자료상으로부터 수취한 세금계산서로 보아 손금불산입한 처분의 당부

○○세무서장이 2006.7.1. 청구법인에게 한 2002.1.1.～2002.12.31.사업연도 법인세 235,237,420원 및 2003.1.1.～2003.12.31.사업연도 법인세 592,819,500원과 2002년 제1기 부가가치세 3,077,200원, 2002년 제2기 부가가치세 128,578,000원, 2003년 제1기 부가가치세 42,249,550원, 2003년 제2기 부가가치세 251,430,080원, 2004년 제1기 부가가치세 △37,650,060원, 2004년 제2기 부가가치세 2,727,230원의 부과처분은 처분의 원인이 된 세금계산서의 실지거래여부를 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 처분청은 청구법인이 2002.1기 ～ 2004.2기 중 주식회사○○ 외 4개 업체에 2,523,363천원의 가공매출세금계산서를 발행하고, 주식회사○○○○○○ 외 4개 업체 명의의 4,224,495천원의 가공매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 및 법인세를 신고한 것으로 조사하여 2006.7.1. 청구법인에게 2002.1.1.～2002.12.31.사업연도 법인세 235,237,420원 및 2003.1.1.～2003.12.31.사업연도 법인세 592,819,500원과 2002년 제1기 부가가치세 3,077,200원, 2002년 제2기 부가가치세 128,578,000원, 2003년 제1기 부가가치세 42,249,550원, 2003년 제2기 부가가치세 251,430,080원, 2004년 제1기 부가가치세 △37,650,060원, 2004년 제2기 부가가치세 2,727,230원을 경정고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2006.9.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 당초 처분청에서 청구법인에게 2006.5.31.까지 출서 및 장부제시를 요구하였으나 청구법인의 부도, 대표이사 구속 등으로 관련 증빙을 제출하지 못하였으나, 심판청구시 제출한 관련 증빙(금융거래증빙, 거래처별 원장, 계약서 등)에 의하여 실지 거래사실이 확인되므로 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 거래처에 대한 자료상 조사결과 가공거래 확정자료로 파생된 자료에 의하여 과세한 건으로서, 당초 청구법인에 대한 조사시 관련 증빙을 제출하지 아니하였으며, 심판청구시 제출한 근거자료를 확인하여도 실지거래를 인정하기에 증빙이 부족하여 청구주장은 이유없으므로 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 조사복명서 등의 심리자료에 의하면, (가) ○○지방국세청장은 2004.5.27. ～ 2004.9.15. 청구법인에 대한 조사를 실시하여 청구법인이 2001년 6월까지는 정상적인 거래를 하였으나, 2001년 7월 이후 사업규모에 비하여 매출액이 급격하게 신장되면서 서비스업의 특성과는 다르게 매입도 기형적으로 증가한 것으로 신고하였고, 거래처도 대부분 IT관련 업종으로서 서로 간에 부가가치세법에 의한 재화나 용역의 공급없이 세금계산서만 주고받은 것으로 보아, 2001년 2기 ～ 2003년 2기 중 8,271백만원의 가공매출세금계산서를 발행하고 6,453백만원의 가공매입세금계산서를 수취한 것으로 조사하여 2004.10.11. 자료상으로 고발한 사실이 확인된다. (나) 한편, ○○지방국세청장의 청구법인에 대한 조사 이후 처분청은 쟁점세금계산서에 대한 가공세금계산서 교부혐의에 따라 청구법인에 대한 추가조사를 실시하여 청구법인이 사업장 소재지에 소재하지 않고 대표이사 문○○이 출서요구에 불응하자 무단폐업한 것으로 보았으며, 아래표의 쟁점세금계산서는 자료상으로 이미 고발된 업체에 교부하거나 자료상으로 이미 고발된 업체로부터 수취한 것이어서 가공세금계산서로 보아 이 건 과세처분을 하고 청구법인 및 대표이사 문○○을 자료상으로 추가 고발한 것으로 나타난다. < 가공매입세금계산서 명세 > (단위: 천원) 과세기간 일련번호 상호 조세범칙내용 금액 신고매입 2002.1기

① (주)○○○○○○ 자료상 15,245 2,574,216 2002.2기

② (주)○○○ 〃 1,000,000 7,900,040

③

○○○○(주) 〃 230,000 2003.1기

④ (주)○○○ 〃 811,980 6,545,655 2003.2기

⑤

○○○○○○(주) 〃 521,100 2,928,256

⑥ (주)○○○ 〃 725,454

⑦ (주)○○○ 〃 410,717 2004.1기

⑧ (주)○○○ 〃 373,636 2,391,765 2004.2기

⑨ (주)○○○ 〃 136,363 1,969,802 합 계 4,224,495 24,309,737 < 가공매출세금계산서 명세 > (단위: 천원) 과세기간 일련번호 상호 조세범칙내용 금액 신고매출 2002.2기

① (주)○○ 자료상 520,000 6,748,817

② (주)○○○○○ 〃 110,000

③ (주)○○○○○○ 〃 80,000 2003.1기

④ (주)○○○ 〃 732,000 6,077,942 2003.2기

⑤ (주)○○○ 〃 70,000 3,101,285 2004.1기

⑥

○○○○○○(주) 〃 875,000 2,321,308 2004.2기

⑦ (주)○○○ 〃 136,363 1,878,187 합 계 2,523,363 20,128,541

(2) 한편, 청구법인은 위 쟁점세금계산서가 실지 거래에 따라서 발행된 것임을 주장하고 있어 이를 살펴본다. (가) 청구법인은 위 16건의 거래와 관련하여 매 거래별로 계정별원장, 관련 계약서, 거래사실확인서 등과 함께 대금지급 증빙으로 당좌계좌 및 예금계좌 ○○은행 000-00-0000-000, ○○은행 000000-00-0000, ○○은행 000-000000-00000 등 거래내역, 타행환 영수증, 어음사본, 대체전표 및 거래처별 원장(미지급금, 지급어음, 부가세 대급금 등) 등을 제출하였고, 이에 의하면, 매입과 관련하여 일부 거래내역 및 대금지급 사실이 나타나는 등 쟁점세금계산서 전부를 가공세금계산서로 단정할 수 없는 것으로 나타난다. (나) 한편, 청구법인 대표이사 문○○은 국세심판관회의(2007.12.28.)에 출석하여 당초 ○○지방국세청에서 청구법인에 대한 조사를 실시하여 청구법인도 일부 가공거래 사실을 인정하였는데 추후 처분청에서 ○○지방국세청 조사 당시 사실로 인정하여 적출하지 않은 쟁점세금계산서 관련 거래도 가공거래로 보아 이 건 과세처분을 한 것이며, 실지거래를 하였음에도 과세처분 당시 청구법인의 부도, 대표이사의 수감, 거래 업체의 폐업 등으로 거래사실을 소명을 할 수 없었다는 취지의 의견진술을 하였다.

(3) 이상의 사실관계를 종합하면, 청구인이 제출한 계약서, 거래확인서, 대금지급증빙 등에 의하면 매입과 관련하여 실지거래를 한 정황이 일부 나타나나, 거래 업체들이 자료상으로 고발된 점, 실지거래 사실이 서증에 의하여 일부 확인되더라도 IT업종의 성격상 서증만으로는 실지거래내역을 확인하기 곤란한 점, 이 건 과세처분 당시 청구법인의 부도 및 대표이사의 구속 등으로 청구법인에서 처분청에 충분한 소명을 하지 못한 점, 기타 ○○지방국세청장이 조사한 과세기간과 이 건 과세처분 과세기간간 일부 중복이 발생한 점 등을 고려할 때 처분청에서 쟁점세금계산서 관련 거래의 실지 여부를 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호․제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.