과세유형 전환 시 재고매입세액 공제 인정 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○도 ○○군 ○○리 ○○○-○번지 외 4필지에 소재한 3층건물 (이하 “쟁점건물”이라 하고, 토지와 합하여 “쟁점 부동산”이라 한다)를 임차하여 2003.3.4.부터 간이과세자로 예식장업을 운영하다가 2005.6.30. 쟁점부동산을 1,860,000천원(토지 1,060,000천원, 건물가액 800,000천원)에 취득하였고
• 나. 2005.7.20. 간이과세포기신고서를 제출하여 2005.8.1.부터 일반과세자로 전환하면서 재고품 및 감가상각자산신고서를 최종 간이과세기간의 확정신고기한인 2005.8.25.을 경과한 2005.10.4.에 제출한 후, 2006.2.2. 2005년 2기분 부가가치세 경정청구시, 쟁점건물에 대한 재고매입세액 45,230,820원을 계상하여 부가가치세 45,230,820원의 환급을 요청하였다.
• 다. 처분청은 청구인이 재고품 및 감가상각자산신고서를 최종 간이과세사업의 확정 신고기한(2005.8.25.) 이내에 신고하지 아니하였다 하여 동 재고매입세액을 공제대상이 아니라고 보아 2006.4.3. 경정청구 거부처분을 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2006.6.20. 이의신청을 거쳐 2006.11.24. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청의 의견

• 가. 청구인의 주장 청구인은 세법무지로 인하여 쟁점건물에 대한 재고매입세액신고서를 신고기한인 2005.8.25.을 경과하여 신고하였으나, 일반매입세액에 대해서는 매입세금계산서를 기한 후 과세표준신고서와 함께 제출하여 관할세무서장이 결정하는 경우에는 매입세액공제가 가능하도록 부가가치세법시행령 제60조 제1항 1의3에서 규정하고 있고, 일반과세자가 간이과세자로 변경하고 무신고한 경우에 과세관청은 언제든지 조사․확인하여 재고납부세액을 납부세액에 가산하여 추징하고 있는 바, 처분청은 세법에 규정한 신고기한에 집착하지 말고 직권으로 사실관계를 확인하여 정당한 재고매입세액으로 인정함이 타당하다고 할 것이므로 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다.
• 나. 처분청의 의견 청구인은 일반과세전환시 재고품 및 감가상각자산신고서를 신고기한인 2005.8.25.까지 신고를 하지 아니하여 법령(부가가치세법시행령 제63조 의 3)을 위반하였고, 관련예규(부가46015-4805과 서삼46015-10145)에서도 간이과세자가 일반과세자로 과세유형을 전환하고 재고매입세액을 공제받기 위해서는 최종 간이과세자에대한 부가가치세 확정신고시, 재고품 및 감가상각자산을 신고하도록 명백히 규정하고 있는 바, 신고기한 경과후에 처분청에 제출한 쟁점건물에 대한 재고매입세액을 공제받을 수 없다고 할 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 간이과세자가 일반과세자로 과세유형을 전환하고 재고매입세액을 최종 간이과세기간에 대한 부가가치세 확정신고기간 경과 후에 신고하였다 하여 당해 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제3조 【과세기간】

④ 사업자가 제30조의 규정에 의하여 간이과세를 포기함으로써 제7장의 규정을 적용받지 아니하는 사업자(이하 “일반과세자”라 한다)로 되는 경우에는 제30조제1항의 규정에 의한 간이과세 포기의 신고일이 속하는 과세기간의 개시일부터 그 신고일이 속하는 달의 말일까지의 기간과 그 신고일이 속하는 달의 다음 달 1일부터 당해일이 속하는 과세기간의 종료일까지의 기간을 각각 1과세기간으로 한다. (2) 부가가치세법 제17조의3 【재고매입세액공제】

① 제25조의 규정에 의한 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다.

② 제1항의 재고매입세액의 공제에 관하여 재고품의 범위, 그 적용시기 기타 필요한 사항을 대통령령으로 정한다. (3) 부가가치세법 제30조 【간이과세의 포기】

① 간이과세자가 일반과세자에 관한 규정을 적용받고자 하는 경우에는 제25조 제1항의 규정에 불구하고 제4장 내지 제6장의 규정을 적용받을 수 있다. 이 경우 그 적용을 받고자 하는 달의 전달 20일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 사업장관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (4) 부가가치세법시행령 제63조 의 3 【일반과세자로 변경되는 때의 세액계산특례】

① 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재의 다음 각호에 규정된 재고품 및 감가상각자산(법 제17조의 규정에 의한 매입세액공제대상인 것에 한한다)을 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세전환시의 재고품 및 감가상각자산신고서에 의하여 각 사업장 관할 세무서장에게 신고(국세정보통신방에 의한 신고를 포함한다)하여야 한다.

2. 제품(반제품 및 재공품을 포함한다)

3. 재료(부재료를 포함한다)

4. 감가상각자산(건물 및 구축물의 경우에는 취득․건설 또는 신축후 10년 이내의 것, 기타의 감가상각자산의 경우에는 취득 또는 제작후 2년 이내의 것에 한한다)

② 제1항의 규정에 의한 재고품 및 감가상각자산의 금액은 장부 또는 세금계산서에 의하여 확인되는 당해 재고품 및 감가상각자산의 취득가액(부가가치세를 포함한다)으로 한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 신고한 자에 대하여는 다음 각 호의 방법에 의하여 계산한 금액을 매입세액(이하 “재고매입세액”이라 한다)으로 공제한다.

⑥ 제1항의 규정에 의한 신고를 받은 관할세무서장은 재고매입세액으로서 공제할 수 있는 재고금액을 조사․승인하고 제1항에 규정하는 기한 경과 후 1월 이내에 당해 사업자에게 공제될 재고매입세액을 통지하여야 한다. 이 경우 그 기한 내에 통지 하지 아니하는 때에는 당해 사업자가 신고한 재고금액을 승인한 것으로 본다. <1996.7.1.개정>

⑦ 제6항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 그 승인을 얻은 날이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 재고품 및 감가상각자산을 간이과세확정신고 기한인 2005.8.25.까지 신고하지 않았다 하여 이 건 처분을 한데 대하여, 청구인은 쟁점 건물에 대한 재고매입세액도 일반매입세액과 같이 기한 후 신고 등으로 보아 인정하여야 한다고 주장한다. (2) 부가가치세법 제17조 의 3 【재고매입세액공제】과 부가가치세법 시행령 제63조 의 3 【일반과세자로 변경되는 때의 세액계산특례】을 보면, 간이과세자가 일반 과세자로 과세유형을 전환하는 경우 최종 간이과세기간의 확정신고와 함께 간이과세기간 중에 매입한 재고품 및 감가상각자산을 신고하여야 하고, 신고를 받은 관할 세무서장은 신고내용을 조사하여 재고금액 및 공제대상 재고매입세액을 확정하여 신고일로부터 1월 내에 과세유형전환자에게 통보하여야 하며, 과세유형전환자는 통보받은 재고매입세액을 최초 일반과세기간의 부가가치세신고시 매출세액에서 공제받을 수 있도록 규정하고 있다.

(3) 청구인은 2005.7.20. 간이과세포기신고서를 제출하여 2005.8.1. 일반과세자로 과세유형 전환한 후, 최종 간이과세기간의 부가가치세확정신고 기한인 2005.8.25.까지 재고품 및 감가상각자산을 신고하지 아니하고 2005.10.4.에야 신고한 것으로 나타난다.

(4) 따라서, 간이과세자가 일반과세자로 과세유형을 전환하고 재고매입세액을 공제받기 위해서는 최종 간이과세기간에 대한 부가가치세의 화정신고시 반드시 재고품 및 감가상각자산을 신고하여야 함에도 청구인은 신고기한을 경과하여 신고하였으므로 처분청이 이를 이유로 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.