무자료 매입에 따른 부가가치세 매입세액을 손금에 산입할 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

1.처분개요

○○지방국세청장은 2000.8.2. 서비스 컨설팅업으로 사업자등록을 한 청구법인(생맥주집 “○○○○”의 프랜차이즈 운영)에 대한 세무조사를 실시하여, 청구법인이 2001~2004사업연도에 신규 가맹점들에 대한 공사수입금액 2001년 3,889,034,000원, 2002년 938,330,000원, 2003년 525,000,000원, 2004년 473,445,000원 합계 5,825,809,000원(이하 “공사매출누락액”이라 한다)을 신고누각하였고, 가공경비 등으로 계상한 금액 2001년 1,047,812,100원, 2002년 629,090,811원 합계 1,676,902,911원을 적출한 과세자료를 처분청에 통보하였다. 처분청은 청구법인이 신고누락한 공사매출누락액 및 대응되는 공사원가를 익금산입 및 손금산입하고, 가공경비 등의 계상액을 손금불산입하여 2006.6.1. 청구법인에게 2001사업연도 법인세 873,170,760원, 2002사업연도 법인세 77,482,360원, 2003사업연도 법인세 △47,155,630원 및 2004사업연도 법인세 41,038,910원을 결정고지하는 동시에 공사매출누락액에서 대응공사원가 등을 차감한 금액 2001년 1,782,085,145원, 2002년 320,253,149원, 2004년 186,108,268원을 대표자에 대한 인정상여금액으로 한 소득금액변동통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.8.7. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 공사매출누락액에 대응되는 공사원가를 손금산입하면서도 세금계산서를 수취하지 못해 매입세액을 공제받지 못한 부가가치세 매입세액 2001년 232,967,129원, 2002년 68,708,935원, 2003년 31,896,553원, 2004년 24,446,067원(이하 “쟁점세액”이라 한다)은 그 자체가 손금에 해당하는데도 손금불산입하는 것은 부당하다.

(2) 청구법인의 매출액 발생에는 영업수당, 영업관련경비등이 필수적이고 세무조사시 영업관련경비를 손금산입한 바 있으므로, 영업관련경비 2001년 127,130,608원, 2002년 119,935,554원, 2004년 67,801,604원(이하 “쟁점경비”라 한다)을 인정상여금액에서 각각 차감하여야 한다.

(3) 2003사업연도 경정시 공사매출누락액 525,000,000원을 익금산입하고 대응공사원가 350,862,078원, 영업수당 266,060,000원 및 영업관련경비 92,887,482,원 합계 709,809,560원을 손금산입하였는 바, 손금산입액이 184,809,560원(이하 “쟁점손금액”이라 한다)만큼 많은 것은 가맹점 수수료 등의 수입시기와 원가투입시기가 일치하지 않아 비롯된 것이므로 2002사업연도의 인정상여금액에서 쟁점손금액을 차감하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 세금계산서를 제출하지 않아 공제받지 못한 부가가치세 매입세액은 손금불산입하는 것이므로 공사대응원가(무자료 매입)와 관련된 매입세액을 손금불산입한 처분은 잘못이 없다.

(2) 공사매출누락액에 대응되는 원가상당액으로서 손금에 계상하지 아니하였음이 입증되는 금액만 상여처분금액에서 제외하는 것이나 청구법인이 공사매출누락액 및 영업관련경비의 지출여부를 확인할 수 있는 입증자료를 제시하지 못하므로, 인정상여 금액에서 쟁점경비를 차감하지 아니하고 과세한 처분은 잘못이 없다.

(3) 2003사업연도의 익금산입액보다 손금산입액이 많은 것은 가공경비계상액 등의 적출이 없기 때문에 비롯된 것으로, 2002사업연도의 인정상여처분액에서 쟁점손금액을 차감하여야 한다는 주장은 수익비용대응원칙에 반한다.

• 가. 쟁점

(1) 무자료 매입에 따라 세금계산서를 제출하지 못하여 공제받지 못한 부가가치세 매입세액을 손금에 산입할 수 있는지 여부

(2) 공사매출누락액에서 쟁점경비가 직접 지출된 것으로 보아 쟁점경비를 인정상여처분액에서 차감할 수 있는지 여부

(3) 2003년 익금산입액을 초과하는 손금산입액(쟁점손금액)을 직전 연도의 인정상여금액에서 차감할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 법인세법 제66조 【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경유에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. 같은법 제21조【제세공과금의 손금불산입】다음 각 호의 제세공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 규정하는 외국법인세액을 포함한다) 또는 소득할주민세와 각 세법에 규정된 의무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우의 세액을 제외한다)

2. 판매하지 아니한 제품에 대한 반출필의 특별소비세 ․ 주세 또는 교통세의 미납액. 다만, 제품가격에 그 세액상당액을 가산한 경우에는 예외로 한다.

4. 벌금 ․ 과료(통고처분에 의한 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포함한다) ․ 과태료(과료와 과태금을 포함한다) ․ 가산금 및 체납처분비

5. 법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금

6. 법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지 ․ 제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금 같은법시행령 제22조 【부가가치세 매입세액의 손금산입 등】

① 법 제21조 제1호에서 “기타 대통령령이 정하는 경우의 세액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 부가가치세법 제17조 제2항 제3호 의 규정에 의한 비영업용 소형승용자동차의 유지에 관한 매입세액(제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출에 해당하는 것을 제외한다)

2. 부가가치세법 제17조 제2항 제3호 의 2의 규정에 의한 매입세액

3. 기타 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 재정경제부령이 정하는 것

② 부가가치세법 제17조 제3항 의 규정에 의하여 공제받은 의제매입세액과 조세특례제한법 제108조 의 규정에 의하여 공제받은 매입세액은 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 원재료의 매입가액에서 이를 공제한다. 같은법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 ․ 배당 ․ 기타 사외유출 ․ 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 이 건 조사관련서류 및 법인세 결정결의서 등에 의하면, ○○지방국세청장은 2000.8.2. 서비스 컨설팅업(생맥주집 “○○○○” 프랜차이즈 사업)으로 사업자등록한 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 2001~2004사업연도 중에 신규로 개업한 가맹점으로부터 지급받은 공사수입금액을 신고누락하고 가공원가를 계상하는 등의 사실을 적출한 아래 표의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 공사매출누락액과 가공경비계상액 및 부가가치세 매입세액을 익금산입(손금불산입)하고 공사 매출누락액에 대응되는 공사원가 및 부가가치세 매출세액 등을 손금산입(익금불산입)하여 과세하는 동시에 익금산입액에 손금산입액을 차감한 금액을 대표자에 대한 인정상여금액으로 결정하여 소득금액변동통지하였음이 확인된다. <과세기간별 공사매출누락액 및 대응원가명세> (단위: 원, 공급가액) 과세기간 매출누락 등 대응원가 가공경비 등 누락원가 2001.1.1~4.30 2001.5.1~6.30 2001.2기 계 1,633,223,636 416,690,909 1,485,570,909 3,535,485,455 1,159,301,976 348,022,309 822,347,004 2,329,671,289 991,101,000 991,101,000 259,796,020 459,457,125 719,253,145 2002.1기 2002.2기 계 502,072,727 350,954,545 853,027,273 409,416,472 277,672,875 687,089,347 341,062,000 253,922,611 549,948,611 288,465,599 322,839,335 611,304,934 2003.1기 2003.2기 계 220,600,000 256,672,727 477,272,727 140,684,544 178,280,982 318,965,525 191,862,956, 167,084,526 358,947,482 2004.1기 2004.2기 271,122,727 159,281,818 430,404,545 147,049,347 97,411,318 244,460,665 65,440,471 20,791,133 86,231,604 합계 7,674,098,181 5,120,488,916 1,586,085,611 1,940,775,425 (나) 청구법인은 신규 가맹점의 시설공사를 대행하면서 원자재 등을 매입하고 세금계산서를 수취하지 아니하여 무자료 매입액 자체가 손금에 해당하는데도 공사매출누락액을 익금산입하고 대응되는 공사원가를 손금산입하면서도 부가가치세 매입세액을 손금불산입하는 것을 부당하다는 주장이다. (다) 살피건대, 세금계산서를 제출하지 아니함으로써 공제받지 못한 부가가치세 매입세액을 법인세법 제21조 제1호 의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니하는 것인 바, 청구법인이 거래상대방으로부터 세금계산서를 수취한 경우에는 이를 부가가치세 매입세액으로 공제받아야 하는 것이므로 이는 손금산입대상이 아니고, 설사 이를 제출하지 못하여 매입세액을 공제받지 못한 경우에도 이는 청구법인의 과실에 의한 것이므로 손금산입 할 수 없다 할 것이며(법인세법기본통칙 21-0...1 제4호, 같은 뜻), 청구법인이 거래상대방으로부터 세금계산서를 수취하지 못한 경우에는 청구인이 지급한 금액의 110분의 100만 매입가액이고 110분의 10은 부가가치세로서 이에 상당하는 금액은 손비로 인정되지 않는 것이므로, 청구법인이 무자료로 매입함에 따라 공제받지 못한 부가가치세 매입세액을 손금불산입하여 과세한 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. 청구법인은 매출액에는 영업관련경비 등의 발생이 필수적이므로, 처분청이 손금산입한 쟁점경비(2001년 127,130,608원, 2002년 119,935,554원, 2004년 67,801,604원)를 인정상여금액에서 차감하여야 한다고 주장하나, 매출누락액의 사실상 귀속자가 별도로 부담한 동 매출누락액에 대응하는 원가상당액으로서 부외처리되어 법인의 손금으로 계상하지 아니하였음이 입증되는 금액만 상여처분대상금액에서 제외하는 것인 바, 이 건 심리일 현재까지 청구법인의 공사매출액에서 쟁점수당을 직접 지출한 사실을 확인할 수 있는 증빙자료가 제시되지 않고 있으므로, 처분청이 이 건 인정상여금액에서 쟁점수당을 차감하지 아니하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 본다. 청구법인은 2003년 손금산입액 709,809,560원이 익금산입액(525,000,000원)보다 184,809,560원(쟁점손금액)이 많은데 이는 매출액의 수입시기와 원가투입시기의 차이에서 비롯된 것이므로 쟁점손금액을 직전 연도인 2002년의 인정상여금액에서 공제하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 경우 2003년 중 공사매출누락액과 가공경비 계상액이 모두 사실대로 밝혀진 것이라는 확증이 없고 매출액의 수입시기와 원가투입시기의 차이에서 기인된 사실을 확인할 수 있는 증빙자료의 제시가 없을 뿐만 아니라 과세기간(원칙적으로 매년 1월 1일부터 12월 31일까지의 기간)별로 소득금액을 확정하여 과세하는 소득과세제도의 기본 성격에 비추어 볼 때에도 2002년도에 발생한 인정상여금액은 세법상 대표이사등에게 이미 확정적으로 2002년도 종합소득금액으로 귀속된 것이어서 2003년도에 익금산입액보다 손금산입액이 크다 하여 그 차액을 2002년도로 소급해서 공제할 수 없는 것이므로, 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.