임차자가 임대법인의 본점으로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액 공제 여부

○○세무서장이 2005.12.1 청구인에게 한 부가가치세 2002년 제2기 5,150,610원의 부과처분은 임대료 관련 매입세액 1,620,000원을 매출세액에서 공제하여 그 세액을 경정하며, 2003년 제1기 4,694,760원, 2003년 제2기 4,515,910원, 2004년 제1기 4,339,000원, 2004년 제2기 1,387,020원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 주식회사 ○○○○(주식회사 ○○엔지니어링에서 2002.9.4. 법인명을 변경하였으며, 이하 “청구외법인” 이라 한다)으로부터 2001년 5월부터 2004년 8월까지 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○동 공장 210평과 사무실 및 부속건물 40평(이하 “쟁점부동산” 이라 한다)을 임차보증금 5천만원과 월 임차료 5,400천원에 임차하여 금형 제조업을 영위하면서 청구외법인으로부터 임차료에 대한 세금계산서를 교부받아 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구외법인이 2002.9.4 법인 소재지를 쟁점부동산 소재지에서 ○○광역시 ○구 ○○동 ○○ ○○빌딩 신관 703호로 이전한 이후인 2002년 10월부터 2004년 8월까지의 쟁점부동산 임차료에 대하여 교부받은 세금계산서 공급가액 124,200천원(이하 “쟁점세금계산서” 라 한다)을 쟁점부동산소재지를 사업장으로 하지 않고 새로 이전한 사업장으로 발행된 것이라고 하여 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제하여 2005.12.1. 청구인에게 2002년 제2기~2004년 제2기 부가가치세 20,087,300원을 경정고지하였다. (단위: 원) 구분 쟁점세금계산서 고지세액 공급가액 매입세액 2002년 제2기 16,200,000 1,620,000 5,150,610 2003년 제1기 32,400,000 3,240,000 4,694,760 2003년 제2기 32,400,000 3,240,000 4,515,910 2004년 제1기 32,400,000 3,240,000 4,339,000 2004년 제2기 10,800,000 1,080,000 1,387,020 합계 124,200,000 12,420,000 20,087,300 (2002년 제2기 고지세액에는 매출누락 14,000천원에 대한 과세분이 포함되어 있음) 청구인은 이에 불복하여 2005.12.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점세금계산서는 청구인이 쟁점부동산의 소유자인 청구외법인으로부터 쟁점부동산을 2001.5월부터 2004.8월까지 임차보증금 50,000천원, 월 임차료 5,400천원(부가기치세 별도)에 임차하여 사용하면서 임차료를 정상적으로 지급하고 부가가치세법상 세금계산서의 필요적 기재사항인 공급자, 공급자의 사업자등록번호, 공급일자, 공급가액 및 세액이 모두 사실과 다름이 없이 교부받은 것인데도 이를 사실과 다른 세금계산서로 보는 것은 부당하다. 공급자인 청구외법인이 소재지를 이전하면서 쟁점부동산 소재지에 지점을 설치하고 사업자등록을 하여 지점 명의로 세금계산서를 발행하여야 하는데도 지점을 설치하지 않고 새로 이전한 법인 소재지에서 쟁점세금계산서를 교부하였다고 하여 이를 사실과 다른 세금계산서로 본다고 하더라도, 임차인인 청구인이 임대인의 지점 설치 여부를 알 수 없을 뿐만 아니라 간여할 수도 없는 선의의 거래자인 바, 공급자의 의무태만에 대한 책임을 임차인인 청구인에게 물어 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 하여 동 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다. 나. 처분청 의견 부가가치세법상 부동산임대업자는 그 부동산의 등기부상 소재지를 사업장으로 하여 사업자등록을 하도록 규정하고 있는 바, 쟁점부동산의 소유자인 청구외법인이 2002.9.4. 법인소재지를 ○○광역시 ○구 ○○동 ○○ ○○빌딩 신관 703호로 이전하였으면 부동산 임대업을 계속 영위하는 쟁점부동산 소재지에 지점을 등록하고 지점 명의로 세금계산서를 발행하였어야 하나 공급자가 지점등록을 하지 않고 새로 이전한 사업장을 소재지로 한 쟁점세금계산서를 발행하였으므로 동 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 부동산소유자인 법인이 소재지를 임대부동산에서 타 지역으로 이전한 후 새로 이전한 사업장을 소재지로 하여 발행한 임대로 관련 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제4조 【신고 ㆍ 납세지】

① 부가가치세는 사업장마다 신고 ㆍ 납부하여야 한다.

○ 부가가치세법시행령 제4조 【사업장의 범위】

① 법 제4조 제1항에 규정하는 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각호의 사업에 있어서는 당해 각호에 규정하는 장소를 사업장으로 한다.

1. ~3 (생락)

4. 부동산임대업에 있어서는 그 부동산의 등기부상의 소재지. 다만, 부동산상의 권리만을 대여하거나 다음 각목의 1에 해당하는 사업자가 부동산을 임대하는 경우에는 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소로 한다.

• 가. 전기사업법에 의한 전기사업자
• 나. 한국토지공사법에 의한 한국토지공사
• 다. ~타(생략)

○ 부가기치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서” 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항” 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법시행령 제60조

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재 되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외법인은 1993.11.10. 쟁점부동산을 취득하여 현재까지 보유하고 있으며, 쟁점부동산 소재지에서 사업을 영위하던 중 2002.9.4. ○○광역시 ○구 ○○동 ○○ ○○빌딩 신관 703호로 법인소재지를 이전(사업자등록번호는 ○○○-○○-○○○○○로 변동 없음)한 사실이 부동산등기부등본 및 사업자기본사항 조회에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점부동산에 대하여 2001.5.15. 청구외법인과 임차보증금 5천만원과 월 임차료 5,400천원(부가가치세 별도)에 임대차 계약을 체결하고 월 임차료에 대하여 세금계산서를 교부받았으며, 처분청은 동 세금계산서에 대하여 공급자, 사업자등록번호, 공급일자 및 공급가액 등은 사실과 일치하나, 청구외법인이 2002.9.4. 소재지를 ○○광역시 ○구 ○○동 ○○ ○○빌딩 신관 703호로 이전한 이후에 교부받은 쟁점세금계산서는 사업장소재지가 사실과 다르다고 하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제하였다.

(3) 살피건대, 부동산임대업을 영위하는 법인의 미등록 지점으로부터 부동산임대용역을 제공받은 후 이에 대한 세금계산서를 등록된 본점명의로 교부받은 경우 사실과 다른 세금계산서로 해당하여 매입세액을 공제할 수 없는 것이나(국심 2005부1547, 2005.9.14. 같은 뜻임), 이 건의 경우에는 청구외법인이 쟁점부동산 소재지에서 부동산 임대업 사업자등록을 한 후 임대용역에 대하여 청구인에게 세금계산서를 교부하다가 법인 사업장을 ○○광역시로 이전하면서 쟁점부동산 소재지에 지점설치 사업자등록을 하지 아니한 채 쟁점부동산에서 제공하는 임대 용역에 대하여 이전된 사업장의 주소지로 쟁점세금계산서를 청구인에게 교부한 것으로, 청구인이 2001.5.15 쟁점부동산 소재지를 사업장으로 한 청구외법인과 임대차계약을 체결한 이래 쟁점부동산의 소유자가 변동된 바 없고, 청구인은 건물 소유자인 청구외법인으로부터 계속적으로 월 임차료에 대해 쟁점세금계산서를 교부받아 왔으나, 이 건과 같이 세금계산서의 기재사항 중 일부가 공급받는 자의 책임에 의하지 않고 사실과 다른 경우 이를 일률적으로 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 불공제할 경우 선의의 거래자가 불의의 불이익을 받는 경우가 발생한다 할 것이다. 따라서 쟁점세금계산서는 단지 공급자가 임대사업장 소재지에서 세금계산서를 교부하다가 법인 소재지를 이전한 후 이전한 소재지 명의로 세금계산서를 교부한 것에 불과하므로 공급자에 대한 제재는 별론으로 하더라도 이를 교부받은 자의 매입세액까지 불공제하는 것은 무리가 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.