1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 있는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2001.8.13. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○○○아파트 12동 401호(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2006.3.20. 양도하고 양도소득세 86,857,720원을 신고 ․ 납부하였으나, 2006.7.14. 쟁점아파트의 양도소득이 1세대 1주택 비과세규정의 적용대상이라고 하여 기 납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 처분청은 청구인이 쟁점아파트를 양도할 당시 ○○시 ○○구 ○○동 ○○○○○아파트 104동 104호(이하 “쟁점외아파트”라 한다)를 보유하고 있었다 하여 2주택자로 보아 쟁점아파트가 1세대 1주택의 비과세규정을 배제하여 2006.8.17. 청구인의 경정청구를 거부통지하였다 청구인은 이에 불복하여 2006.10.11. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인의 주장 청구인이 2006.3.20. 쟁점아파트를 양도할 때까지 쟁점외아파트에 대한 주택재건축사업시행인가나 관리처분계획인가를 받지 못하였으나 쟁점외아파트에 대한 안전진단결과 위험하다는 판정에 따라 2005.3.19.부터 대다수 입주민들이 도시가스, 수도, 전기 등의 내부시설을 철거하는 것에 동의함으로써 사실상 주택으로서의 기능을 상실하게 되었는 바, 처분청이 쟁점외아파트를 청구인이 보유한 주택에 포함시켜 쟁점아파트의 양도소득에 대하여 1세대 1주택 비과세규정의 적용을 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점외아파트가 청구인의 보유주택수에서 제외되기 위해서는 2006.1.1. 이전에 관리처분계획을 인가받아 입주자로 선정된 지위를 획득했어야 함에도 쟁점아파트 양도일인 2006.3.20. 현재 관리처분계획인가도 나지 않고 등기상 멸실도 되지 않았으므로, 쟁점외아파트가 실질적으로 폐가가 되었다 하더라도 소득세법상 주택수에 포함하는 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점아파트의 양도당시 관리처분계획인가를 받지 아니하였으나 사실상 폐가인 쟁점외아파트를 보유하고 있는 경우, 쟁점아파트의 양도소득에 대하여 1세대 1주택의 비과세규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, ｢도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 신설)

○ 소득세법 부칙 (2005.12.11. 법률 제7837호) 제1조 【시행일】 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제12조 【조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대 1주택 양도 소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례】

① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 ｢도시 및 주거환경정비법」 에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점아파트를 2001.8.13. 취득하여 2006.3.20. 양도하였고, 쟁점아파트의 양도일 현재 청구인 소유의 쟁점외아파트에 대한 관리처분계획이 인가되지 아니하였다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 쟁점외아파트에 대하여 관리처분계획이 인가되지 아니하였다 하더라도 쟁점외아파트가 실질적으로 폐가가 된 상태라면 이를 주택으로 볼 수 없으므로 쟁점아파트의 양도로 인하여 발생하는 양도소득에 대하여는 1세대 1주택 비과세규정을 적용하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 쟁점아파트의 양도일인 2006.3.20. 현재 쟁점외아파트가 사실상 폐가인 상태로 주택으로서의 기능을 상실하였다는 증빙으로 ○○○○○○○아파트 재건축정비사업조합장이 2005.3.19.부터 쟁점외아파트의 도시가스, 수도 및 전기 등 내부시설이 철거되었음을 확인한 ‘주택기능 상실 확인서’ 사본을 제출하고 있다. (나) 소득세법 제89조 제1항 및 동항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니한다.”고 규정되어 있고, 동조 제2항에서 “제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 ｢도시 및 주거환경정비법」 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.”고 규정하고 있으며, 소득세법 부칙 제12조 제1항에서 “제89조 제2항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 ｢도시 및 주거환경정비법」 에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축 사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다.”고 규정되어 있다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴보면, 재건축주택 등의 경우 관리처분계획의 인가일을 기준으로 주택이 입주권으로 전환되는 것이므로 관리처분계획의 인가일 이전에는 사실상 폐가상태라 하더라도 멸실등기가 되어 있지 않는 한 주택으로 보는 것이 타당하다 할 것이며, 2006.1.1. 이후부터는 설사 쟁점외아파트에 대한 관리처분계획의 인가를 받았다 하더라도 현행 소득세법 제89조 제2항 및 소득세법 부칙 제12조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 비과세 규정을 적용받을 수 없는 것이므로 이러한 점에 비추어 보더라도 쟁점외아파트를 주택으로 보는 것이 합리적이라 할 것이다. 따라서, 쟁점아파트의 양도일 현재 쟁점외아파트가 실질적으로 폐가된 상태라 하더라도 처분청이 청구인 세대에 대하여 1세대 2주택으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.