중간지급조건부 공급으로 볼 것인지 일반재화의 공급으로 볼 것인지 여부

○○세무서장이 2006.4.28.청구인에게 한 2005년 1기 부가가치세 35,390,400원의 환급에 대한 경정청구 거부처분은 소유권이전등기일에 잔금으로 지급된 것으로 인정되는 158,000,000원의 해당 매입세액(15,800,000원)에 대하여 이를 매출세액에서 공제하여 환급하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2003.7.25. 주식회사 ○○○건설 외 1인(이하 ‘매도인’이라 한다)과 서울특별시 ○○구 ○○동 제0-0구역 재개발주택지역내 택지5 지상에 건설예정이던 ○○건강클리닉센타 4층 전체(401,402호)를 골프연습장으로 사용하기로 하는 매매(분양)계약을 체결하였다.
• 나. 청구인은 2005.4.11. 서울특별시 ○○구 ○○동 1718-2번지 ○○○센터빌딩 401호에서 ○○○골프클럽(이하“쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 사업자등록을 하고, 당초 계약당시 시공회사이었으며 매도인으로부터 2005.3.7. 쟁점사업장의 소유권을 매도인으로부터 취득한 ○○건강클리닉센터 김○○로부터 2005.4.12. 건물분 공급가액 3억9,500만원의 매입세금계산서(이하 ‘쟁점세금계산서’라 한다)를 교부받아, 2006.2.7. 이에대한 매입세액(39,500,000원)을 공제하고 35,390,400원을 환급해 달라는 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 쟁점세금계산서를 사업자등록전 및 공급시기 도래전 세금계산서로 보아 2006.4.28. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2006.7.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 분양계약서상에는 2차 중도금으로 2003.10.15, 1억5,800만원을 지급하도록 되어 있었으나, 청구인의 자금사정이 여의치 않아 2003.10.20. 7천만원만을 지급한 상태에서 쌍방이 건설경기 침체 등으로 당초 분양계약서상 완공예정일인 2003.11.31.까지 공사가 마무리 될 수 없음을 인정하고 공사지연에 대하여 서로 책임을 묻지 않기로 합의하였다가, 2005.2월에야 공사를 마무리하고 2005.4.6. ○○○센터빌딩 401호(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에 대하여 청구인에게 소유권이전등기를 경료한 것으로서, 처분청은 이 건 분양계약이 중간지급조건부 공급이라는 의견이나, 공사 진행과정에서 예기치 못한 사안이 발생하여 준공시기가 지연되었을 뿐, 이는 일반재화의 공급에 해당하므로 잔금의 일부인 1억1,200만원을 지급하고 ○○○골프크럽에 입주한 2005.4.11.을 재화의 공급시기로 판단하여야 하는 바, 2005.4.12. 청구인이 사업자등록신청일 이후에 수취한 쟁점세금계산서의 해당 매입세액을 공제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점사업장에 대한 분양계약이 일반재화의 공급에 해당하므로 계약금, 1 ․ 2차 중도금, 잔금 지급시기에 상관없이 분양계약서상의 매매대금에 대하여 사업자등록신청일의 다음날인 2005.4.12.을 공급시기로 하여 쟁점세금계산서를 수취한 것이 정당하다고 주장하나, 분양계산서를 보면, 대금을 3회 이상 분할납부도록 되어 있고 실제계약금 지급일로부터 잔금 지급일까지의 기간이 6개월 이상인 바, 이는 부가가치세법 시행령 제21조 제1항 제4호 의 규정에 의한 중간지급조건부 거래에 해당하여 그 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 되고 따라서, 청구인이 사업자등록전 지급한 계약금 및 1 ․ 2차 중도금은 이미 그 공급시기가 경과하여 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 에서 규정하고 있는 사업자등록전 매입세액에 해당하므로 공제받을 수 없으며, 실제 잔금 지급일은 2005.12.2.인 바, 대가의 지급없이 공급시기 도래전인 2005.4.12.을 공급시기로 하여 교부한 쟁점세금계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호에서 규정하고 있는 사실과 다른 세금계산서로서 공제받지 못할 매입세액에 해당하므로 이를 기각한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 사업자등록전 및 공급시기 도래전 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제한 처분의 당부에 있어서 이 건 분양계약을 중간지급조건부공급으로 볼 것인지 아니면 일반재화의 공급으로 볼것인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2006.3.24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것) 제9조 【거래시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인되되는 때 제16조 【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받는 세금계산서에 제16조 제1항제1호내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 5.제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령(2002.2.9. 대통령령 제19330호로 개정되기전의 것) 제21조 【재화의 공급시기】① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. 4.완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우는 대가의 각 부분을 받기로 한 때 제60조 【매입세액의 범위】⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 등록신청일로부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다. (3) 부가가치세법 시행규칙(2006.3.17. 재정경제부령 제499호로 개정되기 전의 것) 제9조 【재화 또는 용역의 공급시기】 ① 영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월이상인 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 경정(환급) 청구에 대한 처분청의 검토의견(2006.4월)을 보면, 청구인의 사업자등록신청일인 2005.4.11. 이전에 지급한 계약금 및 1 ․ 2차 중도금을 사업자등록전 매입세액에 해당되고, 잔금은 2005.12.2.에 실제 지급하여 공급시기가 되래하기 전인 2005.4.12.에 재화에대한 대가를 지급하지 아니하고 교부받은 쟁점세금계산서의 해당 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의 2의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되지 아니하므로 청구인의 경정청구는 인용할 수 없다고 되어 있다.

(2) 청구인은 쟁점사업장에 대한 분양계약이 일반재화의 공급에 해당하므로 쟁점세금계산서 해당 매입세액 전부를 공제하여야 하고, 설사중간지급조건부 공급에 해당한다고 하더라도 2005.4.11. 사업자등록을 하고 입주하였으므로 입주시에 지급하기로 된 분양계약서상의 잔금 3억1,600만원중 건물분에 해당하는 1억5,800만원에 대한 매입세액 1,580만원은 사업자등록일을 공급기시로 보아 이를 매출세액에서 공제하여야한다고 주장하면서 분양계약서 사본 등을 증빙으로 제출한 바, 이에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점사업장의 2003.7.25.자 분양계약서를 보면 착공예정일은 2003.8월 초순경이며 잔금은 입주시에 지급하는 것으로 되어 있으나, 공사완공예정일을 2003.11.31.로 하면서 ‘공사의 완공은 입주하여 인테리어 공사 등을 할 수 있는 시점을 말한다’라고만 되어 있는 바, 완고예정일을 2003.11.31.로 볼 때 당초에는 계약기간이 약 4개월 정도로 예정되어 있었던 것으로 보이기는 하나, 입주시기에 대하여는 명확하게 규정되어 있지 않다. 다만, 집합건축물대장상에는 쟁점사업장이 2005.3.7. 사용승인되었고 등기부등본상에는 2005.3.20. 매매를 원인으로 2005.4.6. 청구인에게 소유권이전되었으며, 2005.4.11. 쟁점사업장에 청구인이 입주하여 처분청에 사업자등록한 점으로 보아 계약일로부터 입주일까지의 기간은 약 20개월이었던 것으로 확인된다. (나) 분양계약서상의 쟁점사업장에 대한 매매대금(공급대가)은 8억2,950만원, 이 중 건물분 공급대가는 4억3,450만원이고, 청구인이 제출한 매매대금 지급영수증에는 청구인이 매도인에게 계약일인 2003.7.25.에 계약금 1억6천만원, 2003.9.15. 1차 중도금 지급일 및 2003.10.20. 2차 중도금 지급일에 시공업자 김○○에게 각각 1억5,600만원과 7천만원, 합계3억8,600만원을 지급한 것으로 기재되어 있다. (다) 쟁점사업장의 등기부등본을 보면, 2005.4.11. 청구인을 채무자로 하여 ○○새마을금고에 채권최고액 금 3억810만원의 근저당권이 설정되었다가(2005.12.5. 해지), 2005.12.1. 역시 청구인을 채무자로 하여 서울시○○조합에 채권최고액 금 2억9,900만원(대출원금 2억3천만원)의 근저당권이 설정되어 있고, 무통장입금증을 보면, 청구인이 2005.12.2 자신의 새마을금고계좌에 119,026,980원을 입금한 것으로 나타나는 데, 이는 청구인이 입주하면서 잔금의 일부인 1억1,200만원을 지급하기 위해 2005.4.11. ○○새마을금고로 받은 대출금의 원금 및 이자를 서울시○○조합으로부터 2005.12.1. 다시 대출받아 상환한 것이라고 주장하고 있으나, 1억1,200만원을 실제 잔금으로 지급한 사실을 입증할 만한 객관적인 증빙은 없는 반면에, 처분청은 청구인이 2005.12.2. 서울시○○조합으로부터 2억3천만원을 대출금으로 입금받은 사실을 근거로 이 날 잔금으로 2억3천만원을 지급하고 입주한 것으로 본다는 의견이다.

(3) 위 사실관계 등을 종합해 보면, 비록 분양계약서상에는 6월이내의 단기계약으로 되어 있으나, 잔금지급일 및 입주일이 언제인지 특정되어 있지 않으며, 도중에 사정이 변경되어 당초 계약내용대로 이행하지 못하였다고는 하나 계약이행이 지연된 사유에 대하여 변경계약 등의 객관적인 증빙으로 입증하지 못하는 점, 분양계약서상에 매매대금을 4회에 걸쳐 지급하기로 한 점, 입주일까지 실제 용역기간이 약 20개월에 이른 점 등에 비추어 볼 때 이 건 분양계약은 부가가치세법 시행령 제21조 제1항 제4호 의 규정에 의한 중간지급조건부 거래에 해당하는 것으로 판단되는 바, 이 경우 공급시기는 대가의 각 부분을 지급받기로 한 때가 되므로 청구인이 2005.4.11. 사업자등록일 이전에 지급한 계약금 빛 중도금은 이미 그 공급시기가 경과하여 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 에서 규정하고 있는 사업자등록전 매입세액에 해당하므로 이를 공제받을 수 없다. 다만, 중간지급조건부로 건설용역을 공급하고 용역제공완료일 이후 잔금을 받기로 한 경우에는 용역제공이 완료되는 때를 잔금의 공급시기로 할 것이고(국세청 서면3팀-80,2007.1.10. 참고) 이 건과 같이 분양계약서상 잔금지급일이 공사가 완공되어 입주할 수 있는 시점으로 되어 있어 그 잔금지급시기에 대하여 처분청과 청구인간에 다툼이 있는 경우, 미지급잔금분에 대한 공급시기는 쟁점사업장이 사실상 인도된 때인 소유권이전등기일(2005.4.6.)로 볼 수 있으므로 이는 쟁점세금계산서 중 사업자등록일인 2005.4.11.로부터 역산하여 20일이내에 공급시기가 도래한 것으로 인정되는 바, 분양계약서상의 잔금 1억5,800만원에 대하여는 이를 정당한 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 환급하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 및 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.