파손, 부패 등의 사유로 인하여 정상적으로 판매할 수 없는 재고자산은 폐기처분하고 그 장부가액을 재고자산폐기손실로 손금산입 할 수 있는 것임.
파손, 부패 등의 사유로 인하여 정상적으로 판매할 수 없는 재고자산은 폐기처분하고 그 장부가액을 재고자산폐기손실로 손금산입 할 수 있는 것임.
◯◯세무서장이 2006.1.4. 청구법인에게 한 부가가치세 2001년 2기분 2,610,900원, 2002년 2기분 1,850,350원, 2003년 1기분 436,170원과 법인세 2001사업연도 155,345,930원, 2002사업연도 84,122,400원, 2003사업연도 41,562,870원의 부과처분 및 법인소득금액계산상 익금산입한 금액 706,446,323원(2001년 310,645,993원, 2002년 246,608,330원, 2003년 149,192,000원)을 대표자에게 상여처분하여 청구법인에게 한 소득금액변동통지는
1. 청구법인이 2001~2002사업연도에 신고 누락하였다고 본 송이버섯매출액 334,944,000원(2001년 215,471,000원, 2002년 119,473,000원)을 신고누락금액에서 제외하여 그 과세표준과 세액 및 소득금액변동통지 대상금액을 경정하고
2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 수익구조 다변화를 위하여 2000년부터 국내산 송이버섯과 선어를 매입하여 주로 일본에 수출하는 사업을 하면서, 생물인 특성상 장기간 보관이 불가능한 송이버섯의 경우, 당해연도 매입분을 당해연도에 전량 판매하는 방식으로 사업을 영위하여 왔는데, 2001~2002년에 매입한 송이버섯 중 시가 205백만원 상당의 송이버섯이 일본측의 약속 불이행 및 보관상 부주의로 유통기간(7일)이 경과하여 판매할 수 없게 되자 부득이 이를 폐기처분하는 바람에 상당한 손실을 보았고, 결과적으로 매출액을 매입액보다 적게 신고하게 된 것임이 청구법인이 보관하고 있는 폐기품의서와 폐기당시 촬영한 사진 등에 의하여 확인이 되는데도 처분청은 이를 인정하지 아니하고, 청구법인이 2001~2002사업연도에 고의적으로 송이버섯 매출액을 매입액보다 적게 신고한 것으로 보아 매입액을 근거로 매출액을 환산하여 과세한 것이므로 부당하다.
(2) 청구법인은 2000사업연도부터 선어를 매입하여 판매하면서 당해연도 매입분을 전부 당해연도에 판매하여 2000년말에는 실제 선어재고가 없었음에도 농수산물유통공사로부터 유망품목 수출지원자금을 대출받기 위하여 2000사업연도 매출원가를 실제보다 줄이는 방법으로 2000년도말에 246백만원 상당의 선어를 가공의 재고자산으로 계상하였고, 2001년도에 매입한 68백만원 상당의 활어도 보관상 부주의로 폐기처분할 수 밖에 없게 되자, 더 이상의 매입을 중단하고 2000년말에 가공의 재고자산으로 계상하였던 선어와 2001년에 매입하였다가 폐기처분한 활어를 2001~2003사업연도에 재고자산에서 단계적으로 감소된 것으로 장부상 처리한 것임이 폐기품의서와 선어 보관시설이 없는 청구법인이 선어보관료를 전혀 지급한 사실이 없는 점 등에 의하여 입증이 되는데도 처분청은 폐기증빙 등이 명백하지 아니하다는 이유로 이를 인정하지 아니한 것이므로 부당하다.
(1) 청구법인은 송이버섯을 일본에 수출하기로 하였으나 일본측에서 수입을 하지 아니하여 2001~2002사업연도에 매입한 송이버섯 중 시가 205백만원 상당의 송이버섯을 폐기처분하였다고 주장하고 있으나, 청구법인은 2000사업연도에 37건, 2001사업연도에 2건의 수출신고를 한 것으로 확인되는 바, 송이버섯은 매입즉시 판매하여야 하는 물품(유통기한 7일)인데도 수입업체가 수입을 거절하는 상황에서 청구법인이 2002년에도 계속하여 송이버섯을 매입하였다는 것은 납득하기 어렵고, 2002년도 송이버섯의 평균 매입원가가 1kg당 약 80천원 정도로 계산되는데 비하여 청구법인이 2002년에 폐기하였다는 송이버섯의 평균 매입원가는 1kg당 약 316천원(95백만원/300kg)으로 계산되어 신빙성이 없으며, 폐기시 촬영하였다는 사진상의 폐기일자(2001.11.29. 및 2002.12.2.)가 폐기품의서상의 폐기일자(2001.11.30. 및 2002.12.5.)보다 선일자로서 고액의 송이버섯을 폐기품의 없이 미리 폐기처분한 결과가 되는 점, 청구법인이 상품을 폐기처분하였다고 주장하면서도 이를 재고자산평가손실로 장부에 계상하지 아니한 점 등 여러 가지 정황을 종합해 볼 때, 청구법인이 제시한 자료만으로 고가의 송이버섯을 폐기처분하였다는 청구주장을 인정하기 어렵다.
(2) 청구법인은 2000사업연도 송이버섯 수출실적과 2001년 이후 수출예상액만으로도 농수산물유통공사로부터 자금을 대출을 받을 수 있을 수 있을 것으로 보이는데 굳이 가공의 선어를 재고자산으로 계상할 이유가 없다고 보이고, 청구법인이 제출한 상품수불부 현황만으로 당초 기장한 장부내용을 달리 볼 근거가 미흡하므로 청구법인이 장부에 기장한 2000사업연도말 현재 선어 재고를 2001~2003사업연도에 판매한 것으로 볼 수 밖에 없으며, 또한, 폐기품의서와 수출지원자금 대출실적 등 청구법인이 제시한 증빙자료만으로 2001년도에 매입한 활어가 모두 폐사처리되었다고 인정하기 어려우므로 동 활어 매입분도 모두 판매된 것으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.
① 청구법인이 2001~2002사업연도에 매입한 송이버섯 중 일부를 폐기처분하였다고 볼 수 있는지 여부
② 청구법인이 장부에 계상한 2000사업연도말 선어 재고가 가공으로 계상된 것인지 여부와 2001사업연도에 매입한 활어를 폐기처분하였는지 여부
(1) 부가가치세법(2003.12.30.법률 제7007호로 개정되기 전의 것)21조【결정 및 경정】
① 사업장 관할세무서장・사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.
2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
② 사업장 관할세무서장・사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서・장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계경정할 수 있다.
1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서・장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때
2. 세금계산서・장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모・종업원수와 원자재・상품・제품 또는 각종요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때
3. 세금계산서・장부 기타의 증빙의 내용이 원자재사용량・동력사용량 기타의 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때
(2) 부가가치세법시행령(2003.12.30. 대통령령 18175호로 개정되기 전의 것) 제69조 【추계결정 및 경정방법】
① 법 21조 제2항 단서에 규정하는 추계경정은 다음 각호에 규정하는 방법에 의한다.
4. 국세청장이 사업의 종류별・지역별로 정한 다음의 기준중의 하나에 의하여 계산하는 방법
(3) 법인세법(2003.12.30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것) 제42조【자산・부채의 평가】
① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.
3. 재고자산 등 대통령령이 정하는 자산 및 부채의 평가
② 제1항 제3호의 규정에 의한 자산 및 부채는 당해 자산 및 부채별로 대통령령이 정하는 방법에 의하여 이를 평가하여야 한다.
③ 다음 각호의 1에 해당하는 자산은 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 방법에 의하여 그 장부가액을 감액할 수 있다.
1. 재고자산으로서 파손・부패 등의 사유로 인하여 정상가격으로 판매할 수 없는 것
④ 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 자산 및 부채를 평가한 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 자산 및 부채의 평가에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 제66조【결정 및 경정】
② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 제67조【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여・배당・기타 사외유출・사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.
(4) 법인세법시행령(2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것) 제78조【재고자산 등의 평가차손】
③ 법 제42조 제3항 본문에서 “대통령령이 정하는 방법”이라 함은 동항 각호의 규정에 의한 자산의 장부가액을 다음 각호의 규정에 의한 평가액으로 감액하고, 그 감액한 금액을 당해 사업연도의 손금으로 계상하는 방법을 말한다.
1. 법 제42조 제3항 제1호의 재고자산의 경우에는 당해 재고자산을 사업연도종료일 현재 처분가능한 시가로 평가한 가액 제106조 【소득처분】
① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다. (이하 생략)
(1) 청구법인은 1998.8.11. 개업하여 ‘대구광역시 ◯◯동 1가 ◯◯-◯◯번지’를 본점소재지로 사업자등록을 하고, ‘소프트웨어개발 및 공급업’을 주업으로 영위하는 벤쳐기업으로 1994.4.20. 사무실을 서울특별시 ◯◯구 ◯◯동 ◯◯-◯◯번지로 이전하였고, 2000.2.17. 사무실을 다시 서울특별시 ◯◯구 ◯◯동 ◯-◯ ◯◯빌딩 3층으로 이전한 다음, 새로운 수익구조를 창출하고자 2000.8.7. 서울특별시 ◯◯구 ◯◯동 ◯◯-◯◯호에서 ‘농수산물 무역업’을 영위하고 있던 ◯◯삼종을 인수합병하고, ◯◯삼종의 직원들을 영입하여 2000년부터 ‘송이버섯 및 수산물무역업’을 겸영하게 되었으며, 2002.11.6. 다시 사무실을 서울특별시 ◯◯구 ◯◯동 ◯◯-◯◯번지 ◯◯벤처 ◯◯◯호로, 2003.4.1. 동 ◯◯◯벤처 ◯◯◯◯호로 이전하여 사업을 영위하고 있음이 처분청의 조사자료 및 청구법인의 등기부등본 등에 의하여 확인된다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 내수판매를 목표로 하지 아니하고, 주로 수출할 목적으로 송이버섯을 매입하여 2000사업연도에는 1,669백만원 상당의 송이버섯을 수출하였고, 2001~2002사업연도에는 일본 업체와 수출계약을 체결하였는데, 송이버섯을 수입하기로 한 일본 업체가 선적을 하려고 하면, ‘보낼 물건의 규격이 틀리다’, ‘A・B・C・D등급을 혼합해서 보내라’는 등 여러 가지 이유를 들어 선적(송이버섯은 빠른 운송을 위하여 항공기로 운송한다고 함)을 미루는 바람에 선적대기 보관 중이던 송이버섯에 곰팡이가 피어 2001~2002년에 매입한 송이버섯 중 상당부분을 부득이 폐기처분할 수밖에 없었다고 소명하면서, 그 근거로 일본 수입회사와 체결한 계약서 2매를 제출하였는 바,
1. 처분청 조사자료와 청구법인이 제출한 장부 등에 의하면, 청구법인은 주로 ◯◯시 산림조합 및 ◯◯군 산림조합 등 지방자치단체소속의 산림조합에서 생송이를 매입한 것으로 확인되고,
2. 2000사업연도의 경우 2000.9.25.부터 2000.10.18.까지 사이에 37건 1,669백만원 상당의 송이버섯을 수출한 것으로 확인되며, 2001~2002사업연도의 경우에도 일본의 수입회사와 한국산 생송이 5만kg을 5백만불에 수출하기로 하는 내용의 계약(2001.4.8.자 계약서 3만kg 3백만불 계약, 2002.4.10.자 계약서 2만kg 2백만불 계약)을 체결한 것으로 보이나, 실제 수출실적은 2001.10.11.과 2001.10.16.에 수출한 2건 26백만원이 전부이며, 나머지 매출액은 모두 국내에서 판매된 것으로 확인된다. (나) 청구법인의 연도별 송이버섯 매입 및 매출 신고내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인의 연도별 송이버섯 매입 및 매출 신고내역 (다) 처분청은 청구법인의 2001~2002사업연도 매출액이 매입액보다 적고 장부상 상품재고액도 전혀 없으므로 청구법인이 매출액 중 일부에 대하여 매출신고를 누락하였다고 보아 동종업체의 연도별 평균매매총이익률(2001년 12.20%, 2002년 9.32%)에 의하여 청구법인의 매출액을 환산하고, 신고한 매출액과의 차액을 매출누락액으로 보았다. (라) 이에 대하여 청구법인은 2001~2002사업연도에 일본 수입회사의 약속 불이행과 보관상의 부주의로 냉장유통기간(7일)이 경과한 매입원가 205백만원 상당의 송이버섯을 폐기처분하고, 이를 재고자산폐기손실로 별도의 손금으로 처리하지 아니하였으나, 재고자산에서 직접 차감하는 방법으로 결산하여 결과적으로 재고자산폐기손실을 장부가액으로 평가하여 손금 산입한 결과가 되었으므로 이를 반영하여 청구법인의 매출누락액을 다시 계산하여야 한다고 주장하면서, 송이버섯 폐기현장 사진 26매와 폐기품의서 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.
1. 청구법인이 제출한 2001년도 송이버섯 폐기관련 사진의 필름원본에는 2001.10.19.에 청구법인의 직원들이 야외캠프에서 촬영한 사진이 있고, 그 다음에 2001.11.29.에 촬영된 청구법인이 송이버섯을 폐기하는 장면이라고 주장하는 사진 10매가 있으며, 그 후에 촬영한 사진은 없고, 2002년도 송이버섯 폐기관련 사진 필름의 원본에는 2002.12.2.에 촬영된 청구법인이 송이버섯을 폐기하는 장면이라고 주장하는 사진 16매가 있고, 그 다음에 2002.12.26.에 촬영된 청구법인의 직원 회식 사진들이 있으며, 그 후에 촬영된 사진은 없다.
2. 이 건 이의신청에 대한 심리과정에서 처분청의 심리담당자가 2001~2002년 당시 송이버섯 폐기업무를 담당하였다는 청구법인의 직원 김◯◯(당시 총무부장, 이 건 조사당시에는 이사로 재직)와 함께 송이버섯 폐기 장소에 대하여 현장 확인을 한 바, 김◯◯가 폐기장소로 지정한 위치는 낙산해수욕장 부근 해안도로 옆 “강원도 ◯◯군 ◯◯면 ◯◯리 소재 야산”인데 확인일(2006년 7~8월 사이이나 날짜는 불분명) 현재에는 1년전에 있었던 큰 산불로 소나무는 거의 소실되어 없고, 대부분 잡목이나 잡초로 뒤덮여 있는 등 당시의 상황과는 많이 달라져 있어 동일한 장소를 찾아내지는 못한 것으로 확인된다.
3. 청구법인이 제출한 2001.11.30.자 폐기품의서(기안자 박◯◯)에는 매입원가 110백만원 상당의 송이버섯 400kg을 폐기한 것으로 기재되어 있고, 2002.12.5.자 폐기품의서(기안자 윤◯◯)에는 매입원가 95백만원 상당의 송이버섯 300kg을 폐기한 것으로 기재되어 있는데, 처분청은 청구법인이 2001~2002사업연도에 ◯◯시 산림조합 및 ◯◯군 산림조합 등에서 매입한 생송이의 가격은 1kg당 매입단가가 1등품인 경우 206,500원이고, 2등품인 경우 72,000~99,000원, 등외품인 경우 20,000~40,000원, 생장정지품의 경우 148,000원 정도이며, 청구법인이 매입한 생송이는 대부분 2등급에서 등외품으로 2002사업연도의 경우 평균매입단가가 1kg당 약 8만원 정도로 추정되는데, 청구법인이 2002.12.5.에 폐기하였다는 송이버섯의 평균단가는 316천원(95백만원/300kg)으로 나타나고, 폐기현장 사진의 촬영일자가 2001.11.29. 및 2002.12.2.인데 비하여 폐기품의서상 폐기일자가 2001.11.30.및 2002.12.5.로서 폐기품의도 받지 않은 상태에서 먼저 폐기를 하였다는 점 등으로 보아 청구법인이 제출한 폐기품의서는 신빙성이 없다는 의견인 반면, 청구법인은 산림조합중앙회의 자료에 근거하여 생송이의 1kg당 평균매입가격이 1등품 약 20만원, 2등품 약 15만원, 3등품 약 10~12만원 정도이므로 청구법인이 2001~2002년에 매입한 송이버섯의 평균매입단가는 약 19만원으로 계산되고, 이 경우 2001년도에 폐기한 송이버섯은 약 580kg으로, 2002년도에 폐기한 송이버섯은 약 500kg으로 추정되는데, 폐기시에는 마른 상태에서 눌러 담기 때문에 보고한 폐기수량이 정상품일 당시보다 줄어드는 점이 있고, 폐기담당자가 회사의 문책이 두려워 폐기수량을 실제보다 줄여서 보고한 것으로 보이며, 상품을 폐기할 경우 구두로 먼저 보고하고 실제 폐기처분을 한 다음, 폐기처분 현장의 사진 등을 첨부하여 폐기품의서를 사후에 결재받는 것이 관례라고 소명하고 있는 바, 청구법인의 상품매입 및 매출장에는 금액만 기재되어 있고, 구체적인 수량이 기재되어 있지 아니하여 청구법인이 매입한 송이버섯의 규격별 매입수량 및 단가와 판매한 송이버섯의 규격별 판매수량 및 단가가 얼마인지 여부는 확인하기 어려운 점이 있다.
4. 청구법인이 제출한 ◯◯물산 이사 ◯◯과 ◯◯물산 ◯◯◯의 송이버섯에 대한 의견서에는 “송이는 조금이라도 상하거나 곰팡이 등이 생기면 폐기를 원칙으로 하지만, 냉동판매할 경우 곰팡이 등이 생기기 전에 냉동하여야 하며, 냉동송이의 가격은 kg당 약 3만원 정도이고, 주로 중식당 식재료로 사용된다”는 의견이 기재되어 있고, 청구법인이 한국관광공사에서 발급받아 제출한 송이버섯에 대한 의견서에는 “한국관광공사에서는 송이버섯의 판매와 관련하여 ‘냉동송이는 향과 맛이 떨어져 상품가치가 없으므로, 송이버섯은 반드시 얼리지 않은 생송이 상태로 판매하도록 하고 있으며, 유통기간(냉장보관시 약 7일)이 매우 짧기 때문에 반드시 냉매제 BOX로 포장하여야 하고, 진열시 냉장고 또는 냉장쇼케이스에 진열하여야 하며, 유통기간 경과시는 하자가 없더라도 반품하거나 폐기’하도록 업무지침을 내리고 있다”는 의견이 기재되어 있다.
5. 청구법인의 결산서상 2000사업연도에는 냉장고가 없었으나, 2001사업연도 이후에는 냉장고 3,000ℓ 2개, 350ℓ 1개가 재고자산명세서에 기재되어 있는 바, 청구법인은 한국관광공사의 업무지침에 따라 송이버섯 냉장보관용으로 매입한 것이라고 소명하고 있다.
6. 청구법인은 2001~2002사업연도에 송이버섯과 수산물 관련 사업에서 큰 손실을 본 이후, 2002년 말에 무역사업팀의 본부장 윤◯◯, 이사 박◯◯, 팀장 조◯◯를 이에 대한 책임을 지고 사직하도록 하였다며 사직서 3매를 제출하였는 바, 이 중 박◯◯과 조◯◯는 ◯◯삼종에서 영입된 직원들로서 이들은 모두 ‘개인사유’를 이유로 2002.12.31. 사직한 것으로 확인되며, 당시 무역사업팀에 근무하면서 총무부장 김◯◯와 함께 송이버섯 및 수산물 관련 사업을 담당한 것으로 보인다.
7. 청구법인은 위 퇴직자 중 박◯◯이 주식회사 ◯◯라는 회사를 운영하고 있다는 제보가 있어 박◯◯으로부터 위 손해금을 배상받기 위하여 신용정보회사에 채권추심을 의뢰한 사실이 있다며, 채권추심 관련서류를 제시하였는 바, 청구법인은 박◯◯과 주식회사 ◯◯◯◯등에 대한 강제집행을 실시하기 위하여 2003.2.28. 공증인가 ◯◯법무법인에서 ‘집행문’을 부여받고, 2003.5.23. ◯◯신용정보주식회사로부터 박◯◯에 대한 ‘신용정보조사 회보서’를 받았으며, 2003.10.21. ◯◯신용정보주식회사와 채권추심위임계약을 체결한 사실이 있는 것으로 확인된다.
8. 우리심판원에서 청구법인에게 일본 업체가 선적을 연기하였다는 사실을 입증할 자료의 제시를 요구한데 대하여 청구법인은 송이버섯은 유통기간이 단기인 특성상 전화로 주문 및 선적통보 등을 하고, 빠른 운송을 위하여 항공편으로 운송을 하기 때문에 공문으로 선적연기 통보 등을 하지 않는다고 소명하면서, 청구법인의 업무일지를 제시하였는 바, 청구법인의 업무일지는 각 사업팀의 업무추진내용을 매일 기재하여 대표이사의 결재를 받고 있는 것으로 확인되며, 2001.10.15., 2001.10.17., 2002.10.20. 및 2002.10.23.자 업무일지에는 ‘무역사업팀’의 업무내용이 다음과 같이 기재되어 있다. 2001.10.15.자 업무일지: 일본 내수업체 선적연기 통보(금번 3번째임), 재고 송이 선도문제 발생(일부 썩어버림/대책시급) 2001.10.17.자 업무일지: 일본 수입상 동경대판시장 가격하락으로 수지를 맞추기 어렵다고 연락, 사장님께서 직접 연락하여 해결방안을 모색하여야 함, 한국지리정보산업협동조합 탈퇴 신문공고 발송등, 만약 출하하지 못할 경우 폐기해야 함, 일본현지 연락처: ◯◯-◯◯◯-◯◯◯-◯◯◯◯ 2002.10.20.자 업무일지: 금일 데판市場(日本) 내수물품공급과잉으로 선적불가 통보, 판매 미비할시 송이 Loss 발생, 지시사항: 선입선출 철저히 하여 Loss 최소화 2002.10.23.자 업무일지: 일본업체 선적연기에 따른 송이 Loss 발생, 일본업체 선적연기 이유를 당사가 보낸 물건 Size가 MM Size 미달한다고 연락받음, 대표이사께서 직접 연락하는 것이 바람직한 것으로 사료됨, 일본업체 연락처 ◯◯-◯◯◯-◯◯◯-◯◯◯◯ (마) 살피건대, 청구법인의 송이버섯 수출실적, 수출계약서, 업무일지 기재내용 등으로 보아 청구법인이 일본업체와 송이버섯 수출계약을 체결하였으나 일본업체가 선적을 미루는 바람에 일부 송이버섯이 손상되었다는 청구주장이 사실로 보이고, 청구법인이 보관하고 있는 필름의 내용으로 보아 송이버섯 폐기당시 촬영하였다는 사진이 사후에 조작되었다고 보이지 않는 점, 송이버섯과 수산물 관련 사업부서의 담당 직원이 실제로 권고 사직하였고, 청구법인이 손해금을 배상받기 위한 노력을 한 사실이 있는 것으로 보이는 점 등을 종합적으로 고려할 때 청구법인이 2001~2002사업연도에 매입한 송이버섯 중 일부를 폐기처분하여 손실을 보았다는 청구주장은 사실로 보인다. 다만, 그 수량이 청구법인이 주장하는 바와 동일한 물량인지 여부를 직접 확인하기 어려운 점은 있으나, 폐기당시 촬영한 사진으로 보아 상당한 물량의 송이버섯이 실제 폐기처분된 것으로 보이고, 청구법인이 매출처로 신고한 업체 이외의 다른 업체에 송이버섯을 매출하였다는 직접적 또는 간접적인 흔적이 전혀 나타나지 않는 점을 감안할 때, 처분청이 단지 매출액이 매입액보다 적다는 이유만으로 청구법인이 매입액 중 일부를 폐기처분하지 아니하고 다른 매출처에 판매하였을 것이라고 추정하여 청구법인의 매출액을 추계결정한 것은 추계과세에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다고 판단된다. 또한, 처분청은 청구법인이 위 송이버섯을 사실상 폐기처분하였다 하더라도 청구법인이 재고자산평가손실을 장부에 계상하기 아니하였으므로 손금산입할 수 없다는 의견이나, 파손・부패 등의 사유로 인하여 정상적으로 판매할 수 없는 재고자산은 법인세법 제42조 제3항 의 규정에 의하여 폐기처분하고 그 장부가액을 재고자산폐기손실로 손금산입할 수 있으며, 청구법인은 당해연도 매입액을 전액 당해연도 매출액에 대응되는 매출원가로 신고하였으므로 결과적으로 장부가액으로 평가된 재고자산폐기손실이 이미 장부에 반영된 결과가 되었고, 재고자산폐기손실은 재고자산평가손실과는 달리 당해 법인이 결산서에 반영하지 아니하였다 하더라도 실제 폐기사실이 확인되면, 폐기한 사업연도의 손금에 산입할 수 있다고 판단된다(국세청 예규 법인 46012-3286, 1995.8.19. 참조). 따라서, 청구법인이 2001~2002사업연도에 신고 누락하였다고 본 송이버섯 매출액 3347,944,000원(2001년 215,471,000원, 2002년 119,473,000원)은 신고누락금액에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.
(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2000사업연도에 매입한 선어 1,928,810천원 중 1,682,810천원을 당기 매출원가에, 나머지 246,000천원을 기말재고로 장부에 반영하였고, 2001사업연도에 매입한 활어 82,050천원을 포함한 금액 314,850천원을 2001~2003사업연도에 재고자산을 감소시키는 방법으로 매출원가에 반영(2001년 82,050천원, 2002년 107,300천원, 2003년 125,500천원)하였으나, 2001~2003사업연도에 이에 대응되는 매출액은 없는 것(0원)으로 신고하였음이 각사업연도 법인세 신고자료에 의하여 확인되는 바, 청구법인의 연도별 선어(활어 포함) 매입 및 매출 신고내역 및 장부상 매출원가 반영 되었다. (나)처분청은 청구법인이 연도별로 감소시킨 재고자산을 매출원가에 반영하였으나 이에 대응되는 매출액은 신고하지 아니한 것으로 보아 동종업체의 연도별 평균매매총이익률에 의하여 청구법인의 매출누락액을 계산하였다. (다) 이에 대하여 청구법인은 당기 매입분 선어를 전부 당기에 매출하고 있어 2000년말에는 실제 기말재고가 없었는데도 청구법인이 농수산물유통공사로부터 유망품목시장개척자금을 대출받기 위하여 가공의 선어 재고자산을 계상하였다고 주장하면서 농수산물유통공사 경기지사장이 발행한 대출확인서와 선어의 보관시설이 없음을 입증할 증빙자료 등을 제시하였는 바,
1. 청구법인의 2000년 11~12월 중 수산물 매입내역을 보면, 냉동수산물 도매업자인 ◯◯수산주식회사로부터 수산물 10,913kg을 163백만원에 매입하였고, 패류를 취급하는 ◯◯◯수산업협동조합에서 패류 6,598kg을 107백만원에 매입하였으며, 도매 수산물업무역업자인 주식회사 ◯◯으로부터 냉동부세 10,320kg을 185백만원에 매입하였고, 수산물 가공업자인 ◯◯물산주식회사로부터 수산물 가공품 13,817kg을 326백만원에 매입하였는 바, 청구법인이 2000년말에 재고자산으로 계상한 선어가 어느 매입처로부터 매입된 것인지 여부는 확인하기 어려우나, 그 수량은 약 13,000kg 정도로 추정해 볼 수 있다.
2. 청구법인의 제출한 농수산물유통공사 ◯◯지사장 발행의 융자약정증명서와 청구법인의 통장(◯◯은행 ◯◯계좌) 입출금내역 등에 의하면, 청구법인은 2001.7.3. 농수산물유통공사에서 2001년 유망품목 시장개척자금으로 430백만원을 융자받아 2002.4.17.에 상환한 사실이 확인되며, 농수산물유통공사 ◯◯지사장 발행의 2001년 유망품목 시장개척자금 대출 확인서에는 ‘청구법인은 소프트웨어등을 개발하는 업체이나 대출당시 2000년 농수산물 수출액이 1,669백만원, 2000년말 농수산물 재고금액이 246백만원, 당기순이익이 94백만원으로 정책자금 대출내용이 적정하였다’는 내용이 기재되어 있다.
3. 청구법인의 2001~2003사업연도 재무제표상 고정자산(유형자산) 보유현황과 지급임차료 내역 등을 분석해 본 결과, 청구법인은 송이버섯의 냉장보관을 위하여 2001년에 매입하였다는 냉장고 3,000ℓ 2대와 350ℓ 1대가 유형자산으로 계상되어 있고, 지급임차료는 주식회사 ◯◯개발 등에 지급한 사무실 임차료가 전부로 청구법인이 냉동수산물 보관에 필요한 냉동창고나 활어 보관에 필요한 양어장 또는 수족관을 보유하였다든가 임차한 근거는 없는 것으로 보인다. (라) 한편, 청구법인은 2001년에 매입한 활어를 매입처인 ◯◯무역주식회사의 양식장에 임시 보관하던 중 관리상의 부주의로 모두 폐사하였다고 주장하면서 활어의 보관 및 폐기와 관련된 사진, 폐기품의서 등을 제시하였는 바,
1. 청구법인은 2001.11~12월에도 경상남도 ◯◯시 소재 ◯◯무역주식회사로부터 활어 약 8,098kg을 68,850천원에 매입(2001.11.30. 송어 3,816kg을 45,792천원에, 점성어 2,040kg을 10,200천원에, 2001.12.13. 농어 206kg을 2,678천원에, 2001.12.30. 점성어 2,036kg을 10,180천원에 매입)에는 ‘공급가액 68,850천원 상당의 농어 및 점성어가 액체산소의 공급부족으로 모두 폐사하여 판매가 불가능하므로 폐기 처리하였음을 보고 한다’고 기재되어 있다.
2. 청구법인은 이 건 이의신청당시 2001.11.29. 및 2002.12.2.에 촬영된 활어 보관과 관련된 사진만 제시하고, 활어 폐기와 관련된 사진은 제시하지 못하다가 이 건 심판청구과정에서 활어 매입처인 ◯◯무역주식회사에서 촬영하였다는 2002.12.30.자 활어 폐기관련 사진 4매를 제시하였는데, 동 사진에는 김◯◯ 이사가 나타나 있으나, 정확한 촬영 시기는 확인하기 어렵다.
3. 우리심판원에서 활어 폐사와 관련된 구상조치 내역에 대한 소명을 요구한데 대하여 청구법인은 활어 보관시설이 없어 2001년에 매입한 활어를 매입처인 ◯◯무역주식회사의 양식장에 임시 보관하였으나, 별도의 보관료나 관리비를 지급하지 아니하여 관리책임은 청구법인에게 있었고, 폐사된 활어가 매입당시 바이러스 등에 감염된 것이 아니었기 때문에 ◯◯무역주식회사에게 구상권을 행사할 수는 없는 상황이었다고 소명하고 있다. (마) 살피건대, 청구법인은 소프트웨어 개발등을 주업으로 하는 법인으로 2000년 이전에는 농수산물을 취급한 경험이 없는 업체인데도 2001년에 농수산물유통공사에서 유망품목시장개척자금 430백만원을 대출받기 위하여 2000년말에 246백만원 상당의 선어 재고를 가공으로 계상하였다고 주장하고 있으나, 청구법인이 농수산물유통공사에서 자금을 대출받은 사실이 2000년말 선어의 가공계상과 직접 관련이 있다고 볼 증거가 미흡하고, 선어 보관시설이 없다는 사실이 재고자산을 가공으로 계상할 수 밖에 없는 불가피한 사유는 될 수 없다고 보이며, 위와 같은 경우에는 장부에 계상된 바에 따라 재고가 있었다고 보는 것이 타당하다고 할 것이므로 청구법인이 장부에 계상한 2000년말 선어 재고가 가공자산이라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 또한, 청구법인은 2001년 매입분 활어가 전부 폐사하였다고 주장하고 있으나, 청구법인이 제시한 사진만으로 2001년도 매입분 활어가 전부 폐사하였는지 여부를 확인하기 어려운 점이 있고, 2001년 11월 및 12월에 매입하여 매입처의 양식장에 보관하였다는 활어가 2001.12.30.자로 모두 폐사하였는데도 청구법인이 아무런 구상조치 없이 단순히 폐기처분하였다고 보기 어려운 점을 감안할 때 2001년도 매입분 활어 폐기 주장도 사실로 인정하기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.