조세심판원 심판청구 양도소득세

실지거래가액으로 신고한 양도소득세 신고를 기준시가로 결정할 수 있는지 여부

사건번호 국심-2006-서-3786 선고일 2006.12.27

실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세 신고를 한 다음 확정신고기한까지 다른 신고를 하지 않은 이상 쟁점토지의 양도차익은 실지거래가액에 따라 산정할 수 밖에 없음.

주 문

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

청구인은 1973.5.17. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 123㎡ 중 61.5㎡(이하 󰡒쟁점토지󰡓라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2004.9.10. ○○시에 수용됨에 따라 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액(양도가액 407,745,000원, 취득가액 185,027,572원)에 의하여 계산하여 2004.11.30. 2004년 귀속분 양도소득세 44,022,300원을 예정신고∙납부하였고, 처분청은 쟁점토지의 취득가액을 140,698,586원(증여취득당시 평가액)으로 조사하여 2006.10.2. 청구인에게 2004.12.31. 조세특례제한법 제85조 의 규정이 신설되면서 공익사업용으로 수용된 토지는 기준시가에 의할 수 있고 이 법 시행후 확정신고 기한이 도래하는 분부터 적용한다고 되어 있다 하여 2006.10.16. 실지거래 가액에 의한 양도소득세를 기준시가에 의한 양도소득세로 결정하도록 경정청구(2004년 귀속 양도소득세 17,960,690원의 환급)를 하였으나, 처분청은 2006.10.21. 실지거래가액으로 예정신고한 경우 확정신고 기한 후에는 기준시가로 경정청구 할 수 없다 하여 청구인의 경정청구를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.11.13. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지가 2004.9.10. ○○시에 공익사업용으로 수용되었고, 소재지가 소득세법시행령 제162조 의 3에 규정하는 지정지역에 해당하여 소득세법 제96조 제1항 6의2에 따라 실지거래가액으로 예정신고∙납부하였다. 예정신고 후인 2004.12.31. 조세특례제한법 제85조 가 신설되어 쟁점토지의 양도에 대하여 기준시가로 계산이 가능하도록 개정되었다. 따라서, 쟁점토지는 공익사업용으로 수용되었고, 수용일자가 2004.9.10. 이어서 조세특례제한법 제85조 시행 후 확정신고(2005.1.1∼2005.5.31) 기한이 도래하는 경우에 해당하여 기준시가에 의한 경정청구를 할 수 있음에도, 처분청이 실지거래가액에 의한 신고 후 확정신고 기한이 경과한 이후에는 기준시가에 의한 경정청구를 할 수 없다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부한 것은 잘못이다.
  • 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의하면, 지정지역내 부동산을 취득하여 2006.12.31. 이전에 공익사업용 토지로 양도되는 경우에는 실지거래가액 적용 규정에 불구하고 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있으나, 단서규정에서 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 않는 것으로 규정하고 있으므로 이 건의 경우, 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한 후 확정신고기한이 경과하였으므로 기준시가에 의한 경정청구는 받아들일 수 없다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 실지거래가액에 의한 양도소득세 신고 후 확정신고기간 경과 후 기준시가에 의한 양도차익을 결정할 수 있는지 여부
  • 나. 관련법령

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다. 6의 2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우(2002.12.28신설)

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액
  • 가. 제94조 제1항 1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

○ 조세특례제한법 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구∙지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 (2004. 12. 31. 신설)

○ 부 칙 (2004. 12. 31. 법률 제7322호) 제1조 【시행일】 이 법은 2005년 1월 1일부터 시행한다.

○ 부칙 (2004. 12. 31. 법률 제7322호) 12조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례에 관한 적용례】 제85조의 개정규정은 이 법 시행 후 양도소득 과세표준확정신고기한이 도래하는 분부터 적용한다.

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 조세특례제한법 제85조 제1항 본문에 따르면 소득세법 제96조 제1항 제6호 의2에 따라 지정된 지역 내 토지를 양도한 경우에도, 양도인이 토지를 지정일 전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률에 의한 사업시행자에게 토지를 양도한 경우에는 양도차익을 기준시가에 의하여 산정할 수 있으나, 같은 항 단서에서는 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 본문을 적용하지 않는다고 규정하고 있고, 동법 부칙 제12조에 따르면 위 규정은 2005.1.1.이 후 확정신고 도래분부터 적용됨을 알 수 있다.

(2) 청구인이 제출한 ○○구청장의 토지수용확인서(2005.7.7)에 의하면, 쟁점토지는 국토의계획및이용에관한법률 제88조 에 의하여 ○○역 북측 ○○광장 조성사업용(사업인가 2003.12.26)으로 ○○시에 수용된 것으로 나타나고, 쟁점토지 소재지인 ○○시 ○○구가 투기지역으로 지정된 일자는 2004.2.28(주택외)인 것으로 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점토지를 지정일 이전인 1973.5.17. 취득하여 2004.9.10. ○○시에 공익사업용 토지로 양도(수용)한 후, 2004.11.30. 양도차익을 실지거래가액으로 계산하여 양도소득세 예정신고를 하고 그 세액을 납부하였고, 확정신고 기한이 경과한 이후인 2006.10.16. 처분청에 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 계산하여 위 신고납부한 양도소득세액과의 차액 17,960,690원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였으나, 처분청이 이를 거부한 사실은 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없는 바, 청구인은 쟁점토지를 양도한 다음 실지거래가액에 의하여 양도소득세 예정신고를 하고 확정신고 기한이 도과한 이 후에도 양도차익을 기준시가로 계산한다는 내용의 경정청구를 할 수 있다고 주장한다.

(4) 살피건대, 지정지역 내에 소재하는 부동산을 양도하는 경우 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2의 규정에 따라 실지거래가액 과세대상이나, 공익사업용으로 수용(양도)되는 경우에는 조세특례제한법 제85조 본문 및 같은 법 부칙 제12조의 규정에 따라 2005.1.1. 이후 과세표준확정신고 기한이 도래하는 분부터 기준시가로 과세할 수 있도록 예외를 인정하였고, 같은 법 단서에서 󰡐양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다󰡑라고 규정하여 쟁점토지와 같이 지정지역 내의 공익사업용으로 수용되는 토지라 하더라도 실지거래가액으로 신고한 경우에는 지정지역 내의 부동산과 같이 실지거래가액으로 과세하겠다는 것이므로, 청구인이 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세 신고를 한 다음 확정신고기한까지 다른 신고를 하지 않은 이상 쟁점토지의 양도차익은 실지거래가액에 따라 산정할 수밖에 없다 할 것이다.

(5) 따라서, 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 계산하여 당초 신고한 양도소득세액과의 차액을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 거부한 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)