장기보유특별공제 해당 여부

청구인이 2006.7.13. 처분청에게 한 2005년 귀속 양도소득세 과세표준 및 세액의 경정청구를 거부(2006.8.30.)한 처분은 이를 취소한다.

청구인은 1984.10.17. ○○시 ○○구 ○○동 ○○ ○○○○아파트 411동 402호(56.78㎡ 이하 ‘기존주택’이라 한다)를 취득하여 소유하던중, 기존주택에 대한 재건축사업계획 승인에 따라 기존주택을 재건축조합에 양도하고 2002.3.25. 같은 동 44 ○○○○○○ 431동 1901호에 대한 입주권 (전용면적 135.82㎡, 이하 ‘쟁점분양권’ 이라 함)을 취득하였다. 청구인은 2005.3.10. 쟁점분양권을 권○○에게 940,000,000원에 양도하고, 2005.5.2. 기존주택 보유기간중 발생한 양도차익에서는 장기보유특별공제액을 공제하고, 쟁점분양권 취득일 이후에 발생한 양도차익(이하 ‘쟁점분양권 양도차익’이라 한다)에서는 장기보유특별공제액을 공제하지 아니하여 양도소득 과세표준 예정신고를 한 후, 2006.7.13. 처분청에 쟁점분양권 양도차익에서도 장기보유특별공제액을 공제하여 2005년 귀속 양도소득세의 과세표준 및 세액의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2006.8.30. 이를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.10.12. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인의 주장 쟁점분양권의 양도는 소득세법시행령 제155조 제16항 에 의하여 1세대1주택으로 의제되어 주택의 양도와 마찬가지로 되는 것이라 할 것이므로, 기존주택 보유기간중 발생한 양도차익만이 아닌 쟁점분양권 양도차익에서도 장기보유특별공제액을 공제함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제95조 제2항, 제3항, 동법시행령 제160조 제1항 제2호에 따르면 고가주택 양도시의 장기보유특별공제는 소득세법 제94조 제1항 제1호 의 토지 및 건물이 양도되는 경우에만 적용된다고 할 것인 바, 이 건 양도의 경우 기존주택 보유기간중 발생한 양도차익에서는 장기보유특별공제액을 공제할 수 있으나 토지 및 건물이 아닌 쟁점분양권 양도차익에서는 장기보유특별공제액을 공제할 수 없다 할 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점분양권 양도차익에 대하여 장기보유특별공제 제도를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익” 이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액” 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15[제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세 대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 “기준면적 미만 고가주택” 이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30[기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50]

③ 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다.

○ 소득세법 제155조 【1세대 1주택의 특례】

⑯ 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다.

○ 소득세법 제160조 【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】

① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 양도가액—6억원 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × ————————— 양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 양도가액—6억원 법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액 × ————————— 양도가액

○ 소득세법 제166조 【양도차익의 산정 등】

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] + [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비]

양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) -법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] + [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비) × (기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. 취득일 현재 기존건물과 그 부수토지의 기존건물과 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가 그 부수토지 × ———————————————————————— 의 평가액 관리처분계획인가일 또는 사업시행인가일 현재 기존 건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1984.10.17. 기존주택을 취득하여 보유하던중 기존주택에 대한 재건축사업계획 승인에 따라 2002.3.25. 쟁점분양권을 취득한 사실, 청구인이 2005.3.10. 쟁점분양권을 권○○에게 940,000,000원에 양도하고 2005.5.2. 기존주택 보유 기간 중 발생한 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제를 적용하고 쟁점분양권 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득 과세표준 예정신고를 한 사실, 청구인이 쟁점분양권 양도시 다른 주택을 보유하지 아니한 사실, 이 후 2006.7.13. 쟁점분양권 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여 2005년 귀속 양도소득세의 과세표준 및 세액의 경정청구를 한 사실에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없는 바, 처분청은 2006.8.30. 고가주택의 장기보유특별공제는 토지 및 건물에 대하여만 적용된다고 보아 이를 거부하였다.

(2) 이에 청구인은 쟁점분양권의 양도는 소득세법시행령 제155조 제16항 에 의하여 1세대1주택으로 의제되어 주택의 양도와 마찬가지로 되는 것이라 할 것이므로, 기존주택의 양도차익만이 아닌 쟁점분양권 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용함이 타당하다고 주장한다. (3) 소득세법시행령 제155조 제16항 에서 재건축아파트 입주권 중 1세대1주택으로 의제되는 입주권의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세제도를 적용할 수 있도록 한 취지는 입주권 양도가 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도임에도 불구하고 1세대1주택자의 주거안정을 도모하기 위하여 조세정책상 이를 종전 주택의 연속으로 보아 비과세하도록 한 것이며, 소득세법 제89조 제1항 제3호, 제95조 제3항, 동법시행령 제160조 제1항에 따르면 위와 같이 분양권을 1세대1주택으로 의제하는 경우 분양권의 양도가액이 6억원을 초과하면 이를 고가주택으로 판단하여 6억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여만 양도소득세를 과세하도록 규정하고 있는 바, 분양권이 1세대1주택으로 의제되나 고가주택에 해당되어 양도소득세를 과세하는 경우에는 분양권의 양도차익에서도 장기보유특별공제액을 공제함이 타당하다고 할 것이다(국심 2004서4696, 2006.6.28. ; 국심 2006서2919, 2006.11.22. 같은 뜻).

(4) 살피건대, 위 확인된 사실에 따르면 청구인이 쟁점분양권을 양도할 당시 청구인의 세대는 다른 주택을 보유하지 아니하여 1세대 1주택에 해당하나 쟁점분양권의 양도가액이 940,000,000원으로 고가주택에 해당하여 양도소득세가 과세되는 경우라 할 것인 바, 쟁점분양권 양도차익에서도 소득세법 제95조 제2항 소정의 장기보유특별공제액을 공제함이 정당하다고 판단된다.

(5) 따라서, 청구인이 쟁점분양권 양도차익에서도 장기보유특별공제액을 공제하여야 한다는 이유로 한 경정청구에 대하여, 처분청이 이를 거부한 처분은 부당하다고 판단된다

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.