주식변동상황명세서 미제출가산세를 부과한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 1954.12.7 설립되어 의약품의 생산 및 판매를 주업으로 하는 상장법인 (1975.7.4상장)으로, 외환위기로 부도가 발생하자 1997.12.11. ○○지방법원에 화의절차개시 및 재산보전처분을 신청하였고 ○○지방법원으로부터 1998.3.12 재산보전처분결정 및 1998.8.12 화의인가결정을 받았다. 그 후 청구법인은 화의업체로 운영되어 오던중 재무구조개선을 위하여 2002.2.18 ○○○-○호-기업구조조정조합 및 ○○○-□호-기업구조조정조합(이하 “쟁점조합”이라 한다)으로 하여금 총 145억원(발행주식 290만주, 1주당 5,000원)의 유상증자에 참여하도록 하고, 전환사채 60억원을 발행하는 등의 방법으로 조달된 자금으로 화의채무전액을 상환하고 2002.3.27 화의절차를 종결하였다. 처분청은 청구법인에 대한 조사결과, 쟁점조합이 청구 법인의 유상증자에 참여하여 290만주를 취득하고, 보유중인 전환사채 20억원을 자본금으로 출자전환하여 발행된 주식 40만주를 취득하여 청구법인의 2002~2003사업연도분 주식 및 자본금의 변동이 있었음에도 이를 주식변동상황명세서(갑) 및 주식변동상황명세서(을)에 기재하지 아니하고 주식변동상황명세서를 작성 ․ 제출하였다 하여, 법인세법 제76조 제6항 의 규정에 의한 주식변동상황명세서 미제출 가산세를 적용하여 2006.2.1 청구법인에게 2002사업연도분 법인세 545,000,000원, 2003사업연도분 법인세 225,000,000원 합계 770,000,000원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.4.17 이의신청을 거쳐 2006.10.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점조합은 조세특례제한법 제117조 제1항 제2의 2호와 동법 제55조 제1항의 규정에 의하여 증권거래세와 양도차익에 대한 법인세가 각각 면제되므로 쟁점조합과 관련된 주식 등의 변동내용은 과세자료로서의 활용가치가 높지 아니하고, 또한, 쟁점조합은 별도의 법인이 아닌 단순한 주식투자연합체에 불과하여 주주로서의 실질적인 역할을 하지도 못하므로 주식변동상황명세서에 쟁점조합의 주식거래와 관련된 주식 등의 변동내용은 구분기재할 실익이 없다. 한편, 2005.2.19 개정된 법인세법시행령 제161조 제1항 제3호 에서 기업구조조정투자회사 등 간접투자를 행하는 간접투자자산운영업법시행령제2조 제2항 각호의 규정에 의한 법인을 주식변동상황명세서제출 대상법인에서 제외하였는 바, 이러한 세법개정 취지는 양도소득세가 과세되는 주식 등의 변동내용을 파악하고자 주식변동상황명세서에 기재하도록 한 것이므로, 쟁점조합과 같이 증권거래세, 양도차익에 대한 법인세가 면제되는 경우에는 쟁점조합이 출자하여 취득한 주식과 동 주식의 양도로 인하여 발생된 주식 등의 변동내용은 주식변동상황명세서의 필수적 기재사항으로 보기 어렵다. 또한, 청구법인은 금융감독기관에 쟁점조합의 주식거래와 관련된 세부내용을 총 9회에 걸쳐 보고(공시)한 사실도 있는 바, 처분청이 과세자료로서 활용할 필요성이 있다면 금융감독기관이 청구법인으로부터 보고받아 과세당국에 제출하는 공시자료를 활용하거나, 청구법인에게 보정요구를 하여 얼마든지 과세자료를 수집할 수 있음에도 단 한차례의 보정요구도 하지 아니한 채 주식변동상황명세서 미제출가산세를 적용하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 너무나도 가혹하다.
• 나. 처분청 의견 법인세법 제119조 에 의하면 각 사업연도중에 주식 등의 변동상황이 있는 법인은 주식변동상황명세서를 법인세 신고기한내에 제출하도록 명확히 규정하고 있으므로, 설령, 쟁점조합이 조세특례제한법 제117조 제1항 에 의하여 증권거래세, 양도차익에 대한 법인세가 면제된다 하더라도 쟁점조합이 청구법인의 발행주식을 취득하고 양도하여 발생된 주식 및 자본금의 변동내역은 주식변동상황명세서에 기재되어야 할 필수적 기재사항이다. 따라서 청구법인이 이러한 세무협력의무를 이행하지 아니한 데 대하여 관련법령에 따라 가산세를 부과한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 쟁점조합이 청구법인에 출자하여 주식을 취득하고 양도하여 발생된 주식변동상황을 기재하지 아니한 채 주식변동상황명세서를 작성 ․ 제출하였다 하여 청구법인에게 주식변동상황명세서 미제출가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관계법령

○ 법인세법 제76조 【가산세】

⑥ 납세지 관할세무서장은 제119조의 규정에 의하여 주식등 변동상황명세서(이하 이 조에서 “변동상황명세서”라 한다)를 제출하여야 할 내국법인이 변동상황명세서를 제출하지 아니하거나 변동상황을 누락하여 제출한 경우와 제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 미제출 ․ 누락제출 및 불분명하게 제출한 주식 등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

○ 법인세법시행령 제120조 【가산세의 적용】

⑤ 법 제76조 제6항에서 “대통령령이 정하는 불분명한 경우”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그 밖의 기재사항에 의하여 주식 등의 변동사항을 확인할 수 있는 경우를 제외한다.

1. 제출된 변동상황명세서에 제161조 제5항 제1호 내지 제3호의 기재사항(이하 이 항에서 “필요적기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 주식 등의 변동상황을 확인할 수 없는 경우

2. 제출된 변동상황명세서의 필요적기재사항이 주주명부 또는 사원명부의 기재사항과 다르게 기재되어 주식 등의 변동사항을 확인할 수 없는 경우

○ 법인세법 제119조 【주식변동상황명세서의 제출】

① 사업연도중에 주식 등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.

② 주권상장법인 및 협회등록법인의 소액주주가 소유한 주식과 주식회사가 아닌 법인의 출자지분으로서 대통령령이 정하는 주식등에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다

○ 법인세법 시행령 제161조 【주식변동상황명세서의 제출】

① 법 제119조 제1항에서 “대통령령이 정하는 조합법인 등”이라 함은 제1조 제1호 내지 제10호의 법인(그 중앙회 및 연합회를 제외한다)을 말한다.

② 법 제119조 제2항에서 “대통령령이 정하는 주식 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주식 등을 말한다.

1. 주권상장법인의 소액주주의 주식

③ 제2항 제1호 및 제2호에서 “소액주주”라 함은 제87조 제2항의 규정에 의한 주주로서 보유하고 있는 주식의 액면금액의 합계액이 3억원에 미달하고 그 주식의 시가(재정경제부령이 정하는 시가를 말한다)의 합계액이 100억원 미만인 주주를 말하며, 제2항 제3호에서 “소액출자자”라 함은 출자총액이 500만원 이하인 출자자를 말한다.

⑤ 법 제119조의 규정에 의한 주식등변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 주주명부에 명의개서된 사항을 기준으로 다음 각호의 내용을 기재하여야 한다.

1. 주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호 ․ 사업자등록번호 또는 고유번호

2. 주주 등별 주식 등의 보유현황

3. 사업연도중의 주식 등의 변동사항

○ 법인세법시행령 제87조 【특수관계자의 범위】

② 제1항 제2호에서 “소액주주등”이라 함은 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식 또는 출자지분을 소유한 주주 또는 출자자를 말한다. 다만, 당해 법인의 지배주주 등과 특수관계에 있는 자는 소액주주 등으로 보지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 법인세 신고를 하면서 대주주인 쟁점조합의 주식변동상황을 구체적으로 기재하지 아니한 채 주식변동상황명세서를 작성 ․ 제출하였다 하여 주식변동상황명세서 미제출 가산세를 적용하여 이 건 과세한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 이 건 가산세 부과처분은 납세자의 과세당국에 대한 세무협력의무 불이행에 대한 제재조치로는 너무나도 가혹한 것이라고 다음과 같이 항변하고 있다. (가) 쟁점조합은 유상증자에 참여하여 330만주, 청구법인 보유의 자기주식을 매입하여 55만주 합계 385만주를 취득하였다가 청구법인이 화의절차를 종결하자 보유주식 전량을 매각하였다. (나) 청구법인 발행주식의 명의개서 대리인인 주식회사 ○○은행에 주식명의가 개서된 것은 2002.12.31 현재 1,450,000주뿐이며, 나머지 주식의 경우 명의개서가 이루어지지 아니하였다. (다) 청구법인은 증자가 이루어진 2002사업연도 및 전환사채가 출자전환된 2003사업연도분 법인세 과세표준 및 세액 신고시 법인세법 제119조 의 규정에 의한 주식변동상황명세서(갑)과 주식변동상황명세서(을)을 처분청에 적법하게 제출하였다.

1. 2002사업연도분 주식변동상황명세서(갑)의 기재내용은 다음과 같다.

• 가) 2002사업연도분 주식변동상황명세서(갑)상 기초주식수는 2,073,600주로, 직전사업연도말 주식수를 그대로 이기한 것이다.
• 나) 증가주식수 중 소액주주란에 3,445,493주를 유상증자 주식수로 기재하였다(이는 회계처리 실무담당자의 단순오류로, 유상증자주식수는 2,916,133주로, 양수주식수는 529,360주로 구분기재되었어아 할 것이다).
• 다) 따라서, 쟁점조합이 청구법인의 유상증자에 참여하여 취득한 2,900,000주는 소액주주란에 기재된 유상증자주식 2,916,133주에 이미 포함되어 있는 것이며, 소액주주란에 기재된 기말주식 3,912,764주 중에는 쟁점조합이 소유한 주식 1,450,000주가 이미 포함되어 있는 것이다.

2. 2003사업연도분 주식변동상황명세서(갑)의 기재내용은 다음과 같다.

• 가) 2003사업연도분 주식변동상황명세서(갑)에는 기초주식수가 4,989,733주로 기재되어 있는 바, 이는 직전사업연도말 주식수를 그대로 이기한 것이며, 쟁점조합이 소유한 주식 1,450,000주가 소액주주란에 기재된 기말주식 3,912,764주중에 이미 포함되어 있는 것은 전술한 바와 같다.
• 나) 전환사채중 출자로 전환되어 발행된 주식중 쟁점조합이 보유한 400,000주와 제3자가 소유한 200,000주 합계 600,000주의 취득 및 양도내역은 명의개서 대리인인 주식회사 ○○은행이 청구법인에게 제출한 주주명부에는 기재되지 아니하였다.
• 다) 따라서, 청구법인은 이러한 주식의 취득 및 양도내역을 구체적으로 알 수가 없었으므로 부득이 주식변동상황명세서(갑)에 주식 등의 변동상황을 구분기재하지 못하게 된 것이다. (라) 사실이 이러함에도, 처분청은 청구법인이 제출한 2002 사업연도분 주식변동상황명세서(갑)에 쟁점조합이 2002.2.18 유상증자로 취득한 2,900,000주, 2002.2.18장외거래로 취득한 자사주 550,000주, 2002.2.18~12.31 기간중 양도한 2,000,000주 합계 5,450,000주의 취득및 양도내역에 대한 기재가 누락되었고, 2003사업연도분 주식변동상황명세서(갑)에 쟁점조합이 2003.3.13. 전환사채를 출자로 전환하여 발행된 주식을 취득한 400,000주와 2003.1.1~4.24 기간중 양도한 1,850,000주 합계 2,250,000주의 취득 및 양도내역에 대한 기재가 누락되었다 하여, 청구법인에게 주식변동상황명세서 미제출가산세를 부과하였으나, 이는 너무나도 가혹한 처분이다.

(3) 처분청의 심리자료 또는 공시자료(청구법인이 금융감독기관에 보고한 자료)등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 쟁점조합은 금융감독위원회에 등록된 기업구조조정조합으로, 쟁점조합이 취득한 주식의 양도에 대하여는 조세특례제한법의 규정에 따라 양도차익에 대한 법인세가 과세되지 아니한다. (나) 쟁점조합은 2002.2.18 청구법인에 145억원을 투자하여 청구법인의 발행주식 290만주를 취득하였고, 청구법인의 자기주식 55만주를 취득하였으며, 2003.3.13 보유중이던 청구법인의 전환사채 20억원을 자본금으로 출자전환하여 발행된 주식 40만주를 취득하여 청구법인의 주식 등이 변동되었다. (다) 쟁점조합이 청구법인의 주식을 취득 및 양도한 내역은 〈표1〉과 같고, 청구법인의 자본금 변동내역은 〈표2〉와 같다. 〈표1〉 청구법인의 주식변동내역 (단위 주) 거래일자 거래구분 거래주식 보유주식

2002. 2.18 유상증자 취득 2,900,000 2,900,000

2002. 2.18 자기주식 취득 500,000 3,450,000

2002. 2.28 ~2002.12.31 보유주식 양도 2,300,000 1,450,000

2003. 1. 1 ~2003. 2.21 보유주식 양도 300,000 1,150,000

2003. 3.13 보유전환사채 출 자 전 환 400,000 1,550,000 2003.3.14이후 보유주식 양도 1,550,000 〈표2〉청구법인의 자본금 변동내역 (단위: 주, 천원) 거래일자 증자주식 증자금액 중자후 주 식 증자후 자본금 비 고 1995.6.25 0 0 2,073,600 10,368,000 증자전 자본금 2002.2.18 2,900,000 14,500,000 4,973,600 24,868,000 현 금 증 자 2002.2.18 16,133 80,665 4,989,733 24,948,665 금융기관채무 출 자 전 환 2003.3.13 400,000 2,000,000 5,389,733 26,948,665 전 환 사 채 출 자 전 환 (라) 청구법인은 금융감독위원회, 한국증권거래소, 한국증권업협회 등 금융감독기관에 2002.2.26부터 2003.4.25까지 총 9회에 걸쳐 대주주인 쟁점조합의 주식변동상황을 각각 보고한 사실이 “주식등의 대량보유 변동보고서”에 나타나고, 동 보고서에는 다음과 같은 내용들이 기재되어 있다(2002.2.26 보고분, 예시) 〈제1부: 보고의 개요〉

1. 발행회사: 회사명 (○○제약공업), 회사코드(00000, 법인 구분(주권상장법인), 의결권 있는 주식총수(4,989,733), 본점소재지 (○○○시 ○○구 ○○동 ○○―○)

2. 보고자: 보고구분(신규, 연명), 보고자구분 (○○캐피탈), 생년월일 또는 설립연월일(1981.5.8), 성명 또는 명칭 (○○○○네트워크), 직업 또는 사업내용(금융서비스업), 자본금 또는 출자총액(301,570,460,000원), 대주주지분율(18.3%)

3. 보유주식 등의 수 및 보유비율: 보고자 (○○○○네트워크), 특별관계자수(2),증감 (주식수:4,650,000주, 비율 75.12%)

4. 보유목적 또는 변동사유: 보유목적(투자목적), 변동사유(2002.2.21에 ○○○-○호 □호-기업구조조정조합으로 각각 취득신고하였으나 특별관계인인 ○○○○네트워크가 취합하여 보고함)

5. 특별관계자의 인적사항: 성명 ○○○-□호- 기업구조조정조합), 보고자와의 관계(기타), 발행회사와의 관계(없음), 자본금 (35,000,000,000원), 대주주명 (○○○○네트워크), 대주주지분율(44.86%) 〈제2부: 대량보유내역〉

1. 제2부의 대량보유내역중 보고자 및 특별관계자별 보유내역: 보고자 (○○○○네트워크), 특별관계자(○○○―○호 -기업구조조정조합), 보유주식 등의 내역(보통주 1,725,000, 전환사채권 600,000 합계 2,325,000, 비율 37.56%), 의결권 있는 발행주식 총수(4,989,733), 보유잠재주식수(1,200,000), 주식 등의 보유비율(75.12%), 주권의 보유비율(69.14%)

2. 소유에 준하는 보유내역: 기재사항 없음

3. 보유주식 등에 대한 주요계약 등: 기재사항 없음

4. 보유주식 등에 대한 변동사유: 투자목적(2002.2.21에 ○○○―○호□호-기업구조조정조합으로 각각 취득신고하였으나 특별관계인인 ○○○○네트워크가 취합하여 보고함) 〈제3주: 직전보고일 이후의 대량변동내역〉

1. 총괄표: 보고자 (○○○○네트워크), 특별관계인(○○○―□호-기업구조조정조합), 증감주식 등의 내역(보통주 1,725,000, 전환사채권 600,000, 합계 2,325,000, 비율 37.56%)

2. 세부변동내역: 성명 또는 명칭(○○○―□호-기업구조조정조합), 변동일(2002.2.18), 취득 또는 처분방법(장외매수 275,000, 유상신주취득 1,450,000, 전환사채권 600,000)

3. 주식 등의 취득자금(자기자금, 차입금, 차입처): 기재사항 없음

(4) 한편, 헌번재판소는 2007.1.17 주식변동상황명세서 관련 가산세 규정의 위헌여부에 대한 결정(2006헌바3)에서 다음과 같은 내용을 설시하고 있음을 알 수 있다. (가) 주식변동상황명세서 관련 가산세 제도의 입법취지는 주식변동상황명세서의 제출을 강제함으로써 그 제출제도의 실효성을 확보하는 데 있으므로 목적의 정당성이 인정된다. (나) 주식변동상황명세서의 제출의무와 더불어 이에 대한 실효성을 확보하기 위하여 가산세를 부과하는 것은 이러한 입법목적을 달성하는 데 있아 부적절한 방법이라고 할 수 없다. (다) 주식변동상황은 주식의 양도시 취득가액을 산정하는 데 필요하고, 추후 배당소득에 대한 종합소득세 등의 과세자료로 과세관청이 보유할 필요가 있으며, 그러한 실태변화를 적시에 파악할 필요가 있는 바, 주식 등을 취득 ․ 보유하다가 이를 처분하기까지 각 단계별로 그 변동에 따라 여러 세목에 걸쳐 조세부과의 문제가 필연적으로 따르게 되는데, 과세관청으로서는 이에 대한 과세자료의 수집이 필요하며, 이렇게 수집된 주식 등의 변동자료를 적기에 활용함으로써 조세채권의 일실을 방지하고, 과세의 형평을 기할 수 있게 되는 것이다. (라) 금융감독위원회 등에 보고되는 주식변동상황에 대한 정보의 제공 범위와 내용은 주식변동상황명세서상의 제출정보와 차이가 있다. (마) 주식등변동상황명세서를 제출하지 않는 경우에는 변동이 있는 주식의 액면금액에 대하여, 누락제출한 경우에는 누락된 주식의 액면금액에 대하여, 불분명한 제출의 경우에는 불분명한 기재로 인해 주식의 변동사항을 확인할 수 없는 주식의 액면금액에 대하여 가산세를 부과하게 되는 것이다. 다시 말해, 이러한 태양의 차이에도 불구하고 결국 주식의 변동사항을 확인할 수 없는 주식에 대하여 동일한 가산세율을 부과한다는 점에서 본질적으로 같은 집단에 대하여 동일하게 취급하는 것으로 동등취급으로 인한 평등권 침해의 문제는 발생하지 않는다.

(5) 살피건대, 법인세법 제76조 제6항 의 규정에 의하면, 주식변동상황명세서를 제출하지 아니하거나 주식변동상황의 기재를 누락하여 제출한 경우와 제출한 변동상황명세서의 필요적 기재사항인 사실과 다르게 기재된 경우에 가산세를 부과하도록 하고 있는 바, 동 규정의 취지는 주식이동을 통하여 양도소득세,상속세, 증여세 등을 탈루하는 것을 방지하기 위하여 납세자에게 조세협력 의무를 지운 것이라 하겠다(국심1996전479,1996.9.10외 다수, 같은 뜻). 청구법인은 쟁점조합이 증권거래세 및 양도차익에 대한 법인세를 면제받는 법인으로 쟁점조합의 주식변동상황이 과세자료로서의 가치가 높지 아니하고, 쟁점조합의 주식변동상황이 금융감독기관에 공시된 바 있어 처분청이 보정요구에 의하여 과세자료를 수집하는 데 어려움이 없으므로 이 건 가산세 부과처분은 부당하고 가혹하다고 주장하나, 위에서 살펴 본 바와 같이 법인의 주식변동내역은 주식의 양도차익, 의제배당, 증여의제, 부당행위계산부인 등 다양하게 과세자료로 활용되고 있는 점, 쟁점조합의 출자로 인한 주식의 취득 및 양도에 대하여 세법상 특별히 주식변동상황명세서 미제출가산세의 적용을 배제하는 규정이 마련되어 있지 아니한 점, 쟁점조합의 주식 변동상황이 금융감독기관에 전자공시된다 하더라도 전자공시가 세법상 협력의무를 대신할 수 없는 것으로 보이는 점 등을 모아 볼 때, 청구번인이 쟁점조합의 출자로 인한 주식의 취득 및 양도로 인한 주식변동상황을 주식변동상황명세서에 기재하지 아니하였다 하여 주식변동상황명세서 미제출 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.(국심 2006전2050,2006.9.8 같은 뜻)

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.