법인의 수도권외 본사이전 임시특별세액 감면 관련

○○세무서장이 2006.8.10 청구법인에게 한 2001사업연도(2001.1.~12.31)분 법인세 4,174,385,000원의 부과처분은

(1) 청구법인의 임원중 2001년 2월의 경우 최○○가 이전본사에서 상시근무한 것으로 인정하고, 2001년 3월의 경우 최○○, 강○○, 한○○, 손○○, 이○○ 등 5명이 이전본사에서 상시근무한 것으로 인정하여, 조세특례제한법 제63조 의 2의 규정에 의한 법인의 이전본사와 관련된 임시특별세액의 감면세액을 재계산하여 2001사업연도분 법인세액을 경정하고,

(2) 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 조세특례제한법 제63조 의 2(법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로 이전에 대한 임시특별세액 감면)의 규정에 의하여 2001사업연도(2001.1.~12.31)분 법인세 9,514,431,320원, 2002사업연도(2002.1.1~12.31)분 법인세 24,586,288,450원을 임시특별세액으로 하여 감면신청을 하였다. 처분청은 조세특례제한법 제63조 의 2의 규정에 의한 법인세 임시특별세액 감면세액을 계산함에 있어, 2001년 3월에는 위 5명과 김○○, 박○○, 이○○, 이○○, 장○○ 등 총 10명만이 근무한 것으로 보고, 청구법인이 신청한 법인세 임시특별세액감면중 일부를 배제하여, 2006.8.10 청구법인에게 2001사업연도분 법인세 4,174,385,000원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.11.1 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 세무조사당시 처분청이 강압적인 분위기 속에서 작성한 청구법인 이전본사에서의 근무경력이 있는 세무조사당시 신입사원 4명에 대한 문답서의 진술내용만을 근거로 이전본사에서의 상시근무 인원수를 산정하여 임시특별세액감면중 일부를 배제한 이 건 처분은 근거과세원칙에 위배되는 부당한 처분이다. 또한, 국세청장의 과세전적부심사 결정결과 대표이사와 임원은 동일한 지위에 있는 자로 이전본사에서 상근하지 아니하더라도 그 업무의 성격상 본사를 지방으로 이전한 사실만 확인된다면 상근여부를 떠나 이전본사에 근무한 것으로 보아야 한다는 결정을 하면서도 최○○ 상무는 2001년 2월과 3월에 이전본사에서 근무하지 아니한 것으로 보았고, 2001.3.1 신규로 채용한 임원인 강○○, 한○○, 손○○, 이○○ 등 4명은 3월은 종전본사에서, 4월부터는 이전본사에서 근무한 것으로 보는 등 일관성이 결여된 처분을 하였는 바, 이들 임원들에 대하여 모두 이전본사에서 실지로 근무한 것으로 인정하여 임시특별세액 감면세액을 계산함이 타당하다.

(2) 청구법인은 2001.1.31자로 본사를 ○○도 ○○에서 ○○도 ○○로 이전한 사실이 등기부등본에 의하여 명백하게 나타나므로 청구법인의 이전본사에서의 2001년 1월중 근무인원 23명을 이전본사에서의 상시근무 인원수에 포함하여 임시특별세액 감면세액을 계산하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 자유로운 분위기 속에서 임의진술한 청구법인의 이전 본사에서의 근무경력이 있는 직원 4명에 대한 문답서의 진술내용과 여러 가지 정황을 종합적으로 감안하여 이전본사에서의 상시근무 인원수를 확정한 후, 그에 따라 임시특별세액감면중 일부를 배제한 이 건 처분은 정당하고, 이전본사에서 근무하였다는 임원들의 실지 근무사실이 객관적으로 입증되지 아니하므로 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.

(2) 청구법인은 2001.1.31자로 본사를 ○○에서 ○○로 이전한 사실이 등기부등본에는 기재되어 있으나, 여러 가지 정황에 의하면 청구법인의 본사가 실지로 이전된 것은 2001.1.31 이후이고, 청구법인이 주장하는 2001년 1월의 근무인원수도 객관적으로 확인되지 아니하므로 동 근무인원을 이전본사에서의 상시근무 인원수에 포함하여 임시특별세액 감면세액을 계산하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점

(1) 청구법인의 본사이전과 관련하여, 이전본사에서의 상시 근무인원중 일부가 2001년 2월 및 3월중 실지로 근무하지 아니 하였다 하여, 동 인원을 이전본사에서의 상시근무 인원수에서 제외하여 임시투자세액감면중 일부를 배제한 처분의 당부

(2) 청구법인의 실질적인 본사이전일을 등기부상 이전일인 2001.1.31로 보지 아니하고 그 이후로 보아, 청구법인이 주장하는 2001년 1월중 근무인원을 이전본사에서의 상시근무 인원수에서 제외하여 임시투자세액감면중 일부를 배제한 처분의 당부

• 나. 관련법령 조세특례제한법 제63조 의 2【법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액 감면 등】

① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “수도권 생활지역외 지역이전법인”이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세 및 특별부가세의 감면 등을 받을 수 있다.

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 대통령령이 정하는 수도권생활지역(이하 이 조에서 “수도권생활지역”이라 한다)외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2002년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 공장 또는 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 그 부지를 취득한 날부터 3년 이내에 이전하여 사업을 개시할 것(2002년 12월 31일 이전에 공장 또는 본사의 부지를 취득하고 그 취득일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다)

② 수도권생활지역외 지역이전법인은 다음 각호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 및 다목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

• 가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익을 차감한 금액
• 나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원의 연간급여총액이 법인전체 인원의 연간급여총액에서 차지하는 비율
• 다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권생활지역 안의 본사근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 영으로 본다)

③ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 이전본사 근무인원이라함은 수도권생활지역외의 지역에서 본사업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균인원(매월말 현재의 인원을 합하고 이를 해당월수로 나누어 계산한 인원을 말한다)에서 이전일이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 수도권생활지역외의 지역에서 본사 업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며, 수도권생활지역안의 본사근무인원이라 함은 본사의 이전후 수도권생활지역안에서 본사업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균인원을 말한다. 이 경우 이전일이 속하는 과세연도에는 이전후 근무인원을 기준으로 연평균 인원을 계산한다.

④ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 법인세감면기간 중 동항 제2호 다목의 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우에는 당해 과세연도부터 제2항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 없다. 조세특례제한법시행령 제60조 의 2【법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역외의 지 역으로서의 이전에 대한 임시 특별세액감면 등】

① 법 제63조의 2 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간 계산은 다음 각호의 1에 의한다.

2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 5년 이상 계속하여 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것

② 법 제63조의 2 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 수도권생활지역”이라 함은 수도권정비계획법 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권을 말한다.

③ 법 제63조의 2 제1항 제1호의 규정에 의하여 공자시설의 전부 또는 보사를 이전하는 법인은 다음 각호의 1의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의 2 제5항 및 동조 제6항의 규정을 적용함에 있어서는 과밀억제권역 안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다.

3. 수도권생활지역외의 지역으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 당해 과밀억제권역의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것

⑤ 법 제63조의 2 제2항 제2항의 규정을 적용함에 있어서 급여는 소득세법 제20조 제1항 제1호 의 가목 및 라목을 말하여, 연간급여총액은 감면받는 과세연도에 본사근무인원 또는 법인전체인원에게 지급되는 급여총액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2001.1.31 ○○도 ○○시 ○○동 ○○빌딩 14층 및 15층에 소재하던 본사를 수도권외의 지역인 ○○도 ○○시 ○○동 ○○-○로 이전하고, 조세특례제한법 제63조 의 2의 규정에 의하여 2001사업연도(2001.1.1~12.31)분 법인세 9,514,431,320원, 2002사업연도(2002.1.1~12.31)분 법인세 24,586,288,450원을 임시특별세액으로 하여 감면신청을 한 사실이 등기부등본, 법인세신고서, 임시특별세액 감면신청서 등에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 조세특례제한법 제63조 의 2의 규정에 의한 법인세 임시특별세액 감면세액을 계산함에 있어, 2001년 2월에는 이전본사에서 강○○, 김○○, 홍○○ 및 대표이사인 김○○과 운전기사인 양○○ 등 총 5명만이 근무한 것으로 보고, 2001년 3월에는 위 5명과 김○○, 박○○, 이○○, 이○○, 장○○ 등 총 10명만이 근무한 것으로 보아, 청구법인이 신청한 법인세 임시특별세액감면중 일부를 배제하여 이 건 과세한 사실이 경정결의서 등 처분청의 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 쟁점(1)에 대하여 살펴보면, 청구법인은 이전본사에서의 상시근무 인원이 2001년 2월에는 22명, 2001년 3월에는 45명이므로 이들에 대한 실지 근무사실을 인정하여 임시특별세액 감면세액을 계산하여야 한다고 주장한다.

(4) 이 건의 처분경우를 살펴보면 다음과 같다. (가) 처분청은 2005.8.29~12.26 임시특별세액감면신청에 대한 적정성 여부에 대한 조사결과, 청구법인이 신고한 이전본사에서의 상시근무 인원중 일부가 이전본사에서 실지로 근무하지 아니한 것이라 하여, 감면을 배제하겠다는 내용의 세무조사결과 통지서를 2006.1.16 청구법인에게 발송하였다. (나) 처분청은 아래 <표>와 같이 2001년 1월에는 23명 전원이, 2월에는 19명이, 3월에는 37명이 이전본사에서 실지로 근무하지 아니하고 종전본사에서 근무한 것으로 판단하였다. <표> 처분청이 판단한 이전 본사에서의 상시 근무 인원 구 분 2001년 2월 2001년 3월 2001년 4월 ~2002년 1월 2002년 2월 이후~ 이전본사 (

○○) 근무인원 강

○○ 홍

○○ 김

○○ (3명) 강

○○, 홍

○○ 김

○○, 이

○○ 이

○○, 박

○○ 장

○○, 김

○○ (8명) 아래 7명을 제외하고 모두근무 아래 3명을 제외하고 모두근무 종전본사 (

○○) 근무인원 김

○○ 외 18명 (19명) 김

○○ 외 36명 (37명) 김

○○, 양

○○ 강

○○, 한

○○ 손

○○, 이

○○ 이

○○ (7명) 김

○○ 양

○○ 이

○○ (3명) (합계) 22명 45명 (다) 국세청장은 청구법인이 제기한 과세전적부심사청구에 대한 심리결과, 아래와 같은 논지로 청구법인의 대표이사인 김○○과 운전기사인 양○○ 및 임원들에 대하여는 이전본사(○○)에서의 실지 근무사실을 인정함이 타당하다고 결정(2006.2.3)하였음에도, 처분청은 대표이사인 김○○과 운전기사인 양○○에 대하여만 이전본사에서의 실지 근무사실을 인정하였고 임원인 최○○, 강○○, 한○○, 손○○, 이○○ 등 5명에 대하여는 이전본사에서의 실지 근무사실을 부인하였음을 알 수 있다.

1. 청구법인이 제출한 증빙서 중 임원 4명이 사용한 지출결의서를 보면, 경비 중 77%를 ○○주지역에서 지출한 것으로 나타나며, 임원 4명이 결재한 서류에는 청구법인이 취득한 토지를 구입하기 위하여 활동한 사실이 나타나므로 이들이 이전본사에서 근무하지 아니하였다고 보기는 어렵다고 판단된다.

2. 또한, 청구법인은 토지를 매입하여 시공사에 도급을 주어 아파트를 분양하는 시행사업을 주업으로 하는 법인으로, 주로 토지를 매입하고 민원을 해결하는 업무에 종사하는 임원들이 이전 본사(원주)에서 굳이 상근할 이유는 없다 할 것이다.

3. 대표이사와 이사는 상법상 이사회의 일원으로 상근하지 아니함에도 이전본사에 상근하지 아니함에도 이전본사에서의 상시 근무 인원에 포함시켰으면서도 다른 임원의 경우 이전본사에서 상근하지 아니하였다 하여, 이전본사에서의 근무사실을 부인한 조사결과는 일관성이 결여된 불합리한 처분이라고 할 것이다. (라) 한편, 청구법인이 이 건 과세근거로 삼고 있는 이전본사에서의 근무경력이 있는 신입사원 4명에 대한 문답서에는 본사에서의 근무경력이 있는 신입사원 4명에 대한 문답서에는 2001년 2월 및 3월에는 이전본사에서의 상시근무 인원이 7명 내지 15명 내외였던 것으로 기억된다는 진술내용과 임○○ 최○○ 상무가 청구법인의 본사이전 초기부터 사무실에서 상근하고 있었다는 진술내용이 나타난다.

(5) 청구법인은 이전본사에서의 근무경력이 있는 신입사원 4명에 대한 문답의 당초 진술내용을 번복하여 2001년도중 이전본사에서의 상시근무 인원이 약 40여명이었던 것으로 기억된다는 내용으로 추가작성된 신입사원 4명의 확인서(4매), 오전에는 이전본사로 출근하였다가 오후에는 건설현장으로 출장을 다녔다는 내용으로 작성된 임원 4명의 확인서, 이전본사에서 실지로 근무(근무기간이 명확하게 적시되지 아니함)하였다는 내용으로 작성된 직원들(40명)의 확인서(처분청 조사시 작성된 것임), 이전본사 인근에 소재한 음식점(○○감자탕) 주인(김○○)의 확인서, 청구법인의 본사이전에 대한 적정성 여부를 검토한 결과 별다른 문제점이 없었다는 내용으로 작성된 ○○세무서 소속 세무공무원의 확인서, 청구법인의 이전본사 임차 사무실에 대한 통신공사를 수행하였다는 ○○통신 대표 김○○의 확인서 등을 제기하면서, 이전본사에서의 상시근무 인원은 2001년 2월에 22명, 3월에 45명이라고 주장하고 있다.

(6) 살피건대, 청구법인은 이전본사에서의 상시근무 인원이 2001년 2월에 22명, 3월에 45명이라고 주장하나, 처분청이 당초 조사시 확보한 이전본사에서의 근무경력이 있는 신입사원 4명에 대한 문답서에는 2001년 2월 및 3월중 상시근무 인원이 7명 내지 15명 내외였던 것으로 기억된다고 진술하였다가 이 건 심판청구시 제출된 이들의 확인서에는 상시근무 인원이 약 40명 정도였던 것으로 기억된다고 당초 진술내용이 번복된 점에서 비추어 볼 때, 추가 제출된 확인서의 진술내용보다는 당초 세무조사시 확보된 문답서의 진술내용이 보다 신빙성이 있어 보이므로 처분청이 청구법인의 이전 본사에서의 상시근무 인원을 위 <표>와 같이 판단하여 임시특별세액감면중 일부를 배제한 이 것 처분은 정당한 것으로 판단된다. 다만, 국세청장의 과세전적부심사 심리결과 대표이사와 운전기사 및 임원들에 대하여는 이전본사에서의 상시근무 여부에 불구하고 그들이 수행하는 업무의 특정상 이전본사에서의 실지 근무사실을 인정함이 타당하다고 결정을 하였고, 임○○ 최○○ 상무는 청구법인의 본사이전 초기부터 이전본사에서 상시 근무한 사실이 있다고 신입사원 4명이 문답서에서 일관되게 진술한 점에 비추어 볼 때, 적어도 이들 임원에 대한 이전본사에서의 실지 근무사실은 인정하여도 무리가 없는 것으로 판단된다. 따라서, 2001년 2월의 경우 청구법인의 임원중 최○○에 대하여는 이전본사에서 근무한 것으로 인정하고, 2001년 3월의 경우 청구법인의 임원중 최○○, 강○○, 한○○, 손○○, 이○○ 등 5명에 대하여는 이전본사에서 근무한 것으로 각각 인정하여 임시 특별세액감면세액을 재계산함이 타당한 것으로 판단된다.

(7) 쟁정(2)에 대하여 살펴보면, 청구법인은 2001.1.31 청구법인의 본사를 이전하였으므로 2001년 1월중 이전본사에서의 근무인원 23명을 상시근무 인원수에 포함하여 임시특별세액 감면세액을 계산하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 이전본사에서의 실지 근무인원이 23명인지 여부를 확인할 수 있는 구체적인 증빙의 제시가 없어 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 ․ 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.