종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체인지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 종교법인인 비영리법인으로서 주무관청인 문화관광부에 등록된 사실이 없으나 2006.3.17. 2005사업연도분 법인세과세표준 신고 시 이자소득금액 4,330,988,188원을 수익사업 소득금액으로 하는 한편, 동 소득금액을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 과세표준을 “0”으로 한 후 원천징수세액 67,169,090원(이하 “쟁점원천징수세액”이라 한다)을 환급신청 하였다. 처분청은 청구법인이 법인세법시행령 제36조 제1항 에 규정하는 단체에 해당하지 아니하여 법인세법 29조 의 고유목적사업준비금의 손금산입 규정을 적용할 수 없다 하여 2006.7.19. 청구법인에게 위의 2005사업연도분 법인세 환급신청을 거부 처분 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.7.21. 이의신청을 거쳐 2006.9.13. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 관련 법령인 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 마목의 규정은 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”로 규정하고 있고, 종교단체의 종교업무에 관한 주무관청은 문화관광부인 바, 문화관광부는 종교단체의 등록에 관한 규정이 헌법에 보장된 종교의 자유에 반할 수 있어 등록규정을 두지 아니하고, 종교법인의 설립허가를 신청하는 경우 이를 허가할 뿐이다. 이에 따라 청구법인은 주무관청(문화관광부)의 규정이 없어서 등록되지는 아니하였으나, 사실상 주무관청에서 종교단체로 등재 ․ 관리되고 있고, 관할세무서장으로부터 비영리법인인 단체로 승인을 받아 사업자등록을 하고 세법상의 의무를 수행하고 있다. 따라서, 청구법인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 종교단체로서 주무관청의 등록규정이 없어 등록하지 못하였으나, 사실상 관리되고 있는 종교단체이고 다른 법령인 세법에서 정한 사업자등록 등 모든 의무를 이행하고 있으므로 과세의 형평과 법령의 합목적성을 고려하여 청구법인을 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 마목에서 규정하는 주무관청에 등록된 종교단체에 해당하는 것으로 보아 청구법인에게 고유목적사업준비금의 손금산입에 따른 원천징수세액을 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 종교관련 주무관청인 문화관광부의 인터넷 질의답변에 의하면, 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 마목에서 규정하는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”의 주무관청은 문화관광부, 서울특별시 ․ 각 광역시 및 각 도를 말하며, 주무관청에 등록된 단체의 여부는 법인설립허가증의 유무로 확인할 수 있는 것으로 회신하고 있는 바, 청구법인은 주무관청에 등록된 사실이 없고, 주무관청에 등재 ․ 관리된다고 하나 이를 입증할 수 있는 자료의 제시도 없다. 청구법인이 세법상 의무를 이행하기 위하여 세무관서에 사업자등록을 하였다 하여 이를 위 법령상의 등록된 종교단체로 확대 해석하기는 어렵다 할 것이므로 청구법인을 고유목적사업준비금의 손금산입 대상으로 보지 아니하고 법인세 환급신청을 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 마목 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 <2001.12.31. 법률 제6558호로 개정된 것>

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등” 이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2001.12.31 개정)

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 (1998.12.28 개정) <2001.12.31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것>

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체 중 대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등” 이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (1998.12.28 개정)

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 (1998.12.28 개정)

○ 법인세법시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 <2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정된 것>

① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 단체” 라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 단체를 말한다. (2001.12.31. 개정)

1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체 (2001.12.31. 개정)

2. (삭제, 2001.12.31.)

3. 법령에 의하여 설치된 기금 (1998.12.31. 개정) <2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것>

① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 법인” 이라 함은 법인으로 보는 단체 중 다음 각 호의 1에 해당하는 법인외의 법인을 말한다. (1998.12.31 개정)

1. 제36조 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 법인 (1998.12.31 개정)

2. 상속세 및 증여세법시행령 제12조 각 호의 1에 해당하는 법인 (1998.12.31 개정)

○ 법인세법시행령 제36조 【지정기부금의 범위】

① 법 제24조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기부금” 이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다. (1998.12.31 개정)

1. 다음 각목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등” 이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금 (2001.12.31 개정)

• 마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체 (1998.12.31 개정)

○ 상속세 및 증여세법시행령 제12조 【공익법인 등의 범위】 법 제16조 제1항에서 “공익법인 등” 이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.

1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

① 법인격이 없는 사단 ․ 재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체” 라 한다)중 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단 ․ 재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단 ․ 재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단 ․ 재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단 ․ 재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단 ․ 재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유 ․ 관리할 것

3. 사단 ․ 재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하였으나 주무관청에 등록되지 아니한 단체로서, 국세기본법 제13조 제2항 의 법인으로 보는 단체로 승인을 받아 비영리법인으로 사업자등록을 하고 있고 이에 대하여 당사자간 다툼이 없다.

(2) 관련 법령인 법인세법 제29조 제1항, 같은 법 시행령 제56조 제1항 및 제36조 제1항 제1호 마목 등의 규정에 의하면, 법인으로 보는 비영리법인의 경우, 2001.12.31.사업연도 이전까지는 고유목적사업준비금을 손금산입 할 수 있는 대상법인의 범위에 “종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업”을 운영하는 단체를 포함하고 있어서 주무관청에 등록되지 아니한 종교단체도 고유목적사업준비금을 손금산입 할 수 있었으나, 2001.12.31. 법률 제6558호 등에 의한 위 법령의 개정으로 2002.1.1. 이후는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”에 한하여 고유목적사업준비금을 손금산입 할 수 있도록 그 대상을 제한적으로 규정하고 있다.

(3) 이 건 처분경위를 보면, 청구법인은 2001.12.31. 개정되기 전의 종전 법인세법 제29조 제1항, 법인세법시행령 제56조 제1항 등에 의하여 고유목적사업준비금 손금산입대상 법인에 해당하여 2001사업연도까지는 법인세 신고 시 이자소득금액에 상당하는 원천징수세액을 환급받았으나, 2001사업연도 이후에는 위 법령의 개정으로 동 원천징수세액에 대한 환급신고를 하지 아니하다가, 이 건 2005사업연도분에 대하여는 정기신고 기한 내 비영리법인의 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 이자소득금액을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 이에 상당하는 쟁점원천징수세액을 환급 신청하였고, 처분청은 청구법인이 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있는 주무관청에 등록된 종교단체에 해당하지 않는다 하여 청구법인의 쟁점원천징수세액 환급신청을 거부하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(4) 청구법인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 종교단체로서 주무관청의 등록규정이 없어 등록하지 못하였으나, 사실상 등재 ․ 관리되고 있는 종교단체이므로 청구법인을 법인세법시행령 제36조 제1항 제1호 마목에서 규정하는 주무관청에 등록된 종교단체에 해당하는 것으로 보아야 한다는 주장이다.

(5) 문화관광부 및 문화재청소관비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조(설립허가) 제2항의 규정은 “주무관청은 법인설립허가신청을 받을 때에는 법인설립허가증을 신청인에게 교부하고 법인설립허가대장에 필요한 사항을 기재하여야 한다.”라고 규정되어 있는 바, 청구법인이 주무관청의 등록규정이 없어서 등록하지 못하였다는 주장은 신빙성이 결여되어 보이고, 그 외에도 주무관청에서 종교법인으로서 등재 ․ 관리되고 있다는데 대하여 관련 증빙을 제시하지 못하고 있다.

(6) 위의 사실 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 법인으로 보는 단체에 해당하는 비영리내국법인의 경우 법인세법시행령 제56조 제1항 에 규정하는 단체에 한하여 같은 법 제29조(고유목적사업준비금의 손금산입)의 규정을 적용받는 것인 바(재정경제부 법인-279, 2006.4.11. 같은 뜻), 청구법인은 법인으로 보는 단체에 해당하는 종교법인이나 주무관청에 등록된 사실이 없고, 단지 원천징수 등 납세편의를 위한 비영리법인의 사업자등록 사실만으로 청구법인을 위 법령상의 등록된 단체로 인정하기는 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 청구법인의 쟁점원천징수세액 환급신청을 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.