쟁점세금계산서를 매입세액 불공제한 처분의 당부

○○세무서장이 2006.9.11. 청구법인에게 한 2002년 제1기 부가가치세 221,230,520원의 부과처분은 이를 취소한다.

○○지방국세청장은 ○○ 주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)에 대한 세무조사에서 동 법인이 청구법인에 주전산기(이하 “쟁점전산기”라 한다)를 공급하고 세금계산서를 발행⋅교부함에 있어, 과세기간을 달리하여 공급시기(2002.6.29.) 이후인 2002.7.2. 공급가액 367,628천원 상당의 주전산기(이하 “쟁점전산기1”이라 한다)에 대한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서1”이라 한다)와 공급가액 711,018천원 상당의 주전산기(이하 “쟁점전산기2”라 한다)에 대한 세금계산서 (이하 “쟁점세금계산서2”라 한다, 쟁점세금계산서1과 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행⋅교부한 사실을 확인하여 처분청에 이를 과세자료로 활용하도록 통보하였다. 처분청은 위 과세자료에 근거하여 청구법인이 쟁점세금계산서에 의하여 2002년 제1기 과세기간의 매입세액을 공제받은 사실을 확인하고 동 매입세액을 불공제하여, 2006.9.11. 청구법인에게 2002년 제1기 부가가치세 221,230,520원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.11.6. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 Solution Provider(최종 고객에게 제품 뿐만 아니라 비즈니스 솔루션과 부가 서비스를 함께 공급하는 업체)로 청구외법인 으로부터 쟁점전산기를 매입함에 있어 계약서상에 명시적으로 검수조건이 부기되어 있지 않았다 하더라도 거래당사자가 묵시적으로 통상적 검수절차의 존재를 인정하고 있어 동 전산기의 공급은 검수조건부공급에 해당하므로 단순히 동 전산기의 배송일을 공급시기로 본 것은 부당하며, 처분청이 과세근거로 삼은 청구외법인이 2002,6.29. 발행한 세금계산서는 검수완료일이 미도래된 상태에서 착오로 발행한 것이어서 2002.7.10. 이를 수정(취소)하였고, 실제 검수완료일인 2002.7.2. 재발행한 쟁점세금계산서가 부가가치세법상 재화의 공급시기에 따라 적법하게 발행·교부된 세금계산서로, 청구외법인과 청구법인은 쟁점세금계산서를 2002년 제2기 예정 부가가치세 신고시 제출하여 신고하였음에도 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 발행된 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다. 또한, 당시 정상적인 상황하에서 쟁점전산기 거래와 관련되어 작성된 청구외법인의 정형화된 계약서상의 문구, 청구외법인의 기업회계상 수익인식기준, 청구법인의 회계기록(상품원장, 외상매입금원장등) 등에 기초해 볼 때도, 쟁점전산기의 거래는 검수완료조건이고 그 공급시기는 쟁점세금계산서의 발행일(2002.7.2.)이므로 이 건 처분은 취소하여야 한다. 나 처분청의견 청구법인과 청구외법인은 당사자간의 계약에 의하여 공급시기를 인도기준으로 합의하고 모든 거래에 있어 이를 적용하고 있으며, 청구외법인은 청구법인을 포함한 다른 협력사와의 거래시 공급시기를 인도기준으로 하여 세금계산서를 교부하여 왔으므로 청구법인과의 거래에 대하여만 검수조건부로 공급시기를 인식하고자 하는 청구주장을 수용하기 어렵고, 청구법인이 당초 2002.6.29. 발행된 세금계산서에 대하여 청구외법인에 재발행을 요청하는 공문에서 제품의 설치시기와 무관하게 6월 실적이 마감되었다는 사유로 7월에 쟁점전산기 거래에 대한 세금계산서를 재발행하도록 요청하고 있고, 재화의 공급시기는 거래당사자간의 거래를 기준으로 판단하므로 청구외법인이 청구법인에 제품을 인도한 시점이 아닌 청구법인이 최종소비자에게 제품을 설치완료한 시점을 공급시기로 적용할 수 없는 것이므로 청구법인이 최종소비자와의 거래를 검수조건부로 판매한 것과는 별개의 거래이므로 청구주장은 이유없으며, 청구법인과 청구외법인간의 쟁점전산기 공급시기는 거래계약서, 주문서, 인수증 등에 의하여 2002.6,29. 쟁점전산기가 판매된 사실이 확인되므로 쟁점전산기 인도일인 2002.6.29. 발행된 세금계산서가 정당한 공급시기에 발행된 적법한 세금계산서이며, 2002,7.2. 재발행된 쟁점세금계산서는 정당한 공급시기 이후에 발행된 세금계산서이므로 쟁점세금계산서를 과세기간을 달리하여 발행된 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 정당하다. 설령, 청구법인의 주장대로 검수완료시점이 2002.7.30.이라고 하더라도 청구법인은 재화를 인도하기 전(즉 검수완료 전)에 세금계산서를 수취하였으므로 동 세금계산서를 교부한 때인 2002.6.29.이 쟁점전산기의 공급시기가 되는 것이고, 당초 정당하게 발행된 세금계산서가 검수완료가 이루어지지 않았음을 이유로 거래당사자간 합의에 의하여 이를 취소하고, 공급받는자가 요구하는 과세기간에 세금계산서를 재발행하는 것은 세금계산서 수수질서의 근간을 위협하는 위법행위로 정상적인 사유로 취소⋅재발행된 세금계산서라 할 수 없으며, 수정세금계산서 발행도 공급가액 변동 등 제한적 사유에 한하여 인정되는 것이므로 쟁점세금계산서는 적법한 수정세금계산서에도 해당하지 아니하므로 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 과세기간이 다른 공급시기 이후에 발행⋅교부된 것으로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

○ 부가가치세법시행령 제21조 【 재화의 공급시기】

① 법 제9조제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 현금판매⋅외상판매 또는 할부판매의 경우에는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 때

2. 장기할부판매의 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 반환조건부판매⋅동의조건부판매 기타 조건부 및 기한부 판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 경과되어 판매가 확정되는 때

4. 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우는 대가의 각 부분을 받기로 한 때

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정 하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

2. 법 제16조제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 기업의 경영환경과 기업 구성원의 정보화 수준의 진단을 통해 기업의 경영목표를 달성하기 위하여 정보시스템을 구축하는 시스템통합업(SI)을 영위하고 있으며, 이러한 시스템통합업은 통상 정보시스템의 구축과 이에 필요한 응용소프트웨어를 개발하여 Internet Solution, Hardware, Network 등을 통하여 구현되는 바, 동산업의 특성상 정보시스템 구축 및 관련 소프트웨어는 그와 연관되는 장비와 일체화되어 패키지 형태의 판매가 이루어지고 있어, 청구법인의 사업은 장비를 공급하는 청구외법인과의 협력이 필수적이고, 이에 따라 청구법인은 청구외법인과 비즈니스파트너계약을 맺고 청구외법인이 허가한 전산장비 등을 최종소비자에게 공급하고 있다.

(2) 쟁점전산기 거래와 관련하여 청구외법인이 발행한 세금계산서를 보면, 쟁점전산기1에 대하여 청구외법인은 2002.6.29. 공급가액 367,628천원 상당의 세금계산서를 발행하였다가, 2002.7.2.에는 2002.6.29.자로 발행했던 위 세금계산서와 동일한 금액의 쟁점세금계산서1을 발행하여 청구법인에게 교부하는 한편, 2002,7.10.에는 2002.6.29.자로 발행했던 위 세금계산서와 동일한 금액을 취소하는 세금계산서를 발행하였으며, 쟁점전산기2에 대하여 청구외법인은 2002.6.29. 공급가액 711,018천원 상당의 세금계산서를 발행하였다가, 2002.7.2.에는 2002.6.29.자로 발행했던 위 세금계산서와 동일한 금액의 쟁점세금계산서2를 발행하여 청구법인에게 교부하는 한편, 2002.7.10.에는 2002.6.29.자로 발행했던 위 세금계산서와 동일한 금액을 취소하는 세금계산서를 발행하였으며, 청구외법인과 청구법인은 쟁점세금계산서를 2002년 제2기 예정 부가가치세 신고시 제출하여 각각 매출과 매입으로 신고한 사실이 국세청 전산자료 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인이 쟁점세금계산서를 2002년 제2기 예정 부가가치세 신고시 제출하여 매입세액을 공제받은 데 대하여, 처분청은 당초 2002.6.29. 발행된 세금계산서가 쟁점전산기의 정당한 공급시기에 적법하게 발행된 세금계산서이고, 쟁점세금계산서는 과세기간을 달리하여 공급시기 이후에 발행된 세금계산서로 보아 청구법인이 공제받은 매입세액을 불공제하여 이 건 과세한 사실이 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다. 한편, 처분청이 과세근거의 하나로 삼은 쟁점세금계산서1과 관련된 쟁점전산기1의 인수증을 보면, 기본계약번호는 SR2002-000(보충계약번호 H007), 구분은 설치, 작성일자 및 인도요청일은 2002.6.29, 도착지 주소는 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○협동조합중앙회 ○○지부이고, 쟁점전산기1은 2002.6.29.(토요일) 청구외법인의 창고에서 출고되고, 인수확인일은 2002.6.29.로 되어있고, 쟁점세금계산서2와 관련된 쟁점전산기2의 인수증을 보면, 기본계약번호는 SR2002-000(보충계약 번호 H009), 구분은 설치, 작성일자 및 인도요청일은 2002.6.29, 도착지 주소는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 재단법인 한국

○○ 정보원이고, 쟁점전산기2는 2002.6.29.(토요일) 청구외법인의 창고에서 출고되고, 인수확인일은 2002.6.29,로 되어있으나 인수확인자란의 서명사인은 쟁점전산기1의 인수증 인수확인자란의 서명사인과 유사한 것으로 나타난다.

(4) 청구외법인(‘을’)과 비즈니스파트너인 청구법인(‘갑’)간에 약정한 ○○비즈니스 파트너 계약서 중 별표 제11조(대금청구 및 지급)에는 ‘을’은 인도된 제품에 대하여 최종사용자, 디스트리뷰터 또는 솔루션 프로바이더가 서명한 인수증을 수령한 후 청구서를 작성하여 ‘갑’에게 송부한다. 청구서의 금액은 구매주문서에 기재된 가격으로 작성되며 청구서의 작성분은 실제 제품인도일을 기준으로 한다고되어 있고, 리마켓터 관련 부칙 제11조(설치 및 보증)에는 ○○ 기계의 보증기간은 기계의 설치일로부터 시작된다. ‘을’이 설치를 책임지는 기계의 설치일은 ‘을’이 기계를 설치한 날의 다음 영업일 또는 ‘갑’이나 최종사용자에 의하여 설치가 지연되는 경우 ‘을’이 설치 가용한 날의 다음 영업일이 된다. 고객설치기계의 설치일은 최종사용자의 판매영수증에 ‘갑’이 기재한 설치일이 된다. ‘갑’은‘을’의 요청에 따라 ‘을’에게 설치일을 통지한다.고 되어 있다.

(5) 먼저, 이 건 과세대상이 된 쟁점전산기1에 대하여 청구법인이 주장하는 주요 내용을 보면, 청구법인은 쟁점전산기1을 ○○협동조합중앙회 경기지부에 공급할 목적으로 2002.6.27. 구매주문을 한 후 2002.6.28. 작성된 배송요청서(D/O Request)에 배송요청일(2002.6.29.)과 함께 설치요청일(2002.7.2.)을 기재하여 쟁점전산기1의 설치장소를 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지로 기재하여 청구외법인에 송부하였고, 위 (3)의 인수증에 의하면 2002.6.29.(토요일) 쟁점전산기1이 출고되어 청구법인에 인도된 것으로 나타나나, 청구외법인은 2002.7.2,부터 쟁점전산기1의 설치를 시작하여 2002.7.30.에 설치가 완료되었으며, 쟁점전산기1의 설치완료일인 동일자에 검수가 완료되었음을 확인하는 설치/해체보고서(IRR)에 청구외법인 및 청구법인의 담당직원이 서명한 사실이 확인되며, 청구외법인이 작성하여 청구법인에게 보내는 청구서인 거래내역서를 보면, 2002.7.2. 작성된 서류로 쟁점전산기1의 인수일자를 2002.6.29.로 청구기준일을 2002.7.1,로 기재하여 청구법인에 송부한 것으로 되어있다. 다음, 쟁점전산기2에 대하여 청구법인이 주장하는 주요 내용을 보면, 청구법인은 쟁점전산기2를 재단법인 한국특허정보원에 공급할 목적으로 2002.6.29. 구매주문을 하고, 동일자에 작성된 배송요청서 (D/O Request)에 배송요청일(2002,6.29.)과 함 께 설치요청일(2002.7.2.)을 기재하여 쟁점전산기2의 설치장소를 ○○구 ○○동

○○번지로 기재하여 청구외법인에 송부하였고, 위 (3)의 인수증에 의하면 2002,6.29.(토 요일) 쟁점전산기2가 출고되어 청구법인에 인도된 것으로 나타나나, 청구외법인은 2002.7.2.부터 쟁점전산기2의 설치를 시작하여 그 후에 설치가 완료되었으며 청구외법인과 청구법인은 설치완료일에 검수가 완료되었음을 확인하고 설치확인서명을 한 설치/해체보고서(IRR)를 작성하였으나 동 보고서는 청구외법인의 내부자료로서 자료제공거부로 청구법인은 입수할 수가 없었으며, 청구외법인이 작성하여 청구법인에게 보내는 청구서인 거래내역서를 보면, 2002.7.2.작성된 서류로 쟁점전산기2의 인수일자를 2002.6.29.로 청구기준일을 2002.7.1.로 기재하여 청구법인에 송부한 것으로 되어있다. 또한, 주전산기기 등 컴퓨터 관련 사업은 통상 동 기기 등의 주문이 발주되더라도 검수과정을 통해 주문과 부합하는 품목 등이 배송 및 설치되었는지를 확인하는 절차가 따르는 것이 관행이고, 쟁점전산기는 청구외법인만이 설치 및 해체를 할 수 있으므로 청구법인은 인도된 후에도 동 전산기에 대해 어떠한 조치도 할 수 없으며, 이 건과 같은 이유로 하여 다른 비즈니스파트너에게 이루어진 과세 건을 보더라도 모두 매분기말에 이루어진 거래와 관련이 있는 바, 이는 청구외법인이 청구법인에게 요청하여 매분기말에 무리하게 매출을 발생시키고 세금계산서를 발행하였다가 이를 취소하고 재발행하는 영업관행에 따라 이루어진 부당한 거래라고 주장하고 있다.

(6) 청구외법인은 주문서번호 SR2002-000 H007(쟁점전산기1)및 SR2002-000 H009(쟁점전산기2) 전산기기는 청구외법인의 Non-CSU(Customer Set Up) Machine 장비로서 하드웨어 설치가 IRR(Install Removal Request, 설치/해체보고서) 요청에 의하여 청구외법인의 기술부에 의해 설치가 이루어지는 장비이다’라고 확인 (2006.10.16.)하고 있고, IRR은 전산기기 등이 설치된 후 청구외법인의 직원이 작성하여 그 직원과 청구법인의 직원이 서명날인하는 서류이다.

(7) 위의 내용을 종합하여 보면, 처분청은 인수증에 근거하여 청구외법인이 2002.6.29. 청구법인에게 쟁점전산기 거래 관련 세금계산서를 교부하였으므로 쟁점전산기의 공급시기를 2002.6.29.로 보았으나, 세금계산서의 교부란 당사자간의 약정에 의하여 재화 또는 용역의 공급이 이루어지고 공급자가 발행한 세금계산서를 공급받는자가 수취 또는 수취할 것으로 동의한 경우에 성립하는 바, 이 건의 경우 2002.6.29. 청구외법인의 창고에서 쟁점전산기가 출고된 것으로 되어있으나 쟁점전산기는 Non-CSU Machine에 해당하는 주전산기이고, 청구외법인이 쟁점전산기에 대한 IRR을 2002.6.29, 이후인 2002.7.30.에 작성한 것으로 나타나는 점 등을 볼 때, 쟁점전산기의 공급시기를 2002.6.29.로 보기는 어렵다 할 것이다(국심 2006서503, 2006.08.10. 외다수 같은 뜻). 또한, 청구외법인은 쟁점세금계산서를 2002년 제2기 예정분 부가가치세 신고시에 제출하여 매출로 신고하였으며, 청구법인은 쟁점세금계산서를 2002년 제2기 예정분 부가가치세 신고시에 제출하여 매입세액을 공제받았는 바, 쟁점세금계산서에 대해 처분청은 2002년 제2기의 매입세액을 불공제하여야 함에도 2002년 제1기의 매입세액을 불공제하였으므로 이 건 처분은 과세기간을 달리하여 부적법하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점전산기의 공급시기를 2002.6.29.로 보고 2002.7.2. 발행된 쟁점세금계산서를 공급시기가 다른 세금계산서로 보아 이 건 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.