개인으로 보아 양도세 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

○○○(이하 “청구교회”라 한다)는 2004.6.10 ○○○외 3필지 토지 1,054.1㎡ 및 건물 212.50㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 이○○○ 외 1인에게 양도한 후 양도소득세를 신고․납부하지 않음에 따라, 처분청은 ○○○를 거주자로 보아 2005.7.1 청구교회에게 2004년 귀속 양도소득세 205,556,270원을 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.10.28 이의신청을 거쳐 2006.1.24 이건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구교회는 재단법인 ○○○ 산하 교회로서 국세기본법 제13조 제1항 의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격없는 단체에 해당함에도 교회명의로 등기된 재산을 거주자의 재산으로 보아 양도소득세를 부과함은 부당하다. 청구교회가 2003.10.23 및 2005.1.24 양도한 다른 부동산에 대하여는 양도소득세가 부과되지 아니하였고, 처분청으로부터 법인으로 보는 단체승인을 2004.8.18(사업개시일 1960.4.11)에 받았는 바, 국세기본법상 법인으로 보는 단체승인을 얻은 경우 단체의 계속성과 동일성이 유지된다고 규정하고 있으므로, 청구교회의 사업개시일부터 법인세법이 적용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산 양도당시 청구교회는 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되었거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단․재단에도 해당하지 않으며, 소유재산은 청구교회 명의로 등기되어 대한예수교장로회총회와는 별도로 독립운영되고 있었음이 확인되므로, 청구교회는 위 총회와 구별되는 1 거주자로 봄이 타당하다. 청구교회는 당초 개인으로서 납세자번호를 부여받았으며, 2004.8.18에야 법인으로 보는 단체승인을 얻었으므로, 쟁점부동산 양도당시에는 국세기본법상의 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니함이 확인되는 바, 거주자로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구교회를 법인으로 보는 단체로 보지 않고 거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】① 법인격이 없는 사단재단 기타 단체(이하 ࡒ법인격이 없는 단체ࡓ라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유관리할 것

3. 사단재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. 동법시행령 제8조【법인으로 보는 단체의 신청승인 등】① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단재단 기타 단체(이하 ࡒ법인격이 없는 단체ࡓ라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

3. ～ 7. (생략)

③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 부가가치세법시행령 제8조 제2항 에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 법인세법 제111조 의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. 소득세법 제1조 【납세의무】 ③ 법인격없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 국세기본법 제13조 제4항 의 규정에 의하여 법인 으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 사단ㆍ재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다. 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정경정 및 통지】① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본에 의하면 청구교회는 쟁점부동산 중 토지는 1967.2.28, 건물은 2002.4.22 각 취득한 후 2004.6.10 이○○○ 외 1인에게 쟁점부동산을 양도한 사실이 확인되고, 청구교회가 쟁점부동산 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 신고하지 않은 사실에 관하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청의 개인별 총사업자내역 조회 및 사업자등록증에 의하면, 청구교회는 당초 1997.11.27 개인으로 사업자등록을 하였다가, 2004.8.18 법인으로 보는 단체승인을 얻음에 따라 같은 날 개인사업자는 폐업처리하고, 법인 명의로 별도의 사업자등록을 경료한 사실이 확인된다.

(3) ○○○ 소속 증명서 및 대표자 증명서에 의하면 청구교회가 법인설립허가를 얻은 재단법인인 위 총회의 소속이며, 양○○○이 청구교회의 대표자임이 증명되나, 청구교회의 정관에 의하면, 부동산을 취득․처분하는 경우 위 총회와는 무관하게 청구교회 내부기관인 당회에서 독자적으로 결정하도록 되어 있다.

(4) 청구교회는 국세기본법 제13조 제1항 의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격없는 단체에 해당하므로, 법인세법을 적용해야 한다고 주장하나, 청구교회는 ○○○에 소속된 교회일 뿐, 국세기본법 제13조 제1항 소정의 단체에 해당하지 아니하며, 교회를 공익목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로 판단하는 경우 국세기본법 제13조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 법인으로 보는 것이 타당하나, 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지며, 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하는 것이라 할 것인 바, 교회를 법인격없는 재단으로 보는 것은 교회재산이 재단의 단독소유가 된다는 점에서 타당하지 아니하다○○○.

(5) 또한, 국세기본법 제13조 제2항 의 규정내용을 보면 ‘법인격없는 단체’는 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 경우에 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용할 수 있다고 규정되어 있는 바, 청구교회는 쟁점부동산 양도(2004.6.10) 이후인 2004.8.18에 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체승인을 얻었음이 확인되므로, 동 규정이 적용될 여지가 없다 할 것이고, 동 조항 후단에서 ‘당해 사단재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지된다’는 것은 승인 후에도 단체의 실체성을 유지한다는 의미일 뿐, 승인시점을 소급하여 적용법조를 변경하여야 한다는 의미는 아니라고 할 것이다.

(6) 따라서, 처분청이 쟁점부동산 양도 당시 청구교회를 법인으로 보는 단체로 보지 아니하고 소득세법상의 거주자로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.