장기보유특별공제 대상 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인외 4인(이하 “청구인 등”이라 한다)은 1997.5.20. ○○○로부터 ○○○ 소재 대지 1,029.4㎡(이하 “쟁점자산”이라 한다)를 1,699,360천원에 취득하기로 하는 용지매매계약을 체결하고 계약보증금 169,936천원을 납부하였으며, 나머지 금액은 6회로 분할하여 지급하기로 하였으나, 위 분할대금을 납부하던중 잔금 19,786천원이 남은 상태에서 2002.12.17. 매수인을 ○○○ 소재 ○○○주식회사(대표자 황○○○, 이하 “청구외법인”이라 한다)로 변경하는 경개계약 및 권리의무승계 계약을 ○○○와 체결하였다. 위 경개계약에 의해 쟁점자산은 1997.5.20.자 매매를 원인으로 2002.12.17. ○○○로부터 청구외법인에게 소유권이전등기되었다. 처분청은 2005.11.9.～2005.11.25. 기간동안 쟁점자산의 양도에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점자산의 양도를 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’의 양도로 보고 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 2006.1.5. 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세 17,274,940원(청구인 지분: 12.5%)을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.1.27. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인 등은 쟁점자산을 청구외법인에게 양도하고 양도가액을 287,500천원(청구인 지분)으로 하여 자산양도차익예정신고 및 과세표준 확정신고를 하였으며, 2005.11.7. 과소신고한 양도가액 1억원(전체금액 8억원중 청구인 지분)을 추가로 수정신고하여 양도소득세 36,746,398원을 자진납부하였다. 처분청은 위 수정신고에 대해 쟁점자산의 양도가 “토지”의 양도가 아닌 “부동산을 취득할수 있는 권리”의 양도에 해당하는 것으로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 이 건 과세처분하였으나, “부동산을 취득할 수 있는 권리”라 함은 소득세법 제98조 에 의한 취득시기가 도래하기 전의 당해 권리를 말하는 것인 바, 위 규정에 의하여 취득시기가 도래한 자산에 대하여는 권리가 아닌 부동산의 양도로 보아야 한다. 쟁점자산은 1993.9.30. ○○○에서 부지조성공사를 준공하였고, 청구인 등은 1997.5.20. 계약금을 불입하면서 첫회부불금은 1997.11.20. 지불하였으며, 나머지 금액은 6회에 걸쳐 분할상환하기로 약정하고 약 3년간 부불금 납입 후 잔금의 일부가 남은 상태에서 2002.12.17. 양도한 것인 바, 쟁점자산은 이미 부지조성공사가 준공된 토지를 할부조건에 의하여 첫회부불금이 지급된 시점에서 취득하여 양도한 것이므로 처분청이 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도로 보아 이 건 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법시행령 제162조 제1항 제3호 에서 연불조건부 취득에 대하여 “첫회 부불금의 지급일”을 양도 또는 취득시기로 한다고 규정한 것은 “첫회 부불금의 지급일”에 양도 또는 취득의 민법상 효과가 발생하여 양도 또는 취득자산이 “부동산을 취득할 수 있는 권리”에서 “부동산”으로 자산의 종류가 바뀐다는 취지가 아니라 그 자산의 양도 또는 취득이 정당하게 민법상 효력을 발생하였을 경우에 세법상 그 자산의 양도 또는 취득시기를 “첫회 부불금의 지급일”로 의제하여 양도차익을 계산한다는 규정에 지나지 않으며 이 건의 경우와 같이 매매대금 전액을 지급하지 않은 상태에서 경개계약인 권리의무승계계약을 체결하여 청구인이 매수인의 지위를 청구외법인에게 양도한 경우 그와 같은 사실만으로는 그 토지에 대한 사실상의 소유권을 취득하였다고 볼 수 없으므로 청구인이 취득한 쟁점자산은 “부동산(토지)” 이 아닌, “부동산을 취득할 수 있는 권리”로 보아야 한다. 따라서 청구인이 양도한 쟁점자산은 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목에서 규정하는 “부동산을 취득할 수 있는 권리”의 양도에 해당하므로 처분청이 쟁점자산의 양도에 대하여 같은 법 제95조에 의한 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 이 건 과세한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점자산을 ○○○로부터 연불조건부로 취득하여 첫회부불금 및 분할대금을 납부하고 잔금만 남은 상태에서 양도한 경우 부동산의 양도로 보아 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. 1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) (2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 ࡒ양도가액ࡓ이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 ࡒ양도차익ࡓ이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30 (3) 소득세법시행령 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (4) 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부등록부 또는 명부 등에 기재된 등기등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

(5) 구 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】→ 1999.12.31. 개정 전 규정

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 첫회 부불금의 지급일. 다만, 첫회 부불금의 지급일전에 소유권이전등기등을 한 경우에는 등기부등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다. (6) 소득세법시행령 부칙(1999.12.31. 법률 제16664호) 제7조【양도소득에 관한 적용례】

③ 제162조 제1항 제3호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이 도래하는 분부터 적용한다. 다만, 이 영 시행 당시 종전의 규정에 의하여 양도 또는 취득의 시기가 도래한 것에 대하여는 종전의 규정에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2005.11.9.～11.25. 기간동안 청구인 등에 대한 세무조사를 실시하였는 바, 그 조사종결보고서에 의하면, 청구인 등은 쟁점자산을 1997.5.20. ○○○로부터 분양받아 1997.5.20.자로 매수인을 청구외법인으로 변경하는 경개계약을 체결하여 2002.12.17. ○○○로부터 청구외법인으로 등기이전하였으므로 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’의 양도에 해당하는 것으로 보고 장기보유특별공제의 적용대상이 아닌 것으로 보아 이 건 과세한 사실이 확인된다.

(2) 청구인은 1993.9.30. ○○○에서 쟁점자산에 대한 부지조성공사를 준공하였고, 청구인은 1997.5.20. 계약금을 불입하면서 첫회부불금은 1997.11.20. 지불하였으며, 나머지 금액은 6회에 걸쳐 분할상환하기로 약정하고 약 3년간 부불금 납입 후 잔금의 일부가 남은 상태에서 2002.12.17. 양도하였으므로 첫회부불금이 지급된 시점에서 부동산을 취득할 수 있는 권리가 아닌 토지를 취득한 것으로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하면서 분양계약서 등을 제출하고 있는 바, 청구인이 제출한 증빙 등에 의하여 청구인이 부동산을 양도한 것으로 볼 수 있는지 여부에 대해 살펴본다. (가) 청구인 등(을)과 ○○○(갑) 간에 1997.5.20. 체결한 용지매매계약서에 의하면, 매매대금은 1,699,360천원, 계약보증금은 169,936천원이고 제1조(지정용도)에서 갑은 목적용지를 중심상업용지로 지정하고 을은 계약체결일(갑이 정하는 공사준공일 전에 계약을 체결하는 경우에는 공사준공일)로부터 3년 이내에 이를 지정용도로 사용하여야 하며, 제6조(목적용지의 사용승낙)에서는 을이 제1조에 따라 지정용도로 사용하기 위하여 미지급 잔대금에 대하여 갑이 요구하는 확실한 담보를 제공하고 목적용지의 사용을 요구하는 경우에는 매매대금 완납전이라도 그 사용을 미리 을에게 허용할 수 있다고 규정하고 있으며 할부금 수납은 아래와 같이 약정한 사실이 확인된다. ○○○ (나) 청구인 등과 청구외법인은 2002.10.17. ○○○주식회사와 쟁점자산에 대한 양도계약을 체결하였는 바, 그 부동산매매계약서에 의하면, 매매대금은 31억원, 2002.10.17. 계약금 3억원, 2002.10.30. 중도금 6억원, 2002.12.15. 잔금 22억원을 지급하는 것으로 하여 약정한 사실이 확인된다.

○○○ (3) 소득세법시행령 제162조 제1항 제3호 에서 장기할부 취득 및 양도에 대하여 “첫회 부불금의 지급일”을 양도 또는 취득시기로 한다고 규정한 것은 장기할부조건의 자산 양도시 자산이 사실상 유상으로 양수인에게 이전됨에 따라 자산의 양도가 이루어졌다고 인정되는 경우에 그 양도차익을 계산함에 있어 양도나 취득의 시기를 의제하는 규정에 불과할 뿐, 자산이 사실상 유상으로 양수인에게 이전되었는지를 묻지 않고 첫회 부불금의 지급일에 자산의 유상양도가 이루어졌다고 의제하는 것으로 볼 수는 없다 하겠다○○○.

(4) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 볼 때, 청구인이 쟁점자산의 취득과 관련하여 잔금 19,786,460원(총분양대금 1,960,389,460원 중 약 1%)을 지급하지 아니한 상태에서 양도한 사실에 대하여는 다툼이 없는 바, 소득세법시행령 제162조 제1항 제3호 의 규정은 “첫회 부불금의 지급일”에 양도 또는 취득자산이 “부동산을 취득할 수 있는 권리”에서 “부동산”으로 자산의 종류가 바뀐다는 취지가 아니라 그 양도차익을 계산함에 있어 양도나 취득의 시기를 의제하는 규정에 불과하므로 처분청이 쟁점자산의 양도를 “부동산을 취득할 수 있는 권리”의 양도로 보고 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 이 건 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.