일부 자료상으로부터 매입세금계산서를 수취한 경우 매입세액 공제 여부

○○세무서장이 2006.2.1. 청구법인에게 한 2001년 제1기분 부가가치세 68,327,300원과 2001사업연도 법인세 170,349,910원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 화물운송업을 영위하는 사업자로 2001사업연도에 ○○석유화학주식회 사 및 ○○종합화학주식회사 등의 물류를 운송하고 ○○상사주식회사(○○도 ○○시 ○○면 ○○○리 ○-○ 소재)로부터 공급가액 321,389,000원의 세금계산서 6매(2001.1.31. 63,696,000원, 2001.2.28. 71,425,000원, 2001.3.31. 70,245,000원, 2001.4.30. 40,353,000원, 2001.5.31. 40,051,000원, 2001.6.30. 35,619,000원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하 고 법인소득금액계산시 손금에 산입하여 법인세 신고를 하였다. 처분청은 쟁점세금계산서를 교부한 ○○상사주식회사가 자료상으로 고발된 사업자 로 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공자료로 보아 부가가치세 매입세액 불공제 및 법인세 손금불산입하여 2006.2.1. 청구법인에게 2001년 제1기 부가가치세 68,327,300원 및 2001사업연도 법인세 170,349,910원을 경정하여 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.3.28. 이의신청을 거쳐 2006.8.11. 이 건 심판청 구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은

○○석유화학주식회사 등 대기업과 물류운송계약을 체결한 후 물류를 운송하는 회사로 매출누락분은 전혀 없으며, 쟁점세금계산서는 2001사업연도에 ○

○석유화학주식회사 등의 운송물류 물량이 많아 청구법인의 소유차량으로는 물류를 운송할 수 없어 ○○시 ○○구 ○○화물터미널 내 청구법인의 사업장과 가까이 있 는 ○○상사주식회사에게 물류운송을 의뢰하여 물류를 운송한 후 교부받은 정상적인 거래분으로 운송료는 현금 또는 무통장입금으로 지급하였다. 처분청은 ○○상사주식회사가 일부 자료상으로 고발된 사업자로 화물차량을 소유하고 있지 아니하고, 청구법인에게 제출한 배차차량번호와 ○○석유화학주식회사 등의 물류를 운송한 화물차량번호가 다르다하여 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공자료로 보았으나 화물운송업계의 관례상 ○○상사주식회사와 물류운송계약서 는 작성하지 않았지만, ○○상사주식회사는 자동차등록원부와 같이 화물차량을 실제로 보유하고 있고, 배차차량과 실제 운반차량이 다른 것이 화물운송의 일반적인 관례 로 청구법인의 경우 ○○상사주식회사가 어떤 차량으로 물류를 운반하던지 의뢰된 물 류가 운반된 사실만 확인하면 되므로 배차와 실제 운반차량이 다르다 하여 정상적인 거래사실을 부인하고 부가가치세 및 법인세를 과세하는 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 쟁점세금계산서를 교부한

○○상사주식회사는 자료상으로 고발된 사업자로 당초 보유하고 있던 화물차량의 대부분이 말소되었으며, 청구법인이 ○○석유화학주식회 사 등의 물류를 운송한 차량을 확인한 바 ○○상사주식회사의 소유차량으로 물류를 운송한 사실은 없으며, ○○상사주식회사에게 지급하였다는 운송료의 경우에도 현 금 출납부등 장부상의 일자와 일치하지 아니할 뿐만 아니라 2001.4.28. 현금으로 지 급하였다는 1억원의 경우에도 2001.4.30. 청구법인의 예금통장으로 다시 입금되 는 등 물류를 운송한 정상거래분이라는 객관적인 증빙서류가 없어 쟁정세금계산서를 실물거래없는 가공자료로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 자료상으로 고발된 사업자로부터 교부받은 세금계산서를 실물거래없는 가공자료로 보아 부가가치세 매입세액 불공제 및 법인세 손금불산입한 처분의 당부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 부가가치세법 (2001.12.29. 법률 제6539호로 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】

① (생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. (생략) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되 지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하 는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. ~ 5. (생 략)

③ ~ ⑥ (생 략)

○ 법인세법 (2001.12.31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제 외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ (생 략)

○ 법인세법 (2001.12.31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제66조【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고 를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. ~ 4. (생 략)

③ ~ ④ (생 략)

○ 법인세법 (2001.12.31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제67조【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고 하 거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경 정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유 출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법시행령 (2001.12.31. 법률 제17457호로 개정되기 전의 것) 제106조【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국번인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할

• 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정의 의한 소액주 주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고 한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이 하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀 속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.
• 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

3. (생 략)

② ~ ④ (생 략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2001사업연도에 ○○상사주식회사로부터 쟁점세금계산서를 교부받은 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 쟁점세금계산서는 ○○상사주식회사가 청구법인의 의뢰에 의하 여 ○○석유화학주식회사 등의 물류를 운송하고 교부받은 정상적인 거래분임에도 불구하고 ○○상사주식회사가 일부 자료상으로 고발되었다 하여 쟁점세금계산서 를 실물거래없는 가공자료로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하고 법인세 손금불산입 처분하는 것은 부당하다고 주장하면서, 제품운송계약서, 무통장입금표 및 청구법인 예금통장 사본, ○○○의 확인서 및 ○○상사주식회사의 자동차등록원 부 사본 등을 증빙서류로 제출하고 있다. 2001.1.30. 청구법인과 ○○석유화학주식회사와의 제품운송계약서를 살펴보면, 2001.1.1.부터 2001.12.31.까지 청구법인이 ○○석유화학주식회사의 제품을 운 송하는 것으로 계약되어 있으며, 쟁점세금계산서에 해당하는 물류 운송비를 지급하였다는 무통장입금표 및 예금통장사본을 살펴보면, ○○상사주식회사의

○○은행 예금계좌(번호

○-○-○)에 176,796,700원｛2001.4.28. 100,000,000원, 2001.5.7. 11,760,000원, 2001.6.5. 11,179,500원, 2001.7.6. 12,491,000원, 2001.8.3. 12,135,600원, 2001.9.7. 3,708,400원(계좌이체), 2001.10.5. 5,485,000원(계좌이체), 2001.11.30. 4,071,000원, 2001.12.4. 15,966,200원(인터넷뱅킹)｝을, ○○상사주식회사의 ○○ 사무소 배차소장이라고 주장하는

○○○ 의 ○○(○○)은행 예금계좌(번호 ○-○-○)에 136,562,175원(2001.3.12. 10,339,657원, 2001.4.12. 19,859,417원, 2001.5.11. 22,979,541원, 2001.6.11. 26,718,086원, 2001.7.9. 28,044,239원, 2001.8.2. 28,605,635원)을 각각 무통장입금 또는 계좌이체한 것으로 되어 있으며, 2001.4.30. 청구법인의 ○○은행예금통장(계좌번호 ○-○-○-○)에 입금된 1억원 은 같은 날에 청구법인의 전 대표이사로 있었던 ○○○이 개인소유 통장인 ○○은행 예금통장(계좌번호 ○-○-○)에서 현금으로 인출하여 청구법인의 대표이사인 ○○

○에게 지급하였으며, ○○○은 즉시 청구법인의 예금통장 입금한 것으로 되어 있다. 또한, 2006.3.15. 작성한

○○○의 사실확인서에는 친척 의 부탁으로

○○도 ○○소재 ○○기업주식회사의 대표이사로 명의를 빌려주었으나 실제로는 2000년 11월부터 2001년 8월까지 ○○상사주식회사의 ○○사무소(○○화물터미널 ○○빌딩)의 배차소장으로 근무하면서 청구법인으로부터 물류운송비를 현금 또는 본인계좌로 송금받아 ○○상사주식회사에게 전달하였다고 되어 있으며, ○○상사주식회사의 자 동차등록 원부 사본에는 ○○ 13톤 카고트럭(○○○○○)외 64대의 화물차량이 1998년부터 ○○상사주식회사 명의로 등록되었다가 2002년 및 2003년도에 직권말 소된 것으로 되어 있다.

(3) 한편, 쟁점세금계산서의 가공자료 여부에 대한 처분청의 조사내용을 살펴보 면, 쟁점세금계산서를 교부한

○○상사주식회사의 경우 1998.10.15.부터 ○○도 ○○ 시

○동 ○○○리 ○-○에서 화물운송 및 알선업으로 사업자등록을 한 후 2000년 제 1기부터 2001년 제2기까지 신고한 매출과표 6,947,931천원, 매입과표 5,434,813천원중 매출과표 4,620,959천원(66.5%), 매입과표 3,679,449천원 (67.7%)이 각각 가공자료로 확정됨에 따라 자료상으로 고발되었으며, 쟁점세금계 산서 과세기간인 2000년 제1기의 경우 매출과표 1,202,112천원중 951,515천원 (79.5%), 매입과표 1,046,430원중 869,130천원(83.0%)이 각각 가공자료로 확정되 었으며, 화물차량은 당초 60여대를 보유하고 있었으나 2002년 3월경 등록말소된 것으로 조사되어 있으며, 청구법인이 보유하고 있는 물류배차리스트는 2001.1.1.부 터 2001.6.30.까지 ○○석유화학주식회사 등의 거래처 물류를 ○○상사주식회사, ○○운수, ○○운수 등 여러 운수회사의 화물차량으로 운송한 리스트로 출발과 도착, 차량소속회사, 차량번호, 기사명, 운임 등이 기재되어 있으며, 청구법인이 보유하고 있는 배차리스트와 ○○석유화학주식회사 등이 보유하고 있는 배차리스트는 일치하지 아니하는 것으로 조사확인되어 있으며, ○○상사주식회사의 ○○사무소 배차소장으로 근무하였다는 ○○○은 ○○상사주식회사에서 발생한 근로소득은 없으며, 1998.3.30.부터 ○○도 ○○에서 화물운송 및 알선업을 영위하는 ○○기업주식회 사의 대표이사로 등재되어 있는 것으로 조사되어 있다.

(4) 이상과 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 처분청은 ○○상사주식회사가 자료상으로 고발되었고, 화물자동차도 보유하고 있지 않아 쟁점세금계산를 실물거래없는 가공자료로 보았으나, ○○상사주식회사는 전부 자료상이 아닌 일부 자료상으로 조 사되어 있을 뿐만 아니라 2001사업연도에는 화물자동차를 보유하고 있었던 사실 이 자동차등록 원부에서 확인되는 점 등으로 보아 실제로 화물자동차 운송업을 영위 하였던 것으로 보여지며, 청구법인이 보유하고 있는 배차리스트와 ○○석유화학주 식회사 등이 보유하고 있던 배차리스트가 일치하지 아니하나 ○○석유화학주식 회사 등이 청구법인과 제품운송계약을 체결한 후 이에 따라 청구법인이 물류를 운 송한 사실을 처분청이 확인하고 있을 뿐만 아니라 쟁점세금계산서에 해당하는 물류 운송비를 ○○상사주식회사의 예금통장 및 ○○사무소 배차소장으로 근무하 였다는 ○○○의 예금통장으로 각각 지급한 사실이 확인되고 있으며, 2001.4.30. 청구법인의 예금통장에 입금된 1억원의 경우에도 자료상의 전형적인 거래형태인 2001.4.28. ○○상사주식회사에게 지급한 1억원을 되돌려 받은 것이 아니라 청구 법인의 전 대표이사인 ○○○의 개인자금이 입금된 것으로 확인되고 있는 점 등으 로 보아 쟁점세금계산서는 정상적인 거래분으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공자료로 보아 2001년 제1기 분 부가가치세 68,327,300원과 2001사업연도 법인세 170,349,910원을 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65 조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.