부가가치세 공통매입세액 안분계산

○○세무서장이 2006.3.2. 청구인에게 한 2004년 2기 부가가치세 119,398,570원의 부과처분은 공통매입세액을 과세분과 면세분의 도축수의 비율로 안분하여 과세분 매입세액을 공제하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각합니다.

청구인은 2004.1.16.부터 현재까지 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 ‘○○식품’이라는 상호로 임가공도축업을 영위하는 업체로서, 2004년 2기에 폐수처리장 시설 등 고정자산(이하 “쟁점시설”이라 한다) 취득과 관련한 매입세금계산서 공급가액 1,579,949천원(이하 ‘쟁점세금계산서’라 한다)의 매입세액을 환급받는 것에 대하여, 처분청은 쟁점세금계산서상의 매입세액을 과세 및 면세분 공급가액 비율로 안분계산한 후, 면세 해당분에 대한 매입세액을 불공제하여 2006.3.2. 청구인에게 2004년 2기 부가가치세 119,398,570원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.5.30. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점시설이 도축장시설과 관련된 것임이 건축물 관리대장 ․ 공사계약서 ․ 견적서 등으로 확인되므로 공통매입세액으로 안분계산 한 것은 부당하며, 청구인은 과세사업인 도축업을 주업으로 하고, 면세사업인 식육판매업은 부수적으로 운영하여 식육판매업을 위한 도축량이 총 도축량의 2% 정도에 불과하므로, 안분계산 하는 경우에도 과세 및 면세분 공급가액 기준이 아닌 사용비율(도축수)로 하여 과세함이 정당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점세금계산서가 과세사업인 도축업과 관련된 시설의 매입세금계산서이고, 식육판매업을 위한 도축수가 총 도축량의 5%이내이므로 과세 및 면세분 공급가액을 기준으로 안분하여 매입세액을 부인하는 것은 부당하다고 주장하나,청구인은 도축업과 식육판매업을 동일한 사업장내에서 운영하고 있어 쟁점시설의 사용용도를 명확히 구분 할 수 없고, 부가가치세법시행령 제61조 에 의해 사용비율(도축수)이 아닌 과세와 면세의 공급가액으로 안분계산하는 것이 타당하므로 이 건 과세는 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 쟁점시설이 과세사업(도축업) 전용시설인지 여부

(2) 쟁점시설이 공통매입세액을 과세사업(도축업)과 면세사업(식육판매업)으로 안분함에 있어 공급가액비율로 안분함이 타당한지, 도축수의 비율로 안분함이 타당한지 여부

• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액 (2) 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세 사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 ×

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간 중의 공통매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의 2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입세액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용 면적의 비율 (3) 부가가치세법 시행규칙 제18조 의 2【매입세액의 안분계산】

① 영 제61조 제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

② (삭제, 1981.1.31)

③ 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간중에 당해 재화를 공급하여 영 제48조의 2 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 과세표준을 계산한 경우에는 그 재화에 대한 매입세액의 안분계산은 동조 동항의 규정에 의하여 계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 쟁점시설을 과세사업과 면세사업 겸영시설로 보아 이 건을 과세한데 대하여, 청구인은 쟁점시설이 과세사업 전용시설이라고 주장한다. (나) 청구인이 세금계산서를 수취한 2004년 2기 부가가치세 신고내용을 보면, 과세분 공급가액은 40,272천원이고, 면세분 공급가액은 66,026천원으로 나타나는 바, 청구인이 과세․면세 겸영사업자임을 알 수 있고, 면세사업인 식육을 생산하기 위해서는 과세사업 과정인 도축이 필수적으로 전제 되어야만 할 것이므로, 쟁점시설을 과세사업(도축업) 전용시설로 보기 어렵다. (다) 따라서, 처분청이 쟁점시설의 매입세액을 과세사업과 면세사업의 공통매입세액으로 보아 안분한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구인이 과세사업과 면세사업의 겸영사업자이므로 쟁점시설을 과세 및 면세사업의 공급가액으로 안분하여 이 건을 과세한데 대하여, 청구인은 사용비율(도축비율)로 안분하여야 한다고 주장한다.

1. 처분청은 청구인이 쟁점세금계산서를 수취한 2004년 2기 부가가치세 신고내용에 따라 과세사업 공급가액은 40,272천원, 면세사업 공급가액 66,026천원으로 하여 과세사업과 면세사업을 37.9%대 62.1%로 안분하여 과세하였다. 2004년 2기 과세․면세사업 공급가액 (단위: 천원, %) 총공급가액 과세 공급가액 면세 공급가액 106,298 (100.0) 40,272 (37.9) 66,026 (62.1)

2. 우리원이 2006.9.5. 청구인의 사업장을 관할하고 있는 ○○도 가축위생연구소○○지소에 청구인의 도축현황을 공문으로 요청하여 회신받은 자료에 의하면, 청구인은 2004년 2기 총 도축수 3,595마리 중 과세사업은 임도축으로 96.2%인 3,459마리이고, 면세사업은 식육판매업을 위한 자가 도축으로 3.8%인 136마리를 도축하여 ○○축산과 ○○축산유통주식회사에게 공급한 것으로 나타난다. 2004년 2기 도축현황 (단위: 마리, %) 구 분 합 계 과세사업(임도축) 면세사업(자가도축) 도축수 기준 3,595 (100.0) 3,459 (96.2) 136 (3.8)

3. 과세사업인 임도축과 면세사업인 자가도축 모두 쟁점시설에서 이루어지고, 그 도축하는 단위당 소요시간에 차이가 없으나, 처분청이 안분기준으로 한 위의 공급가액 중 면세사업분은 청구인이 소와 돼지를 도축하여 판매한 가액이고, 과세사업분은 타인의 소와 돼지를 도축한데 대한 수수료이어서, 면세사업분의 공급가액은 소와 돼지의 판매가액이 포함된 재화의 공급가액이고, 과세사업분의 공급가액은 도축한 소와 돼지의 가액이 포함되지 않은 용역의 공급가액(가공수수료)이기 때문에 이들 공급가액은 그 성격이 상이하여 이 공급가액 비율에 의하여 공통매입세액을 안분함은 불합리하다고 할 것이므로 이 건 쟁점시설이 과세․면세사업에 기여한 정도는 각 사업별 도축수에 비례하여 실지 귀속한다고 보는 것이 합리적인 안분계산이라고 할 것이다(국심 1999구440, 1999.12.29. 같은 뜻임) (나) 위의 내용을 종합하여 보면, 청구인은 겸영사업자이고, 청구인이 쟁점세금계산서를 수취한 2004년 2기에 임도축과 자기도축 비율은 96.2%대 3.8%로 확인되며, 과세사업분과 면세사업분 모두 쟁점시설에서 도축하는 것이고, 그 도축하는 단위당 소요기간에 차이가 없음에도, 면세사업분의 공급가액은 소와 돼지의 판매가액이 포함된 재화의 공급가액이고, 과세사업분은 공급가액은 도축한 소와 돼지의 가액이 포함되지 않은 용역의 공급가액(가공수수료)으로 그 성격이 상이하여 이 공급가액 비율에 의하여 공통매입세액을 안분함은 불합리하다고 할 것인 바, 쟁점시설이 과세․면세사업에 기여한 정도에 따라 안분하는 것이 보다 합리적이라고 할 것이고, 쟁점시설이 과세․면세사업에 기여한 정도는 각 사업별 도축수에 비례하여 실지 귀속한다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.