장기보유특별공제 적용시 조합원입주권 보유기간을 통산하여 적용하는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2002.2.26. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○○○아파트 61동 305호(이하 “기존주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2003.6.30. 기존주택 소재 아파트단지가 ○○2단지 아파트 재건축 정비 사업단지로 승인됨에 따라 기존주택을 제공하고 조합원 자격으로 배정받은 ○○2단지아파트 114동 202호(전용면적 114.27㎡)의 입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)을 2006.4.4. 양도하고, 양도가액은 실지거래가액으로 취득가액은 환산취득가액으로 계산하여 양도차익을 산정한 후 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 2006.6.28. 양도소득세를 예정신고 납부하였다. 처분청은 쟁점입주권의 양도차익 산정시 적용할 취득 당시 기준시가가 114,000천원(2001.7.1. 고시)임에도 청구인이 162,000천원(2002.4.4. 고시)을 적용하여 환산취득가액을 79,788천원만큼 과다하게 신고한 사실을 확인하고 이를 바로잡아 2006.9.7. 청구인에게 2006년 귀속분 양도소득세 29,242,350원을 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.11.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인의 주장 1세대 1주택에 해당하는 조합원입주권 양도시 장기보유특별공제를 적용한 심판례(국심 2004서1077, 2004.11.19)가 있는 바, 쟁점입주권은 비록 1세대 1주택 비과세요건을 충족하지 못하였으나 기존주택을 재건축사업인가일 이전에 취득하였고 재건축으로 인하여 부득이 거주하지 못하였으므로 쟁점입주권 양도일 현재 3년 이상 보유한 사실을 인정하여 장기보유특별공제를 적용해야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제95조 제2항 의 규정에 의하여 장기보유특별공제는 토지와 건물의 양도차익에 대하여만 적용하고 부동산을 취득할 수 있는 권리에 대하여는 적용하지 아니하며, 쟁점입주권은 사업계획승인일 현재 3년 이상 보유 및 2년 이상 거주 요건을 충족하지 못하였을 뿐만 아니라 양도 당시 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌라 201호(이하 “다른 주택”이라 한다)를 소유하고 있으므로 장기보유특별공제를 적용하지 아니한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택으로 의제되지 아니하는 조합원입주권을 양도하는 경우, 장기보유특별공제를 적용함에 있어 기존주택 보유기간과 조합원입주권 보유기간을 통산하여 적용하는지 아니면 기존주택 보유기간에 대하여만 적용하는지 여부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경 정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업 조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. (단서생략)

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 2.다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기 양도 자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생략)

○ 소득세법시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정․고시된 분당․일산․평촌․산본․중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. (단서생략)

○ 소득세법시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】

⑯ 도시 및 주거환경 정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비 사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다.

○ 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시 및 주거환경 정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비 사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

[양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] + [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비]

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 기존주택을 2002.2.26. 취득하여 보유하다가 2003.6.30. 재건축 정비 사업시행 인가에 따라 기존주택을 재건축조합에 제공하고 쟁점입주권을 취득하였고 2006.4.4. 쟁점입주권을 양도하여 기존주택의 보유기간(기존주택의 취득일부터 재건축정비사업시행 인가일까지의 기간)이 3년에 미달하는 사실 및 청구인이 쟁점입주권의 양도일 현재 다른 주택을 소유하고 있어 쟁점입주권이 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택으로 의제되는 입주권에 해당하지 아니한다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. (2) 소득세법 제95조 제2항 및 같은 법시행령 제166조 제1항에서 장기보유특별공제는 토지 ․ 건물 등 부동산의 양도차익에 대하여만 적용하고, 조합원입주권 등 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익에 대하여는 적용하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 조합원입주권의 양도차익은 철거된 종전주택의 보유기간에 대한 양도차익과 입주권 상태로 보유한 기간에 대한 양도차익을 구분하여 계산한 후 이를 합산하도록 규정하고 있는 점으로 보아, 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제는 원칙적으로 철거된 종전주택의 보유기간에 대하여만 적용하고 입주권 상태로의 보유기간에 대하여는 적용하지 아니함을 알 수 있으며(같은 뜻, 국심 2004서4696, 2006.6.28.), 다만, 소득세법시행령 제155조 제16항 에서 사업계획승인일 현재 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택을 재건축조합에 제공하고 취득한 조합원입주권에 대하여는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있어 이 경우에는 장기보유특별공제액의 계산시 입주권을 주택으로 의제함이 타당할 것이나(같은 뜻, 국심 2006서848, 2006.5.9.), 이건의 경우 쟁점입주권 양도일 현재 청구인이 다른 주택을 소유하고 있어 소득세법시행령 제155조 제16항 의 1세대 1주택의 특례 요건에 해당하지 아니한다.

(3) 따라서, 처분청이 기존주택 취득일부터 재건축 정비 사업시행인가일까지의 보유기간이 3년에 미달된다고 하여 기존주택에 대한 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.