실지로 운송용역을 공급받은 선의의 거래당사자라는 주장의 당부

00세무서장이 2006.12.15 청구법인에게 한 부가가치세 68,121,730원(2000년 귀속 7,852,360원, 2001년 귀속 11,652,370원, 2002년 귀속 5,923,550원, 2003년 귀속 25,220,630원 2004년 귀속 17,472,820원) 및 법인세 10,880,700원(증빙불가산세, 2000 사업연도 3,432,000원, 2001사업연도 1,102,750원, 2002사업연도 621,740원, 2003 사업연도 3,221,740원, 2004사업연도 2,502,470원)의 부과처분은 청구법인이 쟁점운송업체의 법인통장으로 직접 입금한 것으로 확인된 금액 338,986,450원(부가가치세 포함)을 쟁점운송업체로부터 운송용역을 실지로 공급받은 것으로 보아 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인은 사업장을 ○○○○시 00구 000동 000-0번지에 두고, 1987.9.1부터 현재까지 서비스 ․ 운수업(수출입해운항공화물 및 내륙운송업)을 영위해 온 법인체로서, 처분청은 청구법인이 과세기간 1999.2기부터 2004.1기까지 자료상으로 고발된 (주)00운수 및 (주)00통운(이하 “쟁점운송업체”라 한다)으로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 보아 2006.12.15. 청구법인에게 부가가치세 68,121,730원(2000년 귀속 7,852,360원, 2001년 귀속 11,652,370원, 2002년 귀속 5,923,550원, 2003년 귀속 25,220,630원, 2004년 귀속 17,472,820원) 및 법인세 10,880,700원(증빙불비가산세, 2000사업연도 3,432,000원, 2001사업연도 1,102,750원, 2002사업연도 621,740원, 2003사업연도 3,221,740원, 2004시업연도 2,502,470원)을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.8.10 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점운송업체로부터 운송용역을 공급받을 당시 쟁점운송업체의 사업자등록증을 받아 운송업을 하는 사실을 확인하였으며, 실제로 쟁점운송업체로부터 운송용역을 공급받은 후 그에 따른 운송대가를 지급한 사실이 금융자료에 의해 확인됨에도 쟁점운송업체가 자료상으로 고발되었다는 이유로 청구법인이 실지거래없이 자료상으로부터 사실과 다른 세금계산서를 교부받은 것으로 보아 이 건 과세처분하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점운송업체로부터 운송용역을 공급받고 그에 따른 매입세금계산서를 수취한 후, 거래대금을 결제할 때에는 (주)00통운의 법인통장으로 일부 지급한 사실외에는 대부분의 대금결제를 미등록 운송알선업자인 이00에게 지급한 점으로 볼 때 (주) 00통운으로부터 운송용역을 공급받은 것으로 보기 어려우며, 또한, (주)00운수의 대표자가 2003.7.28. 곽00에서 엄00으로 변경되었음에도 2003.2기부터 2004.1기까지 전대표자인 곽00 명의의 세금계산서를 교부받은 사실을 볼 때, 청구법인이 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로서 쟁점운송업체로부터 정당하게 매입세금계산서를 교부받은 것으로 보기 어렵다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점운송업체로부터 실지로 운송용역을 공급받고 매입세금계산서를 교부받은 선의의 거래당사자라는 주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액” 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액‘ 이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항‘이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 법인세법 제76조 【가산세】 ① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다.

1. 제60조의 규정에 의한 신고가 없거나 제112조의 규정에 의한 장부의 비치 ․ 기장의무를 이행하지 아니한 경우에는 납세지 관할세무서장이 결정한 산출세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)의 100분의 20에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 7에 미달하거나 산출세액이 없는 때에는 그 수입금액의 1만분의 7에 상당하는 금액). 다만, 신고하지 아니한 소득금액이 50억원을 초과하는 경우에는 그 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 10에 미달하거나 산출세액이 없는 경우에는 그 수입금액의 1만분의 10에 상당하는 금액)으로 한다.

2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액

• 가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 “부당과소신고금액”이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10 미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다.
• 나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. (3) 화물자동차 운수사업법 제10조 (운송업자의 준수사항) ⑤ 운송사업자는 당해 화물자동차운송사업에 종사하는 운수종사자가 제11조의 규정에 의한 준수사항을 성실히 이행하도록 지도 ․감독하여야 한다. (4) 화물자동차 운수사업법 제1조 (운송업자의 준수사항) ① 화물자동차운수사업에 종사하는 운송종사자는 다음 각호의 1에 해당하는 행위를 하여서는 아니된다.

1. 정당한 이유없이 화물을 중도에서 내리게 하는 행위

2. 정당한 이유없이 화물의 운송을 거부하는 행위

3. 부당한 운임 또는 요금을 요구하거나 받는 행위

4. 고장 및 사고 차량 등 화물의 운송과 관련하여 자동차관리법에 의한 자동차관리사업자로부터 부정한 금품을 수수하는 행위 (3) 화물자동차 운수사업법 제23조 (운송업자의 준수사항) ① 운송주선사업자는 자기의 명의로 운송계약을 체결한 화물에 대하여 당해 계약금액중 일부를 제외한 나머지 금액으로 다른 운송주선사업자와 재계약하여 이를 운송하도록 하여서는 아니된다.

② 운송주선사업자는 화주로부터 중개 또는 대리를 의뢰벋은 화물에 대하여 다른 운송주선사업자에게 수수료 기타 대가를 받고 중개 또는 대리를 의뢰하여서는 아니된다.

• 다. 심리 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구법인이 쟁점운송업체로부터 운송용역을 공급받고 매입세금계산서를 교부받아 관련 매입세액을 공제받은 사실에 대해, 처분청은 쟁점운송업체를 자료상으로 보아 별지 1의 관련 매입세액을 불공제하고 법인세 증빙불비가산세 12,117,700원을 고지하였음이 처분청의 경정결의서 등에 의해 확인된다. (나) 청구법인은 위와 같은 처분청의 과세에 대하여, 쟁점운송업체로부터 실지로 운송용역을 공급받고 그에 따른 거래대금을 지급한 후 각 과세기간별 매입세금계산서를 교부받았다는 주장과 함께 쟁점운송업체의 법인통장 및 미등록 운송알선업자이며 (주) 00통운의 소장직함을 가졌던 이00 개인명의의 통장으로 거래대금을 다음과 같이 지급하였다고 주장하며 각 거래별 세금계산서, 운송현황표, 입금증 등을 함께 제시하고 있다. 〔(주)00통운과의 매입내역 및 대금지급 내역〕 구분 날짜 공급가액 세 액 지급액 수령인 은 행 계좌번호 2000년 1기확정 2000.5.31 3,690,000 369,000 4,059,000 000 ◎◎ 471-08-00000 2000.6.30 4,600,000 460,000 5,060,000 000 ◎◎ 471-08-00000 2000년 2기예정 2000.7.31 5,330,000 533,000 5,863,000 000 ◎◎ 471-08-00000 2000.8.31 3,785,000 378,500 4,163,500 000 ◎◎ 471-08-00000 2000.9.30 4,215,000 421,500 4,636,500 000 ◎◎ 471-08-00000 2000년 2기확정 2000.10.31 5,895,000 589,500 6,484,500 000 ◎◎ 471-08-00000 2000.11.30 4,420,000 442,000 4,862,000 000 ◎◎ 471-08-00000 2000.12.31 2,385,000 238,500 2,623,500 000 ◎◎ 471-08-00000 2001년 1기예정 2001.1.31 3,295,000 329,500 3,624,500 000 ◎◎ 471-08-00000 2001.2.28 3,275,000 327,500 3,602,500 000 ◎◎ 471-08-00000 2001.3.31 4,321,000 432,100 4,753,100 000 ◎◎ 471-08-00000 2001년 1기확정 2001.4.30 4,300,000 430,000 4,730,000 000 ◎◎ 471-08-00000 2001.5.31 2,255,000 225,500 2,480,500 000 ◎◎ 471-08-00000 2001.6.30 1,610,000 161,000 1,771,000 000 ◎◎ 471-08-00000 2001년 2기예정 2001.7.31 3,162,000 316,200 3,478,200 000 ◎◎ 471-08-00000 2001.8.31 7,605,000 760,500 8,365,500 000 ◎◎ 471-08-00000 2001.9.30 14,800,000 1,480,000 16,280,000 000 ◎◎ 471-08-00000 2001년 2기확정 2001.10.31 9,030,000 903,000 9,933,000 000 ◎◎ 471-08-00000 2001.11.30 1,220,000 122,000 1,342,000 000 ◎◎ 471-08-00000 2001.12.31 240,000 24,000 264,000 000 ◎◎ 471-08-00000 2002년1기예정 2002.1.31 280,000 28,000 308,000 000 ◎◎ 471-08-00000 2002.2.28 200,000 20,000 220,000 000 ◎◎ 471-08-00000 2002년1기확정 2002.6.30 1,135,000 113,500 1,248,500 (주)00통운 ◇◇ 014-01-000000 2002년2기예정 2002.7.31 5,415,000 541,500 5,956,500 000 ●● 123-07-0000000 2002.7.31 565,000 56,500 621,500 000 ◎◎ 471-08-00000 2002.8.31 3,705,000 370,500 4,075,500 (주)00통운 ◇◇ 014-01-000000 2002.8.31 1,450,000 145,000 1,595,000 000 ◎◎ 471-08-000000 2002.9.30 2,360,000 236,000 2,596,000 (주)00통운 ◇◇ 014-01-000000 2002.9.30 360,000 36,000 396,000 000 ◎◎ 471-08-000000 2002년2기확정 2002.10.31 3,330,000 333,000 3,663000 (주)00통운 ◇◇ 014-01-000000 2002.10.31 860,000 86,000 946,000 000 ◎◎ 471-08-000000 2002.11.30 5,755,000 575,500 6,330,500 (주)00통운 ◇◇ 014-01-000000 2002.11.30 510,000 51,000 561,000 (주)00통운 ◇◇ 014-01-000000 2002.12.31 550,000 55,000 605,000 (주)00통운 ◇◇ 014-01-000000 2002.12.31 4,612,000 461,200 5,073,200 (주)00통운 ◇◇ 014-01-000000 2003년1기예정 2003.1.31 2,830,000 283,000 3,113,000 (주)00통운 ◇◇ 014-01-000000 2003.2.28 3,315,000 331,500 3,646,500 (주)00통운 ◇◇ 014-01-000000 2003.3.31 5,920,000 592,000 6,512,000 (주)00통운 ◇◇ 014-01-000000 2003년1기확정 2003.4.30 8,010,000 801,000 8,811,000 (주)00통운 ◇◇ 014-01-000000 합 계 140,595,000 14,059,500 154,654,500 주1) 법인통장으로 입금액: 46,235,200원(부가가치세 포함) 이00 개인통장으로 입금액: 102,462,800원(〃) 정00 〃: 5,956,500원 (〃) 〔(주)00운수와의 매입내역 및 대금지급 내역〕 구분 날짜 공급가액 세 액 지급액 수령인 계좌번호(◇◇) 2003년 1기확정 2003.5.31 9,885,000 988,500 10,873,500 (주)00운수 211056-51-000000 2003.6.30 13,740,000 1,374,000 15,114,000 (주)00운수 211056-51-000000 2003년2기예정 2003.7.31 10,280,000 1,028,000 11,308,000 (주)00운수 211056-51-000000 2003.8.31 10,770,000 1,077,000 11,847,000 (주)00운수 211056-51-000000 2003.9.30 17,365,000 1,736,500 19,101,500 (주)00운수 211056-51-000000 2003년2기확정 2003.10.31 27,107,500 2,710,750 29,818,250 (주)00운수 211056-51-000000 2003.11.30 26,185,000 2,618,500 28,803,500 (주)00운수 211056-51-000000 2003.12.31 25,680,000 2,568,000 28,248,000 (주)00운수 211056-51-000000 2004년1기예정 2004.1.31 21,710,000 2,171,000 23,881,000 (주)00운수 211056-51-000000 2004.2.29 16,665,000 1,666,500 18,331,500 (주)00운수 211056-51-000000 2004.3.31 26,542,500 2,654,250 29,196,750 (주)00운수 211056-51-000000 2004년1기확정 2004.4.30 26,597,500 2,659,750 29,257,250 (주)00운수 211056-51-000000 2004.5.31 28,142,500 2,814,250 30,956,750 (주)00운수 211056-51-000000 2004.6.30 5,467,500 546,750 6,014,250 (주)00운수 211056-51-000000 합 계 266,137,500 26,613,750 292,751,250 주1) 청구법인이 지급한 전체금액 292,751,250원(공급대가)이 (주)00운수의 법인계좌로 입금됨.

(2) 판단 위 사실관계들을 종합해 볼 때, 청구법인이 쟁점운송업체로부터 운송용역을 실지로 공급받고 거래대금을 지급한 사실이 거래처 원장, 무통장입금증 등 금융자료에 의해 확인되나, 쟁점운송업체중 (주)00통운의 경우는 청구법인이 운송대금을 운송용역을 직접 제공한 (주)00통운의 법인통장으로 입금하지 않고 미등록 운송알선업자이자 (주)00통운의 소장직함을 가진 이00의 개인통장으로 입금하였음이 확인되는 바, 이는 결과적으로 청구법인이 (주)00통운으로부터 사실과 다른 매입세금계산서를 교부받은 것과 같으므로, 관련 매입세액을 불공제하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 다만, 청구법인이 운송대금을 쟁점운송업체인(주)00통운과 (주)00운수 법인통장으로 입금한 것으로 확인된 금액 338,986,450원(부가가치세 포함)은 실지거래를 한 후 거래대금을 입금한 것으로 보이므로 해당 과세기간별 관련 매입세액을 공제하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의해 주문과 같이 결정한다.