전산장부상의 반품분을 세금계산서 수수대상에서 차감할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2006.4.21. 청구법인에게 한 2003년 2기 부가가치세 69,926,900원, 2004년 1기 부가가치세 144,326,300원, 2003년 사업연도 법인세 14,927,880원, 2004년 사업연도 법인세 15,874,320원의 부과처분 및 대표자 상여처분에 따른 2003년 및 2004년 귀속 32,159,935원 및 19,917,107원의 소득금액변동통지는 청구법인이 제시한 ○○○지점 전산장부상의 기록내용에 대하여 사실관계를 재조사하여 그 과세표준과 세액 및 소득금액변동통지금액을 각각 경정합니다.

2005.12.22.～2006.2.2.까지 청구법인에 대한 세무조사 결과 청구법인이 주식회사 ○○○컴퓨터 등 9개 거래처(이하 “리셀러업체”라 한다)와 상호 재화를 공급하거나 교환하면서 매출․매입세금계산서를 수수하지 않거나 과다하게 수수한 사실을 확인하고, 청구법인의 전산장부상의 매출․매입액에서 청구법인이 주식회사 ○○○○○○(이하 “LG-IBM”이라 한다)으로부터 판매장려금을 받을 목적으로 리셀러업체와 허위로 거래한 매출․매입액을 제외하여 실매출액과 실매입액을 확정한 후, 청구법인의 세금계산서 수수금액과의 차이에 대해 2006.4.12. 처분청에 2003년 2기 부가가치세 69,926,900원, 2004년 1기 부가가치세 144,326,300원, 2003년 사업연도 법인세 14,927,880원, 2004년 사업연도 법인세 15,874,320원을 청구법인에게 과세하도록 처분청에 제세결정사항을 통보하였고, 청구법인에게 2003년 및 2004년 귀속 32,159,935원 및 19,917,107원의 소득금액변동통지를 하였다. 처분청은 위 제세결정사항 통보에 따라 2006.4.21. 청구법인에게 2003년 2기 부가가치세 69,926,900원, 2004년 1기 부가가치세 144,326,300원, 2003년 사업연도 법인세 14,927,880원, 2004년 사업연도 법인세 15,874,320원을 각각 경정․고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2006.7.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 본점 외 전자월드지점과 테크노지점을 운영하고 있었는데 서울지방국세청의 세무조사 당시 본점과 전자월드지점의 실물수수 차이만을 누락한 것으로 보아 이 건 과세를 하였으나 테크노지점에서도 매출․매입반품 및 정산착오가 있었으므로 이를 반영하여 재경정하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인에 대한 세무조사 당시 허위거래는 전부 전자월드지점에서만 처리된 것으로 이사 오○○와 직원인 주○○․정○○가 일관되게 진술하였으며, 청구법인이 테크노지점의 허위거래라며 제시한 ○○○○프로그램으로 작성된 전산장부 사본은 조사시 확보된 ○○○○프로그램 이후 버전이고 그 사용자도 확인되지 않고 기록내용 또한 신빙성이 없으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 세무조사 당시 소명하지 못한 ○○○지점 전산장부상의 반품분을 세금계산서 수수대상에서 차감할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제1조 (과세대상)

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

제6조 (재화의 공급)

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. 제9조 (거래시기)

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때 제16조 (세금계산서)

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 (2) 부가가치세법 시행령 제54조 (세금계산서의 교부특례)

① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해 월의 말일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합계하여 그 기간의 종료일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

3. 관계증빙서류 등에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우 (3) 법인세법 제4조 (실질과세)

① 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득․수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2006.2. ○○지방국세청 조사공무원이 작성한 법인세조사종결보고서 및 2003년․2004년 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 경정 결의서에 의하면 청구법인이 ○○○업체와의 거래에 있어서 아래 <표>와 같이 세금계산서를 수수하지 않거나 과다하게 수수한 사실에 대하여 익금 및 손금산입하고 있는 사실이 심리자료에 의하여 확인된다./ (단위：천원) 구 분 세금계산서 수수대상① (실물수수) 세금계산서 수수② 차액(①-②) 비 고 2003년 매출 2,295,099 1,998,650 296,449 익금사입 매입 910,670 622,413 288,257 손금산입 2004년 매출 3,359,742 2,903,707 456,035 익금산입 매입 2,297,584 1,854,689 444,750 손금산입 * 차액 442,895천원을 444,750천원으로 결정

(2) 2006.2.25. ○○지방국세청 조사공무원과 청구법인의 이사 오○○와의 문답서 내용을 보면 청구법인은 상품의 수불과 거래처 관리를 위해 ○○○○라는 전산프로그램(이하 “○○프로그램”이라 한다)을 본․지점에서 사용한 것으로 되어있고, 청구법인이 ○○-○○○으로부터 매출목표 달성에 따른 장려금을 받기 위해 ○○○업체와 일부 허위의 매출․매입을 본점 ○○○○에 입력하고 이를 ○○○○지점에서 반품이 이루어진 것으로 처리하여 청구법인 전체의 상품재고와 일치되게 하고, 청구법인 본점의 장부만 ○○-○○○에 제출하고 있는 것으로 되어있으며, ○○지방국세청 조사공무원이 허위매출․매입분이 포함된 본점 거래분에서 ○○○○지점으로 반품처리된 부분을 차가감하여 세금계산서 수수대상을 산정하고 있음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 이에 대해 청구법인은 ○○○○지점 외 /○○○지점도 운영하였는데 세무조사 당시 ○○○지점의 전산장부를 찾을 수 없었으나 세무조사 이후 청구법인 본점 환입제품 확인과정에서 찾게 된 ○○○지점 컴퓨터에 입력된 데이터를 복구한 결과 ○○○○지점에서와 마찬가지로 ○○○지점에서도 아래 <표>와 같이 반품 등이 있었으므로 이를 반영하여 줄 것을 주장하므로 이에 대하여 본다. (단위：천원) 구 분 1 기 2 기 합 계 예 정 확 정 계 예 정 확 정 계 2003 매출 15,486 74,196 89,682 -224,559 -133,357 -357,598 -268,234 매입 -37,540 -18,371 -55,911 -114,412 -95,767 -210,179 -266,090 2004 매출 -722,098 -27,713 -749,811 -202,032 527,828 325,796 -424,015 매입 -343,885 -152,503 -496,388 -324,517 393,242 68,725 -427,663 (가) 청구법인은 ○○-○○○ 총판대리점으로 2002.3.15.～2004.5.1.까지 ○○시 ○○○ 3가 1-1 ○○전자월드 337호에 ○○○○지점 및 2003.5.14.～2004.6.1.까지 /○○시 광진구 구의동 546-4 ○○○마트 7층에 ○○○지점을 두고 사업을 영위한 사실이 국세청 통합전산망 자료에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 ○○○○지점뿐만 아니라 ○○○지점의 폐업으로 지점에서 사용되던 컴퓨터를 청구법인의 창고에 보관하던중 보일러 파손에 따른 누수로 보관중인 데이터가 손상된 사실이 있음을 2005.3.21. ○○○○ 주식회사에 누수(2005.2.2. 발생)로 인해 발생된 피해액 12,627천원을 보상 청구한 사실과 2005.6.3. ○○○○ 주식회사가 12,000천원을 청구법인 계좌(농협 000-00-000000)에 입금하고 있는 사실 및 2005.12.27. 주식회사 /○○○기술에 침수로 인한○○프로그램 회계자료 데이터 복구의뢰를 하고 있는 사실을 들어 주장하고 있고, ○○지방국세청장이 세무조사기간 중 ○○○○지점 전산장부 복구와 분석 및 자료소명에 따른 소요기간을 1달여 인정하고 있는 점 등을 비추어볼 때 청구법인이 세무조사 시작과 함께 ○○○○지점 컴퓨터의 손상된 데이터 복구가 이루어졌고 그 복구된 자료에 근거하여 매출․매입반품 및 정산착오분의 조정이 이루어진 것이라 판단된다. (다) 청구법인이 ○○○지점 장부라고 제시한 출력물은 ○○○○시스템에서 개발된 ○○프로 싱글버전 000 빌드 000000라는 프로그램으로 작성․출력되었으며, ○○지방국세청장이 세무조사시점에서 확보한 ○○프로 for 윈도우 버전 000*과 다른 업그레이드 된 것이나 손상된 데이터를 복구하기 위해 사용된 프로그램이라면 세무조사시 확보된 사용버전과 다르다고 하여 그 입력된 데이터 내용이 다른 것은 아니라 판단된다.

(4) 살피건대, 청구법인에 대한 ○○지방국세청의 조사내용 및 제출된 심리자료에 따르면 청구법인 본점은 ○○-○○○으로부터 매출목표를 달성하여 장려금을 받을 목적으로 ○○○업체와 실제 매출․매입과 일부 허위의 매출․매입거래를 한 사실이 있고 이러한 허위거래에 대한 조정을 위해 매월말이나 분기말에 지점으로 반품처리를 하여 청구법인 전체의 재고를 맞추고 있음에 대해 ○○지방국체청 조사공무원이 이러한 사실을 인식하고 지점에서 반품처리한 부분을 본점 매출․매입액에서 차가감하여 세금계산서 수수대상을 산정하고 있는 점으로 볼 때, 이러한 거래행태는 청구법인의 ○○○○지점에서만이 아니라 ○○○지점에서도 발생할 개연성은 충분히 있는 것으로 판단된다. 따라서, 청구법인이 제시한 ○○○지점의 전산장부상의 거래내용에 대한 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 제세를 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.