양도소득세 과세특례 대상 해당 여부

○○○세무서장이 청구인이 2005.5.16 제기한 2004년 귀속 양도소득세 65,049,748원에 대한 환급경정청구를 2006.1.31 거부한 처분과 같은 날 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 25,880,850원을 부과한 처분은 이를 각 취소한다.

청구인은 ○○○를 증여받아 취득하여 ○○○ 재건축조합에 가입하고, 당해 재건축조합이 1999.6.3 ○○○으로부터 재건축에 대한 사업계획승인을 받아 2000.3.15 착공하여 2003.5.10 사용승인을 받은 이후, 청구인은 ○○○(전용면적 84.95㎡, 이하ࡒ쟁점아파트ࡓ라 한다)를 분양받아 2004.12.27 쟁점아파트를 602,000,000원에 양도하고, 2005.1.31 양도소득과세표준 예정신고를 하고 양도소득세 83,635,389원을 납부하였다. 청구인은 2005.5.16 처분청에 쟁점아파트가 2002.12.11 법률 제6762호로 개정되기 전의 조세특례제한법(이하ࡒ종전 조세특례제한법ࡓ이라 한다) 제99조의 3 제1항과 2002.12.19 법률 제6781호로 개정되기 전의 소득세법(이하ࡒ종전 소득세법ࡓ이라 한다) 제89조 제3호및 같은법시행령 제16조 제1항에서 규정하는 고급주택에 해당되지 아니하므로 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항에 의하여 종전 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항을 적용하면 당해 아파트 양도는 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정의 적용대상이므로 청구인이 예정신고․납부한 양도소득세 83,635,389에서 농어촌특별세 18,585,641원을 차감한 금액 65,049,748원을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였다. 처분청은 쟁점아파트가 2002.12.11 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법(이하ࡒ개정 조세특례제한법ࡓ이라 한다) 제99조의 3 제1항과 2002.12.19 법률 제6781호로 개정된 소득세법(이하ࡒ개정 소득세법ࡓ이라 한다) 제89조 제3호 및 같은법시행령 제156조 제1항에서 규정한 고가주택에 해당된다고 보아 2006.1.31 청구인에게 경정청구를 거부한다고 통지하고, 신고누락한 양도차익 60,500,000원[신고한 실지양도가액(580,000,000원)과 확인된 실지양도가액(602,000,000원)의 차액 22,000,000원과 필요경비 부인액 38,500,000원]에 대하여 2004년 귀속 양도소득세 25,8890,850원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.2.16 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 전용면적이 84.95㎡인 쟁점아파트는 개정 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항과 그 부칙 제29조 제2항에 따라 종전 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항, 종전 소득세법 제89조 제3호 및 같은법시행령 제156조 제1항이 적용되어야 하므로 실지양도가액이 6억원을 초과하나 고급주택 기준면적(149㎡)에 미달하는 당해 아파트 양도는 양도소득세 과세특례규정 적용대상에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 실지양도가액이 6억원을 초과하는 쟁점아파트는 개정 소득세법 제89조 제3호 와 같은법시행령 제156조 제1항에 규정한 고가주택에 해당되어 개정 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 단서에 따라 양도소득세 과세특례규정 적용대상에 해당되지 아니한다.

• 가. 쟁점 쟁점아파트가 종전 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항과 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항에서 규정하고 있는 고급주택이 아니므로 당해 아파트 양도소득은 양도소득세 과세특례규정의 적용대상에 해당된다는 청구인 주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 종전 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서ࡒ신축주택취득기간ࡓ이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 2.자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 개정 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 개정 조세특례제한법 부칙 제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】② 제99조의 3 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

(3) 종전 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하ࡒ양도소득세ࡓ라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적․가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

(4) 개정 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하ࡒ양도소득세ࡓ라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

(5) 종전 소득세법시행령 제156조 【고급주택의 범위】① 법 제89조 제3호ࡒ거주용건물의 연면적․가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택ࡓ이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로서 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원 이상일 것

(6) 개정 소득세법시행령 제156조 【고가주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서ࡒ가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택 ࡓ이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액의 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 종전 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항에서는 2001.5.23부터 2003.6.30까지의 신축주택취득기간 중 취득한 신축주택을 양도소득세 감면대상으로 규정하면서 단서에서 당해 신축주택이 종전 소득세법 제89조 제3호 와 같은법시행령 제156조 제1항에서 규정한 고급주택에 해당하는 경우 감면을 배제한다고 규정하고 있으며, 개정 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 단서에서 2003.1.1 이후 양도분에 대하여 개정 소득세법 제89조 제3에서 규정하는 고가주택은 감면대상에서 제외한다고 규정하고 있으나, 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항에서 당해 신축주택이 개정 소득세법 시행일인 2003.1.1 전에 착공하여 2003.6.30 전에 사용승인을 받은 경우에는 종전 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항을 적용한다는 경과규정을 두고 있는 만큼, 2000. 3.16 착공하여 2003.5.10 사용승인을 받은 쟁점아파트의 양도소득에 대하여는 종전 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항을 적용하여야 한다.

(2) 종전 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 단서에서 종전 소득세법 제89조 제3호 와 같은법시행령 제156조 제1항에서 규정하고 있는 전용면적이 149㎡ 이상이고 실지양도가액이 6억원을 초과하는 고급주택은 양도소득세 과세특례규정의 적용대상에서 제외한다고 규정 하고 있는데, 실지양도가액이 602,000,000원이나 전용면적이 84.95㎡인 쟁점아파트는 고급주택에 해당되지 아니하는 만큼 당해 아파트의 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면하여야 함에도 당해 아파트를 개정 소득세법 제89조 제3호 와 같은법시행령 제156조 제1항에서 규정하는 고급주택으로 보아 청구인이 제기한 경정청구를 거부하고 신고누락한 양도차익에 대하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 판단된다(○○○).

이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.