업무무관자산관련 현재가치할인차금 상각액을 손금불산입 할 수 있는지 여부

1. ○○세무서장이 2005. 10. 6. 청구법인에게 한 2002사업연도 법인세 573,331,540원 및 2003사업연도 법인세 155,625,550원의 각 부과처분은 청구법인이 쟁점토지와 관련하여 계상한 현재가치할인차금 814,540천원 중 처분청이 손금불산입한 429,031천원을 손금산입하는 것으로 하여 각 사업연도 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각합니다.

청구법인은 화물자동차터미널업을 영위하는 법인으로, 1999. 12. 28. 한국토지 공 사로부터 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○번지 대지 103,517.5㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)를 장기할부조건 방식으로 매입하기로 계약한 후, 2000. 2. 28. 청구법인 명의로 소유권이전등기를 경료하였고, 2002. 1. 3. 쟁점토지 중 54,425.4㎡ 부분(전체면적 중 52.67%, 이하 “매각된 토지”이라 한다)을 청구법인 고유 업무목적 으로 사용하지 아니하고 양도하였는데, 쟁점토지의 장기할부조건에 따라 2000사 업연도에 지급한 할부이자 1,057,182천원과 2001사업연도에 지급한 할부이자 1,297,627천원을 손금산입하여 각 사업연도 법인세를 신고하였다.

○○지방국세청장은 처분청에 대한 종합감사를 통하여 첫째, 청구법인이 손금으로 산입한 쟁점토지 취득 관련 할부이자상당액은 자본적 지출에 해당하여 토지가액에 포함하여야 하는 것임에도 이자비용으로 손금에 산입된 잘못이 있고, 둘째, 2002 사업연도에 매각된 토지 중 일부분은 업무무관자산에 해당하므로 이와 관련된 지 급 이자 합계 456,925천원(2000사업연도 237,553천원, 2001사업연도 219,372천원) 은 손금불산입 되어야 함에도 그러지 아니하여 2000, 2001사업연도 결손금이 과다 계상된 잘못이 있고(이 부분은 청구법인이 청구이유에 포함하지 아니하였다), 셋 째, 쟁점토지 관련 청구법인이 계상한 현재가치할인차금상각액 814,540천원 매각된 토 지 해당분 중 429,031천원(52.67%)은 업무무관자산 취득․관리비용에 해당하여 손금불산입되어야 함에도 손금산입된 잘못이 있다는 사실을 지적하였다. 처분청은 위 감사지적에 따라 할부이자, 업무무관자산 관련 현재가치할인차금 상각액을 각 손금불산입하여 2005. 10. 6. 청구법인에게 2002사업연도 법인세 573,331,540 원 및 2003사업연도 법인세 155,625,550원을 각 경정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005. 12. 29. 이의신청을 거쳐, 2006. 7. 10. 심판청 구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2000. 2. 28. 쟁점토지를 취득하면서 발생된 총 미지급금(할부이 자 포함)을 현재가치로 할인한 금액을 토지가액으로 계상한 후 이를 현재가치할인차 금 상각액 계정으로 처리하였어야 할 것인데, 착오로 현재가치할인차금을 잘못 계산 하여 할부이자의 대부분을 지급이자 비용의 계정으로 처리하였는바, 처분청이 손 금불산입한 위 할부이자 금액은 사실상 현재가치할인차금을 상각한 것으로서 취득 가액에 포함될 수 없는 것이고, 실질과세원칙에 따라 손금산입되어야 함이 타당하다.

(2) 또한, 매각된 토지 취득 관련 현재가치할인차금 814,540천원은 지급이자가 아니라 실제로 현재가치할인차금이므로, 이를 업무무관자산의 취득․관리비용으로 볼 수 없는데도, 처분청이 이를 업무무관자산의 취득․관리비용이라 하여 법인세법 제28조 에 따라 손금불산입한 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 법인세법은 장기연불조건으로 자산을 취득하는 경우 원칙적으로 이자상당액을 자본적 지출로 보아 취득가액에 합산하도록 규정하고 있고, 다만 기업회계기준이 정하는 바에 따라 자산을 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상하는 경우에는 예외적으로 이를 취득가액에서 제외하고 있는데, 청구법인은 대차대조표상 현재가치할인차금을 814,540천원으로, 나머지 할부이자 부분을 지급이자로 처리 한 이상, 지급이자 부분을 손금산입하여 달라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵

• 다. 청구법인은 회계처리상 오류가 있었다고 주장하나, 그렇다면 전기손익 수정 회계 처리를 하고, 관련 자산 및 부채에 대한 비교를 위하여 전기재무재표를 다시 작 성하여야 할 것임에도 불구하고 이러한 조치를 취하지 아니하였으므로, 청구법인의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 청구법인이 현재가치할인차금으로 814,540천원을 계상하였지만, 이 중 429,031천원 상당은 청구법인의 고유 목적과는 상관없는 업무무관자산임이 밝혀졌으므로 이 부분에 한하여 이를 현재가치할인차금으로 볼 수는 없고, 업무무관자산의 취 득 ․관리비용으로 보아 손금불산입함이 타당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 청구법인이 장기할부조건으로 쟁점토지를 취득하면서 지급한 할부이자를, 취득당시 ‘현재가치할인차금’으로 계상한 후 각 사업연도에 이자비용으로 상각한 것이 아니라, 단순히 각 사업연도마다 ‘지급이자’로 계상한 경우, 이를 ‘현재가치할인차 금’으로 보아 손금산입할 수 있는지 여부

(2) 자산 취득당시 ‘현재가치할인차금’으로 계상하여 각 사업연도마다 이자비용으 로 상각한 것을, 자산 중 일부가 매각으로 업무무관자산이 되었다는 이유로 법인세법 제27조 제1호 에 따라 손금불산입하여야 하는지 여부

• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 법인세법 제27조 【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도 의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득․관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액

2. 제1호외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것

○ 법인세법 제28조 【지급이자의 손금불산입】

① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어 서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

• 가. 제27조 제1호의 규정에 해당하는 자산(주: 업무무관자산)

○ 법인세법 제41조 【자산의 취득가액】

① 내국법인이 매입․제작․교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액

② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령이 정한다.

○ 법인세법 시행령 제31조 【즉시상각의 의제】

① 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으 로 보아 상각범위액을 계산한다.

② 제1항에서 “자본적 지출”이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수 를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비 를 말하며, 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】

① 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산 을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. (단서생략)

• 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.

○ 법인세법 시행령 제53조 【업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입】

② 법 제28조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 지급이자 × 제1항 및 제49조 제1항의 규정에 의한 자산가액의 합계액 (총차입금을 한도로 한다) 총차입금

③ 제2항의 규정에 의한 총차입금 및 자산가액의 합계액은 적수로 계산한다. 이 경우 제1항의 자산은 동일인에 대한 가지급금 등과 가수금이 함께 있는 경우에는 이를 상계한 금액으로 하며, 제49조 제1항의 자산은 취득가액(제72조의 규정에 의한 자산의 취득가액으로 하되, 동조 제3항 제3호의 시가초과액을 포함한다)으 로 한다.

○ 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】

③ 제2항에서 “장기할부조건”이라 함은 자산의 판매 또는 양도(국외거래에 있어 서는 소유권이전 조건부 약정에 의한 자산의 임대를 포함한다)로서 판매금액 또 는 수입금액을 월부․연부 기타의 지불방법에 따라 2회 이상으로 분할하여 수입하는 것 중 당해 목적물의 인도일의 다음날부터 최종의 할부금의 지급기일까지의 기간 이 1년 이상인 것을 말한다.

○ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

1. 자산을 제68조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건 등으로 취득하는 경우 발생 한 채무를 기업회계기준이 정하는 바에 따라 현재자치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상한 경우의 당해 현재가치할인차금

⑤ 제3항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금의 상각액 및 동항 제2호의 규 정에 의한 지급이자에 대하여는 법 제28조(주: 지급이자의 손금불산입)․법 제73조․법 제98조 및 법 제120조의 규정을 적용하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 매매계약서, 매매대금납입내역 등의 이 건 심리자료를 종합하여 보면, 아래의 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 1991.12. 28. 한국토지공사로부터 지정용도가 ‘유통업설비시설 용지’인 쟁점토지를 23,912,550천원(이후, 면적축소로 인한 계약변경으로 23,869,168천원으로 축소되었다)에 매수하면서, 매매대금은 계약보증금 외 10회 분할하여 원리금을 지급하고, 이자는 매 할부금 납부 약정일마다 미납잔대금에 대하여 10%의 할부이자를 지급하며, 쟁점토지의 소유권 이전은 매매대금 완납 후 하기 로 하되, 완납 전에도 미납대금에 대하여 담보를 제공한 때에는 소유권을 이전할 수 있도록 약정하였다. (나) 위 약정에 따라 청구법인이 납부하여야 할 매매대금의 구체적 계획은 아래 <표>와 같다. (단위: 천원) 구 분 납부약정일 할부원금 할부이자 소 계 계약보증금 1999.01.09. 2,391,255 0 2,391,255 1차 중도금 1999.07.09. 2,152,395 1,067,220 3,219,615 2차 중도금 2000.01.09. 2,108,718 974,217 3,082,935 (계약변경) 1999.12.28. (43,381) 감소 (2,186) 감소 (45,567) 감소 3차 중도금 2000.07.09. 2,152,100 858,481 3,010,581 4차 중도금 2001.01.09. 2,152,100 759,425 2,911,525 5차 중도금 2001.07.09. 2,152,100 640,323 2,792,423 6차 중도금 2002.01.09. 2,152,100 542,447 2,694,547 7차 중도금 2002.07.09. 2,152,100 426,882 2,578,982 8차 중도금 2003.01.09. 2,152,100 325,468 2,477,568 9차 중도금 2003.07.09. 2,152,100 213,441 2,365,541 10차 중도금 2004.01.09. 2,152,100 108,489 2,260,589 소 계 23,869,168 5,916,397 29,785,565 (다) 그러나, 청구법인은 위 계획과는 달리, 실제로는 아래 <표>와 같이 한국토 지공사에 매매대금을 지급하였다. 원예정 회차 지급 회수 회수일 원금 약정이자 비고 0 0 1999.01.09. 2,391,255 1 1 1999.07.09. 2,152,395 1,067,220 2 1999.12.30. 0 909 2 3 2000.01.10. 2,108,718 973,307 소 계 6,652,368 2,041,437 2000.2.28. 이전등기 3 4 2000.07.01. 2,152,100 820,746 4 5 2000.08.03. 2,152,100 136,201 5 2,152,100 6 6 2000.09.06. 2,152,100 100,234 연간합계 10,717,118 1,057,182 7 7 2002.01.03. 2,152,100 1,104,705 8 2,152,100 9 8 2002.07.04. 2,152,100 192,922 10 2,152,100 연간합계 8,608,400 1,297,627 총 합계 23,869,168 4,396,248 28,265,416 등기일(2000.02.28.) 전 지급한 금액 합계 6,652,368 2,041,438 8,693,806 등기일(2000.02.28.) 이후 지급한 금액 합계 17,216,800 2,354,810 19,571,610 (라) 청구법인은 2000. 2. 28. 청구법인 명의로 쟁점토지의 소유권 이전등기를 경료한 후, 쟁점토지의 취득원금 23,869,168천원, 취득전에 지급한 할부이자 등 금융자본비용 2,649,203천원, 취득관련 제세공과금 1,516,288천원 합계 28,034,660천원을 취득가액으로 하고, 현재가치할인차금을 814,540천원을 차감한 27,220,119천원을 대차대조표의 쟁점토지 취득원가(장부가액)로 하였다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구법인이 손금으로 산입한 쟁점토지 취득 관련 할부이자상당액 은 자본적지출에 해당하여 토지가액에 포함하여야 하는 것임에도 이자비용으로 손 금에 산입된 잘못이 있다는 의견이고, 청구법인은 미지급 원리금 21,091,760천원(원 계획표상 금액) 전액을 미지급금으로 계상하여 현재가치할인차금을 산정하였어야 하나, 계정처리 오류로 인하여 미지급원금 17,216,800천원만을 미지급금으로 계상하여 현재가치할인차금이 실질적으로 4,686,401천원임에도 814,540천원만이 계상하여 어쩔 수 없이 나머지 차액부분을 매년 이자비용으로 상각한 것이어서, 결국 처분청이 손금불산입한 위 이자비용 부분은 실질적으로 그 성격 이 현재가치할인차금이므로 실질과세원칙에 비추어 손금산입되어야 한다고 주장한

• 다. (나) 그러나, 법인세법 시행령 제72조 제3항 제1호 에는 “자산을 제68조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건 등으로 취득하는 경우 발생한 채무를 기업회계기준이 정하는 바에 따라 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상한 경우의 당 해 현재가치할인차금은 취득가액에 포함하지 아니하는 것”으로 규정되어 있고, 법 인세법 기본통칙 23-31…1 제7호에는 “영 제68조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건으로 자산을 취득함에 있어서 이자상당액을 가산하여 매입가액을 확정하고 그 지불을 연불방법으로 한 경우의 이자상당액은 당해 자산에 대한 자본적 지출 로 한다. 이 경우 당초 계약시 이자상당액을 당해 자산의 가액과 구분하여 지급 하 기로 한 때에도 또한 같다. 다만, 영 제72조 제3항 제1호의 규정에 의하여 계 상한 현재가치할인차금과 매입가액 확정후 연불대금 지급시에 이자상당액을 변동이자율로 재계산함에 따라 증가된 이자상당액은 그러하지 아니한다.”라고 풀이하고 있어, 법인이 자산을 장기할부조건으로 취득함에 따라 발생한 채무를 기업회계기준이 정하는 바에 따라 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상한 경우, 당해 현재가치할인차금은 자산의 취득가액에서 제외되고, 동 할인차금의 상각액은 손금산입하는 것(서면2팀-162, 2005. 1. 25., 같은 뜻임)이라 하겠다. (다) 살피건대, 청구법인은 이미 대차대조표에 쟁점토지 취득과 관련하여 현재가 치 할인차금으로 814,540천원을 계상하고 위 현재가치할인차금 상각액을 지급한 할 부이자와 함께 매년 이자비용으로 손금산입하여 오다가 이제와 회계처리 오류로 인하여 현재가치할인차금을 과소하게 계상하였다고 주장하나, 청구법인으로서는 할부이자 상당액을 현재가치할인차금으로 하여 매년 상각할 것인지 아니면 자본적 지출로 처리할 것인지를 선택할 수 있었고 이에 청구법인 은 현재가치할인차금으로 814,540천원을 계상한 후 매년 상각하여 왔는바, 위 현재 가치할인차금이 청구법인의 단순한 오류에 의하여 과소계상되었다는 점을 입증 할 만한 객관적인 증빙자료도 확인되지 않을 뿐만 아니라, 청구법인의 주장처럼 진 실로 회계처리에 오류가 있었다면 기업회계기준에 따라 이를 수정하여 관련 자산․부채가 비교목적으로 공시되는 전기재무제표를 재작성하였어야 할 것임에도 아무런 조치를 취하지 아니하였으므로, 세무상으로만 회계처리의 오류를 고려해달라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이고, 따라서 처분청이 당초 현재가치할인차금으로 계상한 금액에 대한 상각액만을 손금산입하고, 나머지 이 자비용에 대하여는 쟁점토지에 대한 자본적 지출로 보아 손금불산입한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하면서 현재가치할인차금으로 계상한 814,540천원을 각 사업연도에 상각하여 손금산입한 것에 대하여, 쟁점토지 중 매각된 토지 부분(52.67%)은 매각으로 인하여 업무무관자산이 된 이상, 위 비율 에 해당하는 현재가치할인차금은 손금산입 하여서는 아니되고, 업무무관자산 취득․관리비용으로 보아 손금불산입 하여야 한다는 의견이다. (나) 법인세법 제27조 제1호 에는 ‘당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득․관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액’은 손금불산입하도록 규정되어 있고, 같은 법 제28조 제1항 제4호에 의하면, ‘제27조 제1호의 규정에 해당하는 자산 취득하거나 보유 하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하 는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한 도로 한다)’ 또한 손금불산입하도록 규정되어 있으며, 같은 법 시행령 제72조 제5항에는 “제3항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금의 상각액 및 동항 제2호의 규정에 의한 지급이자에 대하여는 법 제28조․법 제73조․법 제98조 및 법 제120조의 규정을 적용하지 아니한다.”라고 규정되어 있다. (다) 살피건대, 자산취득과 관련된 현재가치할인차금은 자산의 실질가치와 명목가치의 차이를 의미하는 점, 이러한 현재가치할인차금은 자산의 취득가액에서 제외되고 있는 점(법인세법 시행령 제72조 제3항 제1호), 현재가치할인차금의 경우 법인세법 제28조 (지급이자의 손금불산입)을 적용받지 않는 점(법인세법 시 행령 제72조 제5항), 등을 종합하면, 자산취득과 관련하여 설정된 현재가치할 인 차금은 법인세법 제27조 제1호 에 규정된 업무무관자산 취득․관리비용으로 보기 는 어렵다 할 것이고, 당초 설정된 현재가치할인차금이 이후 그 자산의 매각으로 인하여 업무무관자산이 되었다는 이유로 그 비율에 상당하는 현재가치할인차금 이 업무무관자산의 취득․관리비용에 해당된다고도 볼 수도 없는 것이므로, 결국 처 분청이 쟁점토지와 관련하여 계상된 현재가치할인차금 중 매각된 토지 비율 상당액을 업무무관자산의 취득․관리비용으로 보아 손금불산입한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조와 제65 조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.