사업자등록전 매입세액으로 본 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2005.12.27. 주식회사 ○○(이하 “청구외법인”이라 한다) 소유의 ○○광역시 ○구 ○○동 0000 대지 1,086㎡ 및 그 지상 건물 7,440.82㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 동 부동산의 수탁자인 ○○○○주식회사(이하 “수탁법인”이라 한다)와 매매대금 8,967,178,010원에 매매계약을 체결하고, 2005.12.29. 청구법인 명의로 소유권이전등기를 하였으며, 청구외법인으로부터 2005.12.29.자로 된 공급가액 4,331,780,121원 상당의 건물분 매입세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 2005년 제2기(확정) 부가가치세 신고시 동 매입세액 433,178,010원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고(환급)하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2006.1.23. 사업자등록신청을 하였으므로 쟁점세금계산서의 매입세액은 사업자등록신청일로부터 20일 전의 등록전 매입세액에 해당한다는 사유로 동 매입세액을 불공제하고 신고불성실가산세를 적용하여 2006.4.18. 청구법인에게 2005년 제2기 부가가치세 43,317,800원을 경정고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.7.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2005.12.27. 쟁점부동산에 대하여 수탁법인과 부동산매매계약을 체결하고 계약체결 당일 계약금 1,660,200천원을 지급(2006.1.16. 잔금지급 약정)한 후, 쟁점부동산에 설정된 가압류 등을 신속하게 말소하기 위하여 2005.12.29. 잔금 4,306,978천원 중 일부인 3,436,978천원을 수탁법인에게 선지급하였고, 동 선지급액에 대한 권리보전 차원에서 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기를 2005.12.29. 자로 경료하였으나, 쟁점부동산에 설정된 가압류는 여전히 남아 있었다. 청구법인으로부터 잔금 중 일부를 미리 지급받은 수탁법인은 쟁점 부동산에 대한 가압류 말소절차 등을 신속히 진행시켜 2006.1.16.자로 가압류 말소등기 등이 경료됨에 따라 청구법인은 나머지 잔금을 전부 지급하는 한편, 기존 임차인들에 대한 임대보증금 채무를 청구외법인으로부터 인수함으로써 쟁점부동산은 부동산 임대용 건물로서 그 이용이 가능하게 되었다. 이에 따라 청구법인은 2006.1.17. 임차인인 (주)○○실업과 부동산 임대차계약을 체결하고 2006.1.23. 사업자등록신청을 하였으며, 같은 날 사업자등록증을 교부받은 후, 사업자등록번호를 청구법인에게 알려주고 쟁점세금계산서의 발행을 요구하였는 바, 청구외법인은 쟁점부동산의 공급시기(거래일자)를 2006.1.17.로 하고 작성일자를 사업자등록증 발급일인 2006.1.23.자로 하여 세금계산서를 교부하여야 하나 착오로 거래일자 및 작성일자를 2005.12.29.(소유권이전 등기접수일)자로 소급 기재하여 교부하기에 부동산임대업을 처음 개시하는 청구법인으로서는 세금계산서상의 거래금액의 적정 여부만을 확인하고 부가가치세를 신고하였다. 청구법인은 2005.12.29.자로 쟁점부동산의 소유권을 취득하였으나, 부가가치세법상 공급시기는 부동산의 이용이 가능한 시점으로 쟁점부동산의 경우 사용수익의 장애요인(가압류 등)을 제거한 2006.1.17.로 보아야 한다. 쟁점세금계산서는 청구외법인이 착오로 세금계산서의 기재사항 중 공급시기 및 작성일자가 잘못 기재하여 교부되었다고 하나, 부동산매매계약서, 거래대금의 지급내용, 임대차계약서 등에 의하여 실질적인 거래내용이 확인됨에도 불구하고 쟁점세금계산서상 매입세액이 단순히 등록전매입세액이라 하여 불공제한 처분은 부당하므로 거래의 실질내용에 따라 2006년 제1기 부가가치세 매출세액에서 공제함이 타당하다. 특히, 이 건은 청구외법인이 부가가치세를 선납한 결과가 되어 조세일실이나 조세부담의 감소가 없을 뿐만 아니라 청구법인의 경우 선의의 거래당사자에 해당하므로 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하여야 하며, 신고불성실가산세도 제외하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 최종잔금 정산일이 2006.1.17.이라고 주장하나, 쟁점부동산의 취득과 관련하여 수탁법인의 계좌(○○은행)에 2005.12.27. 계약금 1,660,200천원, 2005.12.29. 잔금 3,436,978천원을 입금하고, 나머지 870,000천원은 2005.12.29. 기존 임차인들에 대한 임대보증금 채무와 상계한 것으로 보아야 하므로 쟁점부동산의 최종잔금 지급일자는 2006.1.17.이 아니라 소유권이전 등기접수일인 2005.12.29.로 보아야 한다. 또한, 쟁점부동산의 공급시기(이용가능 시기)가 2006.1.17.이라고 주장하나, 임차인 (주)○○실업이 2006년 제1기(예정) 부가가치세 신고시 ○○세무서에 제출한 청구법인과 체결한 부동산 임대차계약서에는 임대차기간이 2005.12.29.부터 2008.12.28.까지로 기재되어 있고, 청구법인과 수탁법인 사이에 2005.12.27. 체결된 부동산매매계약서상 소유권이전등기 후 쟁잼부동산의 사용ㆍ수익을 제한하는 특약사항이 없으며, 사업자등록 신청시 사업개시일란에도 2005.12.29.이라고 기재한 사실이 있으므로 청구법인은 쟁점부동산을 소유권이전 등기접수일인 2005.12.29.부터 이용한 것으로 봄이 타당하므로 당초 처분은 정당하다. 설령, 청구법인의 주장대로 쟁점부동산의 공급시기를 2006.1.17.로 하더라도 동 매입세액은 2005년 제2기분 부가가치세 확정신고시 공제하여야 할 매입세액으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서상의 매입세액을 등록전 매입세액에 해당한다고 보아 매입세액불공제 및 신고불성실가산세를 부과한 처분이 정당한지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제9조 【거래시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때 (2) 부가가치세법 제5조 【등록】① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.

② 제1항에도 불구하고 둘 이상의 사업장이 있는 사업자는 사업자단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할세무서장에게 등록할 수 있다. (3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

5. 제5조제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다. (4) 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】② 법 제17조제2항제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

⑧ 법 제17조제2항제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.

⑨ 법 제17조제2항제5호 단서에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일이내의 것을 말한다. (5) 부가가치세법 제22조 【가산세】② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면, 2005.12.20. 신탁을 원인으로 하여 2005.12.21. 청구외법인에서 수탁법인에게 소유권이전 등기되었다가, 2005.12.27. 매매를 원인으로 하여 2005.12.29. 청구법인 명의로 소유권이전등기가 되었다. (나) 수탁법인과 청구법인 간에 작성한 2005.12.27.자 쟁점부동산매매계약서에 의하면, 제1조에서 매각대금은 5,534,000천원(부가가치세 별도)로 하고 아래<표1>의 납부방법에 의하여 수탁법인이 지정하는 계좌(○○은행)로 납부하되 계약금은 입찰보증금으로 대체하고 잔금은 현금 또는 금융기관 등의 자기앞수표로 하여 무통장 입금하고, 제2조에서 매매대금을 완납함과 동시에 소유권이전서류를 교부키로 하며 청구법인은 소유권이전 신청이 가능한 날로부터 60일 이내에 청구법인의 비용으로 완료하며, 제5조에서 청구법인은 잔금납부 이전에 수탁법인의 승인없이 쟁점부동산에 대하여 임의로 전매, 임대, 점유이전, 제3자에의 권리설정 등의 행위를 하지 아니한다고 약정되어 있다. <표1: 쟁점부동산 매각금액 및 대금지급시기> (단위: 원) 구 분 금 액 납부일 비 고 계약금 1,660,200,000 2005.12.27. 매매대금(부가세 제외)외 30% 기납부한 입찰보증금으로 대체 잔금 4,306,978,010 2006.1.16.한 계약체결일로부터 20일 이내에 부가세 포함 일괄납부 합계 5,967,178,010 *대금내역: 토지 1,202,219,879원 + 건물 4,331,780,121원 +부가가치세 433,178,010원 (다) 청구법인은 위 약정에 따라 수탁법인에게 아래 <표2>와 같이 매매대금을 지급하였고, 수탁법인은 아래 <표3>과 같이 매매대금을 출금하여 사용하였으며, 나머지 금액 755,793,434원(이자포함)은 2006.1.17. 위탁자인 청구외법인에게 지급하였다. <표2: 쟁점부동산 매매대금 지급내역> (단위:원) 번호 항목 지급처(예금주) 금액 지급계좌 비고 1 계약금

○○신탁(주) 1,660,200,000

○○은행 2005.12.27. 입금 2 잔금 3,436,978,010 2005.12.29. 입금 3 신탁보수 과오납금 600 2006.1.3. 입금 계 5,097,178,610 (라) 청구법인은 2006.1.23. 부동산임대업을 영위하기 위하여 사업자등록신청(개업일 2005.12.29.)을 하였고, 청구법인과 (주)○○실업 간에 작성한 2005.1.17.자 쟁점부동산 임대차계약서에 의하면, 임대차 기간은 2006.1.17.~2009.1.16.(3년)으로 약정되어 있으며, 청구법인으로부터 쟁점부동산을 임차한 (주)○○실업은 2006.5.29. 사업자등록신청을 하고 2006.6.1.부터 사업을 개시하였다. (마) 청구법인은 청구외법인으로부터 2005.12.29.자로 된 쟁점세금계산서를 수취하여 2006.1.25. 2005년 제2기(확정) 부가가치세 신고시 매출세액에서 동 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였고, 처분청은 쟁점부동산의 공급시기를 2005.12.29.로 보고 쟁점세금계산서상의 매입세액을 사업자등록일부터 20일 이전에 수취한 등록전 매입세액이라 하여 매입세액불공제하고 신고불성실가산세를 적용하여 이 건 부가가치세를 과세하였는 바, 청구법인의 경우사업자등록신청일 및 교부일이 2006.1.23.이므로 청구법인의 사업자등록번호가 기재된 쟁점세금계산서는 2006.1.23. 이후에 작성하면서 작성일자를 2005.12.29.자로 소급하여 작성된 것임을 알 수 있다. (바) 한편, 청구법인이 제시하는 2005.12월(청구법인은 2005.12.30.자라 함) 자 쟁점부동산에 대한 매매예약 등 계약서에 의하면, 갑(청구법인), 을〔청구외법인(쟁점부동산 소유자), (주)○○실업(청구법인으로부터 쟁점부동산을 임차한 임차인)〕, 병(수탁법인)간에 작성한 것으로서 병이 2005.12.27. 갑에게 매도한 쟁점부동산을 장차 을에게 매수하는 본 계약을 체결할 것을 약정하는 계약인 바, 그 약정내용을 보면, 소유권이전등기일로부터 3년이 되는 날을 기준으로 6월 이내에 을에 대하여 본 계약이 성립된 것을 서면으로 통지하고(계약서 제1조 제1항), 을은 갑에게 60일 내에 60억원(부가가치세 별도)을 지급하고 동시에 갑은 쟁점부동산의 소유권을 이전하여야 하며(계약서 제1조 제8항), 을은 갑과 병간에 목적물에 대한 부동산매매계약에 따른 잔금지급과 동시에 제반 근저당권설정등기를 말소하여야 하며, 동시 이행이 불가능할 경우 그 담보액수를 잔금에서 공제하고 잔금완납일에 채무자가 을에서 갑으로 교환된 것으로 처리하고 (계약서 제1조 제9항), 쟁점부동산에 임차인이 있는 경우 잔금에서 임차보증금액을 공제하며, 잔금 완납시 갑과 을은 당해 임차보증금반환채무를 인수하고 갑은 당해 임차인에게 임차보증금반환채무인수에 대한 내용을 채무승계 후 7일 이내에 고지한다고(계약서 제1조 제10항) 약정되어 있다.

(2) 처분청은 쟁점부동산의 공급시기가 소유권이전 등기접수일인 2005.12.29.이므로 쟁점세금계산서상 매입세액은 등록전 매입세액에 해당한다는 의견이고, 청구법인은 쟁점부동산의 경우 부동산임대용 건물로서 그 사용이 가능하게 된 때를 공급시기로 보아야 하며 그럴 경우 동 부동산에 설정된 가압류 등이 말소되고 청구외법인에게 최종잔금이 지급된 2006.1.17.을 공급시기로 보아야 한다는 주장이므로 이에 대하여 본다. (가) 부가가치세법 제9조 제1항 제2호 의 규정에 의하면, 재화의 이동이 필요하지 아니한 부동산의 공급시기는 당해 부동산을 이용가능하게 되는 때로 규정하고 있고, 여기서 이용가능하게 되는 때라 함은 원칙적으로 소유권이전등기일을 말하는 것이나 매매잔금 미지급 등의 사유로 당사자간 특약에 의하여 당해 부동산에 대해 잔금지급이전까지 사용ㆍ수익 등 이용을 제한하고 있는 경우에는 실제로 사용ㆍ수익이 가능한 날을 공급시기로 보는 것이 타당하다 할 것이다(국심 2005전4009, 2006.5.11. 같은 뜻임). (나) 처분청은 청구법인이 위 <표2>와 같이 2005.12.29.가지 수탁법인 명의의 금융계좌로 5,097,178천원을 입금하였고 나머지 870,000천원은 잔금지급일인 2005.12.29. 임대보증금과 상계한 것이므로 쟁점부동산의 매수와 관련된 최종잔금지급일은 2005.12.29.이며 같은 날 소유권이전등기가 되었으므로 쟁점부동산의 이용가능 시점(공급시기)는 2006.1.17.이 아니라 2005.12.29.이라는 의견이다. (다) 그러나, 쟁점부동산의 경우 청구법인이 전소유자인 청구외법인으로 직접 취득한 것이 아니라 수탁법인인 ○○신탁(주)를 통해 취득한 특수한 거래로서 위 <표3>에서 보듯이 수탁법인이 청구외법인에게 부동산대금을 정산(지급)한 시기는 2006.1.17.이고, 2006.1.16.가지 가압류 및 가처분 등을 모두 말소한 점, 청구법인의 사업자등록번호가 2006.1.23.이후에 교부되었음에도 쟁점세금계산서상 공급받는자의 사업자등록번호란에 청구법인의 사업자등록번호가 기재되어 있는 것으로 보아 쟁점세금계산서는 사업자등록신청일인 2006.1.23.이후에 발행일자 및 작성일자를 소유권이전등기일인 2005.12.29.로 잘못 기재하여 작성하였다고 보이는 점, 청구법인과 (주)○○실업 간에 2006.1.17.자로 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 작성하고, 동 부동산을 임차한 (주)○○실업이 2006.5.29. 사업자등록 신청을 하고 2006.6.1.부터 사업을 개시한 점 등에 비추어 쟁점부동산의 이용가능 시점(공급시기)은 소유권이전등기일(2005.12.29.)로 보기보다는 양도자인 청구외법인에게 실제로 매매대금이 지급되고 가압류 등이 말소된 이후인 2006.1.17.로 보는 것이 타당하다 할 것이나, 2006.1.17.을 공급시기로 보더라도 2005.12.29.자로 교부된 쟁점세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 양도자와 청구법인이 이를 근거로 부가가치세를 신고한 점에 비추어 청구법인을 선의의 거래당사자로 보기도 어렵다 할 것이므로, 과세기간이 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 쟁점세금계산서에 대하여 매입세액을 불공제하고 신고불성실가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.