양도가액 중 6억원에 상당하는 양도소득은 소득세법에 의한 비과세를 적용하고, 6억원을 초과하는 양도소득 중 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여는 조세특례제한법에 의하여 양도소득세를 감면하는 것이 타당함.
양도가액 중 6억원에 상당하는 양도소득은 소득세법에 의한 비과세를 적용하고, 6억원을 초과하는 양도소득 중 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여는 조세특례제한법에 의하여 양도소득세를 감면하는 것이 타당함.
○○세무서장이 2006.5.9. 청구인에게 한 2005 년 귀속 농어촌특별세 22,592,590 원의 부과처분은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 110 동 1503 호의 양도가액 중 6 억 원을 초과하는 분에 대한 양도소득세 감면세액을 그 과세표준으로 하여 그 세액을 경정한다.
(1) 소득세법상 1 세대 1 주택 요건을 갖춘 주택의 양도가액이 6억 원을 초과하는 경우에 양도가액 중 6 억 원까지는 납세의무가 없는 비과세 이므로 세액계산을 하지 않고 양도가액 중 6 억 원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 대한 양도소득세를 계산하여 신고. 납부 하는 것이고, 조세특례제한법상 양도소득세 감면은 양도소득세 신축 세액이 계산되어야 한다는 전제조건하에서 적용되기 때문에 1 세대 1 주택으로서 고가주택인 쟁점아파트에 대한 농어촌특별세는 6 억 원을 초과하는 양도차익에 대한 산출세액을 양도소득세 감면세액으로 하여 계산하는 것이 타당하며, 소득세법상 1 세대 1 주택 고가주택에 대한 비과세와 조세특례제한법상 신축주택에 대한 감면을 중복하여 적용할 수 없다는 명문의 규정이 없고, 동일한 1 세대 1 주택 비과세 대상임에도 불구하고 어느 주택은 6 억 원 이하라 하여 전혀 세 부담이 없는 반면, 6 억 원을 초과하는 주택은 양도가액 전체에 대한 양도소득세의 20 %를 농어촌특별세로 부담하게 되어 조세평형에도 맞지 않다.
(2) 또한, 가산세의 본질은 납세자의 귀책사유로 인한 제재적인 벌과금의 성격으로 이 건 농어촌특별세 과세경위를 보면, 과세당국과 국세심판원간의 견해차이로 인하여 발생된 것으로 납세자의 귀책사유와는 무관한데도 그 원인을 살피지 아니하고 단순히 농어촌특별세를 자진 신고. 납부 하지 아니하였다 하여 기계적으로 신고불성실가산세를 부과함은 부당하므로 취소하여야 한다.
(2) 당초 청구인은 쟁점아파트가 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되는 주택이라 하여 감면규정을 적용하여 경정청구 하였고, 이에 따라 양도소득세의 감면결정으로 인하여 농어촌특별세가 과세된 것이므로 본세의 신고. 납부기한을 경과한 이후 농어촌특별세를 납부 하지 아니한 귀책사유는 청구인에게 있으므로 동 가산세 부과처분은 정당하다.
(1) 쟁점아파트가 소득세법상 1 세대 1 주택 비과세 요건을 갖춘 고가주택이면서 조세특례제한법상 양도소득세 감면대상인 신축주택에 해당하는 경우 농어촌특별세의 과세표준을 양도소득세 산출세액 전체금액으로 하여 과세한 처분의 당부
(2) 신고불성실가산세 부과처분의 당부
○ 조세특례제한법 (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3 【 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 】
① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각 호의 1 에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2 배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5 년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100 분의 100 에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5 년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001 년 5 월 23 일부터 2003 년 6 월 30 일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최조로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택 취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)
○ 조세특례제한법 (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조의 3 【 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 】
① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 1 에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2 배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5 년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100 분의 100 에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5 년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5 년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
○ 조세특례제한법 (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2003 년 1 월 1 일부터 시행한다. 제29조【 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치 】
② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003 년 6 월 30 일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.
○ 소득세법 (2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조【 비과세양도소득 】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세” 라 한다)를 과세하지 아니한다.
1 세대 1 주택(거주용건물의 연면적. 가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득
○ 소득세법 (2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 것) 제89조【 비과세양도소득 】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세” 라 한다)를 과세하지 아니한다.
1 세대 1 주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득
○ 소득세법시행령 (2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제156조【 고급주택의 범위 】
① 법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적. 가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택” 이라 함은 다음 각 호의 1 에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.
2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로서 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 149 제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6 억 원 이상일 것
○ 소득세법시행령 (2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정된 것) 제156조【 고급주택의 범위 】
① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택” 이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1 주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다) 이 6 억 원을 초과하는 것을 말한다.
○ 제160조 【 고가주택에 대한 양도차익의 계산 】
① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기 양도 자산에 해당하는 때에는 6 억 원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분 계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 X (양도가액 - 6 억 원) / 양도가액
○ 농어촌특별세법 제2조 【정의】
① 이 법에서 “감면”이라 함은 조세특례제한법. 관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세. 법인세. 관세. 취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 1 에 해당하는 것을 말한다.
1. 비과세. 세액면제. 세액감면. 세액공제 또는 소득공제
○ 제3조 【납세의무자】다음 각호의 1 에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
2 조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세. 법인세. 관세. 취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자
○ 제5조 【과세표준과 세율】① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호별 과세표준 세율 1 조세특례제한법. 관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세. 법인세. 관세. 취득세 또는 등록세의 감면세액(제2호의 경우를 제외한다) 100분의20
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점 ① 에 대하여 본다. 처분청은 쟁점아파트의 양도에 대하여 소득세법 제89조 제3호 조세특례제한법 제99조의 3 의 규정을 동시에 적용할 수 없고 그 중 납세자에게 세 부담이 유리한 감면방법을 선택하여 적용하여야 한다는 이유로 조세특례제한법에 의하여 양도소득세 전액이 감면된 것으로 보고 동 감면금액을 농어촌특별세 과세표준으로 하여 과세한 반면, 청구인은 양도가액 중 6 억 원을 초과하는 부분에 해당되는 양도소득세만 조세제한특례법상 감면금액이므로 동 금액을 농어촌특별세 과세표준으로 적용하여야 한다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의하여 적용되는 종전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항은 신축주택취득기간인 2001.5.23. 부터 2003.6.30. 까지 주택조합으로부터 조합원이 신축주택을 취득하는 경우 그 취득일로부터 5 년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100 분의 100 에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제99조의 3 제2항은 신축주택을 감면함에 있어 양도소득금액을 같은 영 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산하도록 규정하고 있고, 같은 영 제40조 제1항은 취득한 날부터 5 년간 발생한 양도소득금액이라 함은 소득세법 제95조 제1항의 규ㅣ정에 의한 양도소득금액이라고 규정하고 있으며, 소득세법 제95조 제1항에서는 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비 및 장기보유특별공제를 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다. (나) 2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 소득세법 제89조 제3호 및 같은 법 시행령 제156조 제1항은 1 세대 1 주택의 비과세 요건을 갖춘 주택의 경우 고가주택(양도가액이 6 억 원을 초과하는 주택)을 제외하고 양도소득세를 과세하지 않은 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제160조는 1 세대 1 주택의 비과세 요건을 갖춘 고가주택에 대하여 양도가액이 6 억 원을 초과하는 부분에 대한 양도소득금액 계산방법을 별도 규정하고 있어 1 세대 1 주택의 비과세 요건을 갖춘 고가주택의 경우라도 양도가액 중 6 억 원을 초과하지 아니하는 부분에 대하여는 비과세하는 것으로 소득세법령에 규정되어 있음을 알 수 있다. (다) 농어촌특별세법 제3조 제1항 제1호는 “제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세. 법인세. 관세. 취득세 또는 등록세의 감면을 받은 자”를 농어촌특별세 납세의무자로 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항 본문에서는 “감면이라 함은 조세특례제한법. 관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세. 법인세. 관세. 취득세 또는 등록세가 부과되지 않거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 1 에 해당하는 것을 말 한다” 고 하고서, 같은 법, 같은 항 제1호에서는 “비과세. 세액면제. 세액감면. 세액공제 또는 소득공제”라고 규정하고 있다. (라) 위의 관련 법령을 종합적으로 살피건대, 소득세법상 1 세대 1 주택에 대한 비과세 규정과 조세특례제한법상 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례는 지원목적이 다른 별개의 제도로서 소득세법과 조세특례제한법에서 양 규정간의 중복적용을 배제하는 명문의 규정이 없고, 설령 양 규정이 중복 적용된다고 하더라도 이중으로 공제되거나 비과세되어 중복 지원되는 문제는 발생하지 않는 것으로 보여 지는 바, 1 세대 1 주택의 비과세 규정에 있어 그 본법은 소득세법(1974.12.24. 법률 제2705호로 전면개정시 1 세대 1 주택 비과세규정 최초신설)이라 할 수 있고, 요건을 갖춘 신축주택에 대하여 양도소득세를 감면하는 조세특례제한법상의 과세특례 규정(1998.9.16. 법률 제5561호로 구 조세감면규제법 개정 시 최초신설)도 결국 양도소득세에 대한 비과세 혜택으로 종전부터 시행되던 소득세법상의 1 세대 1 주택의 비과세 규정에 추가하여 감면혜택을 확장시킨 것으로 볼 수 있으므로 1 세대 1 주택인 고가주택이면서 신축주택의 경우 소득세법령에 의한 비과세 여부를 우선 적용하고 이에 추가적으로 조세특례제한법상의 감면여부 규정을 적용하는 것이 타당한 것으로 보인다. (마) 그렇다면, 쟁점아파트의 경우 양도가액 중 6 억 원에 상당하는 양도소득은 우선 소득세법에 의한 비과세를 적용하고, 6 억 원을 초과하는 양도소득 중 쟁점아파트 취득일로부터 5 년간 발생한 양도소득에 대하여는 조세특례제한법에 의하여 양도소득세를 감면하는 것이 타당하므로 이 건의 경우 조세특례제한법 제99조의 3 의 규정에 의한 감면대상 양도소득은 소득세법 시행령 제95조 제3항 및 제160조의 규정에 의하여 계산된 양도가액 6 억 원을 초과하는 부분이라 할 것이고, 농어촌특별세는 조세특례제한법상 감면을 받는 소득세 등을 과세표준으로 하고 있으므로 쟁점아파트의 양도가액 중 6 억 원을 초과하는 부분에 상당하는 양도차익에 대한 양도소득세를 이 건 농어촌특별세의 과세표준으로 하여 할 것이다. (바) 따라서, 처분청이 쟁점아파트의 양도가액 전체에 대하여 양도차익 및 산출세액을 산정하여 양도소득세 산출세액 전액을 조세특례제한법 제99조의 3 제1항에 의한 감면세액으로 적용하고 동 감면세액 전액을 농어촌특별세 과세표준으로 과세한 이 건 처분은 잘못이므로 쟁점아파트의 양도가액 중 6 억 원을 초과하는 분에 대한 양도소득세 감면세액만을 그 과세표준으로 하여 그 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.
(2) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 그 심리실익이 없으므로 심리를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
붙임과 같음.