확정신고 기한 후 기준시가로 경정 청구가 가능한지 여부

심판청구를 기각합니다

청구인은 2002.11.5 취득한 ○○○○시 ○○구 ○○동 000 답 2,608㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2004.12.27 ○○도시개발구역 개발계획변경 및 실시계획인가고시된 이후인 2005.4.6 ○○○○○ 공사에게 공공수용으로 양도하고, 2005.6.30 실지거래가액으로 양도소득세 117,206,780원을 예정신고 ․ 납부하였다. 청구인은 2004.12.31 조세특례제한법 제85조 의 규정이 지정지역내에서 공익사업용으로 수용되거나 협의양도하는 경우에는 양도소득세를 기준시가로 신고할 수 있도록 개정됨에 따라 2006.7.26 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 계산하여 당초 납부한 양도소득세와의 차액 13,595,760원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 2006.8.24 처분청은 청구인이 양도소득세를 실지거래가액으로 예정신고하였다가 확정신고기한 경과 후 기준시가로 경정청구하는 것은 받아 들일 수 없다고 거부통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.11.15 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 당초 양도소득세를 실지거래가액으로 신고한 이유는 공공사업택지 개발사업계획승인일이 2003.11.10이라는 ○○세무서 직원의 안내에 따라 조세특례제한법상 과세특례 대상요건인 사업인정고시일로부터 2년전에 취득한 토지에 해당되지 않는 것으로 판단하여 실가신고하였으나,○○○○시의 회신에 의해 개발계획인가고시일이 2004.12.27로 확인되어 과세특례대상에 해당됨에 따라 기준시가로 경정청구하였는데도 조세특례제한법 제85조 의 해석상 예정신고를 한 경우 확정신고기한 이후에는 기준시가로 경정청구를 할 수 없다며 경정청구를 거부한 이 건 처분은 납세자의 형평성에 위배되므로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 과세관청에서 안내를 잘못한 귀책이 있으므로 경정청구를 거부하는 것은 부당하다고 주장하나 자진신고 제도하에서 단순문의에 따른 답변에 대하여 사실 확인의 책임은 납세자에게 있다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법 제85조 의 ‘지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례’ 규정의 적용대상인 쟁점토지의 양도소득세를 처분청의 잘못된 안내에 따라 당초 실지거래가액으로 예정신고하였다가 확정신고 기한후 기준시가로 경정청구를 하였는데도 이를 거부함은 부당하다는 청구주장의 당부.
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】① 과세표준 신고서를 법정 신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(괄호생략)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (2) 소득세법 제96조 【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. 6의2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국 부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우 (3) 조세특례제한법 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조제1항 제6호 의2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 동법 제97조제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

• 부칙: 2004.12.31., 법률 제7322호 제1조 (시행일) 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다(단서생략). 제12조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례) 제85조의 개정규정은 이 법 시행 후 양도소득 과세표준 확정신고 기한이 도래하는 분부터 적용한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제79조 의 2【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】① 법 제85조 제5호에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

• 【별표 7】 기준시가 과세기준일(제79조의 2 관련)

14. 도시개발법 제9조 의 규정에 의하여 도시개발구역을 지정하거나 개발계획을 수립한 날

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 청구인의 경정청구를 거부한 처분에 대하여 보면, 쟁점토지 소재지인 ○○○○시 ○○구는 쟁점토지 양도일 이전인 2004.4.26 투기지역으로 지정되었는 바, 지정지역 내에 소재하는 부동산을 양도하는 경우 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 따라 실지거래가액에 의한 양도소득세 과세대상이지만, 공익사업용으로 수용되거나 협의양도하는 경우에는 조세특례제한법 제85조 본문 및 같은 법 부칙 제12조의 규정에 따라 2005.1.1. 이후 과세표준 확정신고기한이 도래하는 분부터 기준시가로 과세할 수 있도록 예외를 인정하였고, 같은 법 단서에서 “양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하여 쟁점토지와 같이 지정지역 내 공익사업용으로 협의양도하는 경우라 하더라도 실지거래가액으로 신고한 경우에는 실지거래가액으로 과세하겠다는 것이므로, 청구인이 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한 다음 확정신고기한까지 다른 신고를 하지 않은 이상 쟁점토지의 양도소득세는 실지거래가액에 의하여 산정할 수밖에 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도소득세를 기준시가로 재계산하여 당초 신고한 양도소득세액과의 차액을 환급해 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 데에는 잘못이 없다고 판단된다(국심 2006전1484, 2006.9.12., 합동회의).

(2) 다음으로, 쟁점토지가 속한 ○○도시개발사업의 ‘도시개발구역지정 및 개발계획 승인’이 2003.11.10 고시되었고 ‘도시개발구역 개발계획변경 및 실시계획’이 2004.12.27 고시되었는데 처분청의 담당자가 사업인정고시일을 2003.11.10로 잘못 안내함으로써 당초 쟁점토지의 양도가액을 실지거래가액으로 하여 예정신고하였다는 청구주장에 대하여 보면, 국세기본법 제15조 에“납세자가 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다”고 규정하고 있는데, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실원칙이 적용되기 위하여는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 공적인 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 견해표명을 신뢰하고 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 하여 납세자 이익이 침해되는 결과가 초래되는 등의 요건이 충족되어야 하며(대법원 95누7376, 1995.9.29. 같은 뜻임), 국세기본법 제18조 제3항 에“세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있는데,“일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행”이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이더라도 불특정 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라 인정될 정도에 이르게 된 것을 말하는 바(대법원 91누9824, 1992.3.31 같은 뜻임), 청구인의 경우 누구로부터 어떠한 상담안내를 받았는지에 대한 사실여부도 확인되지 아니할 뿐 아니라 처분청 담당자의 단순한 상담안내를 과세관청의 공적인 견해표명으로도 볼 수 없으므로 처분청 담당자의 잘못된 안내에 따라 신고한 사항에 대하여 경정청구를 거부한 처분이 부당하다는 청구주장은 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.