토지관련 매입세액으로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부

○○세무서장이 2006.2.1. 청구법인에게 한 2004년 제2기분 부가가치세 442,312,540원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 1981.6.20.부터 부동산 개발 및 신축판매업을 영위하는 법인으로 2003.12.15. ○○○○주식회사로부터 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○-○○번지외 ○○필지 대지 20,983.10㎡(이하 “쟁점사업부지”라 한다)를 60,487,773천원에, 쟁점사업부지상의 주상복합건물 77,115.56㎡의 건축허가 등 사업시행권을 3,400,438천원에 취득하고, 2003.12.12. 건물신축관련 컨설팅용역비 2억원, 2003.12.26. 건축설계비 10억원 등을 지출하고 당해 과세기간의 부가가치세 과세표준 및 세액확정신고시 사업시행권, 컨설팅용역비 및 건축설계비관련 매입세액 460,134,800원을 매출세액에서 공제하여 환급신고하여 2004.3.9. 처분청의 과 ․ 면세 안분계산으로 94,979,554원을 차감한 365,155,246원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 환급받은 사실이 있으나, 주상복합건물공사의 착공지연 등의 사유로 부동산신탁회사의 쟁점사업부지 강제매각절차에 따라 2004.12.16. ○○건설주식회사에 쟁점사업부지를 70,200백만원에 양도하였다.
• 나. 처분청은 쟁점매입세액은 부가가치세가 면제되는 토지관련 매입세액이라 하여 2004년 제2기 매입세액에서 차감하여 2006.2.1. 청구법인에게 부가가치세 2004년 제2기분 442,312,540원을 결정고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.3.13. 이의신청을 거쳐 2006.7.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 주상복합건물 신축 및 분양사업을 시행하지 못하고 쟁점사업부지를 ○○ 건설주식회사에 양도하였다 하여 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 간주하였으나, 쟁점매입세액은 청구법인이 토지와 별도로 재산적 가치가 있는 사업시행권을 유상으로 취득하고 건물신축에 관한 컨설팅용역비, 건축설계비 등으로 지출한 비용과 관련한 매입세액으로 토지의 가치를 증대시키는 자본적 지출과 관련된 매입세액에 해당하지 아니하므로 당초처분은 부당하다.
• 나. 처분청의견 청구법인이 쟁점사업부지를 양도함에 따라 당해과세기간 동안 부가가치세가 면제되는 토지의 공급가액만이 청구법인의 수입금액을 구성하고 있으므로 쟁점매입세액은 부가가치세가 면제되는 재화를 공급하는 사업(토지매각)과 관련된 매입세액으로 보아 납부세액을 재계산하여 경정한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 주상복합건물 신축 및 분양사업을 시행 중 건물신축공사를 착공하지 아니하고 토지만을 매각한 경우, 건축허가 및 건축설계비용 관련 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고 ․ 납부하여야 한다. (2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액.

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 (3) 부가가치세법 시행령 제63조 【납부세액 또는 환급세액의 재계산】① 법 17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 17조 제1항, 이영 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용 면적에 대한 면세사용면적의 비율과 당해 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 ○○건설주식회사(현 ○○건설주식회사)가 지급보증하여 차입한 자금으로 2003.12.15. 쟁점사업부지를 취득하여 주식회사○○부동산신탁과 부동산 담보신탁계약을 체결하고 주상복합건물의 신축 및 분양사업을 추진하였으나, 건물착공의 지연 등의 사정으로 2004.12.15. 주식회사○○부동산신탁의 신탁부동산 강제매각절차에 따라 쟁점사업부지를 70,200백만원에 ○○건설주식회사에게 양도하였음이 청구법인이 제시한 부동산담보신탁계약서, 공사도급계약서, 신탁부동산처분대금정산내역서 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점사업부지상의 주상복합건물의 신축과 관련하여 2003년 제2기 중 지급한 컨설팅용역비, 사업권 매수대금, 건축설계비 관련매입세액 460,134,800원을 당해 과세기간의 매출세액에서 공제가능한 매입세액으로 신고하였고, 처분청은 2004.3.9. 주상복합건물 중 국민주택규모 이하의 주택 분양예정분(부가가치세 면제분) 매입세액 상당액을 94,979,554원으로 안분계산하여 매입세액불공제하여 365,155,246원을 환급받은 사실이 처분청의 조사서 및 부가가치세 경정결의서에 의하여 확인된다.

(3) 2005.1.21.자로 쟁점사업부지상의 주상복합건물의 건축주가 청구법인에서 ○○건설주식회사로 변경된 사실이 ○○구청장의 건축관계자(건축주)변경신고서 처리통지서에 의하여 확인된다.

(4) 청구법인과 ○○건설주식회사간의 공사도급계약서를 살펴보면, 제4조에서 청구법인은 사업부지 매입 및 사업시행의 업무에 대하여 책임을 지고 ○○건설주식회사는 시공, 분양대행, 사업추진비 지급보증의 책임을 지는 것으로 약정하고 있으며, 제13조 제1항에서 청구법인을 시행자로 하여 사업을 계속할 수 없다고 판단되는 경우 ○○건설주식회사는 계약을 해지하고 사업주체 변경을 요구할 수 있으며, 제2항에서 제1항의 경우 청구법인은 모든 권리를 포기하며 ○○건설주식회사가 처분권 등 제반권리를 갖되, 사업종료 후 정산결과 제반사업경비를 제하고 사업권 인수시점까지 선 투입된 토지비를 포함한 운영경비(법인인수비용 및 운영비, 설계비 등 인허가비)를 청구법인에게 지급하는 것으로 약정하고 있으며, 제3항에서 청구법인은 ○○건설주식회사와의 본 계약체결과 동시에 본 사업의 시행권 포기 및 양도각서와 사업주체명의변경서류 일체를 ○○건설주식회사에게 제출하여야 하는 것으로 약정하고 있다.

(5) 청구법인은 위에서 살펴본 바와 같이 공사도급계약서 제13조 제3항의 약정에 따라 청구법인이 작성일을 공란으로 하여 교부한 “사업주체명의변경동의서”, 사업시행권포기 및 양도각서“를 근거로 ○○건설주식회사가 사업시행권을 포괄적으로 승계하였고, 청구법인은 사업시행권의 양도와 관련하여 별도의 대가를 수령한 사실이 없다고 주장하고 있다.

(6) 이러한 사실에 기초하여 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부에 대하여 살펴본다. (가) 위 청구법인과 ○○건설주식회사간의 도급계약서 제13조 제2항의 규정에 미루어 볼 때, 청구법인이 도급계약서상의 약정에 따라 사업시행권을 양도한 것으로 보이며, 사업시행권을 양도할 당시 그 대가가 확정된 것으로는 보이지 아니하나, 사업종료 후 실비 정산의 방법으로 그 대가를 지급받기로 하고 사업시행에 관한 제반권리를 양도한 것으로 보인다. (나) 처분청은 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 간주하였으나, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 에서 토지관련 매입세액으로 토지의 취득, 형질변경, 공장부지(택지)의 조성비용, 토지상의 건축물 취득 및 철거비용 등 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액으로 규정하고 있는 바, 쟁점매입세액은 주상복합건물 신축비용 관련매입세액으로 토지관련 매입세액에 해당되지 아니하며, 사업시행권도 재산적 가치가 있는 권리에 해당되므로 이에 관련된 매입세액으로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다. (다) 또한, 처분청은 2004.12.15.자로 청구법인이 쟁점사업부지를 매각하여 당해과세기간의 수입금액 전부가 부가가치세가 면제되는 수입금액이므로 공통매입세액의 정산 또는 환급세액을 재계산하여야 한다는 의견이나, 이는 부가가치세 과세분과 면세분에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분계산한 경우에 적용하는 것으로 이 건과 같이 실지귀속에 따라 과세분에 귀속되는 매입세액에 대하여는 적용하지 아니하는 것이 타당한 것으로 보인다. (라) 사실이 이러하다면, 청구법인이 쟁점사업부지 및 사업시행권을 ○○건설주식회사에서 양도한 이 건의 경우 비록, 사업시행권의 양도 당시 그 대가를 확정하지는 아니하였으나 추후 그 대가를 지급받기로 하고 양도한 것을 보이므로 사업의 포괄적 양도 ․ 양수에 해당한다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니한 것으로 판단되나, 쟁점매입세액은 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 에 규정하는 토지관련 매입세액에 해당되지 아니하고, 청구법인의 재산적 권리를 형성하는 사업시행권(무체재산권) 취득과 관련된 매입세액으로 과세사업이나 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에도 해당되지 아니하는 것으로 보이므로 처분청이 쟁점매입금액을 면세관련 매입세액으로 보아 매입세액불공제한 처분은 정당하지 아니한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다