국가에 귀속시킨 고속철도시설 관련 부가가치세 매입세액 공제가능 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 철도시설의 건설 ․ 관리와 이와 관련한 사업의 시행을 목적으로 한국 철도시설공단법에 의하여 설립되어 2004.1.1. 업무를 개시한 정부출연법인으로서 경부고속철도 총 사업내역 중 2단계 사업(대구~경주~부산 신선로 건설, 대전 ․ 대구 도심통과구간 신선로 건설사업으로서 이하 “2단계 사업” 이라 한다)을 진행 중에 있으며, 2004.12.31.에는 2단계 사업중 완공된 일부자산을 국가에 귀속시키고 철도산업발전기본법 제26조 제2항 과 제29조 제1항에 의하여 철도시설관리권을 변경등록하였다. 청구법인은 2단계 사업과 관련하여 2004년 제1기 부가가치세 과세기간 중 ○○○○(주) 등으로부터 청구법인이 교부받은 매입세금계산서 총 12매 공급가액 합계 8,977,122,128원의 부가가치세 매입세액 897,712천원(이하 “쟁점매입세액” 이라 한다)을 환급청구하는 내용의 2004년도 제1기분 부가가치세 경정청구서를 처분청에 제출하였으나 처분청은 2006.5.19. 경정거부처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.6.13. 이의신청을 거쳐 2006.11.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구 주장 처분청은 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호 에 청구법인이 철도시설을 국가에 귀속시키고 철도시설관리권을 설정받는 방식으로 국가에 공급하는 철도시설에 대하여 면세로 규정하고 있어 고속철도 건설관련 매입세액을 면세사업관련 매입 세액으로 보아 환급을 거부하고 있으나, 현재 고속철도 운송용역을 과세하고 있는 상황에서 청구법인의 고속철도 관련 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않는 경우 부가가치세 중복과세 문제가 발생하는 것이므로 쟁점매입세액의 환급을 거분한 처분청의 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 경부고속철도 2단계 사업과 관련된 건설단계의 매입세액은 부가가치세가 면제되는 사업과 관련된 매입세액으로서 쟁점매입세액을 부가가치세 면세사업의 매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 국가에 귀속시킨 고속철도시설과 관련한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

6. 여객운송용역. 다만, 항공기 ․ 고속버스 ․ 전세버스 ․ 택시 ․ 특수자동차 ․ 특종 선박 또는 고속철도에 의한 여객운송용역으로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다.(2003.12.30.단서개정)

18. 국가 ․ 지방자치단체 ․ 지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로한다.(1995.12.29.개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액 (투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액(1993.12.31.개정)

○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】 (2000.10.21. 제목개정)

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2006년 12월 31일까지, 제4호의 2의 규정은 2005년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다.(2004.12.31. 후단개정)

7. 한국철도시설공단법에 의한 한국철도시설공단이 철도산업발전기본법 제3조 제2호 의 규정에 의한 철도시설(이하 이 호에서 “철도시설”이라 한다)을 국가에 귀속 시키고 동법 제26조에 의하여 철도시설관리권을 설정받는 방식으로 국가에 공급 하는 철도시설(2004.12.31.신설)

○ 부칙(2004.12.31. 법률 제7322호) 제1조【시행일 】 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각호의 개정규정은 해당 호에 규정된 날부터 시행한다.

1. 제63조의 2, 제72조, 제92조, 제105조 제1항 PW3호 라목 및 제106조 제1항 제7호의 개정규정은 이 법을 공포한 날부터 시행한다.

○ 제24조 【철도시설 국가귀속에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례】 제106조 제1항 제7호의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 철도시설을 국가에 귀속하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 철도산업발전기본법과 한국철도시설공단법 및 한국철도공사법 등의 관련규정 등을 종합하여 청구법인의 설립배경 및 주요업무 등에 대한 사실관계를 살펴본다. (가) 청구법인은 2003년 7월 29일 한국철도시설공단법이 제정 ․ 공포되면서 2004년 1월 7일 공단으로 출범하였으며, 옛 철도청의 건설부분 인력과 옛 한국고속철도건설공단의 인력을 합쳐서 새롭게 발족한 건설교통부 산하기관으로서 철도시설의 건설․관리, 철도시설에 관한 기술의 개발․관리․지원, 역세권 및 철도연변 개발․운영 등을 주요업무로 하고 있다. (나) 또한, 청구법인과 달리 한국철도공사는 철도운영에 관련사업을 효율적으로 경영하기 위해 2005.1.1. 한국철도공사법에 의하여 설립된 공사로서 철도 및 고속철도의 여객운송과 관련한 운영을 주 업무로 하고 있다.

(2) 다음으로 이 건 관련법령인 조세특례제한법 제106조 제1항 제7호 와 동 법 부칙 제24조의 규정의 내용 및 신설배경을 살펴보면, 동 규정에서는 청구법인인 한국철도시설공단이 철도산업발전기본법 제3조 제2호 의 규정에 의한 철도시설을 국가에 귀속시키고 동법 제26조에 의하여 철도시설관리권을 설정받는 방식으로 국가에 공급하는 철도시설에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 하고 있는 바, 이는 청구법인이 고속철도시설을 국가에 귀속하고 철도시설관리권을 받는 경우 부가가치세가 과세되어 여타 사회간접자본시설에 비해 불리해지는 문제점을 해소하고, 건설단계에서 기 부담한 부가가치세를 귀속단계에서 재차 부과시 발생할 수 있는 중복과세의 문제점을 방지하기 위하여 동 규정을 신설하였으며 2004년 12월 31일이 속하는 과세기간에 철도시설을 국가에 귀속하는 분부터 적용되는 것으로 하고 있다.

(3) 또한, 2005.12.31. 법률 제1839호로 개정된 조세특례제한법 제108조 의 2 제1 항의 규정에 의하면 한국철도공사법에 의하여 설립된 한국철도공사는 법률 제6955호 철도산업발전 기본법 부칙 제2조 제2항의 규정에 의하여 포괄승계 받은 같은 법 제22조 제1항 제1호의 규정에 의한 운영자산(고속철도차량, 광명역사, 천안역사, 부산차량기지 및 고양차량기지를 말한다)에 대한 부가가치세 매입세액(2001년 1월 1일 이후 세금계산서 수취분으로서 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 분에 한한다)을 고속철도에 의한 여객운송사업과 관련된 납부세액을 한도로하여 2008년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세를 신고하는 분까지 매출세액에서 공제한다고 규정하고 있다.

(4) 이상의 내용에 기초하여 이 건 청구법인의 주장이 타당한지에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인의 경우 쟁점매입세액은 고속철도의 시설관련 매입세액으로서 청구 법인이 쟁점매입금액에 대하여 부가가치세를 부담한 사실에 대하여는 다툼이 없고, 청구법인은 고속철도운송업의 경우 부가가치세법상 부가가치세가 면세되는 여객 운송업에 해당되지 아니하여 과세사업이므로 동 과세사업과 관련한 매입세액으로서 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여야 하며 그렇지 않은 경우에는 이중과세라는 주장이다. (나) 위에서 살펴본 바에 의하면, 청구법인의 경우 고속철도시설 등을 건설하여 국가에 귀속시키면 국가가 청구법인에게 철도시설관리권을 설정하고, 고속철도의 여객운송 등의 운영과 관련한 부분은 한국철도공사가 이를 담당하고 있으며, 청구법인이 국가에 귀속시키는 철도시설의 경우에는 부가가치세를 면제하도록 하고 있다. (다) 부가가치세 면제제도는 면세사업자가 공급하는 재화 ․ 용역 중에서 면세사업자가 창출한 부가가치세 대하여만 부가가치세를 면제하여 주는 불완전면세제도로서 부가가치세 과세표준 및 세액의 신고 ․ 납부, 사업자의 등록 ․ 세금계산서의 교부 등이 배제되나 과세사업자로부터 부가가치세 거래징수가 배제되는 것은 아니며 따라서, 면세사업자가 거래상대방에 의하여 거래징수당한 부가가치세인 매입세액을 매출세액에서 공제하거나 환급받지 못하는 것으로서, 면세사업자가 매입시 부담한 부가가치세는 당해 거래의 원가에 가산되는 것이다. (라) 청구법인은 고속철도운송업이 부가가치세 과세사업이므로 동 과세사업의 사업용자산인 시설관련 매입세액도 당연히 환급되어야 한다는 주장이나, 쟁점매입세액이 부가가치세 면세사업과 관련한 매입세액인 사실에 대하여 다툼이 없는 이 건의 경우 동 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다는 청구주장은 이를 받아들이기 어려울 뿐 아니라, 고속철도운송업이 부가가치세 과세사업이므로 동 과세사업의 사업용자산인 고속철도 시설관련 매입세액을 면세사업자인 청구법인에게 환급하여야 한다는 주장 역시 타당하지 않는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.