신축주택취득자에 대한 양도소득세 감면이 적용되어야 하는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2005.11.4. ○○시 ○○구 ○○동 ○○외 ○필지 ○○아파트 제○○○동 제○○○호(건물 114.35㎡ 및 대지 37.85㎡로서 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도하고 양도소득세 신고시 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 등의 규정에 의해 신축주택취득자에 대한 양도소득세 감면 신청을 하였다. 처분청은 쟁점주택이 2000.11.29. 사용승인을 받은 주택으로서 조세특례제한법 제99조 의 3 규정에 따른 신축주택 감면요건(비수도권 소재 국민주택)에 해당하지도 아니한다 하여 양도소득세 감면을 부인하고 2006.10.16. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 7,526,660원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.12.6. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 조합원 자격으로 쟁점주택에 대해 조세특례제한법 제99조 에서 규정하는 신축주택취득 기간내에 분양계약(1998.9.18.)하고 계약금을 납부하였고, 신축주택취득기간 경과 후인 2000.11.29. 사용승인을 받았으나 신축주택취득기간 이내에 주택조합과 조합원 외의 자인 일반분양자가 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있으므로, 청구인의 쟁점주택 양도에 대하여 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제99조 제3항 제2호 “신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면” 규정에 의해 양도소득세를 감면함이 타당함에도 이를 배제한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 및 동법 시행령 제99조 제3항 제2호의 규정은 주택건설사업자로부터 취득하는 주택에 적용되는 감면규정이므로 쟁점주택과 같이 자기가 건설한 주택은 감면대상이 아니고, 쟁점주택은 2000.11.29. 사용승인을 받은 자기가 건설한 주택으로 조세특례제한법 제99조 의 3 규정을 적용할 경우 비수도권 소재 국민주택만 감면적용 대상으로서 쟁점주택은 그에 해당하지 아니하는 바, 청구인의 감면신청을 배제하고 한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점주택 양도에 대하여 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제99조 제3항 제2호의 규정에 따라 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면이 적용되어야 한다는 청구 주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조 (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제99조 제1항 본문에서 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

② 법 제99조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이라 함은 1998년 5월 21일 이전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

③ 법 제99조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호에 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에서 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득긴간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(3) 조세특례제한법(2002. 12. 11 법률 제6762호) 부칙 제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제2조【일반적 적용례】

② 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 제29조【신축주택에 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다. (4) 조세특례제한법 제99조 의 3(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 신설된 것)【수도권외 지역 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 대통령령이 정하는 수도권외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(국민주택에 한하며 이에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2000년 11월 1일부터 2001년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 ○○ 제○구역 주택재개발조합의 조합원 자격으로 쟁점주택을 분양받아 2000.11.29. 사용승인을 받고 2001.11.22. 소유권 보존등기를 하였으며 2005.11.4. 쟁점주택을 양도하였음을 이 건 심리자료를 통해 알 수 있다. (2) 청구인이 제출한 일반분양 공급분 공급계약서 등에 따르면, 1999.1.15. 손○○가 ○○구역 주택재개발조합과 ○○시 ○○구 ○○동 ○○아파트 ○○○동 ○○○호에 대해 분양계약한 사실 등이 확인된다. (3) 청구인은 신축주택취득기간 이내에 주택조합과 조합원 외의 자인 일반분양자가 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있으므로, 청구인이 조합원 자격으로 취득한 쟁점주택에 대해서도 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 및 같은법 시행령 제99조 제3항 제2호 “신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면” 규정에 의해 양도소득세를 감면함이 타당하다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다. (4) 조세특례제한법 제99조 제1항 에서 제1호는 자기가 건설한 신축주택을, 같은 조 같은 항 제2호는 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우를 규정하고 있으며, 위 제1호와 제2호 모두 주택조합 등의 조합원이 취득하는 주택의 경우를 포함한고 있다. 조세특례제한법 시행령 제99조 제3항 제2호 에서 조합원이 취득하는 주택은 상위법인 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 의 위임근거내에서 해석하여야 할 것이므로 조합원이 일반 분양자로 참가하여 주택을 취득하는 경우로 한정하여 해석하여야 할 것이다. 따라서, 조합원의 주택취득이 조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 에 해당하는지 제2호에 해당하는지 여부는 조합원이 일반 분양자의 자격으로 주택을 취득하는지 조합원의 자격으로 주택을 취득하는지에 따라 결정하여야 할 것이다. (5) 이 건의 경우 청구인은 쟁점주택을 조합원자격으로 취득하였으므로 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 에 규정하는 자기가 건설한 신축주택에 해당됨에도 주택건설사업자로부터 취득하는 주택에 한하여 적용하는 조세특례제한법시행령 제99조 제3항 의 규정을 들어 신축주택취득기간(1998.5.22.~1999.6.30.) 경과 후 사용승인(2000.11.29.)을 받은 쟁점주택의 양도에 대하여도 동 규정에 따라 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 한편, 쟁점주택에 대하여 조세특례제한법 제99조 의 3(2000.12.29.신설) 규정에 의하여 양도소득세 감면 여부를 살펴보아도, 동 규정에 따르면 수도권외의 지역에 소재하는 국민주택에 한하여 감면대상이 되므로 그에 해당하지 아니하는 쟁점주택은 양도소득세 감면대상이 될 수 없다고 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.