장기보유특별공제액 산정시 입주권 보유기간은 제외되는 지 여부

○○○세무서장이 2006.10.16. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 81,796,666원의 환급을 구하는 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1996.5.13. 취득하여 거주하던 ○○○(이하 “기존주택”이라 한다)를 2004.10.31. 재건축사업계획승인을 받은 ○○○건축주택조합에 출자하고 조합원 자격으로 분양받아 취득한 ○○○(분양면적 200.127㎡로써 60평형)의 입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)을 2006.5.19. 1,850,000천원에 양도하고 쟁점입주권을 1세대1주택의 고가주택으로 보아 양도가액 중 6억원 초과분에 대하여 양도소득세를 신고하면서 기존주택의 취득일로부터 사업계획승인일까지의 기간에 대하여만 장기보유특별공제액을 적용하여 2006.7.20. 양도소득세 305,561,262원을 예정신고․납부하였다가, 쟁점입주권의 양도차익 계산시 기존주택의 양도차익 뿐만 아니라 사업계획승인일 이후인 쟁점입주권의 양도차익에 대한 장기보유특별공제액을 추가 공제하는 것으로 하여 2006.7.31 처분청에 기납부 양도소득세 중 81,796,666원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 이에 처분청은 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 대해 적용하는 것으로 부동산이 아닌 입주권의 보유기간에 대하여는 적용하지 아니하는 것이라고 하여 2006.10.16. 청구인의 경정청구를 거부통지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2006.12.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점입주권은 소득세법시행령 제155조 제16항 에 의해 주택으로 의제되어 1세대 1주택의 고가주택으로 하여 양도소득세를 과세한 것이므로 장기보유특별공제도 기존주택의 취득일부터 입주권의 양도일까지의 기간에 대하여 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점입주권이 1세대 1주택으로 의제되더라도 소득세법 제95조 제2항 에 의한 장기보유특별공제 적용 시는 토지 및 건물의 양도차익에 대하여만 적용하고 “부동산을 취득할 수 있는 권리” 부분에 대하여는 적용할 수 없는 것이므로 기존주택의 취득일로부터 재건축사업승인일까지의 기간에 대하여만 적용이 가능하다.

• 가. 쟁 점 소득세법시행령 제155조 제16항 에 의해 1세대 1주택으로 의제되는 쟁점입주권의 양도에 대하여 고가주택으로 양도소득세 과세시 장기보유특별공제액을 산정함에 있어 입주권 보유기간은 제외되는지 여부(기존주택 취득일부터 사업계획승인일까지 기간만 장기보유특별공제가 적용되고, 사업계획승인일부터 입주권의 양도일까지 기간은 제외되는지 여부)
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

○ 소득세법 제95조 【양도소득의 범위】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15[제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 “기준면적 미만 고가주택”이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25]

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30[기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50]

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다.

○ 소득세법시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】

⑯ 도시재개발법에 의한 재개발조합 또는 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일, 그 전에 기존주택이 철거되는 경우에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다.

○ 소득세법시행령 제155조 의 2【기준면적 미만 고가주택】 법 제95조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 264제곱미터 미만이고 주택에 부수되는 토지의 연면적이 495제곱미터 미만인 주택

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 미만인 주택

○ 소득세법시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】

① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 양도가액 - 6억원 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 ×--------------- 양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 양도가액 - 6억원 법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액×--------------- 양도가액

○ 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시재개발법에 의한 재개발조합 또는 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

［양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액＋납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비］＋［(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비］

［양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비］＋［(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비)×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금)÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액］

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 전시한 법령에 의하면, 장기보유특별공제는 토지․건물 등의 부동산의 양도차익에 대하여만 적용하고, 아파트 입주권 등 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익에 대하여는 적용하지 아니하는 것으로 규정되어 있고, 재건축아파트 입주권의 양도차익은 철거된 종전주택의 보유기간에 대한 양도차익과 입주권 상태로 보유한 기간에 대한 양도차익을 구분하여 계산한 후 이를 합산하도록 규정하고 있는 점으로 보아, 재건축아파트의 입주권에 대한 장기보유특별공제는 원칙적으로 철거된 종전주택의 보유기간에 대하여만 적용하고 입주권 상태로의 보유기간에 대하여는 적용하지 아니함을 알 수 있다.

(2) 그러나, 예외적으로 재건축아파트 입주권 중 1세대 1주택으로 의제되는 입주권(사업계획승인일 현재 철거된 종전주택이 1세대 1주택의 비과세요건을 갖춘 것으로서 양도 당시 다른 주택을 소유하지 아니한 경우의 것)의 양도에 대하여는 1세대1주택 비과세제도 적용시 납세자간 과세형평 등을 도모하고자 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도임에도 불구하고 조세정책상 이를 주택(부동산)의 양도로 의제하여 비과세하도록 규정하고 있고, 1세대1주택으로 의제되는 재건축아파트 입주권 중 양도가액이 6억원을 초과하는 입주권은 이를 고가주택으로 보아 6억원을 초과하는 분에 대한 양도차익에 대해서만 양도소득세를 과세함을 알 수 있다.

(3) 위 법령의 규정 등을 종합하면, 이 건 재건축아파트 입주권과 같이 1세대 1주택으로 의제되나, 고가주택에 해당되어 양도가액 중 6억원에 대하여는 비과세하고 6억원을 초과하는 분에 대하여 과세하는 경우, 소득세법상 당해 입주권을 양도 당시 주택(부동산)인 것으로 의제하는 이상, 장기보유특별공제액의 계산시 그 대상이 되는 양도차익은 기존주택의 양도차익과 입주권의 양도차익을 합한 금액으로 하는 것이고, 장기보유특별공제율을 적용함에 있어서도 보유기간에 따른 적용률은 종전주택의 보유기간 뿐만 아니라 입주권 상태의 보유기간까지 즉, 종전주택의 취득일부터 입주권의 양도일까지의 기간을 통산하여 적용함이 타당하다고 판단된다(국심2006서591, 2006.6.30외 다수 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.