토지원가를 필요경비에 산입하여야 하는지 여부

○○세무서장이 2006.8.9. 청구인에게 한 2001년 귀속 종합소득세 37,337,680원, 2002년 귀속 종합소득세 55,818,000원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 주택을 신축하여 판매할 목적으로 2001.4.25. 청구외 ○○○으로부터 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○ 소재 대지 237㎡의 1⁄2지분과 주택 118.26㎡ (이하 제“제1부동산”이라 한다)을 매수하고, 같은 날 청구외 ○○○으로부터 같은 곳 309-7 대지 237㎡의 1⁄2 지분과 주택 118.26㎡(이하 “제2부동산”이라 한다. 이하 제1부동산과 제2부동산을 “쟁점부동산”이라 한다)을 매수하여 󰀎○○○○빌󰀛 9세대를 신축하여 2001년 3세대, 2002년에 6세대를 분양하고, 2001년 및 2002년 귀속 종합소득세를 신고∙납부하였다. 그 후 수입금액 신고누락액 164,000,000원 (2001년 45,000,000원, 2002년 119,000,000원)에 대하여 2004.4.14. 종합소득세 수정신고하면서 당초 신고시 장부에 반영하지 못한 토지원가 155,000,000원 (이하 “쟁점토지원가”라 한다)을 추가로 필요경비에 산입하여 수정신고 납부하였다. 처분청은 신고 누락한 분양수입금액을 총수입금액에 산입하고 쟁점토지원가를 필요경비에 불산입하여 2006.8.9. 청구인에게 2001년 귀속 종합소득세 37,337,680원과 2002년 귀속 종합소득세 55,818,000원을 경정고지하였다. 이에 청구인은 2006.11.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 제1부동산을 2001.4.25. ○○○으로부터 매매대금 268,000,000원에, 제2부동산을 ○○○으로부터 190,000,000원 합계 458,000,000원에 매수한 후 9세대 주택을 신축하여 2001년과 2002년에 분양하고, 당초 종합소득세 신고시 장부에 토지원가로 303.000.000원만 반영하였으나, 실제로는 ○○○ 및 ○○○으로부터 쟁점부동산을 458,000,000원에 매수하였음이 부동산매매계약서, 매도자의 거래사실확인서, 영수증 등에 의거 확인되므로 쟁점토지원가를 필요경비에 산입하여야 한다. 청구인이 쟁점토지원가를 필요경비에 반영하지 못한 경위는 쟁점부동산의 검인계약서상 금액을 190.000.000원으로 구청에 신고하는 바람에 이건 수입금액을 과소신고 할 수 밖에 없었으나 검인계약서상 가액이 실지거래가액보다 낮은 현실을 감안할 때 청구인이 추가로 인정해 달라는 쟁점토지원가는 전혀 무리한 주장이 아니라 할 것이다. 청구인이 2004.4.14. 분양수입금액 신고누락액에 대응하여 쟁점토지원가를 필요경비에 산입하여 수정신고 ∙납부한데 대해 처분청에서 검토를 마친 것으로 알고 있었으며, 그 후 2006.6월까지 아무런 조치도 없었으며, 청구인은 이에 수정신고서류가 아무 잘못이 없는 것으로 알고 모든 서류를 폐기처분하였으나 처분청에서는 계약서 원본을 제시 못한다는 이유로 쟁점토지원가를 필요경비에 불산입하여 이 건 종합소득세를 추가로 과세하였으나 5년 전의 서류를 보관하지 못했다는 책임을 청구인에게만 지우는 것은 과도한 것으로 이건 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 제출한 쟁점부동산의 취득 당시 부동산매매계약서는 수정신고 및 과세적부심사청구시 제출한 계약서와 심판청구시 제출한 부동산매매계약서가 상이하고(당초 제출한 계약서는 필체는 동일한 것으로 보이나 중개인의 날인이 없음), 매도자 ○○○과 ○○○의 거래확인서와 부동산매매계약서상의 도장이 상이하며, 실계약서 (매입대금 458,00,000원) 및 검인 계약서 (190.000.000원), 종합소득세신고서 (303,000,000) 상의 토지매입금액이 모두 상이한 점으로 미루어 실 매입대금을 입증할 자료의 신빙성이 없으므로 쟁점토지원가를 필요경비에 불산입하여 이 건 종합소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 주택신축판매 분양수입금액 신고누락액에 대응하여 쟁점토지원가를 필요경비에 산입하여야 한다는 청구인 주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제15조 [신의∙성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다 (2) 소득세법 제27조 [결정과 경정] ②납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조∙제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제1호의 2의 경우에는 제73조의 규정에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때(1994.12.22. 개정)

(4) 소득세법시행령제55조 [부동산임대소득 등의 필요경비의 계산] ① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 판매할 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용 외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다. (1998.12.31. 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 사건 심리 자료에 의하면 청구인은 ○○○과 ○○○으로부터 쟁점부동산을 매수하여 그 지상에 있던 주택을 헐고 ○○○○빌 9세대를 신축한 후 2001년 3세대, 2002년 6세대를 분양하고, 2001년 및 2002년 귀속 종합소득세를 신고∙ 납부한 사실이 나타난다.

(2) 청구인은 2004.4.14. 분양수입금액 신고누락액 164,000,000원 (2001년 45,000,000원, 2002년 119,000,000원)을 총수입금액에 산입하고 쟁점토지원가를 필요경비에 산입하여 2001년 귀속 및 2002년 귀속 종합소득세를 수정신고∙ 납부하였고, 이에 대하여 처분청의 ‘ 수정신고서 검토 복명서’(작성일자 불명)에 의하며, 토지구입대금 458,000천원의 가공계상 여부 확인을 위해 적정여부 검토한 바 가공계상 혐의 없어 필요경비 인정하여 종결 처리한다는 내용이 기재되어 있다.

(3) 한편, ○○세무서장은 2006.2.경 처분청에게 주택신축판매와 관련된 분양수입누락금액을 과세자료로 통보한 사실이 나타난다.

(4) 처분청은 2006.8.9. 신고 누락한 분양수입금액을 총수입금액에 산입하고 쟁점토지원가를 필요경비에 불산입하여 청구인에게 2001년 귀속 종합소득세 37,337,680원과 2002년 귀속 종합소득세 55,818,000원을 경정고지하였다.

(5) 청구인이 제시한 쟁점부동산의 취득 당시 부동산 매매계약서와 ○○○과 ○○○의 거래확인서에 의하면, 청구인은 ○○○으로부터 제1부동산을 268,000,000원에 취득한 것으로 부동산매매계약서에 나타나고, ○○○과 ○○○은 청구인에게 위와 같은 금액에 부동산을 양도한 것으로 거래사실을 확인하고 있다.

(6) 이에 대하여 처분청은 대금지급 사실이 불분명하고 수정신고 및 과세적부심사청구시 제출한 계약서와 심판청구시 제출한 부동산매매계약서가 상이하고, 매도자 ○○○과 ○○○의 거래확인서와 부동산매매계약서상의 도장이 상이하므로 신빙성이 없다는 점 등을 들어 쟁점토지원가를 필요경비 불산입하여 이 건 종합소득세를 과세하였음이 처분청의 심리자료에 나타난다.

(7) 살피건대, 청구인이 제출한 부동산 매매계약서는 비록 일부내용(부동산 중개인 명판 각인)이 사후에 추가 되었다고 하더라도 그 필체가 동일(처분청도 답변서에서 이에 대하여 인정하고 있음)하여 위 부동산 매매계약서의 내용의 전부가 사후에 작성된 허위의 계약서라고 단정하기 어렵다. 또한, 심판청구시 제출한 거래확인서상의 ○○○과 ○○○의 도장과 ○○구청장에게 제출한 검인계약서상 도장이 서로 일치하고 있을 뿐 아니라 ○○○과 ○○○은 심판청구시와 과세적부심사청구시에도 양도금액을 같은 금액으로 일관되게 확인하고 있다. 더욱이 처분청은 ○○세무서장으로부터 과세자료를 통보 받기 전에 󰀎수정신고서 검토 복명서󰀛를 작성하여 필요경비를 추가 인정해 달라는 취지의 수정신고에 대하여 가공계상 혐의 없어 필요경비를 인정하는 것으로 내부적으로 종결 처리한 사실이 있다. 이러한 점을 고려해 볼 때 비록 청구인이 부동산매매계약서 및 영수증 원본을 제출하지 못하고 있으나 2004.4.14. 수정 신고한 후 처분청에서 신고 시인하여 종결된 것으로 알고 5년이 경과하여 보관하고 있지 아니하여 제출하지 못한다는 청구인 주장은 신빙성이 있어 보여 쟁점토지원가는 실제로 지급한 것으로 판단된다.

(8) 따라서, 처분청이 쟁점토지원가를 필요경비에 불산입하여 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.