사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

○○세무서장이 2005.10.18 청구법인에게 한 2002년 제1기 부가가치세 20,601,640원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○에서 수중펌프 제조업을 영위하고 있는 사업자로 2002년 제1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 ○○티아이씨(이하 “○○티아이씨”라 한다)로부터 수취한 공급가액 109,090,909원 상당의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)의 매입세액을 매출세액에서 공제하고 2002년 제1기분 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 2004년 3월 ○○세무서장은 ○○티아이씨를 자료상혐의자로 고발하고 이를 처분청에 과세자료로 통보하였고, 이에 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2005.10.18 청구법인에게 2002년 제1기분 부가가치세 20,601,640원을 경정고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.12.27 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1998.5.14. ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○에서 개업하여 수중펌프 등을 매매하는 사업을 영위하다가 2002년초 자체생산설비가 필요함에 따라 대표이사(○○○)의 고향인 ○○도 ○○지역에 제조공장을 건립하고자 ○○도 ○○시 ○○동 ○○외 1필지에 공장신축을 위한 ○○지점등기와 사업자등록을 하였고, 당초 공장건물의 설계를 맡겼던 ○건축사사무소를 통하여 ○○티아이씨의 실질사주 ○○○을 소개받아 2002.4.10. ○○티아이씨와 계약금액을 111,320천원(공급대가)으로 하여 공장신축공사계약을 체결하였다. 공사대금은 ○○○이 제시한 ○○티아이씨의 예금계좌로 2002.4.15. 3천만원, 2002.5.20. 7천만원, 2002.6.24. 2천만원, 합계 1억2천만원(수수료 13,700원 포함)을 송금하였고, 공사대금지급액이 당초 계약금액(111,320천원)보다 많은 이유는 2002.7.26. 사용승인된 공장건축 면적 310.98㎡(1층 210.9㎡, 1층 창고 4.32㎡, 2층 95.76㎡)외에 추가로 200여m의 바닥공사 및 H빔 공사와 건축물 허가사항이 아닌 펌프시험장을 공사하는데 추가적인 비용이 발생하였기 때문이며, 이와 같이 청구법인이 ○○티아이씨와 실제 거래하고 쟁점세금계산서를 수취한 사실은 이 건 민간건설공사 표준도급계약서, 무통장입금증, 공장등록증명서 등에 의하여 확인되므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점세금계산서를 청구법인에게 교부한 ○○티아이씨는 자료상으로 확정 ․ 고발되었고, 동 법인이 공장건물신축에 필요한 철제빔을 ○○철강 주식회사 외의 거래처로부터 매입한 사실이 없고, ○○철강주식회사의 경우도 ○○○과는 실제거래하였으나, ○○티아이씨에는 철강제품을 납품한 적이 없는 것으로 확인하고 있으며, 청구법인이 증빙자료로 제출한 민간공사 표준도급계약서상 계약금액 112,320천원과 청구법인이 공사대금으로 무통장 송금한 금액 119,986,300원이 일치하지 아니한 점 등으로 볼 때 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실가 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 ○○티아이씨와 실제 거래하고 쟁점세금계산서를 수취한 것임을 주장하면서 동 법인과 체결한 민간공사 도급공사계약서, 공장등록증명서, 무통장입금증 및 ○○지방법원 ○○지원의 ○○티아이씨에 대한 채권가압류결정문 등을 증빙자료로 제출하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 과세근거로 제시한 ○○세무서장의 ○○티아이씨에 대한 자료상조사복명서를 보면, ○○티아이씨는 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○에서 2002.4.9.부터 건설업을 영위한 법인으로 2002년 제1기 과세기간 총매출액 454,545천원 중 쟁점세금계산서 공급가액을 포함하여 345,454천원(75.9%)의 가공매출세금계산서를 발행한 사실이 확인되어 고발조치하고, 2004.10.21. 폐업일을 2003.12.31.로 하여 직권 폐업 조치한 것으로 되어 있으며, 조사담당직원이 징취한 ○○티아이씨의 거래처 ○○철강 주식회사의 확인서를 보면, 동 법인이 2002년 제1기 과세기간 중에 공급한 철강제품 163,990천원(공급가액)의 실질 거래처는 ○○○이나, 매출세금계산서(6매)는 ○○○과 관련이 없는 ○○티아이씨로 발행한 것으로 확인하고 있고, 처분청은 이에 따라 ○○티아이씨의 동 철강제품 매입액 163,990천원을 제외하면, H빔 등 철강제품 매입내역이 전혀 없으며, 따라서, 청구법인의 공장을 신축한 실제 시공자는 동 법인이 아닌 ○○○이므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당된다는 의견이다.

(2) 그러나, 청구법인이 증빙자료로 제출한 민간건설공사 표준도급계약서를 보면, 2002.4.10. 청구법인과 ○○티아이씨가 체결한 ○○도 ○○시 ○○동 ○○ 소재 청구법인의 공장신축공사로, 계약금액은 111,320천원(부가가치세 포함), 착공일은 2002.4.10., 준공예정일은 2002.5.15.로 되어 있고, 2004.11.8. ○○도 ○○시장이 발급한 공장등록증명(신청)서를 보면, 공장등록일은 2002.8.25. 등록인은 청구법인이며, 공장부지면적은 1,385㎡(제조 시설면적 210.9㎡, 부대시설 460.32㎡)로 되어 있어, 청구법인의 공장건물이 실제로 신축되어 관할행정관청으로부터 공장등록된 사실로 볼 때, 청구법인이 쟁점세금계산서의 수취와 관련하여 실제 거래한 것은 사실로 확인된다. 청구법인이 공사대금 지급증빙으로 제출한 무통장입금증 3매를 보면, 청구법인이 2002.4.15. 29,997,300원, 2002.5.20. 69,994,500원, 2002.6.24. 19,994,500원, 합계 119,986,300원을 ○○티아이씨의 명의의 농협 예금계좌(계좌번호 ○○○○○○○○○○○)로 무통장송금한 것으로 되어있어 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련하여 공사대금을 ○○티아이씨에 지급한 사실이 확인되며, ○○지방법원 ○○지원의 채권가압류 결정문(2002.8.28)을 보면, 청구법인이 ○○티아이씨에 지급할 공사대금중 합자회사 ○○이 ․ 앤 ․ 지에 하도급 한 공사(철제빔 제작 ․ 설치공사)대금 44,600천원을 가압류 결정한다는 내용으로 되어 있고 청구법인이 동 결정문을 수령시는 이미 ○○티아이씨가 합자회사 ○○이 ․ 앤 ․ 지에 하도급 한 것으로 나타난다. 또한, ○○세무서장의 ○○티아이씨에 대한 고발서(○○ ○○○○○-○○○, 2004.3.29)를 보면, 범칙법인인 ○○티아이씨의 대표자를 ○○○(○○○○○○-○○○○○○○)과 ○○○(○○○○○○-○○○○○○○)으로 기재하고 있고, 국세통합전산자료상 ○○티아이씨의 세적변동사항을 보면, 2002.4.9.부터 폐업일까지 동 법인의 대표자가 ○○○으로 조회되고 있다.

(3) 사실관계가 이와 같다면, 청구법인이 ○○티아이씨와 실제로 거래하고 쟁점세금계산서를 수취한 것이라는 주장은 사실인 것으로 보여지며, 설혹, 처분청의 과세근거자료와 같이 쟁점세금계산서와 관련한 실제 거래자가 자료상혐의자로 고발된 ○○티아이씨가 아닌 ○○○이라 하더라도 청구법인은 쟁점세금계산서를 수취함에 있어 그 공급자를 ○○티아이씨로 알고 거래하는데 있어 최소한의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당된다고 판단된다.

(4) 그렇다면, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이므로 취소함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.