부가가치세 과세표준의 안분계산 적정여부

○○세무서장이 2006.3.22. 청구법인에게 한 부가가치세 230,388,810원(2003.1기 예정 51,127,830원, 2003.1기 확정 24,919,170원, 2003.2기 확정 23,898,590원, 2004.1기 예정 23,393,950원, 2004.1기 확정 22,889,110원, 2004.2기 확정 21,868,530원, 2005.1기 예정 21,369,330원, 2005.2기 예정 40,922,300원)의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소한다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 43평형 300세대(이하 “쟁점아파트”라 한다)의 신축분양과 관련하여 2003년 제1기부터 2005년 제2기 예정신고분까지 분양계약서상의 토지 및 건물가액에 의하여 각 과세기간의 부가가치세를 신고∙납부한 후, 2005.10.28. 쟁점아파트의 토지 및 건물가액을 공급계약일(2003.1.24.) 현재 총분양가액을 기준시가로 안분계산하여 수정신고하였다가 2006.1.10. 당초 신고한 가액으로 건물가액을 산정하여 줄 것을 아래와 같이 경정청구하였으나 처분청은 2006.3.22. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.4.14. 이 건 심판청구를 제기하였다. (단위: 원) 과세기간 수정신고 경정청구 차 액 2003.1기 예정 1,000,009,460 948,881,630 51,127,830 2003.1기 확정 384,372,770 359,453,600 24,919,170 2003.2기 확정 292,892,770 268,994,180 23,898,590 2004.1기 예정 279,433,190 256,039,240 23,393,950 2004.1기 확정 284,295,810 261,406,700 22,889,110 2004.2기 확정 206,957,780 185,089,250 21,868,530 2005.1기 예정 218,291,780 196,922,450 21,369,330 2005.2기 예정 361,931,080 321,008,780 40,922,300 계 3,028,184,640 2,797,795,830 230,388,810

• 가. 청구인 주장 쟁점아파트의 토지와 건물의 분양가액 중 토지가액은 취득가액에 개발부담금 등 부대비용을 합한 금액에 의하여 산정하고, 건물가액은 신축비용에 이윤을 더하여 산정하였으며, 동 가액은 관할 지방자치단체장(○○장)의 승인을 받아 입주자 모집공고를 통하여 분양계약자에게 사전에 공지된 가액이므로 정상적이고 합리적인 가액일 뿐 아니라, 그 가액에 의하여 부가가치세를 적법하게 신고∙납부한 사실도 있으므로 분양가액에 의하여 건물가액을 산정할 것을 경정청구한데 대하여 이를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점아파트 토지의 취득가액을 그대로 토지의 공급가액으로 보아 분양계약서를 작성한 것이므로 동 가액을 토지의 정상가액으로 볼 수 없으며, 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항에 의하면 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 되어 있고, 토지와 건물 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우에만 취득가액에 비례하여 안분계산하는 것이므로 기준시가가 모두 있는 쟁점아파트에 대하여 취득가액에 근거한 분양가액으로 계산하여야 한다는 경정청구를 거부하였음은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점아파트의 신축 분양과 관련하여 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 총분양가액을 기준시가에 의하여 안분계산한 것이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다. (1) 부가가치세법시행령 제48조 의 2【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실직거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호의 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 당초 쟁점아파트의 분양계약서에 기재된 토지와 건물의 가액(㎡당 토지 545,908원, 건물 1,263,755원 ~ 1,403,419원)에 의하여 부가가치세를 신고하였다가 기준시가에 의한 토지와 건물의 가액(㎡당 토지 160,000원, 건물 430,000원)비율로 안분계산한 가액으로 수정신고한 후 다시 경정청구하면서, 당초 신고한대로 분양계약서에 기재된 토지와 건물가액으로 산정할 것을 경정청구하였으나 처분청은 경정청구 거부통지를 하였다.

(2) 청구법인이 쟁점아파트 토지와 건물의 분양가액을 구분한 내역을 살펴본다. (가) 쟁점아파트 토지는 ○○시장(도시개발본부장)이 ○○시가지조성사업1지구 공동주택용지로 개발완료한 토지로 청구법인은 2002.6.28. 위 용지 중 A-1블록 총 면적 71,868㎡를 ㎡당 512,000원으로 하여 총 36,796백만원에 취득하였고, 쟁점아파트 입주자에 대한 토지의 분양가액은 인천광역시장으로부터의 취득가액에 취득․등록세, 개발부담금, 취득시부터 분양계약시까지의 이자비용, 공과금 등을 합한 ㎡당 545,908원으로 하였음이 ○○시의 ○○신도시 공동주택용지 공급대상자 통보(업무지원13130-1595, 2002.5.22) 등에서 확인된다. (나) 쟁점아파트 건물은 건물신축 도급비 116,286백만원, 주택분양보증수수료 2,076백만원, 광역 교통시설부담금 1,401백만원, 쓰레기 자동집하시설 설치공사 부담금 746백만원, 종합토지세 83백만원 등 총 공사투입원가 120,592백만원 중에서 쟁점아파트 단지내 33평형 아파트 724세대의 공사투입원가 42,655백만원에 이윤을 합하여 건물분양가액을 산정하였음이 도급계약서, 수수료 영수증 등에서 확인된다. (다) 청구법인은 쟁점아파트 분양시 입주자 모집공고를 ○○시 ○○장의 승인(지건 58512-6976, 2002.12.20.)을 받은 사실이 있고, 동 승인사항에는 쟁점아파트 토지와 건물의 가액도 포함되어 있음이 확인되며, 청구법인은 동 승인된 가액에 의하여 입주자 모집공고를 하고 피분양자들과 분양계약을 체결하였음이 분양계약서 등에서 확인된다.

(3) 쟁점아파트의 전체분양가액 중 건물 분양가액(부가가치세 제외금액)의 비율은 82.59%로 같은 단지내 부가가치세가 과세되지 아니하는 33평형 아파트의 전체분양가액 중 건물 분양가액 비율 82.91%와 비슷하며, 쟁점아파트 토지의 ㎡당 기준시가는 2002년 160,000원에서 2003년 500,000원으로 상향조정된 바도 있으므로 쟁점아파트의 건물분양가액을 토지분양가액에 비하여 과다책정하였다고 보기 어렵다.

(4) 살피건대, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급함에 있어 그 부가가치세 과세표준은 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항의 규정에 의하여 원칙적으로 그 토지 및 건물의 실지거래가액에 의하여야 하며, 아파트 신축분양에 있어서 토지와 건물 등의 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되고, 분양계약서상에 동 가액에 의하여 구분 표시된 가액으로 분양자와 피분양자간에 분양계약을 체결한 경우에는, 동 가액을 실지거래가액으로 보아 그에 따라 토지와 건물가액을 계산함이 타당하다고 할 것이다. 이 건의 경우 분양계약서상의 토지가액은 분양 7개월전 ○○시장이 주택분양용지로 이미 개발이 완료된 토지를 취득하여 별도의 추가공사비 소용가 없었다고 할 수 있고, 청구법인도 동 토지를 주택분양용지로 사용하는 이외에 다른 용도로의 전환이 불가능하였으며, 건물가액은 도급공사비 및 건물 신축에 따른 부대비용에 일정 이윤을 더하여 산정하였음이 나타나고, 동 분양계약서상의 토지 및 건물가액은 ○○시로부터 승인받아 입주자 모집공고시 공표된 가액이므로 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보기는 어렵다. 따라서, 청구법인이 쟁점아파트의 분양가액에 의하여 토지와 건물의 가액을 산정하여 줄 것을 경정청구한데 대하여 처분청이 토지와 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거분한 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.