에 따라 2001.1.22. 10,000,000원을 무통장 입금하였고, 2001.4.25. 10,110,500원을 폰밴킹하여 운송비를 지급하였다는 내용이다.

(3) 청구인은 이 건 심판청구 과정에서 ○○○사에 지급한 운송비와 관련하여 다음의 증빙서류를 제출하고 있다. (가) ○○○사가 청구인에게 교부(일자 미기재)한 거래사실 확인서에는 청구인과 ○○○사가 2001.1.31. 운송비 1,490,000원, 4,860,000원, 2.28 운송비 1,370,000원, 3.31. 운송비 760,000원, 4,050,000원, 3.700.000원(합계 16,230,000원)에 관하여 운송거래를 하였다고 한다. (나) 청구인의 계좌에서 ○○○사 계좌로 입금한 무통장입금증에는 청구인이 ○○○사에 2001.1.22. 10,000,000원, 2001.4.25. 10,110,500원을 송금한 것으로 나타난다. (다) 2000.12.21.부터 2001.4.27.까지 기간에 ○○화물이 차량운송 내역이 기재된 배차일지를 제출하였는데, 이 중에는 ○○화물에 지입된 ○○○사에 대한 부분이 아래와 같이 포함되어 있다. 배차일 차량번호 운송처 배차시간 비고 2000.12.25 41**

○○ 9시

○○○사 12.27 “

○○○○ 15시30분

○○○사 12.29 “ 도계장

○○ 14시

○○○사 2001.1.9 “

○○○업사

○○ 8시30분

○○○사 1.10 “

○○○업사

○○ 8시

○○○사 1.10 “

○○○○ 16시

○○○사착불 1.12 “

○○○○ 14시40분

○○○사 1.18 “

○○○ 11시30분

○○○사 1.29 “

○○○○ 12시

○○○사 2.1 “

○○ 19시

○○○사 2.8 “

○○○○ 17시40분

○○○사 *** 2.18 “

○○공단

○○ 12시30분

○○○사 2.19 “

○○월

○○ 16시

○○○사 2.21 “

○○○○

○○ 동 10시

○○○사 2.23 “

○○

○○,

○○ 13시40분

○○○사 3.5 “

○○ 14시

○○○사 3.6 “

○○○○

○○ 동 14시10분

○○○사 3.7 “

○○○○ 17시

○○○사 3.9 “

○○ 리 ○○시내 11시30분

○○○사 3.12 “

○○ 10시40분

○○○사 3.15 “

○○○○ 17시

○○○사 3.16 “

○○○○ 10시30분

○○○사 3.17 “

○○○ 15시

○○○사 3.19 “

○○○○ 12시

○○○사 3.20 “

○○ 11시30분

○○○사 3.28 “

○○○○ 14시20분

○○○사

(4) 이상의 사실관계를 바탕으로 청구인이 ○○○사로부터 운송비요역을 제공받고 이에 대한 대금을 지급한 것으로 볼 것인지 대하여 보면, 처분청은 ○○세무서장이 자료상 사업자로 고발한 ○○○사로부터 세금계산서를 수취하였다 하여 쟁점매입금액을 실물거래 없는 가공거래로 판정한 것이므로 이를 근거로 청구인과의 거래를 실물거래 없는 가공거래로 판정하기 어려운 상황이고, 청구인이 ○○세무서 조사공무원에게 확인하였던 내용을 보더라도 청구인의 일반적인 차량운송에 관하여 ○○○○니어링이 ○○화물에 화물운송을 의뢰할 경우 ○○화물에 지입된 ○○○사 차량을 이용하여 화물운송을 하면서 ○○화물은 운송사고에 따른 물류보증책임이 있다는 것을 확인한 내용이고, 과세적부심청구시에도 일관되게 ○○화물이 화주인 ○○산업으로부터 건설장비 이동을 의뢰받고 ○○화물에 지입된 ○○○사 차량을 이용하여 운송하였다고 하고 있는 점에서 볼 때, 청구인은 ○○화물에 지입된 ○○○사 차량을 이용하여 화물운송을 하였던 것으로 보인다. 또한, 청구인이 ○○○사와 거래에 대하여 차량 배차표, 기사 인적사항, 차량 운행일지 등으로 운송사실을 증명하지 못한다고 하지만 청구인이 제출한 2000.12.21.부터 2001.4.27.까지의 화물운송 내역을 보면, 청구인이 ○○○사 차량을 이용하여 총 26회에 걸쳐 화물운송을 하였고 여기에는 ○○○○니어링이 화주로 된 운송 내역도 포함되어 있으며, 청구인은 ○○○사 차량을 이용한 대가로 2001.1.22. 10,000,000원, 2001.4.25. 10,110,500원을 ○○○사에 송금한 사실이 무통장입금증에 의하여 확인되고 있으므로 청구인이 ○○○사로부터 운송비 용역을 제공받고 운송비를 지급한 것으로 인정된다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점매입금액에 대하여 2001.1기 부 가가치세 계산시 매입세액을 불공제한 처분과 2001년 귀속 종합소득세 계산기 필요경비를 불산입한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.