당해 입주권을 양도당시 주택인 것으로 의제하는 이상 장기보유특별공제액의 계산시 그 대상이 되는 양도차익은 기존주택의 양도차익과 입주권의 양도차익을 합한 금액으로 하는 것이 타당하다고 판단됨
당해 입주권을 양도당시 주택인 것으로 의제하는 이상 장기보유특별공제액의 계산시 그 대상이 되는 양도차익은 기존주택의 양도차익과 입주권의 양도차익을 합한 금액으로 하는 것이 타당하다고 판단됨
○○세무서장이 2006. 7. 25. 청구인에게 한 경정청구거부통지처분은 이를 취소한다.
청구인은 1987. 8. 16. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○○○아파트 449동 402호 56.78㎡이하 “기존주택”이라 한다)를 취득하여 거주하던 중 2002. 3. 25. 재건축사업 승인을 받아 재건축중인 2005. 8. 16. 입주권(분양후 ○○동 ○○번지 416동 1102호 전용면적 116.19㎡의 입주권으로 이하 “쟁점입주권”이라 한다)을 양도하고, 1세대 1주택인 고가주택(양도가액 1,095,820천원)을 양도한 것으로 보아 양도차익에서 기존주택의 보유기간에 대한 장기보유특별공제액 78,392,546원을 공제하여 2005. 10. 31. 2005년 귀속 양도소득세를 자진신고 납부한 후 2006. 5. 25. 입주권 보유기간에 대한 장기보유특별공제액 116,464,445원을 추가로 공제하여 달라는 경정청구를 하였다. 처분청은 청구인이 2006. 5. 25. 제출한 경정청구에 대하여 2006. 7. 25.까지 청구인에게 그 처리결과를 통지하지 아니하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006. 10. 17. 이 건 심판청구를 제기하였다.
○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】
① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.
1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10
2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15[제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 “기준면적 미만 고가주택”이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25]
3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30(기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50)
○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】
① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득
2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득
- 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득
○ 소득세법시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】
⑯ 도시 및 주거환경 정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다.
○ 소득세법시행령 제156조 【고가주택의 범위】
① 법 제89조의 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.
○ 소득세법시행령 제159조 의 2 【기준면적미만 고가주택】 법 제95조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다.
1. 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 264제곱미터 미만이고 주택에 부수되는 토지의 연면적이 495제곱미터 미만인 주택
2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 미만인 주택
○ 소득세법시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】
① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기 양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 햡계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 양도가액 - 6억원 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × --------------- 양도가액
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 양도가액 - 6억원 법 제95조 제2항의 규정에 의한 × --------------- 장기보유특별공제액 양도가액
② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인이 쟁점입주권을 양도할 당시 청구인은 쟁점입주권 이외에 다른 주택을 소유하고 있지 아니하였으며, 주민등록상 기존주택에서 1987.7.5.~1990.10.23, 1990.12.7.~2000.5.28, 2001.11.29.~2002.11.28.까지 거주하였고, 2005. 6. 27. 쟁점입주권을 여○○, 선○○에게 1,095,820천원에 양도하고 잔금지급일을 2005. 8. 16.로 하는 쟁점입주권매매계약서를 작성한 사실에 대하여는 처분청과 다툼이 없다.
(2) 청구인은 ○○○○아파트 재건축 정비사업 조합장에게 기존주택(2004.1.14. 철거로 말소됨)을 513,260천원에 양도하고 분담금 191,640천원을 부담하여 재건축되는 ○○동 ○○번지 416동 1102호를 공급받는 것으로 2004.3.10. 조합원 공급(분담금 납부) 계약서를 작성하였고, 2005. 8.16. 쟁점입주권을 여○○, 선○○로 명의변경하였음이 조합원 공급(분담금 납부) 계약서 및 권리의무승계확약서에 의하여 확인된다.
(3) 청구인은 쟁점입주권을 양도하고 아래와 같이 양도소득세를 예정신고 ․ 납부한 후 예정신고 ․ 납부가 잘못되었다고 하여 2006. 5. 25. 경정청구서를 제출하였음이 2005년 귀속 양도소득세예정신고서와 양도소득세 경정청구서에 의하여 확인된다. 아 래 (단위: 천원) 구분 양도 가액 취득 가액 필요 경비 양도 차익 장기보유 특별공제 양도 소득 과세 표준 납부 세액 신고 1,095,820 137,462 97,044 389,714 78,393 311,321 308,821 44,764 경정 1,095,820 137,462 97,044 389,724 194,857 194,857 192,357 7,030 차액 0 0 0 0 116,464 116,464 116,464 -37,734
(4) 청구인이 쟁점입주권 양도에 대하여 당초 양도소득세 예정신고서 장기보유특별공제액을 78,392,546원으로 신고하였으나 2006. 5. 25. 194,856,991원으로 정정하여 경정청구한데 대하여, 처분청은 2006. 7. 25.까지 그 처리결과를 통지하지 아니하였음이 청구인이 제시한 양도소득과세표준 경정청구서, 처분청의 이 건 답변서 등에 의하여 확인된다.
(5) 청구인은 쟁점입주권이 1세대 1주택으로 의제되고 고가주택에 해당되어 양도소득세가 과세되는 경우에는 기존주택뿐만 아니라 쟁점입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하는데 반하여, 처분청은 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권을 양도하는 경우 당해 입주권의 장기보유특별공제는 소득세법 제95조 제2항 의 규정에 의한 부동산의 보유기간에 따라 기준주택의 양도차익에서만 공제할 수 있다고 주장하는데 대하여 본다. 위 법령에 의하면 아파트 입주권 등 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제적용하지 아니하는 것으로 규정되어 있고, 재건축아파트 입주권의 양도차익은 철거된 종전주택의 보유기간에 대한 양도차익과 입주권 상태로 보유한 기간에 대한 양도 차익을 구분하여 계산한 후 이를 합산하도록 규정하고 있는 점으로 보아, 재건축아파트 입주권에 대한 장기보유특별공제는 원칙적으로 철거된 종전주택의 보유기간에 대하여만 적용하고 입주권 상태로의 보유기간에 대하여는 적용하지 아니함을 알 수 있다. 그러나, 예외적으로 재건축아파트 입주권 중 1세대 1주택으로 의제되는 입주권(사업계획승인일 현재 철거된 종전주택이 1세대 1주택의 비과세요건을 갖춘 것으로서 양도 당시 다른 주택을 소유하지 아니한 경우의 것)의 양도에 대하여는 1세대 1주택으로 비과세제도 적용시 납세자간 과세형평 등을 도모하고자 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도임에도 불구하고 조세정책상 이를 주택(부동산)의 양도로 의제하여 비과세하도록 규정하고 있고, 1세대 1주택으로 의제되는 재건축아파트 입주권 중 양도가액이 6억원을 초과하는 입주권은 이를 고가주택으로 보아 6억원을 초과하는 분에 대한 양도차익에 대하여는 양도소득세를 과세함을 알 수 있다. 위 규정내용 등을 종합하면, 이 건 재건축아파트 입주권과 같이 1세대 1주택으로 의제되나, 고가주택에 해당되어 양도가액 중 6억원에 대하여는 비과세하고 6억원을 초과하는 분에 대하여 과세하는 경우, 소득세법상 당해 입주권을 양도 당시 주택(부동산)인 것으로 의제하는 이상, 장기보유특별공제액의 계산시 그 대상이 되는 양도차익은 기존주택의 양도차익과 입주권의 양도차익을 합한 금액으로 하는 것이 타당하다고 판단된다(같은 뜻 국심2004서4696, 2006. 6. 28). 따라서, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라 하겠다.
- 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.