재건축주택입주권에 장기보유 특별공제를 적용할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2006.11.7. 청구인에게 한 2005년 귀속 양도소득세 14,345,380원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

청구인은 1990.8.3. ○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○○번지 ○○아파트 ○동 ○○○호(건물 109.44㎡, 대지 59.7㎡, 이하 󰡒기존아파트󰡓라 한다)를 취득하여 거주하던 중 2003.6.3. ○○아파트재건축정비사업이 승인(2003-○○시 ○○구 주택과-사업승인계획 제○호)됨에 따라, 2005.12.30.기존아파트에 대한 아파트입주권(건물 130.259㎡, 대지 54.468㎡, ○○동 ○○○-○○번지 ○○1차 ○○○○아파트 ○○○동 ○○○호의 입주권으로 󰡒쟁점입주권󰡓이라 한다)을 1,019,812천원에 양도하고, 쟁점입주권을 1세대 1주택인 고가주택을 양도한 것으로 하여 쟁점입주권의 총 양도차익(기존아파트 양도차익 + 입주권 양도차익)에서 기존아파트의 양도차익에 대한 장기보유특별공제액 103,073,170원을 차감하여 2006.1.12. 2005년 귀속 양도소득세 50,746,470원을 예정신고 ․ 납부하였다가, 2006.9.1. 쟁점입주권 양도차익에 대한 장기보유특별공제액 44,275,870원을 양도차익에서 추가로 차감하는 것으로 하여 양도소득세액 14,345,380원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 처분청은 이에 대하여 쟁점입주권은 장기보유특별공제대상인 부동산에 해당되지 아니하는 것으로 보아 2006.11.7. 거부통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.11.20. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 제94조 제1항에서 제1호에 토지 또는 건물, 제2호 가목에 부동산을 취득할 수 있는 권리를 구분하여 규정하고 있으며, 같은 법시행령 제155조 제16항에서 1세대 1주택자인 재건축조합원이 기존주택을 제공하고 당해 조합을 통하여 취득한 입주권은 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 이를 1세대 1주택을 본다고 규정하고 있고, 입주권을 1세대 1주택으로 의제하는 경우에 동 입주권 양도가액을 기준으로 6억원을 초과하면 이를 고가주택으로 판단하여 6억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여만 양도소득세를 과세하고 있는 바, 이 건과 같이 쟁점 입주권이 1세대 1주택으로 의제되고 고가주택에 해당되어 양도소득세를 과세하는 경우에는 장기보유특별공제를 함에 있어서도 쟁점입주권을 주택으로 의제하여 기존아파트 및 쟁점입주권의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점입주권은 소득세법 제95조 제2항의 장기보유특별공제 대상자산에 해당되지 아니하므로 쟁점입주권 양도시 기존아파트 취득일부터 재건축사업승인일까지의 양도차익(기존아파트 양도차익)에 대해서만 장기보유특별공제하고 재건축사업승인일이후부터 쟁점입주권 양도일까지의 양도차익(입주권 양도차익)에 상당하는 장기보유특별공제는 할 수 없다.

• 가. 쟁 점 기존아파트 소유자가 취득한 아파트입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

○ 같은법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제3항 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30.[기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50]

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생략)

○ 소득세법시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】 󰊉󰊘 도시재개발법에 의한 재개발조합 또는 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일, 그 전에 기존주택이 철거되는 경우에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다.

○ 소득세법시행령 제159조 의 2【기준면적 미만 고가주택】 법 제95조 제2항 제2호에서 󰡒대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택󰡓이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 미만인 주택

○ 소득세법시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】

① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산 한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 양도가액 - 6억원 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 ×----------------- 양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 양도가액 - 6억원 법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액×---------------- 양도가액

○ 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시재개발법에 의한 재개발조합 또는 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)- 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] + [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비]

[양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] + [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금)÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 재건축으로 취득한 아파트입주권의 양도가 1세대 1주택의 양도로 의제되나 고가주택으로 양도소득세가 과세되는 경우 입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다.

(2) 위 법령에 의하면 장기보유특별공제는 토지 ․ 건물 등 부동산의 양도차익에 대하여만 적용하고 아파트입주권 등 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익에 대하여는 적용하지 아니하는 것으로 규정되어 있고, 재건축아파트 입주권의 양도차익은 철거된 종전주택의 보유기간에 대한 양도차익과 입주권 상태로 보유한 기간에 대한 양도차익을 구분하여 계산한 후 이를 합산하도록 규정하고 있는 점으로 보아, 재건축아파트 입주권에 대한 장기보유특별공제는 원칙적으로 철거된종전주택의 양도차익에 대하여만 적용하고 입주권 상태로의 양도차익에 대하여는 적용하지 아니함을 알 수 있다. 그러나, 예외적으로 재건축아파트 입주권 중 1세대 1주택으로 의제되는 입주권(사업계획승인일 현재 철거된 종전주택이 1세대1주택의 비과세요건을 갖춘 것으로서 양도 당시 다른 주택을 소유하지 아니한 경우의 것)의 양도에 대하여는 1세대 1주택 비과세제도 적용시 납세자간 과세형평 등을 도모하고자 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도임에도 불구하고 조세정책상 이를 주택(부동산)의 양도로 의제하여 비과세하도록 규정하고 있고, 1세대 1주택으로 의제되는 재건축아파트 입주권 중 양도가액이 6억원을 초과하는 입주권은 이를 고가주택으로 보아 6억원을 초과하는 분에 대한 양도차익에 대하여는 양도소득세를 과세함을 알 수 있다.

(3) 따라서 위 규정내용 등을 종합하면, 이 건 재건축아파트의 쟁점 입주권과 같이 1세대 1주택으로 의제되나, 고가주택에 해당되어 양도가액 중 6억원에 대하여는 비과세하고 6억원을 초과하는 분에 대하여 과세하는 경우, 소득세법상 당해 입주권을 양도 당시 주택(부동산)인 것으로 의제하는 이상, 장기보유특별공제액의 계산시 그 대상이 되는 양도차익은 기존주택의 양도차익과 쟁점입주권의 양도차익을 합한 금액으로 하고, 장기보유특별공제율을 적용함에 있어서도 보유기간에 따른 적용률은 종전주택의 보유기간 뿐만 아니라 쟁점입주권 상태로의 보유기간까지 즉, 종전주택의 취득일부터 쟁점입주권 양도일까지의 기간을 통산하여 적용하는 것이 타당하다고 판단된다. 같은 뜻, 국심 2004서4696, 2006.6.28)

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.