무신고자 경정청구 거부 및 지하주차장 등의 안분계산 적법 여부

1. ○○세무서장이 2005.3.31. 청구법인에게 한 부가가치세 2003년 제2기분 265,489,350원 및 2004년 제1기분 334,807,980원을 환급하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 신축건물인 ○○문화관의 지하 2층 기계실, 발전기실, 전기실 522.67㎡, 제2기숙사의 지상 2층 공조실 10.28㎡, 지하 1층 전기 및 발전기실 201.54㎡, 지하 2층 기계실 234.23㎡, 교육연구동의 지상 1층 공조실, 방재실, 주차관리실 38.6㎡, 지하 3층 주차장, 전기실, 기계실, 보일러실, 등 804.37㎡, 한방병원 지하 1층 주차장, 공조실, 휀룸 968.20㎡, 지하 2층 주차장, 휀룸 895.79㎡, 지하 3층 기계실, 전기실, 발전기실, 정화조, CO2 용기실 1,203.67㎡를 실제로 사용하는 공통사용면적으로 보아 공통매입세액 중 과세사용면적의 비율에 해당하는 세액을 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 학교법인 ○○법인의 지점법인으로 교육사업, 한방병원의 의료사업과 학생들의 복지시설 운영을 위한 임대사업을 영위하고 있는 비영리학교법인으로, 과세 및 면세사업에 사용하기 위하여 1999년 제2기부터 2003년 제1기까지의 공통매입세액을 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간인 2003년 제2기 및 2004년 제1기의 과세기간에 정산하여 부가가치세 2003년 제2기분 265,489,350원, 2004년 제1기분 334,807,980원(이하 “쟁점부가가치세”라 한다)을 환급하여 달라고 경정청구를 하였다. 처분청은 청구법인이 2003년 제2기 및 2004년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점건물의 신축면적에 과세사용면적이 없다고 신고하였을 뿐만 아니라 1999년 제2기부터 2003년 제1기까지 부가가치세 신고를 하지 아니하였으므로 경정청구 대상이 아닌 것으로 보아 2005.3.31.청구법인에게 쟁점부가가치세를 환급하여 줄 수 없다고 경정청구에 대하여 거부통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.5.23. 이의신청을 거쳐 2005.10.24. 이 건 심판 청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

1. 청구법인이 1999년 제2기부터 2003년 제1기까지 부가가치세 신고는 하지 않았지만 매입처별세금계산서합계표는 제출하였고, 처분청이 1999.2.19. 청구법인을 부동산임대업을 영위하는 과세사업자로 직권으로 경정하였으며, 공통매입세액은 과세 및 면세사업면적이 확정되는 과세기간에 정산하는 것이므로 1999년 제2기 부터 2003년 제1기까지의 기간에 해당하는 공통매입세액을 과세 및 면세사업면적이 확정된 2003년 제2기 및 2004년 제1기 과세기간의 공통매입세액으로 정산하여 과세사업면적에 해당하는 매입세액을 환급하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

2. 처분청의 이의신청 결정에서 쟁점건물에 대한 2003년 제2기 및 2004년 제1기의 공통매입세액을 과세 및 면세사용면적에 따라 안분계산하면서 복도, 계단 및 화 장실 만 공통사용면적으로 보았으나 쟁점건물의 실제 사용면적인 지하주차장, 전기실, 기계실 등(이하 “쟁점지하주차장 등”이라 한다)도 과세 및 면세사용면적의 공통 사용면적에 해당하므로 쟁점지하주차장 등도 과세 및 면세사용면적으로 보아 공통매입세액을 정산하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

1. 1999.2.19. 청구법인에 대하여 부동산임대업의 수익사업 개시일을 직권으로 경정한 것은 법인세법상 수익사업의 개시일을 직권으로 경정한 것으로 부가가치세법상 과세사업을 직권으로 등록한 것은 아니며, 청구법인은 2003.6.23. 쟁점건물의 부동산임대업(과세사업)에 대한 사업자등록을 하였을 뿐만 아니라 1999년 제2기부터 2003년 제1기까지는 부가가치세 신고도 하지 아니하였으므로 법정신고기한 내에 과세표준을 신고한 경우에만 경정청구를 할 수 있다는 법령에 위배되므로 1999년 제2기부터 2003년 제1기까지의 기간에 해당하는 공통매입세액을 2003년 제2기 및 2004년 제1기에 정산하여 과세사업면적에 해당하는 매입세액을 환급하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

2. 당초 경정청구시 쟁점지하주차장 등을 공통사용면적으로 신청하지 않았으나 이의신청시 공통사용면적으로 안분계산하여 달라고 청구하였고, 쟁점지하주차장 등은 건물 전체를 이용하기 위한 공통사용면적에 해당하므로 쟁점지하주차장 등을 공통사용면적으로 보아 과세 및 면세사용면적에 따라 안분계산하여 공통매입세액을 정산하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점

1. 법정신고기한 내에 부가가치세 신고를 하지 아니한 1999년 제2기부터 2003년 제1기까지의 기간에 해당하는 공통매입세액을 안분계산하여 달라는 경정청구를 거부한 처분의 당부

2. 신축건물의 지하주차장, 전기실, 기계실 등을 공통사용면적으로 보지 아니하고 공통매입세액을 안분계산한 처분의 당부

• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 국세기본법(2005.7.13. 법률 제7582호로 개정되기 전의 것) 제45조의 2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초 신고 및 수정신고한 국세의 과세 표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② (생략)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

④ ~ ⑤ (생략)

○ 부가가치세법(2006.3.24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액 】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. ~ 4. (생략)

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

③ ~ ⑥ (생략)

○ 부가가치세법세행령(2005.12.30. 대통령령 제19215호로 개정되기 전의 것) 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입 세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간 중의 공통매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의 2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

⑤ (생략)

○ 부가가치세법 제61조 의 2【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조 제4하의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = {총 공통매입세액 × 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 [1- ] - 기공제세액} 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = {총공통매입세액 × 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 [1- ] - 기공제세액} 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적

• 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점 1)에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인이 1999년 제2기부터 쟁점건물을 신축하면서 2003.6.23. 사업자등록을 한 사실과 1999년 제2기부터 2003년 제1기까지 교부받은 공급가액 17,214,909,833원의 세금계산서에 대하여 부가가치세 신고를 하지 아니하였으며, 쟁점건물이 과세사업과 면세사업에 겸용으로 사용되고 있는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.
• 나) 청구법인은 1999년 제2기부터 2003년 제1기까지 부가가치세 신고는 하지 아니하였지만 1999.2.19. 청구법인이 수익사업을 추가하는 것으로 직권으로 경정하였고, 매입처별세금계산서합계표도 제출하였으므로 1999년 제2기부터 2003년 제1기까지의 공통매입세액을 2003년 제2기 및 2004년 제1기에 정산하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
• 다) 경정청구 관련법령인 국세기본법 제45조 의 2(경정 등의 청구)를 살펴보면, 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초 신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있다.
• 라) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구법인은 쟁점건물을 신축하면서 임대사업부분에 대하여 2003.6.23. 사업자등록 신청을 하였고, 처분청이 1999.2.19. 청구법인이 수익사업을 영위하는 것으로 하여 직권으로 경정한 사실은 인정되지만 이는 법인세법상 수익사업을 영위하는 것을 의미하는 것으로 부가가치세법상 과세사업을 직권으로 경정한 것은 아니며, 또한, 청구법인이 1999년 제2기부터 2003년 제1기까지의 과세기간에 해당하는 매입처별세금계산서합계표는 제출하였지만 과세표준 및 세액에 대한 부가가치세 신고를 하지 아니하였으므로 1999년 제2기부터 2003년 제1기까지의 과세기간은 경정청구의 대상이 아닌 것으로 보여진다. 따라서, 처분청이 1999년 제2기부터 2003년 제1기까지의 공통매입세액을 2003년 제2기 및 2004년 제1기에 정산하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없다 하겠다.

2. 쟁점 2)에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인은 쟁점건물이 과세 및 면세사업으로 사용됨에 따라 2003년 제2기 및 2004년 제1기의 공통매입세액 안분계산에 있어서 복도, 계단 및 화장실은 공통사용면적으로 보아 처분청의 이의신청 결정에서 과세 및 면세사업면적의 비율에 따라 안분하여 공통매입세액을 안분계산하였으나 실제 공통면적으로 사용중인 쟁점건물의 쟁점지하주차장 등도 과세 및 면세사업면적 비율에 따라 안분하여 공통매입세액을 안분계산하여야 한다고 주장하고 있다.
• 나) 이상과 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 쟁점건물은 과세사업과 면세사업에 겸용으로 사용되고 있고, 일반적으로 건물의 지하주차장, 전기실, 기계실 등은 건물전체를 위하여 사용되는 면적으로 공통사용면적에 해당하며, 청구법인이 쟁점건물의 설계도면상의 면적으로 실제사용면적이라고 주장하고 있는 쟁점주차장 등의 면적이 건축물대장상의 지하주차장 등의 면적보다 적은 것으로 보아 설계도면상의 실제 사용면적인 쟁점주차장 등의 면적을 공통사용면적으로 보아 공통매입세액을 안분계산 하는 것이 타당한 것으로 보여진다. 따라서, 처분청이 쟁점주차장 등의 면적을 공통사용면적으로 보지 아니하고 2003년 제2기 및 2004년 제1기의 공통매입세액을 안분계산한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.