청구법인이 미환급세액을 법인세 신고 시 기 납부세액에 기재한 행위의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 1999사업연도 법인세 기 납부세액인 중간예납세액 33,050원 및 2000사업연도 법인세 기 납부세액 3,552,370원 (중간예납세액 1,544,100원 + 원천징수 납부세액 2,008,270원) 합계 3,585,420원을 환급 신청하였으나, 신고서를 법정시고 기한 내에 재출하지 아니하였다는 사유로 환급받지 못하자, 2002사업연도 법인세 신고 시 기타공제세액 란에 3,585,490원을 기재하여 납부할 세액에서 차감하여 신고하였다. 처분청은 청구법인이 2002사업연도 법인세 신고 시 기 납부세액 공제의 기타공제세액 3,585,490원(이하 “쟁점 공제세액”이라 한다)을 당해 사업연도 공제항목과 관련 없이 공제받은 것으로 보아, 2006.6.16 청구법인에게 2002사업연도 법인세 4,831,080원을 경정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.6.20 이의신청을 거쳐, 2006.7.31 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1999사업연도 및 2000사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 법정기한 내 제출하면서 1999사업연도 기 납부세액으로 중간예납세액 33,050원, 2000사업연도 기 납부세액으로 중간예납세액 1,544,100원, 원천징수세액 2,008,270원 합계 3,585,420원을 법인세신고서에 기재하여 세무서의 민원실에 접수하지 않고 임시로 설치한 신고서 투입함에 투입하였으나 법인세 신고서가 분실되어 당초 신고한 법인세 신고서를 2002.7월경 재제출한 것임에도 신고서 투입함에서 분실된 신고서류를 처분청이 납세자에게 일방적인 책임을 물어 법인세를 무신고한 것으로 보아, 기 납부세액의 공제를 부인하고 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 주장하는 1999사업연도 및 2000사업연도의 법정신고 기한 내 미 환급 된 법인세 환급세액은 2002사업연도의 법인세 과세표준 및 세액신고에서 기 납부세액으로 공제받을 항목이 아니며, 당초 환급받을 세액이 환급이 결정되지 않았다면 당연히 경정청구 기간 내에 경정청구를 하여 환급을 받았어야 함에도, 1999사업연도 및 2000사업연도 미 환급 세액을 경정청구 기간이 만료된 시점까지 경정청구하지 아니한 점 등을 고려할 때 청구법인이 법정신고기한내에 법인세 신고서를 제출하였다는 주장을 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 1999사업연도~2000사업연도 법인세를 기한 내에 신고하였다는 주장에 대해, 처분청은 기한 후 신고한 것으로 보아 환급결정하지 않았는 바, 이에 대한 미 환급세액을 2002사업연도 법인세 신고서의 기 납부세액에 기재하여 세액공제 신청을 한 청구법인의 행위가 정당한 지 여부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】

① 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다)

③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다.

④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다.

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방 국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방 국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 청구법인이 법인세 신고서를 임시로 설치한 신고서 투입함에 법인세 신고기한 내 투입하였다고 주장하며, 추후 제출한 심리자료를 보면 1999사업연도 법인세 신고서상 수입금액과 당기순이익이 동일하게 25,735천원으로 기재되어 있으며, 이 금액에서 이월결손금 76,525천원을 공제하여 과세표준이 “0원”으로, 기 납부세액인 중간예납세액이 “33,050원”으로, 법인세 과세표준 및 세액신고일이 2000.3.15로 각각 기재되어 있다. 또한, 2000사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서도 누적결손금 50,990,656원으로 인해 법인세 과세표준을 “0원”으로, 중간예납세액 1,544,100원 및 원천납부세액 2,008,270원 합계 3,552,370원을 기 납부세액으로 하여 2001.3.30에 신고한 것으로 기재되어 있다.

(2) 한편, 국세청의 통합전산망상에는 청구법인이 세무서에 임시로 설치한 신고서 투입함에 신고기한 내 투입하였다는 2개 사업연도(1999~2000사업연도)의 법인세 신고서가 2002.7.25 및 2002.7.31에 각각 접수된 것으로 기록되어 있다.

(3) 청구법인의 2002사업연도 법인세 신고서에는 쟁점공제세액을 기타공제세액 란에 기재하여 납부할 세액에서 차감하여 신고한 사실이 나타난다.

(4) 살피건대, 청구법인은 법인세 신고기한 내 법인세 과세표준 및 세액계산서를 임시로 설치한 신고함에 투입하였으나, 이를 처분청의 과실로 분실하였음에도 청구법인이 당초 법인세 과세표준 및 세액신고서를 재 제출(2002.7.31)한 날짜를 법인세 신고일로 보는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 이를 입증할 만한 구체적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있고, 국세청의 통합전산망상에는 2002년 7월에 법인세 신고서를 제출한 것으로 되어 있어, 청구법인이 법정신고기한내에 1999사업연도 및 2000사업연도 법인세 신고서를 제출한 것으로 인정키는 어렵다.

(5) 따라서, 청구법인이 쟁점공제세액을 경정청구기한 내에 경정청구 등을 통하여 환급받지 아니하고, 2002사업연도 공제세액과 관련 없는 쟁점공제세액을 2002사업연도에 기 납부세액으로 공제하여 신고한 것은 잘못이라 할 것이므로, 처분청이 쟁점공제세액을 부인하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.